genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64123495--64123528	17	2.0	17	94	0	59	20	17	8	52	1.71
64130990--64131152	42	3.9	41	73	11	127	30	21	17	31	1.96
64137276--64137483	27	7.7	27	84	5	224	37	18	18	25	1.94
64137276--64137502	54	4.2	54	86	3	287	36	17	19	26	1.94
64137276--64137483	81	2.6	81	84	1	265	37	18	18	25	1.94
64142155--64142236	41	2.0	41	95	0	146	29	13	23	34	1.93
64146940--64147083	27	5.3	27	86	0	171	34	14	22	28	1.93
64146940--64147084	54	2.7	54	85	0	191	34	15	22	28	1.94
64147819--64147877	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
64149206--64149293	35	2.5	36	84	1	115	52	10	13	23	1.71
64149616--64149790	27	6.6	27	85	4	205	42	17	14	25	1.87
64159297--64159383	18	4.9	18	82	1	79	48	17	17	17	1.82
64159697--64159907	27	7.9	27	82	5	216	43	18	12	24	1.85
64162348--64163818	735	2.0	735	94	0	2559	40	21	18	19	1.92
64178584--64178645	30	2.1	30	87	0	88	43	3	22	30	1.69
64185825--64185857	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
64186143--64186416	46	6.0	46	89	0	352	21	22	14	40	1.90
64186347--64186874	273	1.9	273	96	0	966	28	25	17	28	1.97
64188266--64188356	47	1.9	47	93	0	155	20	27	9	41	1.84
64192220--64192244	13	1.9	13	100	0	50	32	24	32	12	1.91
64197590--64197877	27	10.7	26	77	9	213	40	20	9	29	1.85
64197590--64197877	81	3.6	80	76	6	253	40	20	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64197565--64197939	27	13.9	27	75	7	170	38	19	10	31	1.85
64199300--64199459	83	1.9	83	90	0	257	36	15	20	28	1.92
64201608--64201770	42	3.9	41	72	10	116	31	25	16	26	1.96
64213219--64213243	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
64215577--64215699	41	3.0	41	91	0	201	26	26	21	26	1.99
64215959--64216011	27	2.0	27	88	7	81	33	13	11	41	1.80
64215969--64216279	27	11.6	27	79	12	195	30	8	19	41	1.82
64215969--64216253	81	3.5	82	77	10	257	30	8	19	41	1.81
64216194--64216279	26	3.3	26	93	4	138	32	10	18	38	1.85
64216260--64216323	26	2.4	26	80	12	85	31	15	18	34	1.93
64218610--64218672	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
64230914--64231038	29	4.3	29	91	1	198	30	30	14	24	1.95
64231248--64231282	16	2.2	16	89	0	52	20	17	11	51	1.75
64237683--64237745	27	2.3	27	83	0	81	28	14	15	41	1.87
64239496--64239667	93	1.8	93	88	2	265	29	29	19	22	1.98
64239488--64239658	46	3.7	46	73	12	170	30	28	18	22	1.97
64241558--64242689	566	2.0	566	94	1	1991	33	12	18	36	1.88
64243418--64243588	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
64243422--64243593	46	3.7	46	79	13	208	21	22	28	27	1.99
64245645--64245768	46	2.7	46	94	0	212	20	22	28	28	1.99
64250537--64250711	46	3.8	46	74	15	162	29	27	19	23	1.98
64250544--64250716	93	1.9	93	87	2	258	28	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64255838--64255999	47	3.5	45	81	15	165	25	30	15	29	1.96
64263086--64263116	13	2.4	13	100	0	62	9	35	38	16	1.81
64264431--64264687	119	2.2	119	83	6	308	24	27	22	25	2.00
64264464--64264687	79	2.8	80	82	8	253	25	27	22	24	2.00
64264445--64264687	40	6.1	40	83	7	282	24	27	22	25	2.00
64280458--64280658	46	4.4	46	85	3	253	31	23	21	22	1.98
64280458--64280668	69	3.1	70	82	8	263	32	22	22	22	1.98
64280458--64280669	23	9.2	23	79	5	207	32	23	22	22	1.98
64283580--64283847	40	6.7	40	92	1	437	23	29	20	26	1.99
64283581--64283847	122	2.2	120	93	1	444	23	29	20	26	1.99
64287235--64287287	27	2.0	27	84	0	70	37	22	11	28	1.89
64287545--64287608	22	2.9	22	90	0	92	14	21	29	34	1.93
64294311--64294493	40	4.6	39	82	5	190	25	21	28	25	1.99
64294362--64294526	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
64302482--64302664	40	4.6	39	82	5	199	24	22	28	24	1.99
64302533--64302697	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
64309213--64309310	29	3.4	29	80	4	101	30	30	13	25	1.93
64313765--64313857	29	3.2	29	83	4	118	26	31	15	26	1.95
64316934--64317038	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
64316897--64317038	40	3.6	40	80	12	150	24	22	28	24	2.00
64316897--64317044	79	1.9	80	81	7	185	25	22	28	23	1.99
64317263--64317571	47	6.6	47	93	0	501	32	8	31	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64319547--64319725	40	4.5	40	94	0	304	24	21	28	25	1.99
64323722--64323863	40	3.6	40	77	12	132	25	23	26	24	2.00
64323772--64323863	39	2.3	39	85	5	123	23	23	27	25	2.00
64324088--64324396	47	6.6	47	93	0	519	32	8	31	28	1.87
64328831--64328865	18	2.0	18	88	5	54	65	5	0	28	1.15
64329846--64329957	29	3.9	29	80	3	120	27	32	14	25	1.95
64332733--64332851	46	2.6	46	85	7	154	32	21	25	21	1.97
64335375--64335559	49	3.9	48	78	8	173	29	20	26	23	1.99
64338757--64338939	27	6.7	27	79	3	116	31	6	18	43	1.75
64338816--64338939	54	2.3	55	83	6	146	29	4	16	50	1.63
64341268--64341721	47	9.6	47	95	1	791	29	29	8	32	1.86
64341268--64341721	96	4.8	94	96	1	791	29	29	8	32	1.86
64341268--64341721	143	3.2	141	94	2	791	29	29	8	32	1.86
64341946--64342127	40	4.6	39	78	6	170	25	26	20	26	1.99
64345978--64346243	40	6.7	40	92	0	388	27	28	20	24	1.99
64347631--64347800	47	3.6	47	94	3	304	30	28	6	34	1.82
64348025--64348206	40	4.6	40	75	9	149	26	26	20	26	1.99
64348025--64348156	40	3.3	39	83	5	158	27	26	20	25	1.99
64352541--64352605	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
64352750--64352828	41	1.9	41	92	0	131	27	29	20	22	1.98
64353088--64353250	27	6.0	27	75	11	102	31	9	17	41	1.81
64353179--64353238	26	2.3	26	85	8	77	28	3	20	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64353823--64353934	29	3.9	29	83	5	138	28	33	13	25	1.93
64353823--64353934	57	1.9	57	85	8	156	28	33	13	25	1.93
64354151--64354203	24	2.3	22	84	12	63	7	20	16	54	1.66
64356923--64357039	38	3.1	37	85	2	146	19	20	23	35	1.95
64360893--64360978	42	2.0	42	95	0	154	32	12	26	27	1.93
64361973--64362090	38	3.1	38	86	1	166	16	19	24	38	1.92
64361986--64362123	38	3.6	38	83	2	123	17	21	25	36	1.94
64363072--64363230	6	25.8	6	74	12	135	47	15	16	20	1.82
64363077--64363196	31	3.9	31	75	8	127	47	16	16	19	1.83
64363072--64363159	37	2.4	37	88	3	133	48	14	17	19	1.81
64363120--64363230	25	4.7	25	73	17	94	45	15	17	21	1.84
64363145--64363229	43	2.0	43	92	0	143	47	16	17	18	1.84
64363063--64363137	12	6.2	12	81	9	80	52	14	16	17	1.76
64363349--64363400	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
64363602--64363667	27	2.4	28	73	12	66	39	22	18	19	1.92
64363646--64363877	27	8.6	27	89	0	311	24	22	18	34	1.96
64363653--64363860	81	2.6	81	92	0	344	23	22	19	34	1.96
64363944--64364008	27	2.4	27	86	0	94	33	12	15	38	1.85
64363988--64364273	27	10.6	27	83	1	349	30	6	20	41	1.78
64364014--64364280	107	2.5	108	89	1	392	30	7	20	41	1.79
64363933--64364282	135	2.6	135	81	1	371	30	8	20	40	1.81
64366221--64366351	6	21.3	6	75	16	108	49	14	16	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64366242--64366351	19	5.9	18	72	17	84	49	14	17	19	1.80
64366242--64366351	31	3.5	31	76	14	127	49	14	17	19	1.80
64366287--64366351	25	2.6	25	90	0	103	47	13	16	21	1.82
64366221--64366301	43	1.9	42	85	7	110	51	14	16	17	1.76
64366242--64366342	37	2.7	37	81	4	123	48	14	17	18	1.81
64366570--64366621	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
64366868--64367115	27	9.2	27	81	5	232	25	20	17	35	1.95
64366868--64367115	54	4.6	54	81	1	273	25	20	17	35	1.95
64366870--64367117	81	3.1	80	84	2	316	25	20	17	36	1.94
64367097--64367431	27	12.7	27	78	6	235	31	8	21	39	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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