genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19399732--19399897	81	2.0	81	89	0	251	32	15	21	30	1.95
19406976--19407022	23	2.1	22	92	7	78	63	0	6	29	1.19
19411841--19411950	9	11.6	9	71	12	69	33	0	4	60	1.23
19411863--19411918	26	2.1	27	83	3	69	39	0	1	58	1.08
19411868--19411949	19	4.3	19	75	10	71	35	0	4	59	1.19
19411863--19411929	28	2.4	28	85	9	75	37	0	1	61	1.05
19414006--19414037	12	2.6	13	85	14	50	0	50	3	46	1.17
19419035--19419088	17	3.1	17	76	10	56	53	0	3	42	1.18
19421506--19421555	12	4.2	12	86	0	64	6	40	6	48	1.52
19421497--19421555	18	3.3	18	80	4	66	8	40	5	45	1.56
19430916--19431059	73	2.0	73	94	0	252	31	9	17	42	1.80
19432948--19433039	44	2.1	44	89	0	139	34	25	19	20	1.96
19440292--19440345	26	2.1	26	89	0	81	27	37	14	20	1.92
19440318--19440462	48	3.0	48	86	5	195	26	29	17	26	1.98
19442159--19442191	17	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
19443839--19443872	11	3.2	10	88	12	50	29	0	0	70	0.87
19445491--19445628	40	3.5	40	80	2	152	32	11	19	36	1.88
19445593--19445822	79	2.9	78	85	3	311	33	15	21	30	1.94
19448564--19448652	25	3.6	25	89	0	133	20	26	15	37	1.93
19448557--19448652	50	1.9	50	91	0	156	19	27	16	36	1.93
19461169--19461278	49	2.2	49	85	6	143	23	29	13	33	1.93
19462255--19462296	20	2.0	22	90	9	70	40	16	0	42	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19463927--19463970	15	3.0	15	86	3	63	31	9	0	59	1.29
19463924--19463985	29	2.1	30	82	8	74	29	9	0	61	1.28
19465378--19465429	20	2.6	19	79	14	52	36	0	0	63	0.95
19465555--19465598	15	2.8	17	80	16	58	56	4	0	38	1.20
19466130--19466161	16	2.0	16	100	0	64	18	12	18	50	1.78
19469986--19470833	81	10.5	80	85	5	422	35	15	23	25	1.94
19469980--19470833	162	5.3	160	86	3	923	35	15	23	25	1.94
19469980--19470833	243	3.5	242	86	4	1078	35	15	23	25	1.94
19473535--19473594	27	2.3	26	77	5	68	51	0	10	38	1.35
19487920--19487962	13	3.4	13	77	6	52	23	0	0	76	0.78
19487935--19487978	19	2.2	20	84	4	54	27	0	0	72	0.85
19487935--19487977	20	2.2	20	83	8	52	25	0	0	74	0.82
19487866--19488128	138	1.9	136	80	6	307	28	9	5	56	1.55
19507890--19508036	52	2.8	51	78	10	154	27	17	24	30	1.97
19508851--19508903	20	2.7	20	84	0	70	18	30	32	18	1.96
19510119--19510143	12	2.1	12	100	0	50	16	8	8	68	1.38
19511495--19511703	39	5.2	39	80	7	179	59	6	8	25	1.51
19511469--19511680	39	5.1	42	81	7	174	59	6	8	25	1.50
19513438--19513504	21	3.0	22	89	6	75	31	19	5	43	1.75
19513451--19513504	21	2.6	21	96	0	99	33	22	3	40	1.71
19515312--19515361	25	2.0	25	84	7	66	44	6	26	24	1.76
19515293--19515769	236	2.0	237	95	0	866	35	18	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19516569--19516627	30	2.0	30	100	0	118	35	23	13	27	1.92
19518641--19518665	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19524362--19524419	20	2.8	21	75	12	66	56	5	1	36	1.32
19524673--19524733	28	2.1	29	90	3	97	31	1	9	57	1.41
19526562--19526614	26	2.0	26	100	0	106	43	15	18	22	1.87
19528025--19528069	22	2.0	22	82	0	54	35	11	17	35	1.86
19532690--19532718	9	3.3	9	90	9	51	89	0	0	10	0.48
19532686--19532720	15	2.3	15	90	9	54	85	0	0	14	0.59
19532686--19532718	8	4.2	8	84	7	50	87	0	0	12	0.53
19534043--19534077	14	2.4	15	85	9	54	0	20	14	65	1.26
19534569--19535069	94	5.3	93	78	2	403	30	18	17	33	1.95
19534819--19535390	232	2.5	233	81	4	613	28	20	17	33	1.95
19534911--19535347	44	9.5	44	66	14	168	29	20	17	33	1.95
19534911--19535209	138	2.2	138	81	6	347	29	20	17	32	1.95
19535051--19535261	94	2.2	94	82	5	264	27	20	18	34	1.96
19535807--19535854	24	2.0	24	100	0	96	33	8	8	50	1.63
19537978--19538122	53	2.7	53	79	6	132	22	24	17	35	1.95
19544365--19544423	27	2.2	27	96	0	109	16	20	33	28	1.95
19553096--19553189	25	3.7	25	67	13	66	50	7	7	35	1.59
19553072--19553177	51	2.1	51	98	0	203	48	9	4	37	1.57
19553482--19553703	111	2.0	111	100	0	444	39	15	11	33	1.83
19563824--19563970	43	3.4	43	80	5	154	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19567489--19567554	30	2.2	30	86	0	87	24	10	31	33	1.89
19568564--19568628	15	4.1	15	74	18	60	53	1	1	43	1.19
19568559--19568632	16	4.6	17	73	20	61	54	1	2	41	1.23
19575974--19576027	23	2.3	24	78	9	58	53	3	0	42	1.18
19579367--19579575	96	2.2	97	82	7	255	39	1	17	41	1.61
19579659--19580196	126	4.3	126	91	1	837	33	17	21	27	1.96
19583213--19583824	116	5.3	116	93	1	1005	47	8	3	40	1.52
19584868--19584893	7	3.7	7	100	0	52	61	11	0	26	1.30
19584860--19584893	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
19585998--19586029	15	2.1	15	94	0	55	71	0	6	21	1.07
19586042--19586104	20	3.0	22	83	6	67	42	0	28	28	1.56
19586055--19586105	20	2.5	20	90	6	75	41	0	29	29	1.57
19586055--19586118	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
19593974--19594006	16	2.1	16	94	0	57	27	24	30	18	1.98
19595946--19595987	21	2.0	21	90	4	68	16	0	2	80	0.81
19595953--19595999	20	2.3	21	88	3	69	23	0	0	76	0.78
19595953--19595999	21	2.3	21	88	3	69	23	0	0	76	0.78
19596522--19596581	25	2.5	23	76	12	57	15	5	3	76	1.08
19596525--19596582	32	1.9	30	86	10	82	12	5	3	79	1.02
19598563--19598587	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
19599049--19599120	28	2.6	28	80	4	83	16	16	20	45	1.85
19599057--19599137	28	2.9	28	80	7	67	19	19	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19603966--19604006	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
19608135--19608204	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
19608135--19608232	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
19610168--19610416	41	6.1	41	85	8	312	34	23	22	18	1.96
19610485--19610519	17	2.0	18	94	5	63	51	28	0	20	1.47
19615315--19615361	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
19615625--19615709	43	2.0	43	92	0	143	27	15	30	27	1.96
19615725--19615828	43	2.4	43	85	0	136	21	20	26	31	1.98
19615631--19615809	99	1.8	99	83	2	243	25	17	29	27	1.97
19616499--19616525	12	2.2	12	100	0	54	0	7	0	92	0.38
19623829--19623960	40	3.3	40	85	0	174	25	26	15	32	1.96
19624636--19624670	17	2.0	18	88	5	54	42	37	2	17	1.64
19637700--19637753	22	2.5	23	88	8	78	16	0	35	48	1.47
19637724--19637762	15	2.6	16	88	12	64	12	0	35	51	1.40
19637859--19637927	19	3.8	19	83	14	92	30	1	23	44	1.62
19645455--19645489	2	17.5	2	87	0	52	42	5	0	51	1.25
19646181--19646213	7	4.7	7	92	0	57	57	12	0	30	1.35
19647192--19647325	48	2.8	46	85	7	162	52	5	8	32	1.57
19647459--19647533	11	6.9	11	76	3	71	40	2	17	40	1.64
19651445--19651547	24	4.2	24	84	8	104	25	22	17	34	1.95
19651445--19651535	24	3.7	24	86	5	112	27	20	17	34	1.95
19651528--19651573	23	1.9	25	86	8	69	28	19	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19669372--19669405	16	2.1	17	88	5	52	50	0	5	44	1.26
19669751--19669785	16	2.1	17	89	5	54	48	0	5	45	1.26
19669372--19670130	380	2.0	380	100	0	1518	43	9	11	35	1.73
19670284--19670327	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
19670362--19670386	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19670853--19670956	20	5.2	20	73	0	82	40	16	5	37	1.72
19670850--19670956	40	2.7	40	85	2	135	41	15	5	37	1.71
19671023--19671220	20	9.9	20	72	4	132	41	16	5	36	1.70
19671023--19671184	40	4.1	39	79	10	168	41	17	4	35	1.71
19671049--19671218	80	2.1	79	79	5	180	42	17	5	35	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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