genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70904248--70904288	20	2.1	19	86	4	55	31	17	7	43	1.76
70910115--70910159	20	2.2	20	96	0	81	24	15	17	42	1.88
70911428--70911475	19	2.3	21	79	20	64	45	31	2	20	1.63
70911437--70911476	19	2.1	19	100	0	80	45	32	0	22	1.53
70912307--70912538	49	4.7	48	78	8	241	30	26	17	25	1.97
70912295--70912538	100	2.5	99	81	5	287	30	26	18	25	1.98
70925485--70925559	9	8.3	9	96	0	141	24	21	21	33	1.97
70932403--70932432	14	2.1	14	100	0	60	26	0	33	40	1.57
70933832--70934007	47	3.7	47	90	0	262	27	31	7	32	1.86
70937431--70937652	40	5.6	40	90	0	311	26	27	21	24	1.99
70937960--70938039	29	2.7	29	84	5	99	28	32	16	22	1.95
70938020--70938165	43	3.4	43	97	0	274	26	35	15	22	1.94
70939586--70939855	47	5.7	47	92	0	423	28	30	8	32	1.86
70943819--70943878	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
70943919--70943970	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
70959260--70959321	30	2.1	30	100	0	124	32	20	9	37	1.86
70962163--70962210	13	3.5	13	74	20	53	10	20	39	29	1.86
70962156--70962216	28	2.2	28	96	0	113	16	22	37	22	1.93
70964970--70965030	30	2.0	30	84	6	79	36	8	24	31	1.85
70965669--70965896	49	4.6	50	83	2	307	25	18	27	28	1.98
70966432--70966476	21	2.1	21	100	0	90	46	4	22	26	1.70
70970937--70971129	100	1.9	101	87	1	280	29	24	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70971067--70971147	35	2.3	35	79	8	92	25	30	14	28	1.95
70979186--70979258	25	2.9	24	83	4	83	24	20	20	34	1.97
70981290--70981474	40	4.7	40	85	3	223	24	25	25	23	2.00
70991323--70991585	40	6.6	40	87	3	316	24	20	27	27	1.99
70991362--70991620	80	3.3	80	84	3	238	26	19	27	26	1.99
71002571--71002676	40	2.7	40	88	1	151	25	28	23	22	1.99
71008568--71008610	22	1.9	23	90	4	70	25	53	0	20	1.46
71010789--71011100	49	6.6	47	74	12	180	29	18	26	25	1.98
71010776--71011100	142	2.3	139	82	6	366	28	18	27	26	1.98
71013482--71013621	38	3.7	38	87	0	190	21	18	22	37	1.94
71013494--71013651	76	2.1	78	87	2	230	20	18	23	37	1.94
71019960--71020137	38	4.6	38	86	5	216	21	21	25	31	1.98
71025223--71025278	21	2.7	21	88	0	85	23	26	35	14	1.93
71026456--71026565	49	2.2	50	87	4	152	21	28	21	28	1.99
71026601--71026767	46	3.6	46	76	9	151	22	28	19	28	1.98
71033975--71034101	46	2.7	47	92	1	220	24	14	27	33	1.94
71039725--71039900	46	3.8	46	80	11	216	20	20	28	30	1.98
71039722--71039893	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	29	1.98
71047288--71047463	46	3.8	46	77	14	200	21	20	28	29	1.98
71047285--71047456	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
71051284--71051460	27	6.5	26	81	6	176	27	16	27	28	1.97
71051285--71051440	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71051281--71051460	82	2.2	81	82	3	218	27	16	27	28	1.97
71058798--71058975	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
71058799--71058954	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
71058795--71058975	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
71058880--71058986	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
71063622--71063843	40	5.6	40	92	1	367	27	26	22	23	2.00
71073761--71073817	27	2.1	27	86	0	78	24	22	22	29	1.99
71073877--71074196	27	11.9	27	74	8	186	32	10	18	39	1.84
71073886--71074172	80	3.5	81	74	11	194	31	8	18	41	1.81
71073993--71074188	107	1.8	108	83	7	265	30	8	21	39	1.83
71073855--71074188	54	6.2	54	75	3	242	32	9	19	38	1.84
71074186--71074261	27	2.8	26	86	5	98	34	23	14	27	1.94
71085697--71085730	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
71090963--71091001	20	2.0	20	84	0	51	23	28	28	20	1.99
71092896--71092956	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
71098606--71098631	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
71100562--71100599	19	2.0	19	89	0	58	34	23	7	34	1.84
71101410--71101455	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
71101598--71101960	40	9.3	39	69	11	188	30	19	20	29	1.97
71101619--71101981	193	1.9	192	84	2	487	31	20	19	28	1.97
71102520--71102580	14	4.3	14	70	4	50	13	0	31	55	1.38
71102567--71102622	23	2.6	21	83	13	69	19	0	37	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71102549--71102622	22	3.4	22	80	12	64	18	0	35	45	1.50
71103012--71103045	17	2.0	17	100	0	68	64	11	5	17	1.45
71107713--71107806	49	1.9	49	100	0	188	30	13	27	27	1.94
71108528--71108603	27	2.8	27	85	0	89	32	22	9	35	1.86
71108528--71108684	54	2.9	54	80	0	161	33	21	8	36	1.83
71108555--71108684	27	4.8	27	88	0	143	32	20	7	39	1.81
71108609--71108800	27	7.1	27	78	5	147	40	22	7	29	1.81
71108609--71108800	54	3.6	54	77	8	167	40	22	7	29	1.81
71108650--71108851	80	2.5	80	83	4	237	43	19	7	29	1.79
71108650--71108851	27	7.5	26	80	5	197	43	19	7	29	1.79
71108981--71109045	27	2.4	27	79	5	69	35	16	26	21	1.95
71109854--71109947	25	3.8	25	84	1	118	26	24	22	26	2.00
71109879--71109955	25	3.2	23	87	3	100	28	22	22	27	1.99
71110166--71110264	31	3.3	31	87	6	152	29	17	24	29	1.97
71112581--71112712	27	4.9	27	91	0	183	29	20	8	41	1.81
71112635--71112992	27	13.2	27	75	10	133	39	20	7	32	1.80
71112581--71112775	54	3.6	54	83	1	158	34	21	7	36	1.82
71112568--71112752	81	2.3	81	75	0	190	34	20	8	37	1.82
71112689--71112991	81	3.7	78	74	8	216	42	21	7	29	1.79
71112730--71112910	54	3.4	53	83	5	213	42	22	7	28	1.79
71112691--71112936	54	4.5	53	78	8	203	41	22	6	28	1.79
71113015--71113116	27	3.8	27	75	10	100	35	16	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71113016--71113128	27	4.2	28	75	13	85	33	17	21	27	1.96
71113925--71114018	25	3.8	25	85	1	127	25	24	23	26	2.00
71113925--71114031	25	4.4	24	82	5	117	28	22	23	26	1.99
71114237--71114377	31	4.5	31	89	0	210	28	16	24	31	1.96
71116664--71116792	54	2.4	53	82	6	143	29	22	9	38	1.85
71116691--71116819	27	4.9	27	90	0	190	27	21	8	42	1.82
71116812--71117127	27	11.7	27	78	5	246	40	19	9	31	1.83
71116837--71117040	53	3.8	53	84	3	248	42	20	8	28	1.81
71118030--71118119	25	3.6	25	82	7	105	27	25	23	23	2.00
71118080--71118136	24	2.4	24	85	5	71	31	21	22	24	1.98
71118342--71118456	31	3.7	31	95	1	205	28	17	25	28	1.97
71121064--71121179	43	2.7	42	81	4	142	30	13	24	31	1.94
71134493--71134677	79	2.3	81	83	7	227	24	27	22	24	2.00
71134493--71134677	40	4.7	40	82	7	225	24	27	22	24	2.00
71139077--71139126	25	2.0	25	100	0	100	28	12	12	48	1.76
71140819--71140940	43	2.9	42	78	7	138	29	12	25	32	1.92
71143543--71143581	20	2.0	20	94	0	69	28	10	41	20	1.85
71161149--71161380	116	2.0	116	93	1	394	39	20	21	18	1.93
71176977--71177383	47	8.6	47	91	3	602	33	8	29	28	1.87
71177234--71177355	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
71179657--71179786	39	3.3	40	83	5	149	24	23	28	23	2.00
71179657--71180010	40	8.9	40	86	3	344	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71181739--71181836	28	3.5	29	87	8	132	26	15	28	29	1.96
71189715--71189812	27	3.5	28	88	2	126	27	13	27	31	1.94
71189745--71189825	27	3.0	27	85	5	83	30	12	23	33	1.92
71192426--71192600	40	4.4	40	94	0	314	21	20	29	28	1.98
71192426--71192624	80	2.5	80	89	1	247	23	21	28	27	1.99
71196408--71196586	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
71198772--71199258	47	10.1	47	87	6	668	31	12	29	26	1.93
71198846--71198921	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
71198944--71199019	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
71198772--71199258	98	5.0	98	92	3	801	31	12	29	26	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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