genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  172  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54586715--54586778	28	2.3	28	83	2	76	28	23	23	25	2.00
54586919--54586990	28	2.6	28	77	14	78	43	22	15	19	1.88
54589711--54589897	50	3.8	49	83	7	216	27	27	18	26	1.98
54589722--54589908	101	1.9	99	86	4	268	27	28	18	25	1.98
54593445--54593499	20	2.8	20	100	0	110	50	3	20	25	1.64
54598174--54598310	55	2.5	55	78	2	141	27	30	28	13	1.94
54603458--54603691	49	4.7	49	78	8	224	28	17	24	29	1.98
54610687--54610919	49	4.7	50	75	5	186	26	18	24	30	1.98
54620147--54620374	101	2.3	98	85	3	303	25	17	27	29	1.98
54620147--54620374	49	4.6	50	81	4	264	25	17	27	29	1.98
54630112--54630289	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
54630113--54630268	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
54630109--54630289	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
54653179--54653306	50	2.6	50	85	5	170	27	28	17	25	1.98
54653323--54653494	46	3.7	45	77	7	141	22	27	20	28	1.99
54661001--54661216	46	4.6	45	80	9	229	22	28	21	28	1.99
54660947--54661220	94	2.9	93	79	10	297	22	28	21	28	1.99
54661307--54661476	46	3.7	45	77	9	155	22	27	20	29	1.98
54661050--54661534	257	1.9	257	96	0	909	26	27	17	29	1.97
54663140--54663285	45	3.2	44	72	14	120	38	15	20	25	1.92
54663157--54663328	45	3.8	45	80	6	136	39	13	20	25	1.90
54663157--54663324	90	1.9	89	80	9	198	39	13	21	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54663700--54663733	17	2.0	17	88	0	50	35	0	5	58	1.22
54668548--54668717	43	4.0	43	73	11	143	28	15	24	32	1.95
54678448--54678545	51	1.9	51	93	0	169	25	16	26	31	1.96
54680607--54680869	46	5.7	46	72	16	220	22	20	28	28	1.98
54680599--54680864	93	2.9	93	93	1	444	22	20	29	27	1.99
54680650--54680817	47	3.6	47	76	13	202	21	20	29	28	1.98
54686348--54686426	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
54686870--54686894	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
54695579--54695828	47	5.3	47	92	0	401	28	30	8	32	1.87
54702380--54702486	51	2.1	52	86	8	148	20	15	32	30	1.94
54706496--54706547	20	2.6	20	96	0	95	21	34	32	11	1.89
54709499--54709722	47	4.8	47	80	8	226	26	19	30	23	1.98
54709504--54709719	93	2.3	93	82	9	253	26	19	29	24	1.98
54717037--54717208	46	3.7	46	82	7	172	28	19	27	23	1.99
54717036--54717303	47	5.7	48	80	8	234	27	19	27	24	1.99
54717087--54717303	93	2.3	94	82	10	248	28	19	27	24	1.99
54717041--54717303	140	1.9	141	80	10	315	28	19	27	24	1.99
54718269--54718323	28	2.0	28	88	0	83	20	18	36	25	1.94
54718271--54718330	28	2.1	28	84	0	75	18	21	38	21	1.94
54721699--54721744	19	2.4	19	96	0	83	47	19	8	23	1.77
54722328--54722357	14	2.1	14	100	0	60	16	16	33	33	1.92
54723239--54723382	51	2.9	48	87	4	198	26	20	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54731388--54731425	13	2.9	14	84	11	53	50	18	13	18	1.78
54739139--54739212	37	2.0	37	100	0	148	27	29	13	29	1.94
54740762--54740915	28	5.5	28	91	1	229	33	27	12	27	1.92
54745203--54745297	47	2.0	47	97	0	181	46	15	4	33	1.66
54751686--54751760	38	2.0	38	97	0	141	30	16	28	25	1.96
54764885--54764919	18	1.9	18	88	0	52	62	0	0	37	0.95
54771856--54772064	41	5.1	40	81	7	208	38	22	21	17	1.93
54771887--54772064	82	2.2	81	86	6	252	38	23	21	16	1.93
54772221--54772341	7	16.7	7	71	6	62	25	0	27	46	1.59
54772229--54772380	21	6.9	21	74	11	133	27	1	26	44	1.63
54772229--54772380	67	2.3	67	94	0	259	27	1	26	44	1.63
54772306--54772396	46	2.0	46	93	0	155	29	2	26	41	1.67
54772441--54772497	14	4.1	14	72	4	53	22	0	40	36	1.55
54772440--54772492	27	1.9	28	84	3	72	24	0	37	37	1.56
54772725--54773025	75	4.0	75	95	0	532	51	9	11	27	1.69
54773155--54773198	18	2.4	18	85	7	54	22	40	0	36	1.54
54777324--54777489	43	3.9	41	82	6	145	23	17	27	31	1.97
54777686--54777751	31	2.2	30	88	2	96	30	19	16	33	1.94
54779621--54779694	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
54787836--54787909	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
54790314--54790386	27	2.7	27	79	12	78	20	19	21	38	1.94
54790377--54790503	27	4.7	26	73	12	89	29	7	21	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54790400--54790522	27	4.5	27	78	9	106	31	9	19	39	1.84
54790380--54790503	54	2.3	52	85	2	149	29	7	20	41	1.79
54790535--54790626	27	3.4	27	86	0	121	39	9	23	27	1.86
54795324--54795391	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
54795213--54795714	174	2.9	174	96	0	932	31	24	14	29	1.95
54795498--54795565	29	2.3	29	82	5	84	29	29	13	27	1.94
54795667--54795745	29	2.7	30	80	13	101	29	31	15	24	1.95
54811882--54811949	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
54811913--54812239	145	2.3	145	97	0	609	30	25	14	29	1.95
54812196--54812274	29	2.7	30	80	13	101	29	31	15	24	1.95
54814722--54814762	22	1.9	21	85	5	55	48	4	4	41	1.46
54820390--54820715	40	8.2	40	94	0	555	27	26	23	22	2.00
54822130--54822157	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
54825500--54825687	49	3.8	49	80	8	227	29	24	19	26	1.98
54825510--54825692	100	1.8	100	92	0	312	30	24	19	25	1.98
54837720--54837813	25	3.8	25	72	10	75	25	19	24	30	1.98
54838999--54839092	25	3.8	25	75	8	84	24	21	24	29	1.99
54842959--54842999	11	3.8	11	78	18	50	48	34	0	17	1.47
54842959--54842999	21	2.0	20	90	4	64	48	34	0	17	1.47
54850158--54850893	365	2.0	365	95	0	1330	29	23	16	30	1.96
54863832--54863944	35	3.2	35	86	2	147	36	30	12	20	1.90
54863852--54863955	35	3.0	35	91	0	163	34	31	13	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54865336--54865371	16	2.3	16	85	4	56	47	13	0	38	1.44
54866207--54866373	72	2.3	72	85	4	221	30	15	25	28	1.96
54871116--54871192	38	2.0	38	92	0	127	35	18	18	28	1.94
54871485--54871522	19	2.1	19	85	5	51	78	2	2	15	0.97
54872956--54873014	21	2.9	20	82	5	82	22	38	1	37	1.64
54874836--54874984	42	3.5	42	80	6	149	32	14	22	29	1.94
54880255--54880306	20	2.6	21	82	11	74	11	26	30	30	1.92
54881577--54881748	90	1.9	90	85	0	236	27	27	19	25	1.99
54881752--54881844	48	1.9	48	82	4	116	26	23	22	26	2.00
54893251--54893353	28	3.9	27	81	13	133	18	2	33	45	1.64
54893303--54893365	23	2.7	23	97	0	117	15	3	34	46	1.62
54893307--54893385	23	3.4	23	89	3	97	12	2	35	49	1.54
54893556--54893600	22	2.0	23	95	4	83	17	17	22	42	1.89
54896157--54896263	27	4.0	27	81	3	119	33	17	16	31	1.93
54896161--54896316	80	2.0	80	82	7	192	36	19	15	28	1.92
54896217--54896319	27	3.9	27	81	1	100	39	19	14	26	1.90
54896467--54896520	28	2.0	28	85	3	74	12	20	22	44	1.85
54896528--54896573	23	2.0	23	82	0	56	17	17	23	41	1.90
54899082--54899227	41	3.5	40	78	6	134	22	28	19	29	1.98
54899162--54899285	43	2.9	43	86	3	162	21	27	21	29	1.99
54900753--54900782	15	2.0	15	93	0	51	10	16	0	73	1.09
54901978--54902118	60	2.4	59	83	9	171	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54904726--54904755	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
54909176--54909296	43	2.8	43	89	1	181	22	28	22	26	1.99
54911203--54911232	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
54911831--54911908	39	2.0	39	94	0	138	33	17	20	28	1.96
54915896--54916080	40	4.7	40	78	9	157	25	22	28	24	1.99
54926629--54926835	53	3.8	54	75	4	184	18	23	18	39	1.93
54928948--54929084	46	3.0	46	84	0	175	24	32	9	34	1.87
54929058--54929197	47	3.0	46	89	4	156	25	30	12	32	1.92
54929101--54929176	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
54939495--54939665	93	1.8	92	92	3	290	28	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295