genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89788499--89788570	27	2.6	28	73	20	80	56	4	1	37	1.27
89791293--89791327	18	2.0	18	88	5	54	42	20	0	37	1.52
89792756--89792874	45	2.6	45	97	0	220	15	35	10	38	1.82
89793126--89793249	54	2.3	54	87	0	185	21	30	26	20	1.98
89803825--89803860	6	6.0	6	100	0	72	16	0	0	83	0.65
89805308--89805353	22	2.1	22	100	0	92	39	13	0	47	1.42
89807627--89807761	35	3.7	37	79	10	152	33	24	11	30	1.91
89815723--89815747	12	2.1	12	100	0	50	28	0	0	72	0.86
89815847--89815878	8	4.0	8	95	0	55	46	0	0	53	1.00
89815845--89815879	17	2.1	17	88	0	52	48	0	0	51	1.00
89815870--89815918	21	2.3	22	86	10	66	46	0	0	53	1.00
89824558--89824602	13	3.6	13	77	16	51	33	6	0	60	1.23
89829439--89829488	20	2.5	21	87	6	68	44	0	0	56	0.99
89829443--89829488	21	2.2	20	88	7	65	45	0	0	54	0.99
89838172--89838239	32	2.1	32	97	0	127	50	0	7	42	1.30
89838510--89838544	12	2.9	12	87	12	54	42	0	0	57	0.99
89840968--89841226	126	2.0	128	87	1	378	39	18	14	27	1.90
89840981--89841233	128	2.0	126	89	1	389	38	18	14	28	1.90
89841392--89841428	11	3.0	13	84	15	60	67	8	8	16	1.40
89841534--89841615	28	3.0	26	71	11	67	54	4	7	32	1.49
89841966--89842006	16	2.6	16	84	7	57	60	2	2	34	1.23
89842102--89842135	18	1.9	18	88	5	52	73	2	5	17	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89843541--89843948	177	2.3	177	88	0	593	25	21	21	31	1.98
89844105--89844227	64	1.9	64	91	0	201	37	13	17	31	1.88
89845882--89845993	32	3.6	32	71	12	97	39	1	6	52	1.37
89846643--89846754	32	3.6	32	71	12	97	39	1	6	52	1.37
89845320--89846841	761	2.0	761	99	0	3035	30	17	18	32	1.95
89855321--89855420	3	33.3	3	71	7	51	28	11	2	59	1.43
89856037--89856081	23	2.0	23	81	0	54	33	4	0	62	1.15
89856097--89856180	40	2.1	40	84	0	105	20	3	9	66	1.35
89857347--89857430	42	2.0	42	92	0	141	28	13	9	48	1.73
89859252--89859641	129	3.0	129	94	0	674	35	7	8	48	1.63
89860140--89860165	8	3.2	8	100	0	52	73	0	0	26	0.84
89860137--89860184	16	3.1	16	78	6	53	62	0	0	37	0.95
89862444--89862479	18	1.9	18	88	5	54	63	13	0	22	1.29
89862786--89862829	18	2.5	18	96	3	81	27	4	4	63	1.33
89862785--89862827	17	2.4	19	88	11	72	23	4	4	67	1.28
89864919--89865524	141	4.3	141	86	4	784	26	17	24	31	1.97
89865279--89865550	136	2.0	136	91	0	436	27	16	22	34	1.95
89865981--89866067	37	2.4	37	88	0	129	14	1	32	51	1.50
89881275--89881358	37	2.3	36	82	11	100	28	15	10	45	1.80
89884857--89884928	24	3.1	23	71	20	69	18	8	0	73	1.07
89884856--89884936	36	2.2	37	78	10	87	16	9	0	74	1.07
89884875--89884928	16	3.3	16	75	14	56	20	7	0	72	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89891569--89891607	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
89891833--89891930	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
89891835--89891923	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
89898932--89898970	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
89899196--89899294	23	4.3	23	94	0	180	21	20	26	32	1.97
89902016--89902319	46	7.0	46	85	7	327	22	24	15	37	1.93
89902195--89902308	38	3.0	38	97	0	210	24	24	18	32	1.97
89905644--89905798	53	2.9	53	86	4	199	29	26	17	27	1.98
89910096--89910135	20	2.0	20	85	0	53	65	5	12	17	1.44
89914389--89914428	19	2.0	21	85	9	57	60	10	0	30	1.30
89920160--89920406	90	2.8	89	74	13	231	36	17	9	36	1.82
89920585--89920640	20	2.8	19	81	5	58	71	1	1	25	1.05
89920810--89920865	9	5.9	9	80	12	58	30	1	0	67	1.01
89920810--89920860	19	2.6	19	84	3	66	31	1	0	66	1.03
89932220--89932292	26	2.8	25	78	14	85	28	4	2	64	1.26
89932238--89932371	44	2.9	44	77	10	117	32	6	2	58	1.39
89932283--89932578	26	11.5	26	72	11	200	29	5	6	58	1.44
89932239--89932578	54	6.8	50	73	13	204	30	5	5	58	1.44
89932284--89932527	80	3.1	78	78	11	216	30	5	5	58	1.44
89932535--89932578	22	2.0	22	81	0	52	22	0	6	70	1.11
89934462--89934536	30	2.6	29	81	8	82	52	9	9	29	1.65
89935421--89935447	5	5.4	5	100	0	54	40	40	0	18	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89939888--89939914	14	1.9	14	100	0	54	85	0	14	0	0.61
89941070--89941105	16	2.2	16	90	5	54	33	0	0	66	0.92
89946678--89946706	6	4.8	6	100	0	58	51	0	17	31	1.45
89948021--89948088	31	2.2	32	89	2	102	52	10	4	32	1.55
89948491--89948537	12	3.8	12	76	18	51	19	0	6	74	1.03
89948479--89948537	25	2.4	25	97	2	111	18	0	6	74	1.03
89948476--89948519	12	3.6	12	77	17	54	18	0	9	72	1.10
89953418--89953446	12	2.3	13	94	5	51	17	27	0	55	1.42
89953433--89953535	44	2.4	45	80	9	108	29	22	5	42	1.76
89958025--89958063	14	2.9	14	84	3	53	43	2	0	53	1.14
89958556--89958586	13	2.4	13	94	0	53	12	29	16	41	1.85
89969844--89969873	14	2.1	14	93	0	51	23	6	6	63	1.43
89971536--89971661	43	3.0	42	85	2	153	17	23	16	42	1.88
89971532--89971664	42	3.1	42	85	2	167	16	22	16	44	1.86
89973838--89973881	19	2.2	20	84	8	54	50	0	0	50	1.00
89983266--89983363	40	2.5	40	86	6	139	16	14	33	35	1.89
89995496--89995548	21	2.5	21	87	0	88	30	24	28	16	1.97
89995496--89995579	23	3.8	23	84	9	104	34	25	23	16	1.95
89995496--89995578	21	3.9	21	77	17	73	33	25	24	16	1.96
89995496--89995579	44	1.9	43	83	9	107	34	25	23	16	1.95
89995488--89995587	23	4.6	22	84	8	98	37	24	22	17	1.94
89996441--89996473	15	2.3	15	90	10	52	3	18	6	72	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89996520--89996547	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
90003421--90003481	32	1.9	32	89	0	95	27	16	4	50	1.65
90004071--90004133	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
90011700--90011755	5	11.6	5	76	12	55	44	0	1	53	1.11
90011717--90011759	13	3.1	14	83	12	54	46	0	0	53	1.00
90011826--90011864	20	2.0	20	89	0	60	69	0	30	0	0.89
90022482--90022534	25	2.1	25	82	3	61	58	13	9	18	1.61
90030118--90030187	37	1.9	35	83	11	88	40	2	4	52	1.36
90030266--90030306	19	2.1	19	86	4	55	48	2	0	48	1.14
90035465--90035498	17	1.9	18	88	5	52	23	2	2	70	1.15
90036672--90036778	49	2.2	49	86	0	142	24	14	31	29	1.94
90037321--90037425	49	2.1	49	85	3	149	30	30	16	22	1.96
90037323--90037444	49	2.5	49	81	2	120	31	30	16	21	1.95
90040859--90040926	25	2.8	25	86	8	88	35	16	7	41	1.76
90041028--90041162	62	2.2	62	87	0	198	49	4	4	41	1.43
90041670--90041709	9	4.3	9	90	3	62	40	0	2	57	1.12
90042866--90042897	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
90045536--90045596	31	1.9	33	83	12	83	45	1	3	49	1.28
90049606--90049630	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
90068675--90068707	4	8.2	4	93	0	57	51	27	0	21	1.48
90068677--90068708	16	2.0	16	100	0	64	50	31	0	18	1.48
90071635--90071698	29	2.2	30	82	2	76	50	3	1	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90081430--90081475	20	2.2	20	92	3	74	32	0	4	63	1.14
90081842--90081881	21	2.0	19	85	9	53	65	2	0	32	1.06
90083043--90083168	19	6.9	18	88	5	175	36	15	11	37	1.83
90083043--90083160	35	3.3	35	95	3	200	36	14	11	37	1.83
90083043--90083165	17	6.8	18	87	10	96	36	14	11	37	1.82
90083566--90084274	207	3.4	207	92	0	1123	29	22	17	30	1.96
90084453--90084595	43	3.3	43	70	18	125	22	20	24	32	1.98
90084399--90084688	87	3.4	84	85	4	397	22	21	24	32	1.98
90085621--90085673	1	53.0	1	76	0	52	5	5	0	88	0.62
90088174--90088199	12	2.2	12	100	0	52	0	23	0	76	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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