genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17544039--17544118	27	3.0	27	94	1	144	28	11	32	27	1.91
17546564--17546913	50	7.0	50	81	3	409	28	25	18	27	1.98
17546570--17546853	151	1.9	150	93	0	487	28	25	19	26	1.99
17550677--17550746	5	13.8	5	96	3	131	38	0	0	61	0.96
17550992--17551098	49	2.2	49	98	0	205	25	19	8	46	1.78
17554680--17554714	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
17555005--17555076	19	3.9	18	89	7	110	34	15	11	38	1.83
17554998--17555076	35	2.2	37	86	13	121	34	16	10	39	1.82
17555019--17555074	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
17555432--17555700	45	5.9	45	79	7	267	26	27	15	31	1.96
17555440--17555609	89	1.9	89	87	0	250	27	29	13	30	1.94
17555639--17555856	78	2.8	78	89	0	328	25	23	19	31	1.98
17555797--17556387	220	2.7	220	91	0	941	26	22	18	32	1.97
17566228--17566262	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
17566517--17566592	22	3.7	21	71	15	59	42	18	3	35	1.69
17566553--17566643	19	4.9	19	86	8	143	37	16	9	36	1.82
17568107--17568147	21	2.0	20	90	4	64	29	0	21	48	1.50
17575105--17575164	10	6.0	10	81	11	70	66	1	10	21	1.30
17575818--17576004	96	1.9	97	90	1	295	31	26	14	27	1.95
17575983--17576096	57	2.0	57	89	0	174	30	20	13	35	1.90
17576559--17576588	15	2.0	15	93	0	51	36	33	30	0	1.58
17576823--17576863	13	2.9	15	75	17	52	75	0	2	21	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17582560--17582655	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
17582560--17582665	42	2.5	43	84	3	142	35	26	22	15	1.93
17586313--17586372	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
17592129--17592233	52	2.0	52	96	0	192	44	20	7	26	1.78
17592913--17593007	49	2.0	48	91	2	154	38	17	16	26	1.91
17594630--17594676	22	2.1	22	88	7	69	57	0	4	38	1.18
17611313--17611856	46	11.8	46	91	0	811	22	25	14	37	1.92
17622634--17622673	16	2.3	18	87	12	57	17	50	7	25	1.72
17622917--17622958	12	3.7	11	81	12	50	0	19	2	78	0.86
17623614--17623700	3	28.3	3	77	9	86	31	6	1	60	1.30
17632871--17632995	42	3.0	42	76	14	123	26	18	28	27	1.98
17650280--17650341	24	2.5	25	76	10	65	54	4	4	35	1.43
17650792--17650867	11	6.8	11	68	14	57	65	1	5	27	1.22
17653754--17653778	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
17658665--17658985	179	1.8	177	93	3	558	37	9	14	38	1.78
17662452--17662478	13	2.1	13	100	0	54	25	22	0	51	1.48
17674781--17674821	22	1.9	22	95	5	75	9	39	26	24	1.86
17680397--17680436	15	2.6	16	84	15	57	22	2	0	75	0.93
17682399--17682488	27	3.3	27	79	0	99	34	16	28	20	1.94
17686000--17686171	31	5.5	31	84	6	206	27	25	16	29	1.97
17685999--17686171	62	2.8	62	85	3	233	28	25	16	29	1.97
17685993--17686171	93	1.9	93	88	0	268	27	25	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17686147--17686275	50	2.5	51	88	2	197	26	23	15	34	1.94
17690559--17690592	17	2.0	17	94	0	59	50	0	20	29	1.49
17690561--17690601	17	2.4	17	87	0	55	56	0	12	31	1.36
17690911--17690942	16	2.0	17	88	11	50	53	0	9	37	1.34
17692864--17692915	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
17694032--17694113	43	1.9	43	94	0	146	25	13	26	34	1.93
17694713--17694771	29	2.0	29	96	0	109	33	8	16	40	1.79
17700103--17700142	19	2.0	20	85	4	55	45	12	5	37	1.64
17701308--17701334	4	6.8	4	100	0	54	22	0	25	51	1.48
17707117--17707187	31	2.3	30	83	13	83	52	1	2	43	1.24
17707142--17707197	14	3.8	14	73	13	58	53	0	0	46	1.00
17707139--17707203	31	2.1	31	91	0	103	49	0	0	50	1.00
17708008--17708050	22	2.0	22	81	9	52	62	9	0	27	1.25
17709887--17709925	21	2.0	20	85	10	53	46	5	0	48	1.24
17709979--17710017	19	2.1	19	90	0	60	38	0	7	53	1.30
17711118--17711158	21	2.0	22	90	9	68	34	31	24	9	1.88
17711282--17711405	28	4.4	28	90	0	203	19	39	20	20	1.93
17712363--17712629	46	5.7	46	78	10	224	23	29	19	28	1.98
17712361--17712673	46	6.7	48	77	12	221	23	28	18	29	1.98
17712363--17712676	94	3.3	97	78	11	302	23	28	19	28	1.98
17712415--17712673	140	1.8	141	86	7	375	23	28	18	29	1.98
17714296--17714339	13	3.5	13	78	12	56	38	2	4	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17714990--17715035	23	1.9	23	82	8	56	41	17	23	17	1.90
17715936--17715994	31	1.9	31	82	6	75	22	23	5	49	1.70
17718680--17718740	32	2.0	29	87	9	86	57	1	4	36	1.30
17720491--17720522	14	2.2	15	94	5	57	34	6	12	46	1.67
17721501--17721532	6	5.2	6	92	7	55	37	0	62	0	0.95
17737760--17737856	19	5.2	19	69	20	71	46	21	0	31	1.52
17737768--17737868	27	3.7	27	78	15	118	46	21	0	31	1.52
17737756--17737885	55	2.4	53	89	5	190	47	20	0	31	1.51
17737831--17737885	15	3.5	15	76	18	51	47	20	0	32	1.50
17737802--17737885	18	4.6	18	70	24	68	47	20	0	32	1.50
17737819--17737889	7	8.8	9	77	22	54	46	19	0	33	1.50
17743173--17743228	20	2.8	20	83	2	67	33	19	42	3	1.69
17743327--17743357	7	4.4	7	95	0	53	35	12	0	51	1.40
17743547--17743794	42	5.9	42	87	1	183	28	21	21	28	1.99
17743636--17743838	42	4.8	42	95	1	336	22	23	22	32	1.98
17744851--17744878	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
17747745--17747908	88	1.9	88	88	0	247	39	20	15	25	1.91
17748116--17748427	43	7.3	43	78	6	278	32	22	19	25	1.97
17749186--17749214	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
17754768--17754825	27	2.1	27	87	0	80	32	18	10	37	1.85
17754804--17754884	27	3.0	27	81	3	110	29	9	22	38	1.86
17754847--17754921	38	2.0	38	86	5	107	33	10	16	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17754885--17755127	27	9.1	28	83	8	278	31	7	18	41	1.79
17754820--17754949	65	2.0	65	86	5	183	31	10	19	39	1.84
17754804--17755055	92	2.9	92	79	12	264	31	8	19	40	1.81
17754885--17755127	80	3.0	80	82	7	314	31	7	18	41	1.79
17754885--17755127	53	4.5	55	83	8	279	31	7	18	41	1.79
17756990--17757080	9	10.4	9	73	17	68	34	0	18	47	1.49
17758519--17758557	21	1.9	20	84	5	51	61	2	7	28	1.37
17758635--17758692	24	2.4	24	94	0	98	48	3	3	44	1.36
17759948--17759995	3	16.0	3	91	8	80	33	2	0	64	1.05
17763514--17763577	7	9.3	6	80	17	56	42	34	0	23	1.55
17763513--17763578	21	3.2	20	83	12	80	40	36	0	22	1.54
17763514--17763578	14	4.7	13	81	12	76	41	35	0	23	1.55
17763734--17763837	7	14.7	7	75	8	77	46	28	1	23	1.63
17763742--17763862	7	17.1	7	72	8	50	45	30	2	21	1.65
17763742--17763836	28	3.4	28	78	5	93	47	29	2	21	1.62
17764079--17764179	29	3.5	29	72	16	93	48	32	0	17	1.54
17764076--17764142	22	3.1	21	80	14	73	44	32	1	20	1.61
17764222--17764284	14	4.4	14	76	4	63	46	30	1	22	1.61
17764189--17764284	50	1.9	49	83	8	122	47	28	1	22	1.58
17764221--17764284	7	9.0	7	77	3	56	45	29	1	23	1.62
17764408--17764482	21	3.5	21	73	7	71	25	1	25	48	1.59
17764765--17765135	41	9.1	41	76	5	313	25	18	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17764765--17765135	82	4.5	82	84	1	422	25	18	23	32	1.97
17765447--17765492	22	2.1	22	84	8	58	73	2	10	13	1.17
17773767--17773805	20	2.0	20	84	0	51	66	10	5	17	1.39
17774847--17774933	10	7.8	11	69	16	63	75	0	1	22	0.86
17774848--17774921	13	6.2	12	76	10	71	78	0	0	21	0.75
17774863--17775113	10	22.0	11	67	21	53	66	3	3	26	1.24
17774953--17774991	13	2.7	14	88	11	53	66	0	0	33	0.92
17775462--17775491	15	2.1	15	93	6	53	60	6	6	26	1.47
17790250--17790307	30	1.9	31	89	3	91	53	0	0	46	1.00
17791108--17791150	22	2.0	22	81	9	52	62	9	0	27	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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