genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  206  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65856436--65856518	25	3.4	24	81	8	87	28	20	22	27	1.99
65856653--65856744	42	2.2	42	92	0	148	32	14	20	32	1.92
65856768--65856851	31	2.7	31	92	1	134	28	16	26	28	1.97
65872118--65872302	40	4.6	39	77	4	158	25	22	26	25	2.00
65880080--65880264	40	4.7	40	80	7	191	24	23	27	24	2.00
65880133--65880297	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
65884535--65884606	32	2.2	33	92	2	119	31	25	19	23	1.98
65892298--65892374	33	2.3	33	95	0	136	29	24	22	23	1.99
65896125--65896153	14	2.0	15	93	6	51	48	20	3	27	1.66
65904407--65904435	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
65907284--65907354	29	2.4	29	90	0	106	26	30	16	25	1.97
65907244--65907354	58	1.9	57	83	1	141	27	29	13	29	1.94
65907577--65907628	8	6.6	8	80	2	52	9	23	17	50	1.75
65910668--65910843	67	2.6	67	90	1	273	31	20	28	19	1.97
65910706--65910757	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65911474--65911618	27	5.4	27	81	4	168	24	20	20	34	1.96
65918700--65918726	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
65922295--65922384	46	2.0	46	97	0	171	35	11	21	32	1.88
65924014--65924073	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
65924041--65924182	67	2.1	67	84	5	176	31	22	26	19	1.97
65924112--65924163	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65928446--65928618	46	3.8	45	75	10	161	23	16	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65928439--65928610	93	1.8	93	89	0	272	22	17	28	31	1.97
65938434--65938497	33	1.9	33	87	6	94	34	23	25	17	1.96
65938596--65938650	26	2.1	26	89	0	83	36	21	18	23	1.95
65938602--65938703	26	3.9	26	78	1	96	39	19	19	21	1.93
65938638--65938719	27	3.1	27	83	1	94	36	20	21	20	1.95
65942218--65942265	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
65942309--65942347	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
65942399--65942565	23	7.1	23	88	2	235	29	22	20	27	1.98
65942398--65942572	24	7.4	23	86	3	233	30	21	21	26	1.98
65942398--65942565	47	3.6	47	87	2	257	30	22	20	27	1.98
65955673--65955966	27	10.9	27	93	0	480	28	20	7	42	1.80
65955678--65956066	54	7.0	54	85	9	487	29	19	8	42	1.80
65955673--65956066	81	4.7	81	85	6	527	28	20	8	42	1.81
65955929--65956004	38	2.0	38	92	0	125	26	14	13	46	1.81
65955902--65956028	65	2.0	65	93	0	218	26	16	11	45	1.81
65955967--65956055	27	3.3	27	93	0	151	25	17	11	44	1.82
65955878--65956055	92	1.9	92	90	2	286	27	17	10	44	1.80
65955967--65956065	27	3.7	27	91	5	146	28	18	10	43	1.82
65955848--65956064	119	1.8	119	88	2	337	29	18	9	43	1.81
65955821--65956107	146	2.0	146	83	0	367	31	18	8	41	1.81
65956043--65956292	27	9.3	27	78	4	200	39	20	8	31	1.83
65956043--65956292	81	3.1	80	81	5	229	39	20	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65956043--65956234	54	3.6	54	84	2	224	39	20	8	31	1.82
65956253--65956482	27	8.5	27	85	2	273	35	18	20	26	1.95
65956697--65956766	25	2.8	25	86	4	88	28	22	21	27	1.99
65961971--65962079	43	2.6	41	78	11	105	27	24	22	25	2.00
65969266--65969469	85	2.4	84	87	2	293	27	25	20	26	1.99
65969245--65969431	42	4.4	42	74	12	150	28	24	18	28	1.98
65969319--65969464	43	3.5	42	75	12	138	27	26	19	26	1.99
65972260--65972388	40	3.2	40	87	3	181	25	27	20	26	1.99
65980212--65980434	78	2.8	79	84	7	274	26	27	21	25	1.99
65980212--65980379	40	4.3	40	87	6	254	26	28	20	25	1.99
65980212--65980434	40	5.7	40	80	8	233	26	27	21	25	1.99
65987299--65987351	13	4.1	13	85	0	79	28	7	28	35	1.84
65990541--65990711	40	4.3	40	84	5	177	27	28	19	25	1.99
65998455--65998621	38	4.3	40	87	6	211	25	28	21	24	1.99
65998457--65998674	38	5.6	39	81	8	205	25	27	21	25	1.99
65998455--65998674	77	2.8	76	80	9	230	25	28	21	25	1.99
65998606--65998683	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
65999624--65999736	53	2.1	53	88	9	185	23	23	7	46	1.77
66001592--66001815	40	5.7	39	81	8	195	25	21	27	25	1.99
66001645--66001813	78	2.1	80	84	2	216	24	21	27	25	1.99
66009015--66009192	39	4.5	39	85	4	198	25	20	27	26	1.99
66009016--66009190	79	2.2	79	83	5	210	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66014187--66014226	5	8.4	5	86	10	57	82	0	2	15	0.77
66014187--66014226	9	4.2	10	81	12	57	82	0	2	15	0.77
66015126--66015157	16	2.0	16	100	0	64	31	18	6	43	1.75
66035835--66036007	46	3.7	46	73	14	158	22	19	27	30	1.98
66035828--66035999	93	1.8	93	90	2	274	22	20	27	29	1.99
66039943--66040089	43	3.4	42	80	7	170	34	23	13	28	1.93
66041686--66041710	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
66043537--66043562	11	2.4	11	100	0	52	65	7	0	26	1.20
66047886--66047911	11	2.4	11	100	0	52	65	7	0	26	1.20
66055903--66055991	44	2.0	44	97	0	169	49	6	16	26	1.71
66057153--66057300	65	2.3	63	87	4	197	21	25	31	22	1.98
66059230--66059319	27	3.2	27	74	13	76	33	24	23	18	1.97
66059425--66059545	28	4.3	28	93	0	197	31	8	26	33	1.86
66060613--66060645	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
66067846--66068744	450	2.0	450	97	0	1710	29	25	18	26	1.98
66069964--66070131	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
66069987--66070131	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
66075374--66075421	24	2.0	24	100	0	96	33	16	20	29	1.95
66082744--66082942	81	2.5	82	82	6	253	26	27	22	24	1.99
66082744--66082928	41	4.6	41	83	4	225	26	27	22	24	2.00
66093277--66093422	77	1.9	77	82	2	186	22	15	26	35	1.94
66095957--66095988	17	1.9	16	93	6	55	18	18	21	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66095961--66095995	17	2.1	17	89	5	54	17	20	28	34	1.95
66094966--66097531	786	3.3	785	88	2	3700	34	13	20	32	1.91
66100202--66100284	42	2.0	42	82	0	103	32	16	24	26	1.96
66115484--66115516	16	2.0	17	88	5	50	18	45	33	3	1.65
66116478--66116559	18	4.6	18	78	6	94	42	13	19	24	1.87
66116909--66117093	27	6.9	27	91	0	289	41	18	15	24	1.89
66130415--66130449	16	2.2	16	94	0	61	60	5	8	25	1.49
66142536--66142567	12	2.7	12	90	0	55	15	0	9	75	1.05
66150891--66150950	30	2.0	30	83	6	77	20	31	25	23	1.98
66153488--66153543	27	2.1	27	83	6	69	41	25	5	28	1.77
66153502--66153624	54	2.3	54	82	2	149	30	24	7	37	1.83
66153532--66153657	27	4.7	27	89	1	182	27	22	10	39	1.86
66153532--66153683	54	2.8	54	85	1	153	30	21	9	38	1.85
66153491--66153696	80	2.6	81	77	2	209	33	23	8	34	1.85
66153703--66153926	27	8.4	27	81	6	163	38	17	16	27	1.91
66154129--66154197	25	2.8	25	88	2	95	27	27	23	21	1.99
66154346--66154567	40	5.6	40	88	1	304	23	20	26	28	1.99
66166571--66166622	25	2.1	25	89	7	79	25	9	25	40	1.85
66170112--66170151	19	2.1	19	100	0	80	32	20	22	25	1.98
66171106--66171157	25	2.1	25	85	7	70	26	7	23	42	1.81
66171805--66171909	49	2.1	49	82	3	122	26	18	24	30	1.98
66178820--66178956	69	2.0	69	95	0	247	27	12	31	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66183113--66183145	16	2.1	16	94	0	57	24	15	6	54	1.63
66185944--66186068	49	2.6	49	78	7	137	24	27	20	28	1.99
66190261--66190304	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
66191364--66191400	20	1.9	20	94	5	67	67	5	0	27	1.12
66191368--66191432	24	2.6	25	83	13	80	69	4	3	23	1.21
66191428--66191501	20	3.9	18	77	19	71	62	1	6	29	1.29
66191437--66191515	18	4.3	17	75	18	61	63	1	5	30	1.24
66191470--66191515	18	2.5	19	89	6	69	69	0	2	28	1.00
66192319--66192364	9	4.6	10	76	17	51	65	0	0	34	0.93
66192437--66192480	16	2.8	16	80	13	54	75	0	6	18	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295