genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83765621--83765712	11	9.2	9	71	24	53	32	3	3	60	1.29
83765634--83765709	34	2.2	36	79	9	86	35	1	3	59	1.24
83765662--83765786	44	2.8	45	81	11	134	36	2	3	58	1.27
83765776--83765812	16	2.2	17	90	4	58	24	0	24	51	1.49
83765958--83766018	29	2.1	29	87	6	88	34	4	6	54	1.48
83769646--83769698	14	3.8	14	76	0	61	13	0	37	49	1.42
83770126--83770161	17	2.1	17	100	0	72	36	11	25	27	1.90
83772711--83772735	12	2.1	12	100	0	50	20	8	16	56	1.65
83775269--83775314	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
83775281--83775324	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
83778070--83778141	34	2.1	35	82	7	85	22	26	9	41	1.84
83779210--83779335	60	2.1	60	83	5	157	28	25	16	29	1.97
83779328--83779383	19	2.8	20	79	12	62	33	25	16	25	1.95
83784984--83785168	91	2.0	91	96	0	343	47	8	8	36	1.63
83797243--83797546	23	13.2	23	86	6	340	23	19	26	31	1.98
83797243--83797524	46	6.1	46	86	6	385	23	19	26	30	1.98
83797254--83797546	69	4.2	69	87	5	405	22	19	26	31	1.98
83801576--83801879	69	4.4	69	89	2	441	23	19	25	30	1.98
83801576--83801879	23	13.2	23	84	5	373	23	19	25	30	1.98
83808045--83808152	6	20.8	5	69	25	50	76	0	3	18	0.98
83808065--83808153	12	7.2	12	80	8	90	78	1	3	16	0.94
83808070--83808153	37	2.3	37	87	4	116	79	1	2	16	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83808087--83808153	19	3.1	22	84	16	72	80	0	1	17	0.79
83811645--83811827	40	4.6	40	95	0	312	21	28	22	27	1.99
83825396--83825621	40	5.7	40	90	4	298	25	21	26	26	2.00
83825396--83825654	120	2.2	120	82	7	296	26	21	26	26	1.99
83827423--83827466	22	2.0	22	86	0	61	38	0	4	56	1.20
83839892--83839964	29	2.5	28	86	10	103	27	15	30	27	1.96
83839922--83840248	173	1.9	174	94	0	575	30	14	23	30	1.95
83847696--83847773	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
83847726--83848227	174	2.9	174	95	0	914	29	14	24	31	1.94
83852197--83852256	31	1.9	31	89	0	93	26	23	16	33	1.96
83852467--83852599	26	5.3	26	84	3	157	27	21	20	30	1.98
83852444--83852599	52	3.1	50	82	6	163	27	21	19	30	1.98
83852651--83852726	11	7.5	11	66	16	56	31	18	10	39	1.85
83852651--83852735	40	2.1	40	93	4	145	32	18	9	38	1.83
83852651--83852727	20	3.8	20	91	0	127	32	18	10	38	1.84
83852663--83852747	9	8.7	10	69	18	63	35	18	7	38	1.78
83856852--83856896	22	2.0	22	83	8	56	15	22	4	57	1.56
83872859--83873026	40	4.3	40	87	6	222	25	26	21	26	1.99
83887849--83887887	13	2.9	13	85	14	53	69	0	23	7	1.14
83887850--83887887	14	2.7	15	88	11	55	71	0	23	5	1.07
83889442--83889538	30	3.2	30	76	2	106	27	27	15	28	1.96
83896988--83897170	40	4.6	40	93	0	303	21	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83905314--83905496	40	4.6	40	95	0	312	21	28	22	27	1.99
83913661--83913883	40	5.6	40	93	0	365	21	27	21	28	1.99
83919142--83919174	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
83922416--83922468	25	2.1	25	89	6	81	35	16	24	22	1.95
83922868--83922923	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
83928958--83929039	41	2.0	42	81	11	98	42	2	3	51	1.32
83929081--83929105	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
83929101--83929174	30	2.4	29	80	12	78	37	6	0	55	1.27
83929589--83929647	24	2.3	26	85	5	77	50	11	11	25	1.73
83943622--83943941	143	2.3	143	82	3	387	24	20	21	33	1.97
83952858--83952927	31	2.3	30	80	7	79	55	4	4	35	1.39
83955471--83955521	24	2.1	24	81	0	57	13	33	33	19	1.91
83955555--83955675	58	2.1	59	90	4	192	30	23	21	24	1.99
83955945--83955986	21	2.0	22	90	4	68	11	23	38	26	1.90
83955936--83955985	11	5.0	10	83	13	59	12	26	38	24	1.90
83959344--83959464	58	2.1	59	87	1	172	31	23	19	25	1.98
83965512--83965584	24	3.1	24	86	2	103	9	38	35	16	1.81
83965616--83965640	13	1.9	13	100	0	50	4	56	16	24	1.57
83965819--83966699	42	20.9	42	82	5	922	15	31	33	18	1.92
83965819--83966699	211	4.2	210	81	5	897	15	31	33	18	1.92
83965819--83966699	253	3.5	254	84	4	1016	15	31	33	18	1.92
83965825--83966755	127	7.3	125	82	6	810	15	31	34	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83972902--83972951	24	2.1	24	84	0	64	14	40	30	16	1.87
83972988--83973107	58	2.1	57	84	7	154	33	21	20	24	1.97
83979383--83979434	24	2.2	24	96	0	95	7	44	32	15	1.75
83991144--83991219	40	1.9	40	91	5	127	13	35	35	15	1.87
83991342--83991409	33	2.1	31	84	15	84	7	36	38	17	1.78
83997616--83997665	24	2.1	24	84	0	64	14	40	30	16	1.87
83997702--83997821	58	2.1	57	84	7	154	33	21	20	24	1.97
84004321--84004372	24	2.2	24	96	0	95	7	44	32	15	1.75
84005101--84005172	35	2.1	35	86	0	99	26	25	9	38	1.86
84010291--84010361	35	2.0	35	88	0	106	26	25	9	38	1.87
84010543--84011260	40	18.7	39	80	14	539	14	32	34	18	1.91
84010845--84010930	28	3.0	29	79	14	99	10	33	37	18	1.85
84010905--84011365	81	5.7	83	81	12	461	13	29	36	20	1.92
84010905--84011365	162	2.9	163	85	10	582	13	29	36	20	1.92
84010948--84011400	121	3.7	121	80	10	482	14	28	37	20	1.91
84010988--84011400	42	10.2	42	80	12	398	14	27	37	20	1.91
84024603--84024719	58	2.0	59	88	1	173	35	22	18	23	1.96
84025120--84025197	24	3.2	24	90	0	120	8	39	34	16	1.80
84025384--84026664	42	30.6	43	80	8	1018	16	30	33	19	1.94
84025435--84026660	84	14.7	85	80	7	1131	15	31	33	19	1.93
84026173--84026242	23	3.2	23	60	15	58	22	30	27	20	1.98
84026186--84026254	23	3.2	23	60	16	56	21	31	28	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84026273--84026340	34	2.0	35	85	2	93	13	32	33	20	1.91
84026294--84026696	85	4.7	84	79	4	396	14	26	36	22	1.93
84037465--84037541	40	1.9	41	86	7	113	12	27	38	20	1.89
84045128--84045180	24	2.2	24	86	0	70	13	37	30	18	1.89
84045215--84045335	58	2.1	59	88	1	181	32	23	19	23	1.98
84060490--84061359	42	20.5	43	84	4	873	16	32	32	18	1.93
84060515--84061359	127	6.6	129	83	6	865	16	33	31	18	1.93
84061047--84061114	23	3.1	23	61	16	54	19	33	30	16	1.93
84060490--84061359	85	10.2	85	83	4	904	16	32	32	18	1.93
84065059--84065275	40	5.5	40	88	3	289	23	22	28	25	1.99
84073219--84073475	40	6.5	40	87	3	333	23	23	28	24	2.00
84073219--84073440	79	2.8	79	90	1	327	22	23	28	25	1.99
84073222--84073475	119	2.1	119	85	4	343	23	23	27	25	2.00
84073219--84073475	79	3.2	80	87	3	324	23	23	28	24	2.00
84088327--84088423	49	2.0	50	91	2	160	25	15	26	31	1.96
84091124--84091157	5	6.8	5	96	0	50	5	41	32	20	1.76
84096804--84096924	58	2.1	59	90	1	190	31	23	20	23	1.98
84097320--84097373	24	2.2	24	86	0	72	9	42	33	14	1.78
84097560--84098216	42	16.9	39	76	16	442	15	34	32	17	1.91
84097547--84097856	127	2.4	127	81	2	320	16	32	32	18	1.93
84098067--84098216	77	2.0	70	87	11	212	15	36	29	18	1.92
84105347--84105696	177	2.0	172	87	8	499	20	26	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84106054--84106129	24	3.2	24	80	0	89	13	38	28	19	1.90
84106330--84106962	41	15.4	41	79	9	528	16	32	31	19	1.94
84106330--84106962	83	7.7	82	79	9	548	16	32	31	19	1.94
84114315--84114489	46	3.8	46	77	13	205	29	29	20	21	1.98
84114322--84114493	93	1.8	93	94	0	308	29	29	20	21	1.98
84119871--84119915	24	1.9	23	86	4	63	26	22	11	40	1.87
84121896--84122067	93	1.8	93	89	0	272	30	27	19	22	1.98
84121889--84122075	46	4.1	45	74	11	157	31	28	18	21	1.97
84131295--84131416	58	2.1	58	87	1	181	32	23	18	24	1.97
84131913--84131960	18	2.6	19	83	9	64	6	12	10	70	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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