genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72269414--72269479	32	2.1	32	100	0	132	43	18	9	28	1.80
72270249--72270302	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
72270416--72270472	7	7.7	7	77	11	60	28	50	1	19	1.57
72270416--72270469	15	3.6	15	73	7	56	29	48	1	20	1.60
72270443--72270524	37	2.2	37	82	4	103	30	45	2	21	1.65
72270525--72270606	7	11.6	7	73	12	51	42	36	0	20	1.53
72270620--72270744	29	4.6	29	68	19	90	45	29	0	24	1.54
72270579--72270771	7	26.9	7	71	5	107	46	30	0	22	1.52
72270651--72270719	15	4.7	15	71	10	54	44	33	0	21	1.53
72270645--72270762	51	2.3	51	78	9	118	45	31	0	22	1.53
72270889--72271048	79	2.0	79	98	1	313	32	3	2	61	1.27
72271159--72271453	114	2.6	110	82	7	317	32	18	20	28	1.96
72271391--72271486	40	2.4	40	82	5	115	33	19	18	28	1.96
72271650--72271774	40	3.1	40	83	3	153	24	23	22	29	1.99
72276842--72276886	21	2.1	22	88	8	67	40	0	2	57	1.11
72277279--72277303	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
72277267--72277344	30	2.7	28	79	13	77	38	2	1	57	1.20
72277277--72277347	20	3.6	19	76	16	65	39	2	1	56	1.23
72288996--72289441	27	16.5	26	77	6	277	39	20	8	31	1.83
72288996--72289441	81	5.5	80	74	4	324	39	20	8	31	1.83
72289442--72289626	27	6.9	27	86	4	232	34	18	21	25	1.96
72289442--72289626	54	3.4	54	90	0	289	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72289440--72289626	81	2.3	81	91	0	293	34	18	20	25	1.96
72292407--72292620	47	4.6	47	92	1	340	32	8	29	28	1.87
72294186--72294250	22	3.0	22	84	8	87	20	21	23	35	1.96
72294409--72294510	27	3.8	27	83	5	116	17	22	22	37	1.94
72294670--72294778	6	17.8	6	73	20	84	21	15	15	47	1.82
72294647--72294758	31	3.6	31	90	1	170	21	14	15	49	1.79
72302925--72302964	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
72304244--72304547	46	6.5	47	73	13	193	24	27	19	29	1.98
72304284--72304546	92	2.8	93	79	10	279	23	28	18	28	1.98
72308568--72308611	23	2.0	22	86	4	61	22	11	11	54	1.68
72313319--72313438	48	2.5	48	84	2	143	31	20	24	24	1.98
72315257--72315306	19	2.6	19	87	0	73	16	26	42	16	1.88
72316033--72316111	22	3.5	22	78	13	70	35	13	22	27	1.93
72323642--72323696	22	2.5	23	82	8	60	21	1	9	67	1.28
72323825--72323873	21	2.2	23	82	7	57	28	2	10	59	1.41
72326388--72326482	25	3.8	25	84	0	127	23	22	20	34	1.96
72334890--72335031	52	2.8	50	88	8	200	26	30	14	28	1.95
72336574--72336738	46	3.5	46	83	6	199	29	19	29	22	1.98
72338873--72339216	27	12.9	27	81	6	344	38	18	9	33	1.84
72338864--72339216	80	4.4	80	79	5	356	38	18	9	33	1.83
72338864--72339228	107	3.4	107	81	3	416	38	19	9	32	1.83
72345548--72346102	275	2.0	275	98	0	1065	34	17	24	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72358675--72358795	28	4.2	29	83	5	140	24	33	13	28	1.93
72363455--72363523	28	2.5	28	95	0	120	28	34	11	24	1.91
72366826--72367000	52	3.5	50	84	6	212	29	30	12	28	1.92
72366994--72367039	23	2.0	23	100	0	92	30	21	21	26	1.99
72368072--72368118	13	3.7	13	91	5	78	36	6	14	42	1.72
72373270--72373327	30	2.0	29	86	3	80	18	36	17	27	1.94
72377020--72377173	42	3.7	43	78	10	158	29	27	14	27	1.96
72380648--72380753	29	3.7	29	92	1	169	28	30	15	26	1.96
72380814--72380847	18	1.9	18	94	5	61	23	41	23	11	1.87
72394482--72394581	40	2.4	41	81	11	114	30	26	17	27	1.97
72396942--72397109	46	3.6	45	76	12	171	29	27	20	22	1.98
72396943--72397113	93	1.8	93	91	0	279	29	27	20	22	1.98
72396988--72397129	46	3.1	45	72	18	123	29	28	19	23	1.98
72408325--72408409	6	13.8	6	74	14	75	50	14	15	20	1.77
72408330--72408409	31	2.6	31	93	0	133	50	15	15	20	1.79
72408541--72408632	27	3.4	26	86	5	103	35	20	22	20	1.96
72408541--72408642	54	1.9	53	81	2	123	36	21	23	18	1.95
72408800--72408864	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
72409291--72409564	27	10.3	27	89	2	376	24	20	21	33	1.97
72409292--72409564	107	2.6	107	87	4	372	24	20	20	33	1.97
72409291--72409564	80	3.4	80	88	3	374	24	20	21	33	1.97
72409611--72409779	27	6.3	27	84	3	189	36	6	23	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72409611--72409781	80	2.1	81	90	1	263	36	7	22	33	1.82
72409640--72409781	27	5.3	27	88	1	214	36	7	23	32	1.82
72409793--72409940	27	5.6	27	78	8	151	27	11	21	39	1.88
72409793--72409940	53	2.8	54	77	7	151	27	11	21	39	1.88
72411893--72411986	6	15.3	6	70	16	59	50	13	14	21	1.78
72411907--72411986	31	2.6	31	91	0	124	50	13	15	21	1.78
72411914--72411983	25	2.8	25	78	10	63	50	14	15	20	1.78
72412118--72412219	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
72412377--72412441	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
72412887--72413277	27	14.5	27	86	2	439	26	19	19	34	1.96
72413180--72413306	54	2.4	53	80	6	130	27	7	22	43	1.79
72413287--72413347	27	2.3	27	79	0	77	31	6	24	37	1.81
72413309--72413468	81	2.0	81	87	0	230	40	8	21	29	1.83
72413326--72413497	27	6.4	27	88	0	254	39	6	22	30	1.81
72413507--72413681	27	6.5	28	77	15	158	31	10	17	41	1.83
72413507--72413681	53	3.3	52	80	13	180	31	10	17	41	1.83
72416204--72416238	15	2.3	15	90	0	61	60	2	20	17	1.49
72416672--72416704	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
72418160--72418305	40	3.7	40	82	7	172	24	22	27	25	2.00
72418160--72418337	80	2.2	80	80	6	184	26	21	26	25	2.00
72425425--72425570	40	3.7	40	82	7	172	24	22	27	25	2.00
72425425--72425602	80	2.2	80	80	6	184	26	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72429798--72429875	29	2.7	28	78	11	86	25	15	30	28	1.96
72429828--72430390	174	3.2	174	97	1	1063	29	14	25	30	1.95
72430070--72430649	318	1.8	318	98	0	1115	30	14	23	30	1.94
72430244--72430534	144	2.0	144	99	0	573	31	14	24	29	1.94
72437780--72437857	29	2.7	28	82	11	95	24	15	32	28	1.95
72437810--72438835	174	5.9	174	98	0	1944	29	14	25	30	1.95
72437810--72438835	350	2.9	348	97	0	1944	29	14	25	30	1.95
72449103--72449169	34	2.0	34	93	0	116	37	11	13	37	1.82
72451111--72451143	16	2.1	16	100	0	66	63	6	6	24	1.40
72464945--72465048	33	3.2	33	85	0	145	29	25	20	25	1.99
72483693--72483779	42	2.1	42	91	4	140	20	11	25	42	1.86
72483713--72483777	20	3.2	20	65	8	58	20	10	29	40	1.86
72486661--72486934	145	1.9	145	97	0	521	31	23	14	29	1.95
72486917--72486983	29	2.3	29	82	5	82	26	29	13	29	1.94
72486774--72487133	174	2.1	174	98	0	702	30	25	14	30	1.95
72487086--72487164	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
72499447--72499481	16	2.2	16	90	5	54	5	17	0	77	0.96
72501613--72501784	81	2.1	82	84	7	226	35	8	5	50	1.56
72502917--72502958	17	2.5	17	88	7	59	19	33	19	28	1.96
72511386--72511557	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
72511379--72511554	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
72518934--72519104	93	1.8	92	92	1	288	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72518927--72519097	46	3.7	46	79	14	199	29	29	19	21	1.98
72521976--72522211	50	4.7	50	80	2	220	30	26	16	25	1.97
72521983--72522164	101	1.8	101	87	0	274	29	24	19	27	1.98
72523325--72523438	49	2.3	50	84	4	151	28	26	17	27	1.98
72523325--72523454	50	2.6	49	85	3	163	28	26	17	27	1.98
72526337--72526521	55	3.4	54	78	7	223	35	17	25	21	1.95
72529002--72529062	15	4.1	15	73	0	59	55	11	16	16	1.68
72531188--72531284	42	2.3	42	92	3	160	34	16	7	42	1.76
72534185--72534309	46	2.8	45	87	1	187	31	25	21	21	1.98
72534734--72534793	30	2.0	30	83	0	75	35	23	5	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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