genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20782480--20782524	10	4.4	10	81	13	56	68	4	0	26	1.08
20784437--20784601	70	2.4	70	81	5	156	29	23	13	33	1.93
20784870--20784915	23	2.0	23	91	0	74	36	6	19	36	1.78
20789881--20789915	17	2.1	17	88	0	52	45	14	20	20	1.85
20791130--20792260	564	2.0	563	90	0	1796	24	15	30	30	1.95
20794416--20794458	19	2.3	19	100	0	86	32	4	34	27	1.78
20797510--20797559	26	1.9	27	84	8	68	24	16	22	38	1.93
20799046--20799126	26	3.2	26	94	1	137	37	25	6	30	1.81
20801870--20802212	186	1.8	186	89	1	535	32	11	19	36	1.87
20806665--20806694	15	2.1	14	93	6	51	0	0	16	83	0.65
20806892--20807556	44	14.8	44	67	14	241	30	20	17	31	1.96
20806991--20807197	94	2.3	89	78	5	209	30	22	17	28	1.97
20807073--20807321	124	2.0	124	97	0	471	32	23	16	28	1.96
20807259--20807557	44	6.6	45	76	8	250	30	20	16	32	1.95
20807292--20807557	89	2.9	89	85	6	347	31	20	15	32	1.94
20819289--20819350	21	2.9	21	85	9	72	66	3	6	24	1.30
20819345--20819390	22	2.0	22	91	8	74	80	4	6	8	1.01
20821136--20821165	14	2.1	15	93	6	53	16	6	0	76	0.99
20826747--20826817	33	2.2	33	86	0	97	23	26	16	32	1.96
20826766--20826882	33	3.5	32	75	4	108	20	29	19	30	1.97
20836349--20836380	11	2.9	11	90	0	55	31	3	46	18	1.65
20840425--20840478	18	3.0	18	91	0	90	31	18	24	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20844237--20844370	23	5.4	25	69	23	79	53	1	3	41	1.28
20844246--20844360	37	3.1	37	73	12	135	53	0	4	40	1.26
20844239--20844398	75	2.1	75	80	2	196	53	1	5	40	1.31
20844901--20844944	21	2.1	21	83	8	54	59	2	0	38	1.10
20844895--20844945	20	2.5	21	72	15	52	56	3	0	39	1.18
20854629--20854719	43	2.1	44	85	2	121	49	2	10	37	1.50
20857339--20857624	81	3.3	89	74	11	268	32	15	24	27	1.95
20867593--20867620	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
20867637--20867675	19	2.1	19	85	9	53	38	0	2	58	1.12
20875706--20875814	54	2.0	54	100	0	218	38	16	20	24	1.92
20877550--20877610	31	2.0	31	100	0	122	45	19	9	24	1.80
20877688--20877776	46	1.9	46	90	0	142	48	14	6	30	1.70
20877842--20877886	15	3.2	15	69	18	51	57	15	0	26	1.38
20878471--20878537	34	1.9	35	90	3	109	34	10	11	43	1.76
20879882--20879951	27	2.6	27	77	8	70	50	20	2	27	1.62
20884207--20884237	6	5.2	6	92	0	53	70	16	12	0	1.16
20888795--20888835	19	2.2	20	86	8	59	75	21	2	0	0.92
20891531--20891624	46	2.0	47	95	4	172	30	21	28	19	1.97
20892727--20892766	13	3.2	13	80	19	50	25	25	0	50	1.50
20892714--20892754	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
20892878--20893011	39	3.4	38	73	12	92	28	26	20	25	1.99
20894550--20894602	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20894549--20894604	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
20904098--20904148	21	2.4	21	100	0	102	29	19	29	21	1.98
20910453--20910611	47	3.4	47	84	3	230	37	23	15	24	1.93
20911307--20911403	40	2.4	40	82	5	115	31	24	34	9	1.87
20911307--20911403	20	4.8	20	76	11	83	31	24	34	9	1.87
20915651--20915684	12	2.7	13	86	9	52	67	0	2	29	1.05
20915919--20915946	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
20916464--20916523	29	2.0	30	93	3	104	33	10	15	41	1.80
20917088--20917121	3	11.3	3	87	0	50	73	0	26	0	0.83
20917085--20917121	18	2.1	18	94	0	65	75	0	24	0	0.80
20924368--20924409	13	3.2	13	93	3	66	30	0	4	64	1.14
20924673--20924739	23	3.2	21	76	13	68	49	0	0	50	1.00
20925479--20925541	31	2.0	31	96	0	117	36	12	15	34	1.86
20927826--20927988	46	3.3	47	64	22	120	31	4	21	42	1.72
20927796--20927988	100	1.9	100	98	0	377	32	4	20	43	1.71
20938396--20938432	17	2.2	17	95	0	65	37	24	2	35	1.70
20940649--20940675	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
20950602--20950634	16	2.1	16	100	0	66	36	0	24	39	1.56
20952920--20952953	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
20954196--20954298	28	3.7	28	80	5	127	26	33	15	24	1.95
20954179--20954298	56	2.1	57	83	4	145	24	33	15	27	1.95
20954722--20954761	21	1.9	21	84	0	53	35	22	10	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20955199--20955247	24	2.0	24	100	0	98	20	38	4	36	1.72
20960117--20960196	39	2.1	39	95	0	142	38	10	16	35	1.82
20961536--20961589	28	2.0	28	85	3	74	44	3	1	50	1.30
20962941--20962997	18	3.1	18	82	10	62	40	1	0	57	1.09
20967122--20967213	45	2.0	43	82	15	107	31	14	9	44	1.77
20969954--20969991	20	2.0	20	89	5	60	52	15	7	23	1.69
20978585--20978816	48	4.8	48	81	4	252	25	30	18	26	1.98
20992909--20993032	8	16.0	8	69	25	81	39	0	1	58	1.08
20992968--20993034	5	13.4	5	100	0	134	40	0	0	59	0.97
20993035--20993064	9	3.3	9	95	0	51	73	10	10	6	1.25
20994615--20994788	45	3.9	45	94	0	303	19	18	20	40	1.91
20994984--20995138	18	8.6	18	75	7	109	34	12	16	37	1.86
20994972--20995147	36	4.9	36	70	6	115	35	11	15	38	1.83
20996737--20996974	48	5.0	48	82	2	255	25	29	18	26	1.98
21006172--21006218	22	2.1	22	100	0	94	38	25	4	31	1.75
21006304--21006416	57	2.0	58	89	3	176	29	17	6	46	1.72
21009135--21009181	24	2.0	24	100	0	94	25	0	31	42	1.55
21009142--21009193	24	2.4	22	84	12	63	26	0	28	44	1.55
21010023--21010112	40	2.3	39	83	10	114	37	32	15	14	1.88
21012025--21012068	23	1.9	23	100	0	88	25	38	4	31	1.76
21021011--21021045	14	2.5	14	100	0	70	48	20	14	17	1.81
21026027--21026104	24	3.2	25	85	5	106	25	19	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21026150--21026200	21	2.4	21	93	0	84	33	17	11	37	1.86
21026150--21026200	10	4.8	11	83	7	70	33	17	11	37	1.86
21034047--21034119	25	2.9	25	89	0	110	24	21	24	28	1.99
21039172--21039262	43	2.1	44	91	2	148	26	17	30	25	1.97
21039538--21039770	38	6.1	38	90	1	349	21	22	25	30	1.98
21039767--21039897	45	3.0	44	83	8	153	25	22	28	24	1.99
21040739--21040776	19	2.0	20	89	5	60	47	15	0	36	1.46
21050308--21050364	27	2.1	27	100	0	114	31	12	10	45	1.76
21053093--21053152	18	3.1	19	75	20	61	31	6	1	60	1.33
21065085--21065184	37	2.7	37	80	6	114	40	31	12	17	1.85
21067568--21067647	35	2.3	35	82	0	97	17	35	23	23	1.96
21074896--21075016	43	2.8	43	80	9	140	29	24	19	25	1.99
21081587--21082134	159	3.6	156	78	9	588	40	12	9	37	1.74
21081820--21082095	144	1.9	144	85	2	385	39	13	9	37	1.76
21083995--21084154	52	3.1	52	76	11	148	31	25	15	27	1.96
21088825--21088868	22	2.0	23	86	4	63	63	0	2	34	1.07
21090818--21090915	45	2.2	45	90	0	151	30	21	8	39	1.82
21092813--21092897	42	2.0	42	97	0	161	28	5	24	41	1.78
21092976--21093021	20	2.2	21	77	14	51	36	0	43	19	1.51
21092982--21093020	20	2.0	20	85	10	53	41	0	41	17	1.50
21099122--21099175	28	2.0	27	85	10	74	53	3	0	42	1.18
21099272--21099304	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21105885--21105939	17	3.3	17	73	17	53	43	0	0	56	0.99
21109884--21109921	14	2.7	14	88	8	51	18	15	0	65	1.27
21112344--21112426	22	3.8	22	73	0	76	16	14	10	57	1.64
21112821--21112862	22	2.0	22	86	13	61	30	4	9	54	1.53
21112857--21112891	17	2.0	18	88	5	54	31	8	0	60	1.27
21122477--21122513	3	12.3	3	88	0	56	62	0	5	32	1.18
21122672--21122708	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
21125181--21125307	52	2.4	52	98	0	245	25	15	14	43	1.86
21127916--21127960	9	4.8	9	86	10	63	33	22	11	33	1.89
21129093--21129303	105	2.0	105	90	0	332	36	17	27	18	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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