genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25036880--25036957	12	7.0	11	78	5	61	34	3	0	61	1.14
25039320--25039417	10	9.4	10	80	16	110	33	27	0	38	1.57
25039321--25039417	32	3.0	32	95	3	169	34	26	0	39	1.57
25039566--25039662	47	2.0	48	90	2	151	34	6	3	56	1.40
25039653--25039677	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25040613--25040658	7	6.6	7	94	0	83	30	0	10	58	1.32
25041271--25041305	18	1.9	18	94	0	61	28	28	2	40	1.71
25041455--25041499	24	2.0	23	86	8	65	28	33	20	17	1.95
25041742--25041839	26	3.6	27	70	17	85	34	3	5	57	1.36
25041724--25041861	56	2.5	56	92	0	231	39	2	7	51	1.42
25047826--25047933	26	4.2	26	93	0	189	35	24	8	32	1.85
25048488--25048551	26	2.4	25	90	10	101	39	15	1	43	1.56
25048567--25048615	22	2.2	22	88	0	71	51	32	0	16	1.45
25048605--25048640	6	6.3	6	87	12	58	36	47	0	16	1.47
25065543--25065625	41	2.0	41	86	4	114	28	19	18	33	1.95
25065648--25066005	51	7.4	48	71	15	215	30	17	17	34	1.93
25065501--25066096	44	12.9	45	71	11	303	30	17	17	34	1.93
25065584--25066053	96	4.9	96	84	1	561	30	17	17	34	1.93
25065584--25066053	191	2.5	191	85	2	604	30	17	17	34	1.93
25069002--25069066	33	2.0	33	93	0	112	32	13	20	33	1.91
25079553--25079597	7	6.6	7	92	5	65	20	0	8	71	1.12
25080635--25080684	13	4.1	12	85	10	57	60	4	0	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25080650--25080684	11	3.1	11	84	8	52	62	0	0	37	0.95
25081566--25081624	21	2.9	21	82	10	68	38	1	6	52	1.38
25081650--25081710	24	2.5	24	89	2	95	40	3	21	34	1.69
25088956--25089042	42	2.1	42	93	0	147	13	5	47	33	1.67
25089076--25089600	96	5.4	96	79	4	462	23	4	47	24	1.70
25089076--25089600	48	10.8	48	78	7	327	23	4	47	24	1.70
25089076--25089603	144	3.6	144	82	2	464	23	4	47	24	1.70
25089371--25089675	75	4.1	75	70	6	231	23	4	47	24	1.70
25089515--25089609	24	3.7	26	66	18	74	23	5	49	22	1.70
25089596--25091191	48	33.3	48	78	2	1484	20	4	49	25	1.67
25089685--25089771	27	3.5	26	68	18	67	24	3	43	28	1.70
25089760--25089843	21	3.7	21	68	17	60	16	3	55	23	1.56
25090862--25090945	21	3.7	21	71	17	69	16	1	58	23	1.45
25090835--25090921	27	3.5	26	71	18	76	18	3	51	26	1.62
25090856--25090929	21	3.1	24	69	21	73	20	2	54	22	1.57
25090862--25090942	24	3.4	24	64	24	62	16	1	58	24	1.46
25091006--25091089	21	3.7	21	69	17	69	14	3	58	23	1.52
25090979--25091065	27	3.5	26	71	18	76	18	4	51	25	1.65
25097149--25097631	43	11.2	43	72	10	342	21	22	20	34	1.96
25097146--25097833	87	7.8	87	75	11	547	21	22	20	34	1.96
25097149--25097833	130	5.2	130	77	7	696	21	23	20	34	1.96
25097639--25097797	44	3.6	44	73	6	153	20	22	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25097449--25097821	187	2.0	189	94	1	660	20	24	20	34	1.97
25097683--25097833	43	3.5	43	71	5	151	21	21	21	35	1.96
25097917--25098040	64	1.9	64	93	0	212	37	12	17	32	1.87
25099828--25099862	9	3.8	9	88	3	52	8	0	2	88	0.61
25100148--25100195	21	2.2	21	92	3	78	37	16	12	33	1.86
25105417--25105482	3	21.7	3	90	3	105	34	3	0	62	1.11
25105727--25105780	3	18.0	3	81	14	67	31	0	1	66	1.02
25105896--25105965	11	6.6	11	71	14	58	34	4	7	54	1.47
25105904--25105965	20	3.0	22	86	6	76	33	3	6	56	1.41
25105896--25105961	31	2.2	31	81	8	73	33	4	7	54	1.49
25106013--25106043	16	1.9	16	93	0	53	35	3	9	51	1.51
25106336--25106396	30	2.0	29	81	12	70	31	11	4	52	1.58
25106630--25106663	14	2.4	14	95	0	59	20	14	5	58	1.57
25111360--25111420	30	2.1	29	87	9	88	32	1	8	57	1.38
25111451--25111495	23	2.0	23	86	0	63	26	15	15	42	1.87
25114205--25114256	26	2.0	26	92	0	86	44	1	1	51	1.23
25114231--25114282	21	2.4	22	87	6	79	40	1	3	53	1.30
25114205--25114335	53	2.6	51	79	10	137	41	3	2	51	1.32
25120293--25120400	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
25137525--25137563	20	2.0	20	85	10	53	43	5	12	38	1.65
25138779--25138829	25	2.1	24	89	10	77	33	0	9	56	1.32
25138883--25138921	21	2.0	21	90	10	64	46	0	20	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25139709--25139744	16	2.2	17	90	5	56	25	0	13	61	1.33
25142632--25142826	65	3.0	64	90	0	300	22	18	9	50	1.75
25143349--25143451	45	2.4	45	84	7	126	25	17	27	30	1.97
25150069--25150147	25	3.3	25	79	16	112	34	17	7	40	1.78
25150393--25150426	17	2.0	17	94	0	59	38	0	2	58	1.13
25150513--25150667	18	9.0	17	65	22	74	42	1	1	54	1.19
25150559--25150601	22	1.9	23	85	4	61	37	0	2	60	1.10
25150271--25150697	120	3.5	120	94	1	739	41	1	3	53	1.27
25150271--25150809	120	4.5	116	87	7	588	42	2	3	51	1.31
25150271--25150809	240	2.2	237	86	7	730	42	2	3	51	1.31
25150753--25150787	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25150753--25150807	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
25151023--25151091	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
25151023--25151091	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
25156089--25156121	3	11.0	3	93	0	57	30	0	3	66	1.06
25156261--25156322	26	2.4	25	81	8	61	24	6	4	64	1.37
25161396--25161503	40	2.7	40	79	1	119	43	27	14	13	1.84
25171887--25172101	47	4.6	47	92	0	349	28	30	8	33	1.86
25172326--25172417	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
25172307--25172467	40	4.1	40	79	10	170	24	27	22	25	2.00
25194900--25194976	40	1.9	40	81	0	91	38	28	14	18	1.89
25197775--25197830	20	2.7	21	83	10	71	35	0	7	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25197780--25197830	21	2.5	20	87	6	68	37	0	5	56	1.23
25197818--25197856	11	3.5	11	85	0	60	30	2	0	66	1.05
25199993--25200164	46	3.7	46	89	1	238	41	13	23	22	1.89
25208925--25209013	40	2.3	38	80	7	99	38	35	12	13	1.82
25219980--25220012	17	1.9	17	93	0	57	12	6	6	75	1.16
25229265--25229331	6	12.8	5	77	17	50	76	0	4	19	0.96
25229285--25229336	6	8.8	6	81	12	63	78	0	3	17	0.89
25229265--25229332	12	5.9	11	79	8	66	76	0	4	19	0.95
25229285--25229336	23	2.2	23	86	10	70	78	0	3	17	0.89
25239649--25239702	27	2.0	27	96	0	99	51	5	11	31	1.60
25245147--25245186	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
25249402--25249538	50	2.8	50	84	5	165	30	25	15	28	1.96
25252725--25252839	27	4.3	27	87	3	151	20	21	21	36	1.95
25256910--25256986	27	2.9	28	82	7	97	22	23	18	36	1.95
25257962--25257994	16	2.1	16	100	0	66	36	18	12	33	1.88
25276045--25276081	19	1.9	19	94	0	65	16	10	0	72	1.10
25276118--25276164	23	2.0	23	95	0	85	27	4	23	44	1.72
25277037--25277076	20	2.0	20	90	0	62	20	5	0	75	0.99
25278687--25278720	13	2.6	13	90	0	50	14	32	35	17	1.91
25287693--25287770	25	3.1	25	78	12	88	20	16	26	35	1.94
25290717--25290754	14	2.7	14	84	8	51	42	0	0	57	0.98
25294366--25294416	11	4.5	11	76	16	50	35	7	0	56	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25295275--25295300	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
25296878--25296915	6	6.3	6	87	0	58	15	34	15	34	1.90
25296878--25296927	18	2.8	18	84	0	64	20	32	12	36	1.89
25296881--25296930	12	4.2	12	84	0	64	22	32	10	36	1.87
25298781--25298824	20	2.2	20	84	8	54	47	4	2	45	1.35
25299659--25299707	21	2.4	21	81	15	59	28	0	6	65	1.16
25301055--25301226	93	1.8	93	92	2	292	28	30	19	21	1.98
25301048--25301223	46	3.8	46	76	15	200	29	30	19	21	1.97
25309134--25309188	3	17.7	3	79	3	56	60	1	9	29	1.38
25316300--25316337	17	2.3	17	86	4	51	63	2	0	34	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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