genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27725169--27725201	16	2.0	17	88	5	50	48	12	9	30	1.71
27729555--27729609	16	3.7	15	70	15	51	47	0	1	50	1.11
27729770--27729803	16	2.1	16	89	10	52	55	0	2	41	1.15
27733455--27733504	6	9.2	5	91	4	55	16	0	2	82	0.77
27733462--27733506	6	7.8	6	97	2	76	17	0	0	82	0.68
27741110--27741141	5	6.4	5	96	0	55	56	0	43	0	0.99
27741172--27741217	7	6.6	7	81	18	60	69	2	0	28	1.00
27741932--27741960	12	2.4	12	100	0	58	20	17	48	13	1.81
27748050--27748099	25	2.0	25	100	0	100	20	16	16	48	1.82
27751581--27751666	36	2.5	33	78	12	84	23	13	6	55	1.62
27752056--27752141	15	6.0	14	76	14	61	26	8	0	65	1.21
27752063--27752096	14	2.3	15	90	5	52	26	5	0	67	1.13
27752063--27752121	29	2.0	29	81	12	68	27	8	0	64	1.22
27752073--27752141	20	3.6	20	77	15	74	26	7	0	66	1.17
27752089--27752133	15	2.9	15	90	9	65	26	6	0	66	1.16
27752089--27752143	17	3.4	16	82	14	60	27	7	0	65	1.19
27752073--27752152	20	4.2	20	78	12	62	28	7	0	63	1.21
27752263--27752324	25	2.5	24	75	17	63	33	9	1	54	1.43
27754985--27755020	18	2.0	18	94	0	63	44	13	22	19	1.86
27755217--27755260	23	2.0	22	82	13	54	31	13	18	36	1.90
27755607--27755664	19	2.9	19	75	14	64	39	8	12	39	1.73
27761441--27761473	12	2.8	12	90	0	57	24	45	18	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27766982--27767028	23	2.1	21	81	14	51	42	8	8	40	1.66
27768877--27768992	43	2.7	43	85	5	146	23	13	27	35	1.93
27768867--27769032	43	3.9	43	77	7	142	25	13	27	34	1.93
27773518--27773566	19	2.5	19	77	9	55	40	10	12	36	1.77
27792668--27792704	16	2.3	16	95	0	65	78	8	0	13	0.96
27792666--27792710	15	3.0	14	81	15	54	73	8	0	17	1.08
27792671--27792723	20	2.8	20	78	18	69	75	11	0	13	1.05
27793663--27793689	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
27798874--27798918	17	2.5	18	82	7	56	64	2	6	26	1.30
27802611--27802713	46	2.2	46	96	1	188	27	7	27	37	1.84
27812098--27812160	32	2.0	32	90	6	101	36	12	20	30	1.90
27812176--27812217	21	2.0	22	85	4	59	52	0	4	42	1.22
27812736--27812774	6	6.5	6	100	0	78	35	0	15	48	1.45
27812849--27812917	18	3.9	17	78	17	61	37	1	0	60	1.06
27823631--27823723	46	2.0	46	100	0	186	29	19	12	38	1.89
27835649--27835683	17	1.9	19	88	11	56	51	0	20	28	1.47
27836423--27836502	35	2.3	35	89	4	126	35	18	23	22	1.96
27838749--27838822	13	5.7	13	83	0	103	36	29	8	25	1.85
27839369--27839464	41	2.5	37	73	18	95	42	3	16	37	1.64
27839793--27840044	126	2.0	126	90	0	396	29	21	21	27	1.98
27845538--27845566	13	2.2	13	100	0	58	20	13	31	34	1.92
27852006--27852077	22	3.4	21	74	14	67	50	2	20	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27862100--27862142	22	2.0	22	95	0	77	20	27	16	34	1.94
27865087--27865112	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
27869364--27869465	47	2.2	47	98	0	195	43	19	5	31	1.75
27869500--27869602	54	1.9	54	82	7	129	44	8	9	36	1.68
27877893--27877932	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
27877888--27877932	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
27880151--27880258	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
27880141--27880264	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
27884844--27884951	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
27884834--27884957	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
27886067--27886093	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
27892086--27892210	39	3.2	39	90	0	169	27	28	20	24	1.99
27903350--27903438	42	2.1	44	81	8	103	25	16	23	33	1.96
27903337--27903438	42	2.4	43	76	12	102	25	17	23	33	1.96
27913263--27913314	23	2.3	23	83	9	63	19	9	5	65	1.42
27917077--27917227	44	3.5	42	77	6	135	25	19	24	31	1.98
27917091--27917202	42	2.6	42	81	14	113	24	16	24	34	1.95
27917135--27917216	43	1.9	42	82	7	103	25	19	23	31	1.98
27924986--27925036	17	3.4	17	65	30	51	27	3	17	50	1.63
27924990--27925049	28	2.1	28	84	6	77	25	5	20	50	1.68
27944055--27944181	56	2.3	56	84	0	164	23	26	24	25	2.00
27945267--27945340	25	2.9	26	82	6	89	37	18	20	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27945457--27945494	19	1.9	19	89	5	58	52	15	0	31	1.43
27949912--27950007	48	2.1	44	82	7	111	42	1	1	55	1.13
27949947--27950045	33	3.1	33	80	7	107	42	1	3	53	1.23
27952363--27952422	25	2.4	25	91	0	93	33	20	18	28	1.96
27958879--27958903	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
27960377--27960434	22	2.6	21	78	10	62	68	5	0	25	1.10
27961453--27961536	38	2.2	37	83	10	100	41	3	7	47	1.48
27966347--27966447	23	4.4	24	72	21	90	37	17	21	22	1.94
27966341--27966471	45	2.8	44	80	10	120	36	17	22	23	1.95
27976653--27976732	33	2.4	33	91	4	124	36	18	6	38	1.76
27976923--27977014	46	1.9	48	86	6	134	38	16	22	22	1.93
27976908--27977014	23	4.5	24	79	11	112	35	19	21	23	1.96
27981887--27982003	43	2.7	43	90	2	182	30	25	17	25	1.97
27982830--27982862	14	2.4	14	95	5	59	57	0	18	24	1.40
27987168--27987206	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
27992439--27992654	46	4.7	46	74	15	142	29	20	26	23	1.99
27993785--27993825	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
28000215--28000302	27	3.3	27	88	4	126	17	22	22	37	1.94
28002812--28002864	25	2.1	25	85	0	70	35	18	16	28	1.93
28004131--28004157	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
28014478--28014584	50	2.1	50	84	3	135	37	25	14	23	1.92
28014845--28014885	20	2.0	20	95	0	73	12	26	39	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28019389--28019475	41	2.1	41	97	0	165	25	18	11	44	1.83
28019471--28019495	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
28056515--28056739	49	4.5	49	85	3	290	28	27	18	25	1.98
28058880--28058949	30	2.3	31	80	4	81	60	17	14	8	1.58
28061757--28061967	27	7.9	27	86	1	237	40	20	7	31	1.81
28061764--28061993	54	4.3	54	87	3	313	40	20	8	31	1.81
28061764--28062010	53	4.6	54	82	7	229	40	19	8	31	1.82
28061764--28062056	80	3.6	80	81	5	238	39	20	8	31	1.83
28061764--28062055	27	10.9	27	78	7	202	39	20	8	31	1.83
28061758--28062102	27	12.9	27	76	7	112	38	21	8	31	1.83
28062087--28062415	27	12.3	27	86	0	437	34	19	20	25	1.96
28063065--28063166	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
28063314--28063370	25	2.3	25	90	0	87	19	21	14	45	1.85
28065069--28065293	49	4.5	49	84	3	263	29	26	17	26	1.97
28065056--28065293	98	2.4	98	84	3	298	29	26	17	26	1.98
28068041--28068147	55	1.9	55	88	0	160	13	29	29	27	1.94
28074342--28074421	25	3.2	24	74	11	81	37	13	23	25	1.92
28077087--28077141	27	2.0	27	82	6	67	32	21	14	30	1.93
28085460--28085497	20	1.9	20	89	10	60	47	7	5	39	1.55
28093406--28093686	48	5.9	48	78	5	237	28	17	28	25	1.97
28093417--28093688	96	2.8	96	80	5	309	28	17	29	25	1.97
28095287--28095336	26	2.0	24	84	7	64	32	0	6	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28097496--28097546	26	2.0	26	84	7	68	47	13	1	37	1.55
28098306--28098336	16	1.9	16	93	0	53	54	12	3	29	1.53
28102980--28103325	47	7.3	47	91	3	491	32	10	30	26	1.89
28103176--28103297	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
28105756--28105830	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
28105884--28106151	40	6.7	40	90	0	403	23	21	28	25	1.99
28108040--28108109	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
28108040--28108137	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
28112709--28113102	47	8.3	48	90	3	525	32	10	30	26	1.90
28112714--28113081	140	2.6	141	86	3	497	31	11	30	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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