genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92614290--92614325	17	2.2	16	95	5	63	77	8	5	8	1.11
92614376--92614639	3	89.0	3	68	21	123	62	0	7	29	1.27
92614392--92614564	61	2.8	59	76	17	147	64	0	4	30	1.13
92614376--92614585	26	7.9	26	71	21	111	62	0	6	30	1.23
92614406--92614614	54	3.8	54	73	17	137	63	0	6	29	1.22
92614571--92614637	26	2.5	28	79	16	79	61	2	8	26	1.41
92614397--92614626	127	1.8	128	82	6	297	63	0	6	29	1.26
92615487--92615517	16	1.9	16	93	0	53	80	0	16	3	0.83
92615892--92615933	17	2.5	17	88	3	68	11	4	45	38	1.62
92617348--92617383	18	1.9	19	88	5	56	41	2	2	52	1.30
92617467--92617505	9	4.3	9	83	0	51	30	5	12	51	1.62
92617467--92617505	18	2.2	18	95	0	69	30	5	12	51	1.62
92619341--92619370	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
92620253--92620343	45	2.0	45	97	2	175	45	4	13	37	1.63
92620910--92620962	16	3.3	16	80	15	65	30	1	1	66	1.13
92621264--92621326	20	3.4	18	79	20	69	49	0	1	49	1.10
92625638--92626144	194	2.7	185	86	7	667	26	13	22	37	1.91
92628623--92628682	27	2.2	27	93	0	102	26	11	6	55	1.60
92628637--92628696	27	2.2	27	90	0	93	26	13	10	50	1.73
92631568--92631621	25	2.2	25	96	0	99	40	12	11	35	1.79
92634175--92634337	52	3.1	52	87	0	218	31	26	15	25	1.95
92645312--92645351	20	2.0	20	95	0	71	45	17	10	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92662187--92662287	51	2.0	51	96	0	184	19	16	19	43	1.88
92665591--92665686	45	2.5	34	68	30	84	28	15	3	53	1.57
92671312--92671369	29	2.0	29	100	0	116	31	3	51	13	1.58
92673842--92673866	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
92673849--92673884	14	2.4	15	90	9	56	30	0	2	66	1.06
92675539--92675568	6	5.0	6	91	0	51	33	0	13	53	1.40
92677008--92677047	21	1.9	21	84	0	53	42	10	2	45	1.51
92685040--92685104	32	2.0	32	100	0	130	35	3	27	33	1.73
92687018--92687047	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
92690225--92690297	31	2.4	31	76	4	76	46	12	1	39	1.50
92691489--92691513	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
92692002--92692044	18	2.4	18	85	11	61	32	2	9	55	1.44
92693328--92693411	9	9.2	9	71	16	57	55	3	3	36	1.34
92693365--92693423	17	3.3	16	86	11	55	57	1	3	37	1.25
92693381--92693423	18	2.3	18	88	11	61	58	0	4	37	1.19
92693650--92693679	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
92709259--92709344	42	2.0	43	93	6	149	48	3	13	33	1.60
92709266--92709357	42	2.3	39	83	12	107	47	4	15	32	1.65
92709276--92709370	42	2.2	42	85	5	120	49	4	14	31	1.63
92725045--92725164	48	2.5	48	100	0	240	38	19	0	42	1.51
92726752--92726818	5	12.8	5	95	4	107	58	0	0	41	0.98
92728018--92728196	96	1.9	96	90	0	286	36	18	34	10	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92732028--92732135	24	4.5	24	86	0	117	23	13	26	36	1.92
92734606--92734763	51	3.1	51	92	0	253	32	17	22	27	1.96
92741661--92741718	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
92741762--92741795	18	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
92767205--92767239	13	2.9	12	88	12	54	82	0	0	17	0.66
92774337--92774361	10	2.5	10	100	0	50	40	0	0	60	0.97
92777857--92777894	12	3.2	12	88	7	51	10	7	10	71	1.32
92784744--92784770	12	2.2	12	100	0	54	77	0	0	22	0.76
92787498--92787684	37	4.8	38	87	7	236	29	21	12	36	1.90
92787498--92787645	37	4.0	37	91	0	242	29	20	12	37	1.90
92789399--92789437	16	2.4	17	86	8	62	66	0	2	30	1.05
92793373--92793431	14	4.1	14	78	4	55	35	1	6	55	1.36
92798737--92798776	13	3.0	13	85	3	53	27	0	2	70	1.01
92798760--92798797	20	1.9	20	89	10	60	21	2	5	71	1.19
92801516--92801585	31	2.3	31	90	5	106	28	11	5	54	1.59
92808149--92808262	60	1.9	60	90	3	185	35	19	12	32	1.89
92814279--92814317	17	2.3	17	90	0	69	20	7	5	66	1.36
92815992--92816046	27	2.0	27	100	0	110	41	18	14	25	1.88
92821117--92821168	15	3.5	15	76	7	54	61	0	0	38	0.96
92823082--92823150	26	2.7	25	88	4	93	60	7	4	27	1.42
92823441--92823473	16	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
92825414--92825440	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92829278--92829327	10	5.4	10	79	11	54	34	2	0	64	1.05
92835671--92835969	146	2.0	146	93	0	508	42	24	6	26	1.79
92842455--92842949	172	2.9	174	87	3	712	35	20	13	31	1.91
92843373--92843399	6	4.5	6	100	0	54	51	0	14	33	1.43
92843571--92843599	15	1.9	15	100	0	58	34	6	6	51	1.55
92845051--92845090	15	2.6	16	84	11	57	45	0	5	50	1.23
92845079--92845131	20	2.7	19	88	2	61	67	3	0	28	1.07
92845090--92845131	20	2.2	19	95	4	75	71	4	0	23	1.05
92846305--92846350	25	1.9	23	86	8	65	52	0	0	47	1.00
92854961--92855024	31	2.1	31	90	0	101	43	7	7	40	1.62
92858430--92858560	55	2.4	54	87	2	199	23	9	32	33	1.88
92860859--92860887	8	3.6	8	100	0	58	37	10	10	41	1.73
92861607--92861647	21	2.0	21	85	9	57	29	2	4	63	1.28
92861986--92862020	13	2.8	13	91	4	54	14	5	8	71	1.29
92865538--92865591	14	3.8	14	79	11	56	64	3	3	27	1.27
92870268--92870295	13	2.2	13	100	0	56	64	0	0	35	0.94
92880891--92881037	37	4.0	37	92	1	235	25	22	15	36	1.93
92881000--92881314	52	6.2	52	86	7	411	28	22	13	34	1.93
92881118--92881253	46	3.1	41	85	8	116	30	19	14	34	1.92
92880999--92881320	98	3.3	97	83	10	438	28	22	13	34	1.93
92885810--92885901	44	2.1	44	100	0	184	46	2	8	42	1.46
92888320--92888364	6	7.5	6	89	0	72	37	44	15	2	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92891667--92891719	4	13.2	4	100	0	106	50	24	0	24	1.49
92897240--92897276	18	2.1	18	100	0	74	32	0	21	45	1.52
92898303--92898355	15	3.7	15	74	23	51	62	3	5	28	1.35
92902733--92902776	21	2.0	22	82	4	54	63	4	0	31	1.14
92903099--92903196	3	32.3	3	81	6	117	63	4	1	31	1.20
92905018--92905147	55	2.4	56	88	5	194	36	15	15	32	1.89
92905140--92905538	89	4.6	87	79	10	433	34	18	17	29	1.94
92907278--92907332	19	2.9	19	81	13	60	3	14	5	76	1.10
92913752--92913795	21	2.0	22	82	4	54	63	4	0	31	1.14
92914103--92914159	23	2.4	23	85	8	71	59	7	1	31	1.34
92914083--92914161	29	3.0	25	82	12	72	56	7	3	31	1.45
92914106--92914179	3	24.3	3	75	8	69	62	5	1	31	1.26
92914747--92914789	21	2.0	21	86	0	59	16	2	0	81	0.79
92928093--92928138	21	2.2	20	85	11	58	34	10	19	34	1.87
92928985--92929025	17	2.3	17	87	8	55	31	0	2	65	1.05
92929224--92929274	21	2.3	21	74	12	50	31	5	0	62	1.19
92929306--92929347	19	2.2	19	87	8	59	33	7	0	59	1.25
92929827--92929865	17	2.3	17	86	0	51	28	0	7	64	1.21
92934242--92934273	2	16.0	2	93	0	55	50	3	46	0	1.17
92939861--92939887	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
92939863--92939895	14	2.4	14	90	5	50	39	3	3	54	1.31
92947000--92947025	4	6.5	4	100	0	52	26	23	0	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92949654--92949678	8	3.1	8	100	0	50	52	0	12	36	1.39
92950500--92950549	25	2.1	25	85	10	70	50	0	8	42	1.32
92952580--92952614	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
92957281--92957387	39	2.7	39	92	0	169	38	22	25	14	1.91
92957299--92957363	21	3.2	21	74	12	82	40	21	26	12	1.88
92965328--92965406	36	2.2	36	90	0	122	44	20	7	27	1.78
92965716--92965859	34	4.3	34	85	2	148	35	34	11	18	1.87
92965747--92965890	33	4.3	33	90	0	162	37	32	9	20	1.85
92965708--92965859	68	2.2	68	80	4	173	35	35	10	18	1.85
92967844--92967874	13	2.4	13	94	0	53	22	22	6	48	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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