genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81025187--81025217	5	6.2	5	96	0	53	22	22	38	16	1.92
81028555--81029493	42	22.2	42	81	6	669	18	33	32	15	1.92
81028571--81029559	85	11.7	85	80	6	895	19	33	32	15	1.93
81028685--81029543	127	6.7	127	82	4	941	18	32	33	15	1.92
81028571--81029518	169	5.6	170	84	4	1094	18	33	32	15	1.93
81029729--81029782	24	2.2	24	93	0	90	14	35	40	9	1.78
81030178--81030298	58	2.1	59	90	1	190	23	20	23	31	1.98
81030333--81030386	24	2.2	24	83	6	65	16	27	38	16	1.90
81030961--81030994	10	3.4	10	91	0	50	20	29	41	8	1.82
81038174--81038541	40	9.2	41	86	11	210	18	37	30	13	1.89
81038174--81038582	81	5.1	80	82	12	273	18	36	31	13	1.90
81038232--81039068	40	20.8	41	84	11	896	17	34	33	14	1.90
81038232--81039068	82	10.4	81	83	12	863	17	34	33	14	1.90
81039676--81039797	58	2.1	59	87	4	176	23	20	23	31	1.98
81044979--81045156	27	6.6	27	83	6	207	30	27	15	26	1.96
81047813--81047885	24	3.2	24	62	31	61	19	36	36	6	1.78
81047944--81048013	23	3.2	23	64	15	67	18	27	31	22	1.97
81047709--81048657	169	5.6	169	85	3	1244	18	33	33	15	1.92
81047686--81048657	42	22.9	43	83	4	1059	18	33	32	15	1.92
81047709--81048657	85	11.2	85	82	5	1039	18	33	33	15	1.92
81047686--81048686	127	7.9	130	81	5	1002	18	33	32	15	1.92
81048871--81048922	24	2.2	24	85	0	68	15	30	42	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81049318--81049433	58	2.0	58	89	0	178	25	22	20	31	1.98
81057223--81058081	43	20.2	42	78	6	671	17	34	31	15	1.92
81057243--81058094	85	10.0	84	82	3	965	17	34	32	15	1.92
81058099--81058177	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
81058396--81058594	42	4.7	42	75	7	179	20	34	27	17	1.95
81078318--81078609	155	1.9	154	90	2	469	31	18	24	25	1.98
81078318--81078609	78	3.8	78	90	1	464	31	18	24	25	1.98
81078551--81078816	45	5.9	45	80	7	274	30	15	27	26	1.96
81078537--81078816	89	3.2	90	79	8	265	31	16	26	25	1.96
81079170--81079224	18	2.9	19	94	5	103	36	10	16	36	1.84
81079170--81079247	18	3.8	22	86	10	80	35	8	16	38	1.80
81079514--81079548	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
81080216--81080259	20	2.2	20	88	4	63	47	4	0	47	1.22
81080194--81081262	513	2.1	513	94	0	1876	35	13	14	36	1.85
81082192--81082224	16	2.1	16	88	5	50	66	6	0	27	1.15
81082148--81082224	15	5.0	15	69	13	50	68	9	1	20	1.24
81082468--81082541	21	3.8	19	74	16	64	64	2	1	31	1.15
81082468--81082546	9	8.2	9	73	21	56	64	2	1	31	1.15
81082462--81082541	28	2.8	28	70	22	67	62	2	3	31	1.26
81082471--81082626	37	4.2	36	73	19	126	63	1	2	32	1.19
81082471--81082607	12	11.5	12	68	17	74	62	1	2	33	1.16
81082501--81082603	16	6.4	16	68	24	56	63	0	2	33	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81082502--81082605	26	4.1	27	72	17	98	62	0	2	33	1.16
81082563--81082619	26	2.2	26	84	6	71	66	1	1	29	1.12
81082679--81082730	26	2.0	26	85	7	70	61	0	5	32	1.20
81084145--81084416	44	6.2	44	91	0	436	28	26	14	29	1.95
81084194--81084597	132	3.1	131	82	8	396	27	24	16	31	1.97
81088585--81088767	46	3.8	45	72	22	142	33	14	22	28	1.94
81088599--81088807	52	4.1	51	84	9	275	34	14	22	28	1.93
81088585--81088807	98	2.3	98	94	0	383	34	14	22	28	1.94
81088770--81088879	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
81090739--81090890	45	3.4	44	85	5	193	24	29	23	23	1.99
81090780--81091154	43	8.7	43	87	3	461	30	31	24	14	1.94
81091099--81091211	56	2.0	57	92	1	192	30	30	27	10	1.90
81091010--81091297	142	2.0	143	93	0	488	31	32	25	10	1.89
81091155--81091318	43	3.8	43	95	0	301	29	34	25	10	1.89
81090970--81091314	185	1.9	185	93	0	600	31	33	25	10	1.89
81098491--81098660	47	3.6	47	93	3	286	28	30	7	34	1.84
81100516--81100869	43	8.2	43	94	0	609	31	33	24	10	1.89
81104938--81105007	28	2.5	28	88	0	113	38	10	22	28	1.87
81106978--81107135	28	5.6	28	73	3	145	17	19	34	27	1.95
81107006--81107191	29	6.4	29	76	3	187	16	17	37	29	1.92
81106976--81107161	57	3.3	57	93	0	318	17	18	35	28	1.94
81113488--81113595	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81115159--81115219	28	2.2	28	90	0	95	34	8	26	31	1.86
81115167--81115228	28	2.2	28	88	0	97	40	6	22	30	1.79
81126121--81126556	47	9.3	47	91	0	710	33	8	29	27	1.87
81126287--81126364	25	3.2	25	65	17	74	34	5	29	30	1.79
81133276--81133308	16	2.1	16	88	5	50	66	6	0	27	1.15
81133553--81133594	20	2.2	19	86	4	57	64	4	0	30	1.14
81133602--81133690	26	3.4	26	75	13	94	59	0	4	35	1.18
81133649--81133704	26	2.2	26	80	6	60	66	1	1	30	1.12
81135038--81136849	513	3.5	513	94	0	3184	35	13	14	36	1.85
81142707--81142836	47	2.8	47	86	0	170	22	16	28	33	1.95
81144594--81144629	7	5.0	7	86	6	54	66	0	2	30	1.06
81144594--81144629	15	2.5	14	86	8	54	66	0	2	30	1.06
81144651--81144726	17	4.4	17	76	16	75	61	1	1	35	1.12
81144668--81144715	24	2.0	23	84	11	62	62	2	2	33	1.18
81146152--81146643	44	11.2	44	88	1	700	27	28	14	28	1.95
81158597--81158747	15	10.4	14	70	21	55	62	0	6	29	1.25
81158591--81158751	29	5.2	28	70	24	80	62	1	6	30	1.28
81158650--81158738	10	8.9	10	72	17	60	62	1	3	32	1.19
81158654--81158722	17	4.2	16	78	9	68	62	0	4	33	1.15
81158650--81158747	40	2.3	42	81	10	112	64	1	3	31	1.16
81158650--81158738	19	4.4	20	72	19	69	62	1	3	32	1.19
81158656--81158749	30	3.2	29	78	15	104	63	1	3	31	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81158654--81158751	15	6.5	15	73	24	82	63	1	3	32	1.17
81163004--81163249	43	5.7	43	85	0	258	39	16	15	28	1.89
81163007--81163248	129	1.9	129	84	0	322	40	16	15	28	1.88
81163004--81163292	86	3.4	86	79	2	267	40	16	15	26	1.89
81163171--81163366	43	4.6	43	77	5	164	39	15	18	26	1.91
81163009--81163286	129	2.2	129	80	2	281	40	16	15	26	1.89
81170427--81170478	25	2.1	25	82	7	61	26	5	0	67	1.13
81170440--81170478	19	2.1	19	85	0	51	28	7	0	64	1.21
81172820--81172878	22	2.7	23	73	21	63	57	8	10	23	1.59
81175697--81175729	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
81175683--81175796	14	7.9	14	70	18	74	31	6	0	62	1.20
81175758--81175800	17	2.4	17	84	7	59	34	0	0	65	0.93
81194674--81194705	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
81203999--81204047	22	2.2	20	77	19	53	51	26	4	18	1.64
81204807--81204932	43	2.9	43	85	4	139	33	26	16	23	1.96
81208606--81208663	24	2.4	24	91	5	91	51	0	32	15	1.44
81216539--81216612	33	2.2	33	87	0	103	16	27	33	22	1.95
81220768--81220816	25	2.0	25	95	0	89	28	4	14	53	1.59
81231062--81231236	46	3.8	46	78	10	194	28	29	21	21	1.98
81231070--81231241	93	1.8	93	91	0	281	27	29	21	20	1.98
81232527--81232617	26	3.5	26	78	3	110	31	27	13	27	1.94
81232549--81232643	27	3.6	27	81	2	129	29	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81232527--81232643	53	2.2	53	95	0	207	31	26	13	28	1.94
81232783--81232872	32	2.8	33	80	9	105	42	25	3	28	1.71
81238486--81238528	19	2.3	19	79	0	50	11	11	18	58	1.63
81238580--81238623	19	2.3	19	92	0	70	11	11	27	50	1.72
81238550--81238586	3	12.7	3	94	5	67	0	0	32	67	0.91
81239673--81239734	30	2.1	30	93	0	106	27	1	11	59	1.41
81239677--81239741	30	2.2	30	88	0	94	27	3	12	56	1.50
81241299--81241337	16	2.5	15	80	19	53	28	5	5	61	1.39
81241291--81241334	18	2.7	16	86	10	54	29	4	4	61	1.36
81241846--81241942	41	2.3	41	96	1	176	42	6	8	43	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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