genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  247  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79511250--79511411	27	6.0	27	81	0	144	38	19	18	24	1.93
79511241--79511411	81	2.1	81	81	2	209	38	18	18	24	1.93
79511609--79511691	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
79512000--79512075	27	2.9	27	84	5	84	17	22	21	39	1.92
79512192--79512341	6	24.8	6	74	18	134	21	16	13	49	1.79
79512193--79512336	42	3.4	41	84	8	175	20	15	13	49	1.79
79513074--79513150	9	7.9	9	71	16	55	33	20	10	35	1.87
79513066--79513141	11	7.5	11	71	16	74	32	19	11	35	1.88
79513067--79513172	40	2.7	40	94	2	178	31	20	13	34	1.91
79513066--79513155	20	4.5	20	95	0	162	32	20	13	34	1.91
79531185--79531238	19	3.1	19	70	25	64	24	0	46	29	1.53
79531173--79531238	33	2.0	33	96	0	123	24	0	43	31	1.54
79532357--79532427	31	2.3	31	82	2	81	45	7	11	36	1.67
79535738--79535829	48	1.9	48	86	0	130	26	21	26	26	2.00
79540479--79540508	7	4.3	7	91	0	51	46	13	10	30	1.75
79540565--79540641	40	1.9	40	86	5	111	33	33	15	16	1.91
79542278--79542320	22	2.0	22	100	0	86	32	18	23	25	1.97
79547631--79547715	40	2.2	40	85	4	111	37	34	14	14	1.86
79547653--79547729	40	1.9	40	91	0	127	37	31	15	15	1.89
79557549--79557595	20	2.3	21	75	10	53	21	31	12	34	1.91
79559030--79559063	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
79559179--79559270	45	2.0	45	100	0	184	40	19	23	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79559676--79559863	96	2.0	96	85	4	254	41	1	15	40	1.57
79559959--79560496	126	4.3	126	89	1	810	33	18	20	27	1.96
79563513--79564125	116	5.3	116	95	0	1095	46	9	3	40	1.53
79563513--79564125	231	2.7	231	96	0	1093	46	9	3	40	1.53
79564509--79564551	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
79565139--79565164	7	3.7	7	100	0	52	61	11	0	26	1.30
79566330--79566379	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
79566330--79566381	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
79566330--79566387	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
79566330--79566393	31	2.1	31	85	5	85	40	0	28	31	1.57
79568143--79568231	44	2.0	44	100	0	178	41	17	11	29	1.84
79570275--79570387	46	2.5	44	82	7	129	26	20	30	22	1.98
79571539--79571595	21	2.8	21	86	2	80	8	29	31	29	1.87
79580733--79580772	19	2.0	20	90	4	64	40	0	10	50	1.36
79590719--79590808	37	2.4	37	83	3	101	32	38	11	17	1.85
79591288--79591339	20	2.7	19	80	11	61	23	26	32	17	1.96
79595497--79595549	26	2.0	26	85	7	72	37	22	13	26	1.91
79596823--79596852	10	2.9	10	95	5	51	20	13	10	56	1.65
79612683--79612725	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
79614171--79614195	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
79615999--79616085	43	2.0	43	95	4	158	41	18	11	28	1.85
79619357--79619413	21	2.8	21	86	2	80	8	29	31	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79628612--79628656	21	2.1	21	88	8	65	44	0	8	46	1.34
79628681--79628721	22	1.9	21	85	14	57	48	0	2	48	1.14
79639246--79639301	21	2.7	21	75	10	60	23	28	30	17	1.97
79649045--79649126	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
79652190--79652357	33	5.3	33	73	11	161	34	11	22	31	1.90
79656625--79656662	19	2.0	20	94	5	69	60	10	5	23	1.50
79657122--79657156	17	2.1	16	94	5	61	77	0	0	22	0.78
79657114--79657147	7	4.9	7	89	10	52	73	0	0	26	0.83
79658839--79658930	40	2.3	40	77	7	96	27	20	32	19	1.97
79658827--79658932	40	2.6	39	75	5	95	23	17	34	23	1.96
79659032--79659097	17	3.8	17	93	2	105	12	31	37	18	1.87
79660267--79660329	25	2.9	22	78	19	69	38	11	15	34	1.83
79660418--79660453	19	2.0	18	89	10	56	47	0	8	44	1.33
79664798--79664947	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
79664770--79664947	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
79664771--79664926	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
79684915--79685064	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
79684887--79685064	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
79684888--79685043	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
79692522--79692564	13	3.2	13	76	3	50	23	4	11	60	1.50
79694005--79694056	26	2.0	26	81	3	61	50	1	3	44	1.31
79695087--79695153	32	2.1	33	82	2	82	58	0	1	40	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79702329--79702397	30	2.3	30	95	2	122	36	1	2	59	1.21
79706959--79707009	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
79709844--79709868	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
79711334--79711485	67	2.3	67	82	9	184	32	17	28	21	1.96
79714758--79714811	19	2.8	19	97	0	99	38	5	9	46	1.59
79715095--79715125	14	2.2	14	94	0	53	9	0	41	48	1.36
79715099--79715153	7	7.9	7	78	8	58	10	1	40	47	1.49
79715099--79715153	21	2.6	21	91	0	83	10	1	40	47	1.49
79715196--79715227	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
79716387--79716551	37	4.5	37	90	0	240	14	48	12	24	1.79
79716922--79716978	28	2.0	28	100	0	114	24	14	7	54	1.64
79718914--79719117	9	23.1	9	68	13	86	46	18	0	34	1.56
79718894--79719026	43	2.8	49	77	16	170	48	16	0	34	1.46
79718871--79719108	79	2.9	76	75	17	219	47	16	0	34	1.53
79718937--79719100	36	4.4	36	83	11	197	46	17	1	34	1.56
79718888--79719100	36	5.2	42	83	7	164	46	17	0	34	1.54
79724215--79724243	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
79724992--79725123	43	3.1	42	78	5	131	28	18	21	32	1.96
79725260--79725343	34	2.4	35	92	4	143	28	11	17	41	1.85
79731734--79731768	5	7.0	5	93	0	52	14	0	5	80	0.89
79733527--79733746	113	1.9	113	91	0	359	33	21	21	23	1.97
79740162--79740233	27	2.7	25	72	12	63	40	45	1	12	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79740281--79740305	13	1.9	13	100	0	50	48	52	0	0	1.00
79743651--79743693	5	8.0	5	80	14	50	20	0	2	76	0.89
79743660--79743699	18	2.2	18	91	8	64	27	0	0	72	0.85
79749026--79749073	23	2.1	23	100	0	96	45	8	16	29	1.76
79755162--79755240	37	2.1	37	85	2	104	44	7	7	40	1.61
79755331--79755369	18	2.2	18	86	13	55	43	15	0	41	1.46
79758951--79759158	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
79759073--79759133	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
79758991--79759133	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
79759295--79759329	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
79759494--79759584	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
79759565--79759617	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
79759837--79759975	69	2.0	67	98	0	233	46	7	7	39	1.59
79763275--79763334	30	2.0	30	100	0	120	56	13	16	13	1.67
79765225--79765282	21	2.8	20	76	7	62	51	17	1	29	1.55
79765231--79765283	20	2.6	21	84	3	72	49	16	1	32	1.57
79765611--79765716	53	2.0	53	94	0	185	40	16	16	26	1.89
79765858--79766055	99	2.0	99	95	0	360	37	17	12	32	1.87
79767250--79767286	18	1.9	19	89	10	58	75	0	0	24	0.80
79779170--79779232	33	1.9	33	87	6	92	28	20	1	49	1.58
79779170--79779226	6	10.4	5	76	16	51	26	21	1	50	1.58
79779431--79779483	5	10.4	5	93	2	88	79	1	0	18	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79780238--79780282	18	2.6	17	89	6	72	51	2	0	46	1.13
79780243--79780282	18	2.3	18	95	4	73	50	2	0	47	1.14
79786253--79786305	19	2.8	19	85	0	79	47	15	18	18	1.83
79786275--79786333	25	2.4	25	88	0	91	47	15	18	18	1.83
79786451--79786506	27	2.1	26	90	3	85	39	23	19	17	1.92
79787181--79787517	27	13.0	27	78	8	295	25	20	17	37	1.93
79787216--79787261	23	2.0	23	91	8	76	30	13	19	36	1.90
79787287--79787480	99	2.0	99	92	0	325	24	21	14	39	1.91
79787260--79787510	126	2.0	126	89	0	385	24	21	15	37	1.93
79787548--79787795	53	4.7	53	82	3	275	32	9	18	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295