genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12484730--12484960	117	2.0	117	95	0	417	40	14	19	25	1.90
12485490--12485579	42	2.2	41	85	2	117	22	35	16	25	1.95
12488184--12488208	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12492307--12492347	21	2.0	21	95	0	73	31	21	26	19	1.97
12499845--12500090	132	1.9	132	83	1	323	35	20	17	26	1.95
12500787--12500811	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
12513968--12514018	11	4.6	11	77	15	52	68	17	11	1	1.29
12516426--12516467	16	2.6	17	81	11	52	54	9	0	35	1.33
12518201--12518337	45	3.1	45	85	4	181	32	27	16	24	1.96
12518202--12518328	43	2.9	44	86	5	177	31	26	17	24	1.97
12521637--12521700	21	3.4	21	65	34	63	43	15	4	35	1.68
12521639--12521710	35	2.1	35	100	0	144	45	13	5	34	1.67
12529721--12529754	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
12530470--12530509	20	2.0	20	90	9	64	70	2	5	22	1.19
12535039--12535078	22	1.9	22	85	10	57	60	0	7	32	1.25
12535541--12535581	3	13.7	3	87	10	57	65	2	0	31	1.05
12538349--12538392	18	2.4	18	96	0	79	25	20	27	27	1.99
12543139--12543500	45	8.1	45	89	3	536	27	29	19	23	1.98
12552746--12552784	22	1.9	21	85	15	55	58	0	7	33	1.26
12553237--12553280	3	15.7	3	86	9	58	68	2	0	29	1.02
12553248--12553292	24	1.9	23	90	4	72	68	2	2	26	1.12
12554421--12554452	17	2.0	17	88	11	50	25	0	6	68	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12561030--12561070	18	2.4	17	84	8	55	51	2	12	34	1.52
12572015--12572079	30	2.2	30	82	0	76	27	18	15	38	1.91
12577147--12577177	15	2.1	15	100	0	62	38	25	6	29	1.81
12585538--12585594	28	1.9	31	86	10	84	47	7	3	42	1.47
12592717--12593293	2	283.5	2	75	13	500	42	6	4	46	1.48
12592721--12593293	15	38.5	15	72	17	257	42	6	4	46	1.48
12596234--12596259	12	2.2	12	100	0	52	42	7	15	34	1.75
12598398--12598465	34	2.0	34	97	0	127	33	25	20	20	1.97
12599813--12599868	27	2.2	25	81	12	60	64	5	3	26	1.32
12599988--12600046	25	2.4	25	82	5	75	64	1	3	30	1.20
12600070--12600136	25	2.7	24	80	15	73	53	2	7	35	1.44
12600385--12600449	28	2.3	29	76	10	73	64	4	6	24	1.36
12600687--12600731	19	2.4	19	100	0	90	40	20	17	22	1.92
12606618--12606662	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
12612233--12612369	44	2.9	48	69	12	120	29	18	18	32	1.95
12612251--12613248	44	21.7	44	72	12	488	29	17	22	30	1.97
12612249--12612601	94	3.8	93	88	3	465	27	18	21	32	1.96
12612536--12613040	89	5.6	87	72	10	232	30	16	22	29	1.96
12612858--12613115	139	1.9	132	85	7	356	28	17	24	29	1.97
12612533--12613249	324	2.2	319	87	2	1008	30	17	22	29	1.97
12613173--12613265	44	2.1	44	83	0	114	30	19	24	25	1.98
12614863--12614891	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12618489--12618530	20	2.1	20	82	8	50	9	26	11	52	1.68
12620924--12621056	48	2.8	47	88	2	187	36	30	13	20	1.91
12620920--12621056	46	2.9	46	87	2	193	35	31	13	19	1.90
12624114--12624289	46	3.8	46	74	12	180	21	21	28	28	1.98
12624111--12624282	93	1.8	93	92	0	290	22	21	28	27	1.99
12626280--12626329	23	2.2	22	80	16	57	38	0	2	60	1.09
12626289--12626335	23	2.0	24	87	4	69	31	0	2	65	1.04
12626352--12626432	40	2.0	40	85	0	108	24	2	9	62	1.38
12627124--12627184	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12628356--12628394	21	1.9	20	84	5	51	43	20	2	33	1.65
12632311--12632495	40	4.7	40	80	6	198	23	20	28	27	1.99
12634623--12634715	24	3.9	24	90	1	125	38	19	19	22	1.93
12634623--12634739	48	2.4	48	84	7	139	36	19	19	23	1.95
12640826--12640871	17	2.9	17	78	12	53	39	21	2	36	1.66
12643853--12644030	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
12643874--12644029	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
12643853--12644042	82	2.3	83	77	12	212	30	26	14	27	1.95
12651950--12652127	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
12651971--12652126	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
12651950--12652139	82	2.3	83	77	12	212	30	26	14	27	1.95
12669085--12669362	49	5.6	49	83	3	349	29	24	19	26	1.98
12669068--12669360	100	2.9	100	92	0	469	29	23	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12680477--12680507	14	2.1	15	94	5	55	19	6	12	61	1.53
12687361--12687482	44	2.9	41	80	10	129	20	18	28	31	1.97
12695218--12695327	43	2.6	43	83	0	130	26	30	20	23	1.98
12701555--12701606	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
12711073--12711280	67	3.2	65	77	11	201	32	16	27	22	1.96
12716388--12716416	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
12727089--12727128	21	1.9	21	85	10	55	42	12	30	15	1.83
12731838--12732015	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
12731839--12731994	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
12731835--12732015	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
12739776--12739953	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
12739777--12739932	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
12739773--12739953	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
12755127--12755179	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
12756446--12756593	48	3.1	48	88	0	224	38	7	24	29	1.83
12763058--12763284	44	5.1	43	63	21	110	34	21	23	20	1.96
12762938--12763327	89	4.4	89	89	0	541	32	21	23	22	1.98
12762938--12763328	178	2.2	177	90	1	606	32	21	23	22	1.98
12763293--12763407	44	2.6	45	80	6	137	32	21	21	24	1.98
12762938--12763406	178	2.6	178	85	3	509	33	21	22	23	1.98
12775255--12775381	55	2.3	55	82	6	143	35	20	15	28	1.93
12775252--12775384	27	4.9	27	81	1	149	35	20	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12776770--12776808	12	3.2	12	85	0	51	25	43	0	30	1.55
12780901--12780999	28	3.5	29	83	10	116	28	16	27	28	1.97
12788852--12788950	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
12797221--12797259	6	6.5	6	96	0	69	15	2	0	82	0.79
12797226--12797266	18	2.3	18	86	0	55	19	4	0	75	0.98
12799831--12799896	32	2.1	32	97	0	123	33	13	27	25	1.94
12801791--12801832	5	7.8	5	94	5	57	16	0	0	83	0.65
12801791--12801833	6	7.7	6	97	2	65	16	0	0	83	0.64
12815632--12815725	33	2.8	33	83	1	107	27	19	26	26	1.99
12826342--12826487	27	5.4	26	75	8	132	34	17	19	28	1.94
12826343--12826473	54	2.4	54	82	2	156	35	17	18	29	1.94
12845131--12845319	27	7.0	27	78	2	182	36	17	20	25	1.94
12845132--12845315	54	3.4	54	82	5	203	36	16	20	26	1.93
12845130--12845287	81	2.0	81	87	5	230	37	17	20	24	1.93
12845930--12846038	27	4.1	26	85	5	137	17	22	22	38	1.93
12846205--12846242	12	3.2	12	78	14	51	18	13	13	55	1.69
12846230--12846263	18	1.9	17	88	5	50	23	11	14	50	1.76
12846202--12846257	24	2.3	24	75	6	60	21	14	10	53	1.70
12850764--12850792	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
12853013--12853053	17	2.3	19	84	16	52	46	17	4	31	1.69
12853537--12853581	6	7.5	6	92	0	72	82	0	4	13	0.82
12853537--12853583	24	2.0	24	95	0	85	80	0	6	12	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12862740--12862777	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
12863007--12863177	93	1.8	93	92	2	290	29	28	20	21	1.98
12863002--12863174	46	3.7	46	79	11	201	30	27	20	21	1.98
12863597--12863656	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
12876401--12876591	45	4.3	45	70	10	124	29	20	26	24	1.99
12876667--12877304	44	14.7	44	69	9	337	28	18	24	27	1.98
12876472--12876867	130	3.0	130	85	1	506	29	19	24	27	1.98
12876667--12877213	88	6.3	88	75	11	427	28	18	25	27	1.98
12876629--12877086	218	2.1	217	91	0	729	29	17	25	27	1.98
12876847--12877304	129	3.5	129	93	2	740	28	18	24	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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