genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73298179--73298294	58	1.9	62	82	6	150	40	3	5	50	1.41
73298239--73298299	16	3.8	16	68	8	52	45	3	3	47	1.35
73300296--73300493	43	4.6	43	94	0	324	31	31	25	11	1.91
73300486--73300631	38	3.8	38	87	0	175	29	23	23	23	1.99
73300491--73300631	76	1.9	76	86	0	201	29	22	24	24	1.99
73304811--73304917	27	3.9	28	82	9	132	38	22	23	15	1.93
73304808--73304917	54	2.0	54	85	3	150	39	21	23	15	1.92
73306349--73306407	24	2.5	24	88	0	91	28	35	0	35	1.58
73310395--73310456	30	2.1	29	87	3	88	24	1	14	59	1.44
73310578--73310605	11	2.5	11	100	0	56	67	0	0	32	0.91
73311321--73311398	10	7.6	10	74	14	52	29	1	2	66	1.13
73311312--73311374	19	3.3	19	86	4	90	23	0	3	73	0.98
73312742--73312771	7	4.4	7	91	8	53	13	0	0	86	0.57
73312742--73312771	13	2.2	14	94	5	53	13	0	0	86	0.57
73315258--73315296	5	7.4	5	97	2	60	76	0	0	23	0.78
73319720--73319748	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
73323091--73323275	67	2.9	64	77	8	196	29	17	29	23	1.97
73326213--73326312	50	2.0	50	98	0	191	45	18	21	16	1.86
73327417--73327458	19	2.2	19	86	0	57	42	9	21	26	1.83
73333998--73334083	39	2.2	39	95	2	156	29	9	16	45	1.78
73337472--73337590	29	4.2	29	72	14	104	27	26	14	31	1.95
73341950--73342066	28	4.2	29	76	5	116	27	27	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73341952--73342062	57	2.0	56	87	5	161	26	27	15	30	1.96
73352071--73352113	22	2.0	22	86	9	61	27	30	27	13	1.95
73354052--73354139	46	1.9	46	90	0	140	27	28	17	27	1.97
73359765--73359833	33	2.1	33	100	0	138	39	5	30	24	1.79
73362761--73362807	3	15.7	3	95	0	85	31	2	0	65	1.04
73364906--73364951	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
73376190--73376251	32	1.9	32	100	0	124	29	6	27	37	1.82
73377711--73377763	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
73383905--73383969	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
73385449--73385501	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
73388618--73388675	28	2.1	28	100	0	116	25	27	20	25	1.99
73392572--73392617	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
73392579--73392628	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
73396121--73396202	26	3.2	26	94	0	146	32	7	25	34	1.84
73397293--73397441	76	2.0	76	97	0	280	25	21	22	30	1.99
73397446--73397495	22	2.3	22	100	0	100	30	16	32	22	1.95
73397468--73397875	47	8.5	47	88	4	582	31	12	29	26	1.93
73397468--73397875	98	4.2	96	90	3	626	31	12	29	26	1.93
73397685--73397759	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
73397468--73397875	145	2.8	142	88	4	622	31	12	29	26	1.93
73397849--73397938	46	2.0	46	88	0	135	34	7	30	27	1.85
73398080--73398266	37	5.0	37	94	0	311	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73410481--73410519	19	2.1	19	90	4	62	2	30	0	66	1.05
73410582--73410629	21	2.3	21	82	10	55	41	2	2	54	1.24
73414619--73414679	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
73421276--73421313	20	2.0	20	94	5	69	0	28	0	71	0.87
73421274--73421306	16	2.0	17	88	5	50	0	30	0	69	0.88
73424832--73424869	15	2.5	15	91	0	58	18	10	18	52	1.73
73433919--73433968	15	3.5	15	78	5	50	42	0	2	56	1.11
73435237--73435325	27	3.3	27	79	3	81	19	25	29	25	1.98
73441348--73441389	23	2.0	21	81	13	50	59	2	2	35	1.23
73443028--73443094	28	2.3	31	85	10	88	59	0	1	38	1.06
73445381--73445429	25	1.9	26	87	4	73	2	32	0	65	1.04
73451104--73451354	87	2.9	86	81	5	265	45	10	13	31	1.76
73463233--73463280	23	2.0	24	84	11	64	27	4	4	64	1.30
73468852--73468930	29	2.7	29	80	3	79	36	15	5	43	1.69
73468961--73469105	64	2.2	65	83	6	179	44	25	0	28	1.59
73469612--73469708	48	2.0	52	84	10	132	57	0	1	41	1.05
73485464--73485622	69	2.3	68	81	8	164	27	28	13	30	1.94
73485570--73485761	69	2.8	67	79	7	197	21	24	17	36	1.95
73485666--73485855	99	1.9	99	88	2	283	23	26	16	33	1.96
73485761--73486021	69	3.8	69	81	4	310	23	26	14	34	1.94
73485592--73485929	168	2.0	168	81	2	401	23	25	15	34	1.95
73485570--73485998	237	1.8	237	86	1	617	23	25	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73485765--73486021	138	1.9	138	86	1	372	23	26	15	34	1.94
73486326--73486517	96	2.0	96	96	0	357	27	21	18	32	1.97
73488481--73488550	30	2.3	30	90	0	113	58	10	4	27	1.49
73488538--73488621	13	6.3	13	72	15	73	51	14	2	32	1.55
73488569--73488609	9	4.3	9	82	11	55	56	12	0	31	1.36
73491734--73491771	19	2.0	19	85	10	51	26	2	0	71	1.00
73493451--73493615	86	1.9	86	85	2	224	42	16	6	35	1.73
73493660--73493706	18	2.5	19	82	6	60	63	0	2	34	1.06
73493667--73493728	19	3.3	19	76	13	56	59	0	3	37	1.13
73493948--73494048	47	2.1	47	80	10	109	29	3	2	63	1.27
73497515--73497596	30	2.8	30	94	1	148	30	0	6	63	1.19
73499058--73499101	13	3.5	13	75	12	56	40	0	4	54	1.21
73500066--73500103	19	2.0	19	100	0	76	36	5	31	26	1.79
73504900--73504926	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
73508550--73508602	27	2.0	27	96	3	99	26	11	0	62	1.29
73518828--73518876	16	3.1	16	81	0	62	51	0	0	48	1.00
73518920--73518968	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
73518958--73519028	38	1.9	37	86	11	101	56	2	2	38	1.29
73519379--73519433	27	2.0	27	92	0	92	25	23	20	30	1.98
73522330--73522368	11	3.4	12	82	10	55	28	28	7	35	1.85
73529213--73529246	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
73533883--73533921	15	2.5	15	83	8	51	48	10	0	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73534303--73534370	34	2.0	34	100	0	136	38	11	14	35	1.83
73534594--73534635	20	2.1	20	100	0	84	42	14	9	33	1.78
73543625--73543785	83	2.0	80	85	6	216	28	11	18	40	1.86
73544083--73544122	6	6.7	6	94	0	71	2	15	67	15	1.34
73553999--73554049	25	2.1	23	82	13	59	21	29	3	45	1.70
73555240--73555283	23	2.0	23	91	8	74	34	11	13	40	1.81
73556565--73556675	17	6.3	17	71	23	79	40	1	2	54	1.25
73556563--73556634	12	6.8	11	70	20	55	43	1	1	54	1.17
73556645--73556760	61	1.9	58	82	5	142	40	3	5	50	1.41
73558645--73558770	49	2.6	49	81	5	121	21	36	15	26	1.93
73559445--73559478	13	2.6	13	90	0	50	82	0	14	2	0.79
73566444--73566492	21	2.3	20	80	10	53	16	30	32	20	1.94
73573051--73573111	27	2.3	27	86	8	81	27	3	8	60	1.41
73575182--73575265	16	5.3	15	72	20	57	38	2	0	59	1.10
73577072--73577107	17	2.1	17	89	5	54	72	0	22	5	1.05
73579742--73579801	29	2.1	29	100	0	120	46	10	10	33	1.71
73579800--73579851	20	2.6	20	81	0	59	44	11	7	36	1.70
73581110--73581227	58	2.0	58	96	0	218	36	13	18	31	1.90
73582648--73582725	41	1.9	40	89	2	120	35	24	12	26	1.92
73582648--73582742	41	2.3	41	82	7	113	36	25	12	25	1.91
73595248--73595357	56	1.9	57	96	1	204	24	20	23	31	1.98
73602918--73602987	29	2.5	27	84	9	86	58	4	1	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73604072--73604114	13	3.2	13	78	18	52	23	0	6	69	1.12
73605332--73605376	20	2.2	20	80	7	56	62	2	0	35	1.08
73606766--73606815	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
73606786--73606844	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
73613267--73613419	68	2.2	68	82	5	175	25	6	24	43	1.78
73613294--73613426	68	1.9	69	86	4	189	24	4	25	45	1.72
73614606--73614648	20	2.1	21	86	4	61	27	0	4	67	1.10
73614738--73614772	17	2.1	16	89	5	52	77	0	2	20	0.90
73614760--73614944	86	2.1	87	84	3	232	34	11	9	44	1.73
73614893--73614999	55	1.9	55	90	0	169	37	9	6	46	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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