genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54230893--54231016	47	2.7	47	85	1	151	29	15	25	29	1.96
54232370--54232471	40	2.6	40	89	7	147	24	27	23	24	2.00
54244957--54245021	29	2.3	29	86	2	87	32	27	18	21	1.97
54245944--54246328	27	14.3	27	84	4	463	26	20	10	42	1.85
54246333--54246524	27	7.3	27	82	4	214	35	19	19	25	1.95
54246504--54246567	27	2.4	26	75	17	67	20	18	23	37	1.94
54246723--54246805	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
54246872--54246927	27	2.1	27	89	0	85	26	21	8	42	1.82
54246932--54246985	27	2.0	27	88	0	81	33	20	20	25	1.97
54248336--54248513	27	6.6	27	81	3	169	29	27	15	27	1.96
54250298--54250444	27	5.4	27	85	1	188	36	18	20	25	1.95
54250643--54250725	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
54250813--54250871	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
54251036--54251109	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
54251227--54251413	6	30.8	6	73	16	136	20	16	13	49	1.79
54251227--54251422	30	6.7	30	80	8	206	19	16	13	50	1.77
54251288--54251354	25	2.8	24	90	2	98	17	17	14	49	1.80
54251227--54251413	85	2.2	85	93	0	311	20	16	13	49	1.79
54256400--54256459	27	2.2	27	87	0	84	36	23	8	31	1.84
54256472--54256540	27	2.6	27	97	0	129	30	17	8	43	1.79
54256518--54256850	54	6.1	54	77	6	278	39	20	8	31	1.83
54256532--54256738	80	2.6	81	85	2	265	40	21	8	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54256559--54256765	81	2.6	80	82	4	238	41	21	7	29	1.81
54256491--54256827	27	12.4	27	79	7	200	38	19	8	32	1.83
54256868--54256945	27	2.9	27	75	11	79	38	21	17	21	1.93
54257753--54257818	25	2.7	25	92	2	107	27	27	22	22	1.99
54257753--54257834	25	3.4	24	88	5	94	30	23	21	24	1.99
54258040--54258245	31	6.7	31	88	3	276	29	16	25	29	1.97
54260465--54260993	27	19.6	27	77	5	202	38	20	7	33	1.80
54260465--54260995	54	9.9	54	78	4	261	38	20	7	33	1.80
54261005--54261056	27	1.9	27	84	7	70	38	13	11	36	1.81
54261983--54262051	25	2.8	24	93	2	111	26	26	23	24	2.00
54261983--54262064	24	3.4	24	89	5	112	29	23	23	24	1.99
54262271--54262596	31	10.5	31	91	0	508	27	15	25	32	1.95
54266420--54266488	25	2.7	25	84	6	77	55	2	1	40	1.24
54270155--54270263	33	3.3	33	70	14	107	32	14	22	30	1.94
54270182--54270289	33	3.3	32	72	10	101	34	15	22	27	1.94
54270146--54270289	66	2.2	66	87	0	216	32	14	22	30	1.94
54273248--54273501	54	4.7	54	83	3	296	22	24	18	35	1.95
54273605--54273767	45	3.5	44	73	10	146	21	22	19	36	1.95
54274395--54274452	30	1.9	31	92	3	100	29	22	10	37	1.87
54280694--54280799	28	3.7	27	70	27	76	26	26	18	28	1.98
54280687--54280799	27	3.9	28	71	21	90	26	25	19	28	1.99
54280699--54280835	60	2.3	59	85	8	170	26	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54280840--54280882	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
54283204--54283246	19	2.4	17	81	11	50	39	9	0	51	1.34
54285357--54285473	43	2.8	42	80	7	139	29	25	17	28	1.97
54285357--54285483	42	3.0	42	75	13	127	29	25	16	29	1.97
54291056--54291124	34	2.0	34	81	10	79	42	1	21	34	1.62
54299444--54299505	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
54299760--54299791	8	4.0	8	91	0	55	3	37	34	25	1.72
54310755--54310977	119	1.9	120	87	4	335	25	27	21	25	2.00
54310753--54310977	40	5.7	40	82	8	271	25	27	21	24	1.99
54319011--54319226	119	1.8	120	87	5	330	26	26	20	25	1.99
54319009--54319233	79	2.8	79	81	6	222	26	27	21	24	1.99
54318992--54319233	40	6.1	40	81	8	262	26	26	21	25	1.99
54328917--54329086	40	4.3	40	89	0	216	24	21	28	25	1.99
54328864--54329088	80	2.8	79	79	4	220	24	21	28	25	1.99
54328939--54329121	79	2.3	79	81	5	210	26	21	27	24	1.99
54336162--54336331	40	4.3	40	90	0	216	24	21	28	25	1.99
54336109--54336333	80	2.8	79	79	4	220	24	20	28	26	1.99
54340605--54340999	82	4.9	82	92	2	595	25	29	21	23	1.99
54340605--54340999	122	3.3	120	90	2	585	25	29	21	23	1.99
54340605--54340999	40	9.8	40	91	3	576	25	29	21	23	1.99
54349925--54349966	20	2.1	20	95	0	75	33	16	14	35	1.89
54351239--54351299	26	2.3	26	85	5	77	27	19	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54352454--54352490	18	2.0	19	89	5	58	21	16	16	45	1.84
54354885--54354954	21	3.2	21	70	18	70	20	12	27	40	1.88
54359043--54359310	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
54380681--54380826	40	3.7	39	90	9	224	23	25	28	23	2.00
54380674--54380827	80	1.9	80	94	0	272	24	24	28	23	2.00
54380681--54380853	40	4.3	41	84	7	214	24	23	27	24	2.00
54388891--54389007	40	2.9	40	90	0	180	22	19	29	28	1.98
54396166--54396283	40	3.0	40	89	0	182	21	18	29	30	1.97
54409157--54409368	40	5.3	40	88	4	261	25	21	27	24	1.99
54409105--54409401	80	3.7	80	80	7	214	26	21	27	23	1.99
54416873--54416932	27	2.2	27	85	5	77	40	16	13	30	1.87
54418340--54418401	27	2.3	27	91	0	97	40	14	12	32	1.84
54421808--54421951	48	3.0	48	91	0	216	34	27	19	19	1.96
54421852--54421931	27	3.2	27	60	26	66	30	28	21	20	1.98
54425413--54425454	14	3.1	14	89	3	68	0	30	14	54	1.40
54429526--54429669	40	3.6	40	82	10	152	27	27	20	24	1.99
54433533--54433687	43	3.7	43	77	8	165	29	29	17	23	1.97
54435308--54435532	40	5.7	40	87	5	296	24	22	27	25	2.00
54435308--54435565	119	2.2	119	81	8	285	25	21	27	25	2.00
54438261--54438428	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
54438296--54438481	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
54438298--54438481	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54451994--54452179	40	4.7	40	87	5	243	24	21	27	26	1.99
54452047--54452202	80	2.0	79	87	6	226	25	20	26	26	1.99
54464379--54464412	18	2.0	17	88	11	52	58	0	0	41	0.98
54475174--54475234	29	2.1	29	81	6	70	29	24	4	40	1.76
54486249--54486304	28	2.0	28	96	0	103	37	14	19	28	1.91
54487920--54487980	27	2.3	27	97	2	115	37	16	11	34	1.85
54490853--54490896	16	2.8	16	75	0	52	11	13	0	75	1.06
54493122--54493434	40	7.7	40	91	3	448	23	29	21	25	1.99
54493122--54493434	82	3.9	80	93	2	493	23	29	21	25	1.99
54493122--54493434	122	2.6	119	87	6	448	23	29	21	25	1.99
54501803--54502140	40	8.8	40	82	12	397	24	28	22	24	1.99
54501836--54502152	107	2.8	108	83	12	326	25	28	21	24	1.99
54513457--54513604	80	1.9	80	95	0	269	23	27	24	25	2.00
54513453--54513589	40	3.4	40	82	11	190	22	27	25	24	2.00
54528756--54528881	27	4.8	26	86	5	164	33	15	15	35	1.89
54528778--54528881	54	1.9	54	96	0	190	31	15	15	37	1.89
54552813--54552848	18	2.0	18	100	0	72	27	5	11	55	1.57
54554418--54554544	47	2.8	44	81	13	141	28	19	29	22	1.98
54556710--54556747	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
54559168--54559245	36	2.1	37	88	2	113	25	32	17	24	1.97
54559363--54559684	47	6.7	47	96	1	554	30	29	8	31	1.87
54563151--54563386	40	5.9	40	79	4	210	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54563151--54563386	120	2.0	120	80	11	270	24	27	23	24	2.00
54563692--54563770	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
54565677--54565754	36	2.1	37	90	2	122	24	32	19	24	1.98
54565872--54566240	47	7.7	47	96	0	648	30	29	8	31	1.87
54569115--54569155	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
54569565--54569643	28	2.8	28	78	3	88	30	24	11	34	1.90
54574998--54575078	28	2.9	28	83	8	103	24	17	28	29	1.97
54575005--54575129	28	4.4	27	79	12	92	27	14	30	28	1.95
54574998--54575105	56	1.9	56	83	7	139	25	15	29	28	1.96
54586173--54586215	19	2.3	19	100	0	86	34	4	13	46	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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