genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  87  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25631067--25631122	29	1.9	29	100	0	112	28	12	7	51	1.65
25632249--25632288	19	2.1	19	85	0	53	7	10	15	67	1.41
25632632--25632689	28	2.1	28	83	0	71	67	3	5	24	1.27
25633027--25633056	14	2.1	14	100	0	60	36	6	6	50	1.55
25633137--25633177	19	2.2	19	86	8	57	63	2	0	34	1.08
25634611--25634679	18	3.8	18	76	14	61	27	1	5	65	1.24
25634828--25634901	31	2.4	31	79	0	85	45	10	16	27	1.80
25639637--25639726	26	3.5	25	70	8	65	48	26	0	24	1.51
25655655--25655719	28	2.4	28	76	10	80	47	13	13	24	1.80
25656859--25657000	40	3.5	40	84	1	176	26	16	24	31	1.97
25658427--25658472	24	1.9	24	82	8	58	41	0	28	30	1.56
25664461--25664568	41	2.7	39	79	9	119	22	13	28	35	1.92
25664461--25664609	40	3.7	41	78	4	142	22	14	28	34	1.93
25667331--25667381	25	2.0	25	100	0	102	43	0	23	33	1.54
25667989--25668025	18	2.0	19	89	5	58	48	0	2	48	1.15
25672486--25672535	19	2.5	20	81	18	61	56	6	0	38	1.24
25674302--25674349	15	3.1	15	84	6	60	66	6	2	25	1.26
25674430--25674469	17	2.4	17	87	8	55	67	0	2	30	1.04
25676221--25676468	44	5.6	43	72	13	175	27	27	17	28	1.98
25676110--25676562	177	2.6	176	83	5	574	27	26	17	28	1.98
25688758--25688807	22	2.3	21	80	6	55	60	2	14	24	1.45
25689356--25690529	598	2.0	598	99	0	2312	35	21	18	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25707659--25707853	39	5.0	39	93	0	318	24	29	25	21	1.99
25711144--25711186	22	2.0	22	86	8	63	58	4	6	30	1.45
25711379--25711453	19	4.3	18	76	10	75	60	1	4	34	1.24
25713319--25713373	16	3.5	15	80	9	65	58	1	21	18	1.49
25717232--25717360	49	2.7	47	80	4	150	29	34	13	22	1.93
25745888--25745941	22	2.5	21	87	3	81	51	12	16	18	1.75
25749586--25749636	26	2.0	26	100	0	102	37	19	11	31	1.88
25750308--25750358	25	2.0	25	88	0	75	43	1	31	23	1.65
25751525--25751560	8	4.4	8	89	3	54	52	0	0	47	1.00
25776599--25776661	31	2.0	31	100	0	126	12	6	22	58	1.56
25779151--25779400	82	3.1	81	62	24	177	45	4	4	46	1.40
25779154--25779463	157	2.0	157	93	0	530	47	5	3	43	1.42
25779593--25779660	16	4.2	16	90	0	109	38	35	0	26	1.57
25788726--25788755	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
25792138--25792347	40	5.3	40	92	0	305	24	20	27	27	1.99
25792138--25792382	80	3.1	80	85	2	244	25	20	27	26	1.99
25803723--25804149	44	9.5	44	71	12	233	35	17	18	28	1.94
25803557--25804136	182	3.2	182	87	2	812	36	17	18	28	1.93
25803848--25804135	85	3.3	85	73	12	258	35	19	16	29	1.93
25803882--25804233	137	2.6	138	80	6	367	34	19	17	28	1.94
25805844--25806078	3	76.7	3	65	18	74	30	6	5	58	1.45
25811022--25811063	14	3.0	14	77	22	52	23	4	0	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25813491--25813520	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
25820879--25820945	33	2.0	33	100	0	134	17	8	28	44	1.79
25821267--25821343	9	8.6	9	82	0	91	46	20	6	25	1.75
25821266--25821343	18	4.3	18	85	0	111	47	20	6	25	1.74
25823382--25823413	12	2.6	12	95	5	55	34	6	12	46	1.67
25823394--25823456	31	2.0	31	96	0	117	33	12	6	47	1.67
25824526--25824594	28	2.5	28	80	7	77	26	1	7	65	1.27
25824842--25824883	19	2.2	19	83	8	50	73	0	2	23	0.94
25824847--25824913	16	4.1	16	76	14	57	70	0	5	23	1.09
25825009--25825086	31	2.6	30	84	12	97	16	12	2	67	1.33
25824999--25825086	30	3.0	30	76	17	103	15	11	4	68	1.36
25825714--25825769	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
25834656--25834703	23	2.1	23	100	0	96	29	12	8	50	1.69
25848305--25848341	7	5.6	7	93	3	51	24	2	16	56	1.53
25848275--25848374	33	3.2	33	64	25	90	24	12	18	46	1.82
25854055--25854093	16	2.5	16	87	4	53	51	5	0	43	1.24
25855083--25855139	18	3.0	19	73	12	55	63	0	1	35	1.05
25855209--25855242	17	1.9	18	94	5	61	38	2	0	58	1.13
25855198--25855224	11	2.5	11	100	0	54	40	0	0	59	0.98
25856823--25856878	25	2.2	25	93	0	94	44	17	12	25	1.84
25857985--25858090	5	21.0	5	78	13	94	57	2	0	39	1.13
25865324--25865473	51	2.9	51	85	2	194	32	10	22	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25870428--25870457	14	2.1	14	93	0	51	30	3	0	66	1.07
25872563--25872608	16	2.8	16	86	6	56	28	4	28	39	1.76
25873013--25873051	20	2.0	20	94	0	69	51	12	7	28	1.67
25873022--25873066	20	2.2	20	84	7	56	48	13	8	28	1.72
25876547--25876818	143	1.9	143	83	3	345	42	8	13	35	1.74
25877044--25877090	17	2.9	15	80	20	58	29	0	0	70	0.88
25877397--25877425	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25893570--25893642	26	3.0	25	76	9	78	36	17	23	21	1.94
25896561--25896690	47	2.8	47	85	0	161	23	14	27	33	1.94
25904729--25904836	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25911942--25912049	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
25918254--25918289	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
25920762--25920798	13	3.1	13	81	18	53	72	0	5	21	1.04
25926140--25926251	15	7.5	15	74	4	73	45	17	3	33	1.66
25926166--25926251	5	17.2	5	78	4	66	43	18	3	34	1.67
25926161--25926257	20	5.1	20	69	12	60	41	19	5	34	1.74
25926160--25926251	25	3.5	25	76	13	94	43	18	4	33	1.70
25926140--25926247	55	2.0	55	92	0	180	46	17	3	32	1.66
25926140--25926242	30	3.6	29	75	12	106	45	17	3	33	1.67
25929968--25930112	54	2.7	54	78	7	143	19	28	19	32	1.96
25929956--25930121	27	6.1	27	74	5	129	19	27	18	35	1.94
25930529--25930581	25	2.1	25	96	0	97	37	26	0	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25933329--25933371	21	2.0	22	90	4	70	30	0	25	44	1.55
25933417--25933485	35	2.0	35	88	5	104	18	2	36	42	1.66
25933411--25933538	35	3.6	35	74	5	98	18	1	36	42	1.60
25933474--25933544	7	10.1	7	78	4	72	18	0	38	43	1.50
25933824--25934046	114	2.0	113	80	2	250	28	14	23	33	1.94
25934148--25934251	43	2.7	36	76	18	109	35	29	2	31	1.72
25935825--25936597	159	4.8	160	91	4	1245	31	8	6	52	1.59
25935825--25936602	322	2.4	319	91	3	1276	31	8	6	52	1.59
25936565--25936619	15	3.7	15	82	4	76	47	0	0	52	1.00
25936563--25936626	29	2.2	29	100	0	128	46	0	0	53	1.00
25936401--25936776	191	2.0	192	96	0	691	33	8	6	51	1.58
25936791--25936844	27	2.0	27	96	0	99	50	12	0	37	1.41
25936831--25936866	9	4.0	9	88	0	54	44	22	0	33	1.53
25938870--25939165	18	16.1	18	72	11	161	37	14	12	36	1.83
25938870--25939165	36	8.0	36	71	11	179	37	14	12	36	1.83
25938883--25939165	54	5.1	55	74	11	211	36	14	12	36	1.83
25939276--25939381	47	2.3	47	90	1	160	41	23	19	15	1.89
25939296--25939391	47	2.0	47	94	4	167	40	23	20	14	1.90
25939423--25939449	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
25945210--25945255	21	2.2	21	84	7	58	43	17	39	0	1.49
25945751--25945850	43	2.3	43	82	1	130	29	20	25	26	1.99
25949834--25949889	26	2.2	26	100	0	112	42	7	16	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25951284--25951337	27	2.0	27	96	0	99	27	3	12	55	1.54
25955171--25955210	21	1.9	21	89	0	62	35	27	25	12	1.92
25956087--25956122	18	2.0	18	94	0	63	61	0	8	30	1.26
25960244--25960284	18	2.3	18	82	0	55	12	41	7	39	1.70
25966929--25966984	28	2.0	28	96	0	103	35	16	17	30	1.92
25969928--25970090	82	2.0	83	90	3	258	37	16	20	25	1.93
25976243--25976359	23	5.0	23	71	12	103	17	26	23	33	1.96
25977958--25978253	18	16.1	18	73	8	175	37	14	11	35	1.83
25978051--25978253	72	2.8	72	78	8	218	36	13	12	36	1.84
25980237--25980265	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295