genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33041096--33041158	30	2.1	30	84	0	81	36	12	20	30	1.90
33042116--33042190	33	2.3	33	90	0	123	49	17	13	20	1.79
33045224--33045360	48	2.9	48	91	0	220	35	28	18	16	1.93
33050312--33050506	48	4.1	48	87	0	273	35	30	16	16	1.92
33050328--33050403	24	3.2	24	63	20	59	36	28	17	17	1.92
33058871--33059048	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33058872--33059027	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33058868--33059048	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33068274--33068326	6	8.7	6	78	2	52	35	18	15	30	1.92
33069144--33069199	26	2.1	27	83	9	80	53	14	14	17	1.73
33069151--33069202	26	2.0	26	96	0	95	48	15	13	23	1.80
33075551--33075618	34	2.0	34	91	0	109	45	27	2	23	1.67
33076110--33076163	20	2.7	20	100	0	108	11	31	42	14	1.81
33077304--33077459	42	3.7	42	81	5	154	32	23	14	29	1.94
33077304--33077459	84	1.9	84	83	2	206	32	23	14	29	1.94
33096643--33096732	46	2.0	46	88	4	137	62	10	3	24	1.42
33098343--33098441	36	2.8	36	90	3	155	25	30	13	31	1.93
33102332--33102362	14	2.2	14	100	0	62	48	0	0	51	1.00
33102439--33102469	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
33102481--33102541	18	3.3	18	76	17	61	42	6	0	50	1.28
33103440--33103503	27	2.2	29	78	10	69	26	3	7	62	1.38
33103647--33103685	19	2.1	19	90	0	60	23	20	10	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33107624--33107672	18	2.8	17	87	6	62	36	26	22	14	1.92
33108322--33108372	26	2.0	26	88	0	75	19	9	3	66	1.36
33109999--33110051	16	3.3	16	78	0	61	43	5	18	32	1.74
33113772--33113811	20	2.0	20	85	4	55	30	0	5	65	1.14
33113872--33113932	31	2.0	31	93	0	104	44	6	21	27	1.77
33118096--33118186	19	4.9	19	90	8	152	36	14	10	38	1.81
33118089--33118186	35	2.7	37	87	12	150	35	15	10	38	1.81
33118867--33118922	23	2.4	23	85	8	69	33	12	14	39	1.83
33119032--33119061	12	2.5	12	94	0	51	70	13	0	16	1.18
33119050--33119106	19	3.1	19	85	7	73	56	3	0	40	1.17
33119613--33119668	29	2.0	27	82	6	67	30	3	12	53	1.55
33120559--33120590	15	2.2	15	94	5	57	25	0	0	75	0.81
33139270--33139337	33	2.1	33	97	0	127	29	14	17	38	1.90
33143281--33143329	18	2.7	18	75	15	55	53	0	4	42	1.20
33145681--33145708	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
33146008--33146047	21	2.0	20	85	5	53	25	5	2	67	1.23
33147282--33147327	19	2.5	19	86	10	60	43	4	2	50	1.34
33147841--33147908	35	1.9	35	90	0	109	32	10	11	45	1.74
33162951--33163057	40	2.7	40	88	2	153	28	19	23	28	1.98
33163025--33163101	40	1.9	40	100	0	154	23	18	28	29	1.97
33171084--33171272	40	4.7	41	88	3	190	25	21	25	27	1.99
33175040--33175147	26	4.2	26	95	0	189	31	5	25	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33178545--33178782	117	2.0	118	82	4	284	46	9	15	28	1.77
33178870--33178963	46	2.1	45	80	13	104	61	4	7	26	1.41
33179007--33179048	22	1.9	22	85	9	59	64	7	0	28	1.20
33179160--33179204	22	2.1	22	87	4	65	57	0	4	37	1.19
33180606--33181608	44	22.7	44	68	8	212	31	20	21	27	1.98
33180597--33180848	133	1.9	133	90	1	407	31	21	20	26	1.98
33180608--33180902	133	2.2	133	83	2	333	31	21	21	25	1.98
33180695--33181243	177	3.1	177	86	0	740	31	20	21	26	1.98
33180829--33181607	44	17.6	45	70	6	338	30	19	21	27	1.98
33181218--33181480	134	2.0	133	79	5	289	30	19	20	29	1.97
33181268--33181615	89	3.9	87	73	9	254	30	19	21	28	1.98
33181632--33181671	20	2.0	20	100	0	80	45	15	5	35	1.68
33182205--33182553	3	113.3	3	66	17	67	28	9	2	59	1.42
33182202--33182287	20	4.2	20	69	14	57	29	6	0	63	1.20
33182234--33182286	23	2.3	23	83	0	61	35	7	0	56	1.28
33182501--33182554	22	2.5	21	82	5	72	29	9	0	61	1.27
33182750--33183018	125	2.2	125	79	6	287	30	14	18	36	1.90
33190240--33190313	37	2.0	37	97	0	139	44	8	8	39	1.64
33190413--33190621	104	2.0	103	88	3	312	21	16	11	49	1.78
33206088--33206135	24	2.0	24	100	0	96	29	16	20	33	1.95
33222854--33223063	39	5.3	39	93	2	325	24	28	22	25	2.00
33224739--33224916	27	6.6	27	82	5	198	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33224736--33224916	82	2.2	81	84	2	238	27	16	27	29	1.97
33232124--33232185	31	2.0	31	93	0	106	37	14	17	30	1.90
33232193--33232233	20	2.2	20	86	8	59	24	14	0	60	1.34
33236272--33236453	91	2.0	91	100	0	364	27	14	28	29	1.95
33242762--33242794	6	5.5	6	100	0	66	30	0	0	69	0.88
33244890--33244943	21	2.6	21	93	0	90	29	7	33	29	1.85
33248407--33248447	20	2.0	20	90	0	64	12	26	39	21	1.89
33262527--33262632	37	2.8	38	91	2	162	24	33	18	23	1.97
33262775--33263040	48	5.5	48	95	0	478	31	27	6	35	1.81
33266461--33266509	22	2.2	23	88	3	73	22	44	14	18	1.85
33268608--33268647	13	3.1	13	96	0	71	17	32	35	15	1.91
33274688--33274801	39	2.9	39	83	5	133	26	30	21	21	1.98
33274731--33274807	39	2.0	39	94	0	136	27	31	20	20	1.98
33281239--33281430	39	4.9	40	81	7	148	27	29	22	20	1.99
33281329--33281434	39	2.7	39	98	0	203	27	29	21	21	1.99
33284262--33284433	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
33284209--33284431	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
33284289--33284466	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
33294549--33294721	84	2.1	83	95	1	310	35	18	15	30	1.92
33297409--33297449	18	2.3	18	91	0	64	31	19	9	39	1.84
33297437--33297489	22	2.3	22	78	12	54	30	16	13	39	1.87
33299121--33299266	43	3.4	43	77	5	143	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33308224--33308249	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
33308674--33308716	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
33309438--33309592	43	3.6	42	73	16	122	31	24	18	25	1.97
33314027--33314108	40	2.0	40	100	0	164	23	21	18	36	1.95
33316473--33316595	42	2.9	42	81	0	129	43	18	17	19	1.88
33316751--33316959	43	4.9	43	76	9	160	40	24	13	21	1.90
33320104--33320244	72	2.0	72	84	2	185	41	21	17	19	1.90
33320440--33320469	15	2.0	15	93	0	51	36	13	3	46	1.60
33324655--33324731	29	2.6	29	85	2	100	25	14	29	29	1.95
33324684--33325010	173	1.9	174	92	0	557	29	14	24	31	1.94
33338381--33338458	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
33338411--33338737	173	1.9	174	91	0	539	30	14	23	31	1.94
33341277--33341404	35	3.6	35	84	1	130	42	32	8	16	1.78
33342694--33342873	35	5.1	35	82	6	204	35	4	29	30	1.77
33342694--33342866	70	2.5	70	87	3	233	36	4	28	30	1.76
33342694--33342909	70	3.1	70	85	1	227	35	4	29	30	1.78
33342810--33342908	35	2.8	35	81	0	117	33	5	31	30	1.79
33345725--33345803	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
33345922--33346287	47	7.7	47	92	1	579	28	29	8	32	1.87
33345922--33346266	143	2.4	143	93	0	577	28	29	8	33	1.87
33350115--33350346	40	5.8	40	89	0	365	25	26	20	26	1.99
33351810--33351843	12	2.8	12	100	0	68	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33353763--33353837	39	1.9	39	97	0	141	13	28	22	36	1.92
33353824--33353851	14	2.0	14	100	0	56	21	28	14	35	1.92
33353785--33353890	53	2.0	53	98	0	203	15	25	20	38	1.92
33353839--33353915	39	2.0	39	86	0	109	15	20	22	41	1.90
33358673--33358761	39	2.3	39	86	7	119	41	0	5	52	1.25
33360121--33361202	369	3.0	364	87	4	1520	39	13	21	25	1.90
33362838--33362953	57	2.0	57	81	8	135	46	16	16	20	1.84
33363638--33363684	25	1.9	24	87	12	69	51	8	19	21	1.73
33366992--33367039	25	1.9	25	86	0	69	27	25	12	35	1.92
33374424--33374647	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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