genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76077138--76077249	27	4.2	26	82	7	125	38	22	24	15	1.92
76079188--76079220	17	1.9	17	88	11	50	36	18	12	33	1.88
76091933--76092036	53	2.0	53	90	0	163	34	20	14	30	1.92
76096071--76096227	6	25.8	6	76	16	137	48	14	17	20	1.81
76096050--76096227	30	6.1	29	76	14	161	48	14	17	20	1.81
76096071--76096223	55	2.8	54	86	6	195	48	14	16	20	1.81
76096345--76096410	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
76096345--76096418	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
76096369--76096426	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
76096729--76096812	27	3.2	26	89	5	114	36	21	22	19	1.95
76097010--76097205	54	3.6	54	82	4	234	26	17	19	36	1.94
76097009--76097205	27	7.3	27	81	3	209	25	17	19	36	1.94
76097210--76097752	27	20.1	27	84	3	673	40	9	22	27	1.84
76104339--76104510	43	4.0	42	71	18	138	30	27	18	23	1.98
76104487--76104567	41	2.0	41	100	0	162	34	20	17	27	1.95
76108218--76108297	40	2.0	40	97	0	151	27	3	25	43	1.71
76112972--76113013	18	2.3	18	87	0	57	47	11	4	35	1.61
76113991--76114065	28	2.7	28	85	0	96	24	13	16	46	1.82
76115452--76115494	13	3.6	13	76	23	58	39	9	23	27	1.85
76115447--76115494	22	2.2	22	100	0	96	43	8	22	25	1.81
76118417--76118496	27	3.0	27	90	1	117	60	21	0	18	1.37
76122592--76122639	23	2.1	23	84	0	60	39	10	10	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76123168--76123192	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
76123962--76124047	28	3.1	28	100	0	172	36	17	13	32	1.89
76125165--76125225	26	2.3	26	88	0	95	37	13	16	32	1.87
76125165--76125239	26	2.9	25	86	5	89	37	10	20	32	1.87
76131819--76131876	16	3.4	16	70	25	55	37	5	5	51	1.46
76132051--76132089	21	2.0	20	85	10	53	41	0	7	51	1.31
76132359--76132415	22	2.5	24	78	18	68	49	1	3	45	1.29
76132582--76132674	44	2.1	46	87	4	136	34	25	6	33	1.82
76132656--76132710	16	3.4	16	82	0	65	32	25	5	36	1.79
76134439--76134646	99	2.1	99	95	0	371	32	39	14	12	1.85
76134482--76134689	99	2.1	98	81	8	226	34	38	13	13	1.85
76137155--76137180	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
76144399--76144431	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
76156856--76156927	35	2.0	37	86	5	103	11	6	23	58	1.56
76159830--76159896	27	2.5	27	85	4	82	38	19	26	14	1.91
76162318--76162404	39	2.2	39	97	0	165	26	27	24	21	1.99
76166178--76166229	28	1.9	27	84	7	70	38	21	1	38	1.64
76166187--76166242	28	2.0	28	82	6	69	39	17	1	41	1.60
76166388--76166564	57	3.1	57	86	3	239	27	20	7	44	1.78
76167947--76167984	18	2.1	18	85	9	51	23	7	18	50	1.73
76169933--76169976	20	2.3	19	85	11	63	54	0	2	43	1.12
76190492--76190552	32	1.9	32	100	0	122	37	24	6	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76196993--76197045	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
76197054--76197106	27	1.9	27	85	11	72	28	9	9	52	1.64
76198527--76198591	32	2.0	32	96	0	121	38	23	6	32	1.79
76198533--76198612	32	2.5	32	86	8	92	41	20	5	33	1.74
76201322--76201361	20	2.0	20	100	0	80	40	30	10	20	1.85
76201380--76201404	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
76247552--76247663	40	2.8	40	85	9	138	27	15	27	29	1.96
76249062--76249240	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	26	1.85
76251431--76252126	47	14.7	47	95	1	1216	32	8	30	29	1.87
76252244--76252322	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
76253538--76254167	40	15.8	40	90	0	974	23	21	29	25	1.99
76255893--76256071	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	26	1.85
76258259--76258767	47	10.7	47	93	2	799	32	8	29	29	1.86
76258280--76258767	239	2.1	237	92	3	804	32	7	29	29	1.86
76258886--76258964	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
76264828--76264891	19	3.3	19	70	12	67	37	1	26	34	1.66
76264845--76264906	20	3.2	20	68	13	65	35	3	25	35	1.72
76264828--76264906	39	2.0	39	100	0	158	35	2	26	35	1.70
76266338--76266403	24	2.8	24	84	9	82	36	18	19	25	1.94
76268584--76268698	31	3.8	31	89	2	171	29	24	15	30	1.96
76268724--76268813	42	2.1	42	95	0	162	34	18	14	32	1.91
76268961--76269030	25	2.8	25	91	4	106	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76269834--76270099	27	9.8	27	84	3	246	31	8	19	40	1.81
76269919--76270099	81	2.2	81	89	1	274	29	7	20	42	1.79
76269853--76270129	81	3.4	81	79	5	236	32	9	18	40	1.82
76270128--76270327	81	2.5	81	87	3	278	38	7	23	31	1.82
76270128--76270327	27	7.4	27	86	2	240	38	7	23	31	1.82
76272585--76272689	31	3.4	31	88	6	160	27	24	17	30	1.97
76272715--76272797	42	2.0	42	90	4	132	37	15	14	32	1.88
76272938--76273007	25	2.8	25	86	4	88	25	25	25	22	2.00
76276784--76277020	27	8.7	27	77	6	165	32	8	18	40	1.82
76276786--76277020	54	4.3	52	76	10	184	32	8	18	40	1.81
76276898--76277049	27	5.7	26	83	7	153	29	7	19	43	1.79
76276870--76277062	81	2.4	81	78	7	214	30	8	20	41	1.81
76277052--76277248	27	7.3	27	87	2	245	40	7	23	28	1.82
76277052--76277226	54	3.2	54	94	1	298	40	6	23	29	1.80
76281337--76281415	31	2.5	31	95	0	149	27	26	17	27	1.98
76281442--76281530	42	2.1	42	91	0	142	35	20	13	30	1.91
76281678--76281747	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
76281780--76281810	16	1.9	16	93	0	53	35	12	19	32	1.90
76282666--76282774	27	3.9	27	71	15	78	34	10	15	39	1.81
76282750--76282826	27	2.9	27	76	3	75	31	9	19	40	1.83
76282858--76282949	27	3.4	27	83	5	105	40	7	23	28	1.82
76288689--76288740	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76295782--76295949	40	4.2	40	89	0	203	23	21	29	25	1.99
76295729--76295949	80	2.8	79	82	3	237	24	21	28	25	1.99
76295807--76295986	79	2.3	80	80	5	197	25	20	28	25	1.99
76312659--76312696	10	3.8	10	85	0	58	76	0	2	21	0.91
76312658--76312696	20	1.9	20	94	5	69	76	0	2	20	0.90
76315610--76315643	11	3.1	11	95	0	59	73	5	2	17	1.16
76316550--76316593	14	3.3	13	79	17	54	65	0	22	11	1.24
76316575--76316609	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
76319950--76319996	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
76324403--76324449	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
76327591--76327637	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
76331183--76331225	10	3.7	11	80	20	52	72	2	6	18	1.19
76331190--76331220	13	2.5	12	94	5	53	83	0	3	12	0.75
76332486--76332532	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
76335577--76335622	20	2.3	20	84	0	65	30	34	13	21	1.91
76338517--76338570	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
76338517--76338590	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
76338517--76338581	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
76340407--76340460	27	1.9	27	85	7	72	68	7	9	14	1.38
76340542--76340572	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
76341234--76341267	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
76345809--76345872	26	2.4	26	84	5	74	35	25	10	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76345977--76346097	54	2.2	54	81	8	147	19	25	21	33	1.96
76345977--76346088	27	4.1	27	82	12	124	17	25	21	35	1.95
76353840--76353951	27	4.2	26	85	7	143	16	24	23	36	1.94
76353840--76353951	54	2.1	54	89	3	172	16	24	23	36	1.94
76359451--76359613	42	3.9	42	80	4	168	29	23	15	31	1.96
76364748--76364826	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
76364945--76365381	47	9.2	47	90	2	649	29	30	8	31	1.86
76364945--76365383	96	4.6	95	91	2	657	29	30	8	31	1.86
76364945--76365381	143	3.1	141	90	3	694	29	30	8	31	1.86
76370511--76371452	47	19.4	47	83	11	904	32	8	29	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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