genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72934417--72934597	40	4.6	40	93	2	294	27	27	22	23	1.99
72940725--72940795	24	3.0	24	93	0	115	35	1	36	26	1.66
72942969--72943146	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72942970--72943125	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72942966--72943146	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72951088--72951265	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72951089--72951244	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72951085--72951265	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72953366--72953477	27	4.2	26	78	7	98	16	21	23	39	1.92
72960274--72960459	40	4.6	40	76	7	162	32	25	15	26	1.95
72960272--72960459	81	2.3	81	81	8	204	32	25	14	27	1.95
72963573--72963675	40	2.6	40	93	0	170	37	25	11	25	1.89
72963511--72963675	81	2.0	81	81	6	192	33	24	13	28	1.93
72980986--72981014	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
72981294--72981330	18	2.1	19	85	10	51	16	37	27	18	1.92
72992549--72992582	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
73013692--73013793	37	2.8	37	93	0	168	26	29	18	25	1.98
73013912--73014276	47	7.7	47	92	2	572	28	30	9	31	1.88
73013912--73014274	189	1.9	188	90	2	586	28	30	9	31	1.88
73030959--73031026	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
73030848--73031175	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.94
73031128--73031206	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73056180--73056404	49	4.7	49	72	10	187	30	28	17	23	1.97
73066342--73066390	24	2.0	24	88	0	71	28	24	14	32	1.94
73066584--73066634	19	2.6	19	84	3	66	33	9	21	35	1.86
73074511--73074630	28	4.2	28	79	5	125	28	13	31	26	1.94
73075858--73075893	18	2.1	18	89	5	56	44	11	16	27	1.82
73076126--73076229	48	2.1	49	82	10	133	24	23	16	36	1.94
73076127--73076229	24	4.2	24	78	10	104	23	23	16	36	1.94
73081044--73081122	6	12.8	6	77	15	72	51	15	15	17	1.76
73081049--73081119	25	2.8	25	81	10	83	50	16	15	16	1.78
73081044--73081122	31	2.5	31	91	0	131	51	15	15	17	1.76
73081254--73081355	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
73082003--73082251	27	9.3	27	82	2	261	24	18	20	35	1.95
73082005--73082228	81	2.8	80	85	4	288	24	20	19	35	1.96
73082030--73082268	80	3.0	80	83	6	200	25	17	21	35	1.95
73083856--73083908	16	3.4	16	79	7	56	49	22	18	9	1.76
73083865--73083899	8	4.4	8	88	0	52	45	22	20	11	1.82
73084119--73084236	28	4.2	29	79	4	134	29	13	27	28	1.94
73086775--73086802	14	2.0	14	100	0	56	57	7	14	21	1.61
73087668--73087711	22	2.0	22	100	0	88	50	13	0	36	1.42
73088212--73088288	29	2.9	25	74	20	68	72	2	3	20	1.12
73094962--73095252	48	6.0	48	86	2	404	38	6	23	31	1.81
73094960--73095252	98	3.0	98	90	2	466	38	6	22	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73095393--73095495	37	2.8	37	92	0	170	24	18	31	26	1.98
73101372--73101447	25	3.0	26	74	18	70	23	27	19	28	1.98
73101443--73101507	24	2.7	25	85	4	80	32	18	21	27	1.97
73102885--73102999	27	4.3	27	84	4	142	34	15	21	27	1.94
73102891--73102994	54	1.9	54	90	0	163	34	16	24	25	1.95
73103193--73103307	27	4.3	26	84	5	131	20	21	21	36	1.95
73103467--73103541	6	12.3	6	78	13	82	17	18	14	49	1.80
73105253--73105445	42	4.5	42	82	10	219	34	13	22	29	1.93
73105236--73105411	89	2.0	89	97	0	334	32	13	22	31	1.93
73105350--73105500	42	3.6	42	82	8	155	31	14	24	29	1.95
73114450--73114482	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
73116609--73116720	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
73116609--73116720	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
73124482--73124593	27	4.2	26	80	7	125	15	23	22	39	1.91
73124482--73124593	54	2.1	54	84	3	145	15	23	22	39	1.91
73128187--73128262	6	12.8	6	87	8	111	80	0	2	17	0.83
73141628--73141712	43	2.0	43	88	0	125	21	16	31	30	1.95
73153078--73153224	43	3.4	41	73	10	118	23	17	24	35	1.95
73153125--73153247	43	2.9	42	73	11	108	24	19	24	31	1.98
73157176--73157325	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
73157148--73157325	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
73157149--73157304	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73165180--73165329	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
73165152--73165329	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
73165153--73165308	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
73168571--73168658	23	3.8	23	77	7	88	21	25	17	36	1.94
73169925--73170011	43	2.0	42	95	2	156	36	3	22	36	1.72
73173416--73173540	43	2.9	43	78	12	132	33	23	16	26	1.96
73174273--73174311	18	2.1	18	86	13	53	64	12	5	17	1.46
73192689--73192991	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
73195035--73195204	48	3.6	48	73	7	159	27	20	27	24	1.99
73195033--73195204	94	1.8	94	86	5	249	27	19	27	24	1.99
73195224--73195353	49	2.6	49	86	3	190	27	21	28	22	1.99
73201160--73201611	27	16.7	27	89	3	329	35	16	13	34	1.89
73201184--73201611	54	7.9	54	91	0	676	35	16	13	34	1.88
73201184--73201611	81	5.3	81	91	0	667	35	16	13	34	1.88
73206635--73206847	48	4.5	48	77	6	188	29	20	26	23	1.99
73206635--73206803	46	3.6	46	79	4	178	28	20	27	23	1.99
73206673--73206847	94	1.9	94	87	2	262	29	20	27	22	1.99
73212737--73212796	31	1.9	31	86	0	84	16	36	30	16	1.91
73214359--73214422	19	3.3	19	73	16	60	40	20	6	32	1.77
73216528--73216626	45	2.2	45	87	0	135	34	28	14	23	1.93
73220903--73221013	27	4.1	26	85	7	141	37	23	22	16	1.93
73220903--73221013	54	2.1	54	87	3	161	37	23	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73222432--73222502	24	3.0	24	93	0	115	25	36	2	35	1.71
73227989--73228087	13	7.8	13	73	10	80	41	6	21	31	1.77
73227989--73228091	25	4.1	26	75	9	97	41	5	21	31	1.76
73233002--73233509	47	10.6	47	90	4	694	32	8	29	30	1.86
73233002--73233509	96	5.3	96	90	5	778	32	8	29	30	1.86
73233002--73233509	147	3.5	142	90	4	747	32	8	29	30	1.86
73239066--73239321	55	4.8	54	79	8	269	35	16	25	21	1.94
73239073--73239323	108	2.4	110	82	9	324	35	17	25	22	1.95
73242683--73242863	40	4.5	40	79	4	202	24	24	26	24	2.00
73242684--73242838	83	1.9	83	88	0	238	23	24	27	23	2.00
73250880--73251100	40	5.5	40	86	3	291	23	23	27	25	2.00
73250881--73251100	83	2.7	80	88	5	293	24	23	27	25	2.00
73258266--73258516	108	2.4	110	82	9	315	35	16	25	22	1.95
73258259--73258514	55	4.8	53	78	8	238	36	16	25	22	1.94
73260592--73260646	11	4.6	11	77	16	56	34	0	0	65	0.93
73260601--73260687	19	4.4	20	68	21	58	35	3	1	59	1.22
73260868--73260928	31	1.9	32	83	9	81	32	0	6	60	1.22
73261211--73261290	36	2.2	36	91	2	126	26	8	6	58	1.51
73267140--73267232	44	2.1	44	81	0	114	32	16	26	24	1.96
73267225--73268127	205	4.4	205	93	1	1461	31	18	21	28	1.97
73269772--73269882	3	35.7	3	68	22	61	34	2	0	63	1.09
73269828--73269882	11	4.6	11	77	16	56	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73270451--73270524	35	2.1	35	90	5	114	25	10	5	58	1.53
73285369--73285659	38	6.9	38	69	21	163	31	24	14	30	1.94
73285380--73285582	85	2.4	85	96	0	379	31	24	14	30	1.94
73285499--73285632	48	2.8	48	90	1	207	31	23	14	29	1.95
73285414--73285659	133	1.9	132	88	0	375	31	24	14	29	1.94
73286653--73286885	49	4.7	50	82	2	263	30	26	18	25	1.98
73286702--73286882	100	1.8	101	88	1	283	29	26	18	25	1.98
73290901--73291024	42	3.0	41	71	4	104	30	25	14	29	1.95
73292713--73292803	30	2.9	30	80	6	92	28	6	19	45	1.76
73296914--73296947	16	2.2	15	89	5	50	23	44	0	32	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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