genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11208836--11208894	30	2.0	30	86	0	82	20	38	27	13	1.90
11213868--11213901	13	2.6	13	90	0	50	20	2	2	73	1.09
11215677--11215749	35	2.1	35	100	0	146	35	8	23	32	1.84
11219151--11219228	34	2.3	35	86	4	106	44	12	10	32	1.76
11219777--11219876	49	2.0	49	84	0	128	23	35	15	27	1.94
11219789--11219933	49	2.9	49	77	1	137	24	34	15	25	1.94
11221049--11221241	91	2.1	90	89	1	289	27	24	16	31	1.96
11223893--11224197	55	5.7	54	75	18	252	27	20	18	33	1.96
11223893--11224194	105	2.9	100	81	12	342	26	21	18	33	1.96
11223894--11224194	156	1.9	155	83	12	389	26	21	18	33	1.96
11225617--11225775	77	2.0	79	90	2	250	22	18	21	38	1.93
11225894--11226052	77	2.0	79	90	2	250	22	18	21	38	1.93
11225552--11226106	277	2.0	277	100	0	1110	27	16	19	36	1.93
11229675--11229736	26	2.7	21	69	23	52	41	1	1	54	1.19
11230718--11230760	20	2.2	20	87	4	61	74	6	2	16	1.14
11241209--11241342	72	1.9	72	92	1	225	25	14	11	47	1.79
11241816--11241943	68	1.9	67	90	1	202	24	14	16	44	1.85
11248526--11248593	35	1.9	35	87	0	100	39	17	11	30	1.86
11248527--11248602	35	2.2	35	80	4	91	40	19	11	27	1.87
11249504--11249533	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
11263630--11263726	40	2.5	40	83	3	117	38	35	12	14	1.84
11266123--11266164	11	3.6	11	81	12	57	59	4	0	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11276503--11276540	20	1.9	20	94	0	67	21	39	28	10	1.86
11281894--11281964	3	23.3	3	85	2	97	32	2	1	63	1.18
11289873--11289924	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
11289882--11289925	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
11294341--11294409	15	4.5	15	75	20	61	5	10	7	76	1.14
11295119--11295266	49	3.0	49	78	10	162	28	10	2	58	1.46
11295119--11295321	99	2.1	99	81	10	238	29	8	3	58	1.47
11295134--11295628	26	19.5	24	70	18	244	29	6	3	60	1.38
11295253--11295628	26	14.6	26	74	12	269	30	4	3	61	1.32
11295505--11295628	25	4.9	24	75	14	99	31	4	0	63	1.18
11295325--11295618	157	1.9	153	82	9	364	30	5	2	61	1.31
11295119--11295628	51	10.1	50	72	13	255	29	6	3	60	1.38
11299642--11299672	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77
11299639--11299701	8	7.9	8	84	10	67	79	1	17	1	0.89
11301179--11301271	46	2.0	46	89	4	143	30	18	26	24	1.98
11301278--11301409	50	2.6	50	87	0	183	28	17	22	31	1.97
11301379--11301990	44	13.7	43	74	9	368	30	18	23	27	1.97
11301381--11301781	89	4.5	88	79	4	394	30	19	23	25	1.98
11301382--11301991	133	4.5	134	75	7	511	30	18	23	27	1.98
11303335--11303487	49	3.1	49	79	6	182	28	9	2	59	1.42
11303539--11303632	48	2.0	47	82	13	115	31	4	4	59	1.36
11303591--11303822	26	9.1	24	70	17	91	29	6	3	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11303375--11303839	51	9.2	50	69	18	178	28	6	3	60	1.39
11303715--11303833	25	4.7	25	71	15	93	26	4	0	68	1.13
11311924--11311954	10	3.1	10	90	0	53	16	29	3	51	1.59
11318400--11318506	55	1.9	55	94	3	189	34	18	13	33	1.89
11319356--11319389	15	2.3	15	89	0	50	64	0	26	8	1.22
11320047--11320190	78	1.8	78	92	2	245	27	9	22	40	1.85
11320905--11320958	27	2.0	27	100	0	108	22	18	7	51	1.70
11323065--11323133	36	1.9	36	93	0	120	40	20	4	34	1.72
11324613--11324658	23	2.0	23	91	0	74	45	6	19	28	1.75
11326118--11326142	11	2.3	11	100	0	50	0	20	0	80	0.72
11326170--11326204	18	1.9	18	88	11	54	68	8	0	22	1.16
11327030--11327069	21	1.9	21	90	10	64	30	10	0	60	1.30
11327001--11327065	33	2.0	33	82	11	80	27	7	0	64	1.20
11338973--11339035	28	2.2	28	94	0	108	30	17	11	41	1.84
11339398--11339449	11	4.9	11	75	17	56	38	19	9	32	1.84
11341206--11341281	22	3.4	22	75	8	73	25	3	2	68	1.20
11341234--11341286	25	2.2	25	82	3	63	26	3	1	67	1.17
11341808--11341842	18	1.9	18	88	0	52	37	8	8	45	1.65
11342776--11342834	25	2.3	26	85	2	75	59	1	6	32	1.34
11342777--11342872	25	3.7	25	68	16	61	56	3	8	32	1.45
11344871--11345018	74	2.0	74	100	0	296	40	6	5	47	1.53
11345685--11345716	13	2.4	14	94	5	57	40	46	0	12	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11346160--11346188	14	2.0	15	93	6	51	0	10	6	82	0.83
11346236--11346262	11	2.5	11	100	0	54	85	0	0	14	0.61
11347023--11347063	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
11347109--11347214	53	2.0	53	96	0	194	32	5	8	53	1.54
11347359--11347392	15	2.3	15	89	0	50	32	2	0	64	1.08
11347374--11347430	21	2.7	21	77	0	51	31	10	1	56	1.44
11358816--11358924	40	2.8	40	94	1	184	45	14	23	15	1.83
11359814--11359967	79	1.9	79	93	0	263	27	17	20	34	1.95
11359876--11360205	85	3.7	92	81	10	364	26	17	17	38	1.92
11360163--11360311	54	2.8	54	88	2	210	32	12	17	37	1.88
11360929--11360962	13	2.5	13	95	4	59	41	44	0	14	1.45
11361404--11361433	15	2.0	15	93	0	51	0	10	6	83	0.81
11362225--11362286	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
11362698--11362759	24	2.6	21	76	18	52	32	4	4	58	1.40
11365639--11365675	6	6.3	6	96	3	67	0	13	0	86	0.57
11369153--11369225	31	2.4	31	83	0	101	45	13	9	31	1.76
11369571--11369640	36	2.2	31	71	26	72	35	2	15	45	1.61
11369580--11369653	36	2.1	36	97	0	139	37	4	13	44	1.63
11371446--11371487	16	2.7	15	76	20	50	57	2	7	33	1.39
11371711--11371822	23	4.9	23	70	20	67	56	6	7	30	1.51
11371780--11371822	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
11372450--11372502	13	4.0	13	76	13	54	22	0	3	73	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11372539--11372588	17	3.0	16	80	8	55	74	0	8	18	1.06
11373577--11373791	87	2.5	87	96	0	394	32	18	16	32	1.93
11373795--11373851	30	1.9	30	89	7	89	45	24	8	21	1.80
11373922--11373970	24	2.0	24	100	0	98	26	24	16	32	1.96
11374001--11374241	79	3.1	77	82	6	270	34	19	18	28	1.95
11374143--11374331	92	2.1	91	83	5	229	34	19	20	25	1.96
11374245--11374409	75	2.1	77	86	6	237	30	20	19	29	1.97
11374064--11374561	168	3.0	167	89	3	723	31	19	19	29	1.96
11374492--11374616	64	2.0	64	91	0	205	23	24	16	35	1.95
11374417--11374693	141	2.0	138	85	7	371	27	23	17	30	1.97
11377028--11377081	27	2.0	28	82	10	67	59	1	5	33	1.31
11377840--11377984	30	4.8	30	93	0	245	22	3	48	24	1.66
11377840--11377984	60	2.4	60	97	0	272	22	3	48	24	1.66
11378731--11378793	14	4.5	14	82	7	65	61	3	12	22	1.45
11378734--11378766	15	2.2	15	94	0	57	69	0	9	21	1.15
11378750--11378793	13	3.3	13	81	6	52	63	4	13	18	1.46
11378776--11379024	74	3.3	74	81	8	270	36	20	18	25	1.94
11378816--11379018	77	2.7	74	84	7	250	35	20	16	26	1.94
11378962--11379072	54	2.1	54	87	0	159	42	16	11	29	1.83
11379159--11379193	17	2.1	17	89	5	54	65	5	17	11	1.43
11379281--11379720	74	5.7	73	70	16	314	33	23	15	27	1.95
11379260--11379577	73	4.2	71	76	11	269	35	22	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11379496--11379660	87	1.9	87	89	2	260	36	22	14	26	1.92
11379729--11379757	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
11379645--11379813	93	1.8	92	88	6	261	34	20	16	28	1.95
11379737--11380718	73	13.0	73	81	9	1080	32	21	17	28	1.96
11379743--11380646	225	4.0	225	94	2	1517	32	22	17	28	1.96
11380416--11380443	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
11379812--11380718	150	5.9	153	80	11	944	32	21	17	28	1.96
11380192--11380646	238	1.9	238	96	0	840	32	21	18	27	1.96
11380431--11380718	145	2.0	147	85	3	393	32	21	18	27	1.96
11394855--11394985	47	2.7	48	87	6	178	6	22	9	61	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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