genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  128  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39062976--39063144	40	4.3	40	89	2	207	24	20	28	26	1.99
39062923--39063146	80	2.8	79	82	4	245	24	20	28	26	1.99
39062998--39063179	78	2.3	80	80	3	217	25	20	28	25	1.99
39070810--39070992	40	4.5	42	79	9	139	24	21	28	26	1.99
39070863--39070995	39	3.3	40	85	6	153	23	21	28	27	1.99
39078677--39078859	40	4.6	40	84	7	160	24	20	28	27	1.99
39078730--39078859	40	3.3	40	91	3	192	23	20	29	27	1.98
39080742--39080823	40	2.0	40	95	0	146	19	12	36	31	1.89
39081614--39081801	27	7.0	27	87	0	234	35	19	20	23	1.96
39082108--39082178	33	2.2	33	94	0	124	26	22	26	23	2.00
39083375--39083486	43	2.6	42	76	8	120	31	20	19	28	1.97
39083375--39083537	86	1.9	85	82	8	206	33	19	19	28	1.96
39085148--39085189	20	2.1	20	86	8	59	40	0	16	42	1.48
39085350--39085430	23	3.6	23	83	3	110	17	24	19	38	1.93
39088120--39088164	21	2.2	20	88	7	65	24	13	33	28	1.93
39089230--39089263	18	1.9	18	88	5	52	41	5	17	35	1.74
39092362--39092392	16	1.9	16	93	0	53	45	12	22	19	1.84
39096446--39096554	43	2.6	43	81	11	120	25	20	27	26	1.99
39098069--39098116	24	2.0	24	100	0	96	54	4	16	25	1.60
39104819--39104927	42	2.6	42	82	7	125	24	19	27	28	1.98
39107395--39107468	9	8.2	9	89	0	94	41	22	9	25	1.84
39107558--39107612	28	1.9	29	88	3	85	23	1	25	49	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39108087--39108151	27	2.4	27	89	0	103	33	18	23	24	1.96
39108288--39108339	27	2.0	27	84	3	70	21	23	21	34	1.97
39129722--39129848	39	3.2	40	80	11	156	23	22	28	25	1.99
39132267--39132396	27	4.9	27	83	2	174	28	23	9	38	1.86
39132397--39132496	27	3.7	27	87	0	137	39	22	11	28	1.87
39132487--39132619	27	5.0	27	82	3	153	35	17	21	26	1.95
39132823--39132892	25	2.8	25	88	0	104	25	24	21	28	1.99
39133970--39134109	69	2.0	69	94	0	244	37	13	17	30	1.89
39135332--39135383	27	1.9	27	84	0	68	40	21	7	30	1.81
39135372--39135529	27	5.9	27	89	3	221	29	23	8	38	1.85
39135506--39135618	27	4.2	27	80	7	86	36	23	11	28	1.90
39135359--39135537	54	3.3	54	81	2	200	32	23	8	35	1.85
39135506--39135618	54	2.1	54	83	0	136	36	23	11	28	1.90
39135520--39135621	27	3.8	27	86	0	141	37	22	11	28	1.89
39135522--39135702	54	3.4	54	83	3	195	35	21	15	27	1.93
39135572--39135744	27	6.4	27	80	2	179	34	20	19	25	1.96
39135520--39135715	81	2.4	80	81	5	198	36	19	16	27	1.93
39135572--39135743	54	3.2	54	83	1	202	34	19	19	25	1.96
39135947--39136029	25	3.4	25	91	1	123	27	22	24	25	2.00
39135947--39136041	50	1.9	50	82	8	122	26	24	24	25	2.00
39146014--39146040	14	1.9	14	100	0	54	40	0	29	29	1.57
39147826--39147867	21	2.0	21	100	0	84	38	19	14	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39149959--39150004	19	2.3	20	82	14	60	26	0	23	50	1.50
39152281--39152383	42	2.4	43	79	7	104	27	20	25	27	1.99
39160263--39160531	40	6.8	40	90	1	373	27	28	20	24	1.99
39160270--39160531	119	2.2	120	86	4	370	27	27	20	24	1.99
39162886--39163005	43	2.9	41	75	13	118	25	20	26	26	1.99
39173790--39173845	29	1.9	29	88	0	85	16	19	23	41	1.90
39173877--39173916	21	2.0	20	86	13	57	12	7	45	35	1.70
39175736--39175959	27	8.3	27	81	0	223	35	18	19	26	1.95
39175736--39175957	81	2.7	82	83	3	261	35	18	19	26	1.95
39176099--39176152	27	2.0	27	85	0	72	22	22	20	35	1.96
39192940--39193006	28	2.4	28	87	9	93	32	25	13	28	1.93
39200261--39200429	46	3.6	46	74	14	141	28	19	28	23	1.98
39200302--39200429	46	2.7	46	80	7	150	28	19	30	21	1.97
39208855--39208991	45	3.1	45	79	9	147	22	17	14	45	1.85
39212425--39212453	9	3.3	9	95	4	51	44	0	6	48	1.29
39215090--39215321	40	5.8	41	83	4	285	24	21	28	26	1.99
39215090--39215341	120	2.1	120	90	2	400	24	20	27	27	1.99
39215090--39215321	80	2.9	80	86	1	322	24	21	28	26	1.99
39223082--39223332	40	6.3	40	82	5	287	23	20	28	27	1.99
39223082--39223312	79	2.9	80	87	2	331	24	20	28	26	1.99
39223082--39223332	119	2.1	119	90	2	398	23	20	28	27	1.99
39234504--39234586	43	1.9	43	82	4	105	24	12	25	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39234561--39234651	43	2.1	42	81	2	101	30	17	19	31	1.95
39256268--39256472	86	2.5	76	78	16	223	23	20	27	27	1.99
39256220--39256389	39	4.4	39	83	7	204	23	21	26	28	1.99
39256304--39256472	86	2.0	87	89	5	263	23	21	28	26	1.99
39264221--39264452	40	5.8	41	84	4	294	24	21	28	26	1.99
39264221--39264472	120	2.1	120	91	2	409	23	20	28	27	1.99
39264221--39264452	80	2.9	80	87	1	331	24	21	28	26	1.99
39273549--39273589	17	2.4	17	83	4	55	21	9	0	68	1.18
39274838--39274918	35	2.2	35	85	12	101	60	3	3	32	1.32
39275123--39275211	19	5.0	17	74	15	65	31	3	1	64	1.17
39275123--39275211	9	10.0	9	73	20	64	31	3	1	64	1.17
39275170--39275283	61	1.9	58	81	12	133	30	2	3	63	1.25
39288210--39288302	30	3.1	29	82	3	96	36	18	16	29	1.92
39292826--39292868	22	2.0	22	90	9	70	37	0	25	37	1.56
39296106--39296213	43	2.5	43	78	0	126	29	16	20	33	1.95
39298251--39298334	43	2.0	43	85	4	116	28	25	19	27	1.98
39305354--39305437	43	2.0	43	83	9	109	29	28	16	25	1.97
39307448--39307484	11	3.5	11	88	3	58	37	8	29	24	1.84
39310971--39311025	19	3.0	17	92	5	65	34	21	9	34	1.85
39310979--39311025	19	2.5	19	100	0	94	34	23	10	31	1.89
39313052--39313155	27	3.9	27	79	8	79	38	21	9	30	1.85
39313080--39313168	27	3.3	27	84	6	110	40	17	11	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39313572--39313660	28	2.8	32	77	16	96	28	20	22	29	1.98
39313574--39313668	33	3.0	31	75	20	90	28	21	23	27	1.99
39316540--39316604	26	2.4	27	92	2	105	40	15	9	35	1.79
39317689--39317784	40	2.4	41	86	6	126	25	17	32	25	1.97
39325137--39325231	39	2.4	42	81	16	130	26	15	30	27	1.96
39332780--39332811	15	2.2	15	94	5	57	25	6	12	56	1.59
39338230--39338450	40	5.6	40	86	4	297	26	29	22	21	1.99
39351516--39351858	40	8.6	40	90	2	476	24	20	27	27	1.99
39359599--39359865	40	6.7	40	95	0	446	23	19	29	27	1.98
39365109--39365533	40	10.6	40	92	1	672	28	20	27	24	1.99
39373389--39373608	40	5.6	41	83	6	276	26	29	22	21	1.99
39383078--39383114	18	2.1	18	100	0	74	32	10	29	27	1.90
39386193--39386411	48	4.6	48	87	0	294	26	29	18	26	1.98
39392484--39392778	41	7.2	40	78	7	148	37	16	25	20	1.93
39392525--39392758	123	1.9	124	86	2	337	38	16	25	19	1.92
39392508--39392775	123	2.2	122	77	10	301	37	16	25	20	1.93
39392484--39392778	82	3.6	81	75	5	261	37	16	25	20	1.93
39395964--39396046	31	2.7	31	87	3	125	30	26	14	28	1.95
39396259--39396328	25	2.8	25	86	0	95	28	22	21	27	1.99
39397139--39397215	27	2.9	27	77	11	77	20	19	20	38	1.93
39397329--39397442	27	4.2	27	80	4	131	29	7	21	42	1.79
39397373--39397475	27	3.8	27	77	8	111	28	11	20	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39397474--39397592	27	4.4	27	96	0	220	40	9	23	26	1.85
39399338--39399367	15	2.0	15	93	0	51	43	33	0	23	1.54
39403917--39403969	25	2.1	26	92	3	90	37	26	7	28	1.83
39404087--39404194	27	4.0	26	84	7	117	18	21	23	37	1.95
39411531--39412924	48	28.9	48	91	3	1822	34	6	28	30	1.82
39412151--39412207	29	2.0	29	100	0	114	28	12	31	28	1.93
39412055--39412300	125	2.0	125	96	0	456	34	7	27	30	1.84
39412362--39412420	28	2.1	28	100	0	118	35	6	28	28	1.83
39415422--39415528	27	4.0	27	85	6	137	35	21	24	18	1.96
39415422--39415528	54	2.0	53	90	1	169	35	21	24	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295