genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64854076--64854170	45	2.1	45	98	0	181	15	25	30	28	1.96
64856640--64856673	17	2.0	17	94	0	59	47	11	2	38	1.55
64856744--64856870	63	2.0	63	100	0	254	37	12	6	43	1.68
64859582--64859618	18	2.1	18	89	0	56	21	24	0	54	1.45
64863053--64863237	40	4.6	39	83	7	205	23	22	28	25	1.99
64863054--64863270	79	2.7	78	76	12	219	25	21	27	25	2.00
64864641--64864690	20	2.9	16	85	11	55	56	0	8	36	1.29
64865734--64865789	22	2.5	22	86	11	71	35	3	0	60	1.14
64865763--64865855	14	6.0	14	69	20	51	35	2	0	62	1.07
64865757--64865859	16	6.1	16	70	15	64	34	1	0	63	1.06
64867126--64867159	14	2.4	14	90	0	50	14	17	0	67	1.23
64867439--64867484	19	2.3	20	82	10	51	26	6	0	67	1.15
64868474--64868524	16	3.2	16	97	0	93	52	13	11	21	1.72
64874110--64874246	40	3.4	40	84	0	184	21	14	27	35	1.93
64874228--64874282	28	2.0	28	96	0	101	25	12	29	32	1.93
64876849--64877013	42	3.9	41	77	6	161	27	14	26	30	1.95
64882034--64882077	22	2.0	23	86	4	63	34	4	20	40	1.73
64894286--64894322	18	2.1	18	94	0	65	43	21	8	27	1.80
64896875--64896916	21	2.0	21	95	0	75	35	19	7	38	1.79
64899656--64899719	30	2.1	30	97	0	119	34	18	7	39	1.80
64906396--64906573	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
64906417--64906572	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64912100--64912144	23	2.0	23	95	0	81	33	13	33	20	1.91
64912101--64912152	23	2.3	23	89	0	77	32	19	28	19	1.96
64913596--64913761	43	3.9	42	75	10	140	33	24	17	24	1.96
64916427--64916582	68	2.3	68	76	13	151	20	28	16	35	1.94
64932644--64932704	28	2.2	27	85	2	77	39	19	16	24	1.92
64934308--64934428	46	2.6	48	84	5	140	29	15	26	28	1.96
64937886--64938097	46	4.5	46	79	11	175	28	19	29	23	1.98
64937880--64938101	93	2.4	94	79	9	231	27	19	29	23	1.98
64937880--64938101	47	4.7	46	74	11	175	27	19	29	23	1.98
64941409--64941437	9	3.2	9	100	0	58	44	0	34	20	1.52
64944887--64944963	27	2.8	28	78	6	75	27	18	35	19	1.95
64945222--64945561	27	12.7	27	80	3	330	39	20	9	31	1.83
64945222--64945588	81	4.6	81	81	3	393	39	19	9	31	1.85
64945525--64945606	27	3.0	27	90	0	128	36	15	18	29	1.92
64948403--64948439	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
64949350--64949407	26	2.2	26	96	0	107	29	25	31	13	1.94
64949393--64949444	27	2.0	27	84	3	70	25	15	25	34	1.95
64949395--64949452	27	2.2	26	81	3	62	24	17	27	31	1.97
64951930--64952701	389	2.0	380	95	2	1382	29	16	24	29	1.96
64956013--64956070	30	1.9	30	89	0	89	34	10	20	34	1.87
64956405--64956617	46	4.6	45	77	9	153	30	19	28	22	1.98
64966750--64966787	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64967016--64967184	46	3.7	45	79	12	182	28	28	20	21	1.98
64967017--64967187	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
64974337--64974374	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
64974603--64974767	46	3.6	46	75	8	163	30	26	18	23	1.98
64975194--64975253	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
64978154--64978360	53	3.8	54	78	4	220	36	17	24	21	1.94
64979367--64979467	27	3.8	26	87	6	139	35	20	24	18	1.95
64979367--64979477	54	2.1	53	89	1	168	35	21	25	18	1.95
64980912--64980988	24	3.2	24	90	0	118	20	41	3	33	1.71
64988779--64988813	16	2.2	16	94	0	61	40	0	22	37	1.55
64990779--64990854	36	2.1	36	85	4	100	17	15	28	38	1.90
64998490--64998673	40	4.6	39	79	9	185	25	22	27	24	2.00
64998542--64998706	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
65002807--65002985	27	6.6	27	84	3	207	30	27	15	26	1.96
65002828--65002983	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65009166--65009350	40	4.7	40	78	10	184	24	22	27	25	2.00
65009219--65009383	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	25	1.99
65011533--65011739	67	3.1	65	76	12	192	24	28	15	30	1.96
65024882--65024922	22	1.9	22	85	5	57	39	12	7	41	1.70
65027682--65027754	31	2.4	30	79	4	83	26	26	13	34	1.93
65027684--65027904	30	7.3	29	74	9	158	25	24	12	38	1.90
65027719--65027903	90	2.1	90	88	0	271	25	23	11	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65030035--65030178	43	3.3	43	81	9	150	28	15	26	29	1.96
65034136--65034192	30	1.9	30	88	0	87	15	19	42	22	1.89
65038780--65038858	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65038979--65039408	49	9.0	49	92	4	691	29	30	8	31	1.87
65038977--65039408	96	4.5	96	94	1	742	29	30	8	31	1.87
65044928--65044994	30	2.2	30	83	2	80	23	29	11	34	1.91
65044986--65045064	29	2.7	30	82	7	108	17	24	12	45	1.83
65044992--65045175	30	6.2	29	73	6	111	21	24	13	41	1.88
65045033--65045202	89	1.9	90	81	3	209	22	24	13	38	1.91
65047475--65047657	78	2.3	81	82	6	223	25	22	27	24	2.00
65047474--65047657	40	4.7	40	82	8	216	25	22	27	25	2.00
65047527--65047690	79	2.1	77	82	5	195	26	20	27	25	1.99
65055383--65055567	40	4.7	40	81	6	207	25	22	27	24	2.00
65055383--65055567	79	2.3	81	82	7	227	25	22	27	24	2.00
65055436--65055600	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
65069280--65069481	40	5.2	40	88	5	299	22	22	26	28	1.99
65069268--65069481	77	2.7	78	89	5	317	23	22	26	27	1.99
65077340--65077545	40	5.2	40	94	0	351	22	22	26	28	1.99
65081457--65081496	17	2.4	17	84	12	55	80	2	15	2	0.93
65084962--65085184	40	5.6	40	83	7	267	24	21	28	25	1.99
65085014--65085184	79	2.2	79	92	2	281	24	21	28	25	1.99
65085014--65085217	79	2.6	80	85	6	247	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65093137--65093239	39	2.6	39	86	6	118	24	23	28	24	2.00
65093097--65093260	40	4.1	40	80	10	176	24	23	28	24	2.00
65093097--65093248	79	1.9	80	81	6	184	24	23	28	24	2.00
65095988--65096079	38	2.4	40	87	7	136	38	8	9	43	1.69
65098726--65098903	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65098747--65098902	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65103224--65103402	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
65103250--65103400	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
65103952--65103976	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
65107619--65107664	22	2.1	22	92	8	76	32	8	19	39	1.82
65124443--65124619	40	4.4	40	89	2	259	23	21	28	26	1.99
65128435--65128459	13	1.9	13	100	0	50	48	8	12	32	1.69
65128712--65128820	50	2.1	52	85	6	143	31	13	13	41	1.84
65128728--65128828	52	2.0	50	82	7	123	33	14	12	38	1.85
65129067--65129112	24	1.9	24	95	0	83	32	15	28	23	1.95
65131278--65131338	22	2.8	22	75	7	61	67	1	22	8	1.27
65131405--65131456	18	2.8	19	77	16	72	65	0	25	9	1.23
65133181--65133210	15	1.9	16	93	6	53	36	0	3	60	1.14
65133286--65133387	52	2.0	50	83	7	125	33	12	14	39	1.84
65133663--65133691	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
65137127--65137176	24	2.1	24	92	0	82	30	14	26	30	1.94
65138319--65138367	24	2.0	23	81	14	55	44	4	0	51	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65140188--65140263	25	3.0	25	96	1	134	35	3	39	21	1.72
65141218--65141265	8	6.0	8	85	9	71	47	25	22	4	1.69
65141222--65141265	16	2.8	16	96	0	79	43	27	25	4	1.74
65141681--65141792	27	4.2	27	89	1	154	15	24	21	39	1.91
65145280--65145306	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
65145787--65145963	27	6.5	27	84	3	203	26	15	28	29	1.96
65145787--65145942	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
65145787--65145963	82	2.2	81	84	3	221	26	15	28	29	1.96
65151177--65151397	40	5.6	40	85	5	288	27	28	21	23	1.99
65159600--65159820	40	5.6	40	84	3	277	27	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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