Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  181  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57252588--57252652
20
3.2
20
71
16
53
23
21
16
38
1.93
57253872--57253909
10
3.8
10
83
13
51
28
31
18
21
1.97
57253871--57253908
20
1.9
20
94
0
67
28
34
18
18
1.95
57253872--57253932
20
3.0
20
83
9
63
29
27
14
27
1.95
57253882--57253928
10
4.6
10
80
15
51
31
27
14
25
1.95
57265276--57265315
21
1.9
21
94
0
71
20
22
17
40
1.92
57267422--57267462
19
2.1
20
95
4
75
70
4
24
0
1.06
57275284--57275338
15
3.8
14
80
7
65
74
1
21
1
1.01
57288079--57288109
12
2.6
12
100
0
62
25
16
12
45
1.83
57288157--57288213
5
11.0
5
75
20
55
3
19
1
75
1.04
57290748--57290844
30
3.2
30
77
2
106
27
15
27
28
1.96
57299169--57299231
21
3.0
21
88
2
90
30
3
33
33
1.74
57301725--57301792
12
5.5
12
79
16
68
14
7
2
75
1.14
57301736--57301784
13
3.6
13
76
10
53
16
6
4
73
1.19
57312168--57312223
21
2.7
21
72
5
51
8
17
1
71
1.21
57312167--57312223
14
4.1
14
75
16
57
8
17
1
71
1.19
57312244--57312286
21
2.0
23
90
9
72
9
13
4
72
1.26
57313356--57313424
13
5.5
12
75
18
52
14
7
4
73
1.20
57313366--57313424
12
4.5
13
74
17
59
15
5
5
74
1.17
57315018--57315082
20
3.3
19
73
16
51
38
16
21
23
1.93
57319506--57319573
29
2.3
29
85
5
93
27
30
13
27
1.94
57319395--57319722
174
1.9
174
96
0
602
30
24
14
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57319675--57319753
29
2.7
30
82
13
110
30
30
13
25
1.94
57321802--57321844
11
3.7
11
84
6
50
81
4
4
9
0.97
57321801--57321860
13
4.8
13
85
8
79
78
3
5
13
1.04
57321799--57321845
24
2.0
24
95
0
85
78
6
4
10
1.06
57328418--57328483
29
2.4
27
85
10
80
12
19
0
68
1.21
57328443--57328573
12
10.9
12
71
12
54
9
19
3
67
1.32
57328433--57328547
18
6.2
18
72
9
79
8
18
3
69
1.29
57328447--57328551
6
17.2
6
69
5
68
6
18
3
71
1.23
57329610--57329648
10
3.8
10
89
3
51
7
5
5
82
0.96
57329620--57329655
12
3.2
12
92
7
58
13
0
8
77
0.98
57331185--57331281
30
3.2
30
71
8
90
27
15
28
27
1.96
57333063--57333119
20
2.8
20
81
2
69
28
35
12
24
1.91
57334494--57334558
28
2.3
28
75
2
76
73
3
7
15
1.18
57336646--57336751
48
2.2
48
81
9
128
60
1
23
14
1.44
57338422--57338459
20
1.9
20
88
0
58
31
36
13
18
1.89
57341893--57341942
10
4.9
10
80
2
55
30
24
14
32
1.94
57341892--57341952
20
3.0
20
81
9
70
29
24
13
32
1.93
57343301--57343334
13
2.5
13
95
4
59
79
5
2
11
1.02
57344392--57344498
12
8.9
12
69
19
53
68
1
18
11
1.29
57344482--57344516
18
1.9
18
88
11
54
57
0
20
22
1.41
57346787--57346830
22
2.0
22
90
0
70
27
36
2
34
1.70
57349336--57349383
22
2.2
22
85
3
62
58
2
25
14
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57351686--57351729
22
2.0
22
90
0
70
27
36
2
34
1.70
57353061--57353118
10
5.7
10
76
11
64
29
27
13
29
1.94
57353061--57353121
20
3.0
20
83
9
79
27
26
13
32
1.93
57354480--57354514
11
3.3
11
88
8
54
74
5
2
17
1.14
57354480--57354513
10
3.3
10
91
4
50
73
5
2
17
1.16
57354497--57354574
12
6.2
12
69
19
52
74
2
14
8
1.16
57355536--57355570
18
1.9
18
88
11
54
57
0
20
22
1.41
57357636--57357693
10
5.7
10
76
11
64
29
27
13
29
1.94
57357636--57357696
20
3.0
20
83
9
79
27
26
13
32
1.93
57362866--57362950
30
2.8
30
80
7
109
12
21
1
64
1.34
57362926--57362950
12
2.1
12
100
0
50
8
16
0
76
1.02
57362953--57362983
12
2.6
12
94
0
53
25
16
9
48
1.76
57363031--57363087
5
11.0
5
75
20
55
3
19
1
75
1.04
57363031--57363094
16
4.2
14
77
16
65
4
18
1
75
1.06
57363029--57363098
20
3.3
20
69
18
54
4
20
1
74
1.07
57369110--57369166
13
4.3
12
75
18
51
17
7
5
70
1.29
57369137--57369166
12
2.5
12
100
0
60
13
6
6
73
1.24
57370762--57370826
20
3.3
19
73
16
51
38
16
21
23
1.93
57372603--57372664
32
1.9
32
84
12
83
12
27
6
53
1.63
57372679--57372722
18
2.4
18
84
0
61
13
18
0
68
1.22
57372682--57372748
30
2.4
27
87
7
89
11
17
0
70
1.17
57372661--57372838
57
3.2
52
74
15
164
10
17
2
69
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57372682--57372772
12
7.8
12
67
20
50
10
19
1
68
1.26
57372754--57372812
18
3.3
18
82
0
73
5
13
6
74
1.19
57372786--57372816
11
2.7
12
90
10
55
0
9
6
83
0.79
57373886--57373920
11
3.3
11
92
4
54
14
2
8
74
1.17
57375449--57375545
30
3.2
30
70
8
81
27
14
28
28
1.95
57379415--57379472
10
5.7
10
72
11
55
29
25
13
31
1.94
57379415--57379475
20
3.0
20
79
9
70
27
24
13
34
1.93
57380732--57380761
10
2.9
10
95
5
51
80
6
3
10
1.01
57380819--57380857
13
2.9
13
84
3
51
71
5
2
20
1.17
57381939--57381988
18
2.8
18
87
0
64
76
6
14
4
1.13
57381935--57381988
6
9.2
6
77
2
56
75
5
14
3
1.12
57382027--57382061
18
1.9
18
88
11
54
57
0
20
22
1.41
57394303--57394364
30
2.1
30
93
0
106
37
20
14
27
1.92
57396041--57396263
40
5.6
40
85
3
236
26
27
21
24
1.99
57396195--57396272
40
1.9
41
82
10
97
26
28
21
23
1.99
57398111--57398154
23
1.9
23
86
9
63
6
18
2
72
1.17
57399114--57399423
46
6.6
47
80
8
271
27
18
30
23
1.98
57400569--57400608
21
2.0
21
95
5
73
10
35
30
25
1.88
57407833--57407910
29
2.7
28
84
11
104
25
15
30
28
1.96
57407863--57408364
174
2.9
174
96
0
932
30
14
24
31
1.94
57421049--57421116
29
2.3
29
85
5
93
27
30
13
27
1.94
57421218--57421296
29
2.7
30
82
13
110
29
30
15
25
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57424149--57424230
18
4.6
18
92
3
114
18
32
29
19
1.95
57424839--57424877
20
2.0
19
85
14
53
25
23
10
41
1.86
57428552--57428690
75
1.9
75
81
3
172
32
12
10
45
1.75
57436087--57436151
31
2.1
31
100
0
130
49
18
9
23
1.76
57436312--57436426
31
3.7
31
72
3
97
16
33
26
23
1.95
57446874--57446921
13
3.6
14
75
13
57
0
20
0
79
0.74
57446875--57446908
17
2.0
17
88
0
50
0
23
0
76
0.79
57446878--57446930
25
2.2
23
83
12
63
0
16
0
83
0.66
57446878--57446929
22
2.4
21
78
6
59
0
17
0
82
0.66
57446874--57446930
20
3.1
17
73
16
51
0
17
0
82
0.67
57448892--57448933
5
8.2
5
97
2
75
59
0
0
40
0.97
57454068--57454114
23
2.0
24
87
4
69
68
0
6
25
1.13
57454667--57454703
16
2.3
16
100
0
74
35
21
16
27
1.94
57461682--57461844
42
3.9
42
81
3
175
29
16
23
30
1.96
57466626--57466674
20
2.4
20
86
3
62
20
26
22
30
1.98
57468884--57468982
27
3.5
28
86
2
110
31
28
13
27
1.94
57471523--57471567
19
2.4
19
96
0
81
75
4
2
17
1.07
57473489--57473635
67
2.3
64
79
11
156
30
17
29
21
1.96
57475994--57476059
30
2.2
29
82
10
80
60
1
24
13
1.42
57478308--57478353
20
2.2
21
84
3
58
21
26
21
30
1.99
57480991--57481015
7
3.6
7
100
0
50
40
0
0
60
0.97
57483584--57483673
40
2.2
40
88
0
126
23
22
42
12
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57483654--57483718
29
2.2
29
97
0
121
13
21
43
21
1.87
57483797--57483856
23
2.6
23
91
0
102
13
31
35
20
1.91
57485316--57485393
39
2.0
39
97
0
147
21
17
15
44
1.86
57486074--57486228
42
3.7
42
81
1
184
27
16
25
30
1.97
57486067--57486247
85
2.1
84
79
7
195
27
14
24
33
1.95
57490483--57490653
68
2.5
67
76
15
170
33
16
28
21
1.95
57498073--57498106
17
2.0
17
88
11
52
58
29
5
5
1.45
57500733--57500791
25
2.3
26
83
13
70
22
10
1
66
1.31
57510014--57510266
47
5.4
47
94
0
425
28
29
7
34
1.85
57510089--57510211
22
5.3
22
62
18
61
26
30
9
32
1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295