genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79787564--79787852	80	3.6	79	76	10	257	32	10	19	38	1.85
79787545--79787825	27	10.5	27	76	8	209	32	10	18	38	1.85
79789461--79789522	17	3.8	16	78	16	56	29	20	0	50	1.49
79793150--79793198	24	2.0	25	96	4	91	63	16	4	16	1.46
79795922--79795959	16	2.3	17	90	4	60	18	13	0	68	1.21
79801594--79801652	31	2.0	30	87	12	86	44	15	10	30	1.79
79802272--79802354	18	4.6	17	71	23	55	46	2	1	49	1.22
79808222--79808251	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
79808942--79809043	28	3.5	27	73	21	89	25	18	29	26	1.98
79811680--79811708	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
79813045--79813104	30	2.0	30	100	0	120	36	20	23	20	1.95
79816549--79816660	27	4.2	26	79	7	116	37	22	23	16	1.94
79816549--79816660	54	2.1	54	83	3	136	37	22	23	16	1.94
79818091--79818164	24	3.1	24	92	3	114	21	41	6	29	1.79
79819183--79819233	17	2.9	17	94	2	84	41	5	23	29	1.78
79819222--79819257	18	2.0	18	100	0	72	50	11	27	11	1.72
79819431--79819457	8	3.4	8	100	0	54	22	40	11	25	1.87
79824404--79824487	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
79829105--79829243	40	3.5	40	93	2	217	25	28	24	21	1.99
79830491--79830819	72	4.6	72	84	3	423	51	15	7	24	1.69
79831234--79831279	18	2.4	19	85	14	67	36	17	8	36	1.81
79831244--79831278	18	1.9	18	100	0	70	42	11	11	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79832798--79832861	31	2.1	31	88	8	96	28	4	10	56	1.54
79834200--79834253	22	2.5	22	81	0	63	50	5	24	20	1.69
79837366--79837421	24	2.3	24	90	0	94	37	10	21	30	1.87
79837432--79837514	23	3.6	23	85	0	103	48	31	13	7	1.69
79839819--79839899	40	2.0	41	86	11	114	38	2	1	58	1.20
79849563--79849603	19	2.2	19	90	0	64	53	7	0	39	1.29
79854637--79854675	17	2.3	17	86	8	53	64	0	0	35	0.94
79857213--79857237	13	1.9	13	100	0	50	44	24	0	32	1.54
79862355--79862381	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
79862979--79863083	41	2.5	42	86	6	151	57	2	10	29	1.47
79869159--79869233	18	4.2	18	92	0	123	32	18	22	26	1.97
79869766--79869819	22	2.5	21	72	3	54	29	5	46	18	1.72
79873667--79873704	17	2.2	17	86	9	51	71	2	0	26	1.00
79874164--79874227	30	2.2	30	83	8	78	40	14	10	34	1.80
79879360--79879457	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
79879388--79879470	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
79879360--79879471	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
79887452--79887549	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
79887480--79887562	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
79887452--79887563	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
79893274--79893300	14	1.9	14	100	0	54	29	0	18	51	1.46
79894219--79894253	9	4.0	9	88	3	54	45	2	51	0	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79894897--79894979	3	27.7	3	100	0	166	33	32	0	33	1.58
79895027--79895110	39	2.2	39	82	6	100	15	3	5	75	1.14
79895103--79895178	38	2.0	38	82	10	93	18	7	1	72	1.16
79901449--79901487	19	2.1	19	95	0	69	23	17	28	30	1.97
79901863--79901978	58	2.0	58	87	0	169	52	5	30	12	1.60
79906762--79906860	44	2.2	44	78	0	108	31	19	19	30	1.96
79906997--79907353	140	2.6	133	81	6	387	32	17	21	28	1.96
79907130--79907345	44	4.9	44	73	6	195	31	16	21	30	1.96
79907546--79907590	21	2.3	18	81	11	54	71	15	2	11	1.24
79908627--79908672	23	2.0	22	84	12	58	50	10	2	36	1.50
79909263--79911278	918	2.2	917	94	0	3597	31	22	12	34	1.91
79912531--79912564	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
79912700--79912743	16	2.8	16	76	13	54	15	6	4	72	1.22
79913702--79913752	13	3.9	13	81	0	66	29	7	29	33	1.85
79913702--79913752	26	2.0	26	92	0	84	29	7	29	33	1.85
79924418--79924482	30	2.2	28	79	15	69	43	12	9	35	1.74
79937795--79938017	40	5.6	40	83	6	168	25	21	27	26	1.99
79937795--79938019	80	2.8	79	81	4	229	24	20	27	26	1.99
79947857--79947989	69	1.9	70	89	1	205	31	14	17	36	1.89
79949768--79950007	48	5.0	48	93	2	399	34	6	28	30	1.83
79949768--79950007	98	2.5	96	91	2	399	34	6	28	30	1.83
79950143--79950257	37	3.1	37	97	0	221	29	17	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79953555--79953656	40	2.5	40	95	0	186	22	25	23	28	1.99
79960606--79960787	40	4.6	40	95	0	319	23	25	23	27	2.00
79963092--79963198	28	3.8	28	87	4	135	34	13	23	28	1.92
79963371--79963518	41	3.6	40	77	7	136	27	19	29	23	1.98
79963371--79963518	40	3.6	41	75	7	149	27	19	29	23	1.98
79965457--79965491	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
79966118--79966227	26	4.3	26	93	2	179	28	23	19	29	1.98
79966277--79966352	11	7.5	11	66	16	56	30	19	13	36	1.90
79966305--79966363	20	2.5	24	74	25	72	32	22	11	33	1.90
79966277--79966353	20	3.8	20	96	0	127	31	19	12	36	1.90
79966279--79966371	40	2.4	40	85	7	120	32	20	11	35	1.89
79966346--79966381	18	2.1	17	90	10	56	36	22	5	36	1.78
79972059--79972093	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
79972700--79972834	26	5.3	26	90	3	181	29	22	19	28	1.98
79972884--79972960	20	3.8	20	92	0	118	31	20	11	36	1.89
79972912--79972966	20	2.4	24	74	25	73	34	21	10	32	1.89
79973006--79973053	25	1.9	25	82	0	60	27	12	22	37	1.90
79978500--79978531	15	2.0	17	88	11	50	31	3	6	59	1.38
79985292--79985357	30	2.2	30	86	0	96	19	31	27	21	1.97
80002823--80002861	17	2.3	17	86	8	53	64	0	0	35	0.94
80005381--80005446	13	5.1	13	73	14	64	37	22	4	34	1.75
80006498--80006703	76	2.7	77	75	7	202	22	19	8	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80009885--80009973	39	2.3	39	84	5	119	42	0	6	50	1.28
80009899--80009971	38	1.9	38	88	5	112	43	0	8	47	1.33
80010673--80010701	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
80011311--80011416	42	2.5	42	89	3	160	57	2	10	29	1.46
80013474--80013527	22	2.5	21	75	3	63	27	5	48	18	1.70
80017573--80017647	18	4.2	18	92	0	123	32	18	22	26	1.97
80018179--80018232	22	2.5	21	72	3	54	29	5	46	18	1.72
80024110--80024152	20	2.1	20	82	4	50	62	6	6	23	1.45
80040073--80040133	30	2.0	30	100	0	122	47	13	13	26	1.79
80046011--80046193	41	4.4	41	87	3	242	32	26	15	24	1.96
80049579--80049641	26	2.4	26	84	5	74	30	19	19	31	1.96
80049962--80050003	17	2.4	17	77	14	50	26	4	23	45	1.73
80051497--80051533	17	2.1	18	90	5	58	21	29	37	10	1.88
80051881--80051956	40	1.9	40	86	0	107	15	14	34	35	1.88
80053769--80053800	16	2.0	16	100	0	64	25	18	43	12	1.85
80058306--80058341	18	2.1	18	89	5	56	16	25	44	13	1.85
80070286--80070463	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
80070286--80070463	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
80078275--80078452	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
80078275--80078452	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
80080422--80080493	28	2.6	28	90	0	108	27	27	13	30	1.94
80088046--80088089	20	2.3	19	84	4	52	34	0	11	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80088311--80088345	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
80088638--80088727	26	3.6	26	66	19	82	54	6	4	34	1.47
80088640--80088734	49	1.9	48	83	8	120	55	6	5	32	1.47
80088925--80088971	16	2.9	16	96	0	85	46	0	0	53	1.00
80091887--80091952	29	2.3	29	83	0	78	34	22	21	21	1.96
80096582--80096637	29	1.9	29	85	0	76	37	21	19	21	1.94
80099545--80099639	40	2.4	40	89	3	140	36	37	13	11	1.81
80108912--80108966	24	2.2	24	84	12	67	47	5	3	43	1.44
80112554--80112594	20	2.0	20	86	9	57	51	4	2	41	1.36
80116520--80116556	17	2.1	19	85	10	51	62	2	8	27	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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