genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51949482--51949733	40	6.3	40	88	3	321	23	19	27	29	1.98
51951136--51951312	40	4.4	40	88	0	255	25	21	27	25	1.99
51954908--51955646	47	15.5	47	92	2	1138	32	8	29	29	1.86
51954908--51955646	96	7.7	94	91	2	1084	32	8	29	29	1.86
51954908--51955646	335	2.2	335	95	0	1318	32	8	29	29	1.86
51959100--51959241	50	2.8	50	82	0	149	26	17	26	30	1.97
51962599--51963182	40	14.6	40	92	0	938	25	27	19	27	1.98
51970244--51970947	40	17.6	40	93	0	1133	25	27	18	28	1.98
51992166--51992215	15	3.6	14	81	8	57	78	4	2	16	1.00
51992166--51992215	14	3.6	13	81	10	55	78	4	2	16	1.00
51993631--51993864	55	4.4	53	76	10	212	37	16	24	21	1.93
51993638--51993838	108	1.8	110	86	4	291	36	16	24	22	1.94
52001225--52001478	55	4.8	53	76	9	234	37	16	24	21	1.94
52001670--52001700	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
52003819--52003866	11	4.5	11	84	10	55	77	10	0	12	1.00
52016117--52016197	28	3.0	27	92	3	135	29	17	17	35	1.93
52023556--52023735	28	6.6	27	93	2	279	31	28	13	26	1.94
52023556--52023735	55	3.3	55	93	1	299	31	28	13	26	1.94
52023556--52023735	83	2.2	82	92	1	297	31	28	13	26	1.94
52025564--52025643	27	3.0	27	94	0	133	30	17	16	36	1.92
52027897--52028061	43	3.9	42	75	9	138	22	16	26	34	1.95
52038992--52039154	82	2.0	82	100	0	326	33	9	9	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52044421--52044538	47	2.5	47	88	0	173	38	13	21	26	1.90
52044523--52044699	54	3.3	54	81	8	218	34	16	24	24	1.96
52054551--52054897	47	7.4	47	90	0	498	32	9	30	27	1.89
52064845--52064918	29	2.6	29	82	4	87	27	13	31	28	1.94
52071064--52071192	46	2.8	46	89	0	195	30	26	21	21	1.99
52073580--52073668	30	3.0	30	83	1	108	58	15	15	10	1.63
52073580--52073659	15	5.4	15	77	7	83	60	13	16	10	1.59
52073591--52073668	15	5.2	15	76	6	86	57	15	15	11	1.65
52076416--52076591	46	3.8	46	79	12	207	29	28	20	21	1.98
52076424--52076594	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
52078723--52078863	40	3.5	40	86	1	194	29	27	17	24	1.97
52088598--52088756	45	3.7	44	78	6	173	31	26	16	25	1.96
52098184--52098359	89	2.0	89	95	0	316	35	6	20	38	1.78
52098643--52098755	43	2.7	42	77	14	133	22	18	26	32	1.97
52103362--52103427	15	4.3	15	82	7	80	34	13	7	43	1.73
52103362--52103427	30	2.2	31	88	2	98	34	13	7	43	1.73
52121836--52122070	40	5.9	40	93	0	391	23	28	22	25	2.00
52128619--52128665	23	2.0	23	95	0	85	63	8	10	17	1.49
52131137--52131463	48	6.8	48	86	3	390	28	16	28	26	1.97
52136907--52137073	43	3.9	42	79	3	183	25	14	26	32	1.95
52144600--52144702	43	2.4	43	90	1	154	25	14	25	34	1.94
52146281--52146339	18	3.3	18	83	6	68	49	18	13	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52146681--52146794	27	4.3	27	90	1	167	39	18	13	28	1.88
52151326--52151499	46	3.8	43	79	10	150	27	20	30	22	1.98
52158943--52159164	46	4.8	46	75	9	193	27	19	29	23	1.98
52160370--52160408	21	1.9	21	89	5	62	12	38	25	23	1.90
52167329--52167431	48	2.1	48	83	0	125	39	5	15	38	1.72
52167376--52167429	28	1.9	28	84	0	72	38	1	16	42	1.59
52167392--52167438	20	2.5	19	89	6	69	40	0	17	42	1.49
52167374--52167438	10	6.7	10	70	7	53	38	1	16	43	1.58
52169100--52169135	18	1.9	19	88	5	56	69	0	19	11	1.18
52170188--52170239	22	2.3	23	78	15	56	19	9	11	59	1.59
52170899--52170933	15	2.3	15	90	0	52	20	0	0	80	0.72
52172330--52172358	15	1.9	15	100	0	58	6	48	20	24	1.74
52174865--52175058	40	4.8	40	81	5	205	27	28	19	24	1.99
52174839--52175022	79	2.3	80	80	7	207	26	26	19	27	1.99
52178328--52178367	12	3.7	12	78	21	52	35	0	0	65	0.93
52178343--52178384	14	3.1	14	79	6	50	42	0	0	57	0.99
52185311--52185461	38	4.0	38	83	2	171	33	21	19	25	1.96
52185311--52185461	76	2.0	75	85	3	205	33	21	19	25	1.96
52186638--52186788	38	4.0	38	82	4	164	34	20	19	25	1.96
52186638--52186788	76	2.0	75	84	6	198	34	20	19	25	1.96
52187964--52188114	38	4.0	38	83	2	171	33	21	19	25	1.96
52187964--52188114	76	2.0	75	85	3	205	33	21	19	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52189291--52189441	38	4.0	38	83	2	171	33	21	19	25	1.96
52189291--52189441	76	2.0	75	85	3	205	33	21	19	25	1.96
52190617--52190767	38	4.0	38	84	2	180	33	21	19	25	1.97
52190617--52190767	76	2.0	75	87	3	214	33	21	19	25	1.97
52196651--52196883	49	4.7	50	82	2	290	25	18	26	29	1.98
52196756--52196839	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
52200272--52200489	40	5.5	40	88	2	307	23	21	28	26	1.99
52203715--52203903	68	2.8	68	82	3	227	38	18	19	23	1.93
52206066--52206097	5	6.4	5	100	0	64	21	0	0	78	0.76
52206740--52206771	13	2.3	15	89	10	50	46	3	12	37	1.57
52216350--52216446	9	10.7	9	68	18	58	62	3	3	30	1.25
52216372--52216454	19	4.6	19	73	11	84	62	3	2	31	1.25
52218044--52218800	44	17.2	44	79	5	679	29	24	14	31	1.95
52233086--52233190	47	2.2	48	86	3	140	37	5	37	20	1.76
52233086--52233185	24	4.2	23	87	3	128	37	5	37	21	1.75
52234503--52234544	22	1.9	22	85	9	59	21	16	16	45	1.86
52237938--52238135	38	5.2	38	91	0	297	20	21	25	32	1.98
52244371--52244528	38	4.1	37	84	8	183	24	21	22	32	1.98
52244377--52244543	77	2.2	76	82	7	203	24	21	22	31	1.98
52244409--52244560	77	2.0	76	84	7	200	21	19	23	35	1.96
52249419--52249514	18	5.2	18	72	17	65	63	3	3	30	1.25
52249421--52249544	53	2.3	53	81	14	157	60	2	3	33	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52253778--52253963	50	3.8	49	82	7	207	28	25	18	27	1.98
52253832--52253912	26	3.2	26	68	25	82	29	29	14	25	1.95
52261711--52261750	15	2.7	15	96	3	73	30	37	0	32	1.58
52262977--52263024	21	2.3	21	81	0	60	29	22	10	37	1.88
52265215--52265269	28	2.0	28	81	0	65	34	29	20	16	1.94
52265437--52265513	27	2.9	27	82	7	93	33	19	23	23	1.97
52265655--52265714	27	2.3	26	83	11	77	30	20	13	36	1.90
52268935--52268995	26	2.3	26	88	5	88	40	14	19	24	1.89
52272038--52272117	41	2.0	40	85	9	108	21	23	41	13	1.89
52272236--52272275	21	2.0	20	90	5	62	12	40	27	20	1.88
52275523--52275679	37	4.2	37	85	3	208	20	12	25	41	1.88
52275497--52275679	74	2.5	74	87	5	246	20	11	26	40	1.87
52278455--52278679	47	4.8	47	87	3	303	26	17	30	25	1.98
52281104--52281154	26	2.0	26	88	7	77	35	0	15	49	1.45
52289433--52289485	26	2.0	25	86	13	72	37	0	16	45	1.48
52295766--52295815	25	2.0	25	100	0	100	48	8	28	16	1.74
52297732--52297854	47	2.6	47	94	0	210	28	29	20	21	1.98
52307560--52307614	16	3.4	16	89	0	92	30	27	7	34	1.84
52311907--52312152	122	2.0	123	93	0	422	39	20	9	30	1.85
52314084--52314770	104	6.5	103	78	9	352	28	1	13	57	1.43
52314499--52314651	45	3.2	45	68	20	121	30	0	11	58	1.38
52314057--52314817	210	3.5	218	78	12	738	28	0	13	57	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52314492--52314802	99	3.0	100	78	12	353	27	0	13	58	1.41
52314591--52314812	110	2.0	107	89	4	338	26	0	14	58	1.42
52317909--52317940	15	2.1	15	94	0	55	65	0	21	12	1.25
52336250--52336448	40	5.0	40	85	6	244	23	22	28	25	1.99
52339340--52339423	15	5.7	15	74	14	68	57	13	16	13	1.66
52339340--52339428	30	3.0	30	78	14	87	57	12	16	13	1.66
52342346--52342520	46	3.8	45	76	7	181	29	29	20	21	1.98
52342354--52342525	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	20	1.98
52342942--52342998	30	1.9	30	85	0	78	26	22	8	42	1.83
52345249--52345447	40	5.0	40	85	6	253	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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