genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87121153--87121253	51	2.0	51	96	0	184	28	16	28	25	1.97
87130017--87130329	40	7.8	40	92	0	509	29	20	27	23	1.98
87132983--87133020	14	2.8	14	88	4	51	10	7	2	78	1.04
87142568--87142598	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
87145645--87145762	59	2.0	59	98	0	227	34	11	26	27	1.91
87147068--87147101	15	2.3	15	100	0	68	58	0	0	41	0.98
87147565--87147619	28	2.0	29	86	13	80	34	3	1	60	1.25
87147667--87147750	27	3.1	27	78	0	87	19	21	29	29	1.97
87151177--87151290	33	3.5	33	85	0	156	26	12	47	14	1.79
87151177--87151303	66	1.9	66	86	0	182	26	11	46	14	1.80
87151312--87151395	33	2.5	33	84	7	100	36	11	33	17	1.87
87155535--87155647	60	1.9	60	96	0	208	52	8	0	38	1.33
87155805--87155866	3	22.0	3	77	21	55	0	27	0	72	0.85
87155805--87155866	19	3.1	21	80	11	69	0	27	0	72	0.85
87155805--87155875	23	3.3	23	81	16	82	0	29	0	70	0.88
87158250--87158317	16	4.2	16	96	0	127	26	0	36	36	1.57
87158652--87158710	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
87158536--87159017	120	4.0	120	95	0	743	50	4	1	42	1.33
87158629--87158713	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
87158810--87158993	37	4.7	37	70	17	140	51	3	1	44	1.27
87158793--87158946	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
87164861--87164900	20	2.0	21	85	14	57	45	2	2	50	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87166161--87166253	24	3.9	24	73	5	71	36	18	24	20	1.95
87166512--87166608	24	4.0	24	74	5	79	19	24	18	37	1.94
87171555--87171616	32	1.9	33	90	3	99	20	24	35	19	1.96
87178735--87178789	27	2.0	27	100	0	110	41	14	10	32	1.81
87178991--87179030	21	1.9	21	85	10	55	42	12	25	20	1.86
87186089--87186206	60	2.0	59	83	5	148	50	15	20	14	1.78
87186191--87186228	6	6.3	6	88	8	51	84	0	15	0	0.63
87186191--87186228	13	3.1	13	88	7	53	84	0	15	0	0.63
87187408--87187696	144	2.0	144	84	1	382	31	17	24	25	1.97
87187559--87188088	177	3.0	176	80	5	595	30	17	23	28	1.97
87187596--87188134	178	3.0	175	78	6	550	30	17	23	28	1.97
87189821--87190203	200	1.9	200	80	6	440	30	6	7	55	1.53
87190796--87190908	41	2.8	41	86	0	154	33	22	23	20	1.97
87190901--87191042	40	3.5	41	84	4	198	23	19	27	29	1.98
87191266--87191320	22	2.5	23	74	11	62	23	0	30	45	1.53
87191529--87191599	7	10.0	7	76	8	63	19	0	39	40	1.52
87191536--87191628	36	2.6	36	82	3	107	23	0	37	38	1.55
87192862--87194617	584	3.0	584	100	0	3512	27	16	17	38	1.91
87195230--87195364	69	2.0	69	89	0	207	37	20	11	31	1.88
87196838--87197016	91	2.0	91	97	0	340	24	15	17	43	1.87
87198844--87198946	42	2.5	41	87	3	143	19	16	32	32	1.94
87198844--87198967	42	3.0	42	80	3	142	22	16	31	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87201783--87201925	72	2.0	72	87	0	205	17	26	18	37	1.93
87202677--87202701	7	3.6	7	100	0	50	28	28	28	16	1.97
87204579--87204605	12	2.2	12	100	0	54	25	7	22	44	1.79
87208044--87208212	66	2.6	67	76	11	170	43	32	1	22	1.61
87208242--87208298	28	2.0	29	82	3	71	50	28	0	21	1.48
87208252--87208304	22	2.5	21	79	14	63	54	24	0	20	1.44
87208483--87208542	21	2.9	20	80	7	75	71	3	1	23	1.10
87208485--87208536	7	7.6	7	76	10	54	75	3	0	21	0.97
87208891--87208922	12	2.7	12	100	0	64	18	43	9	28	1.81
87208919--87209233	171	1.8	168	81	9	388	17	33	16	33	1.92
87210278--87210409	34	4.0	34	85	7	182	24	6	4	64	1.37
87210305--87210356	15	3.2	15	72	27	52	23	5	3	67	1.29
87210278--87210366	17	5.1	18	68	29	59	25	5	4	64	1.35
87210278--87210409	64	2.0	66	88	5	196	24	6	4	64	1.37
87213132--87213329	43	4.6	43	80	3	175	29	16	25	28	1.96
87213132--87213331	86	2.3	85	78	4	222	29	16	25	29	1.96
87218331--87218397	15	4.5	15	79	3	73	10	19	13	56	1.65
87218322--87218397	30	2.5	30	79	12	84	10	18	15	55	1.68
87224685--87224716	16	2.0	16	100	0	64	25	6	6	62	1.42
87225329--87225395	27	2.5	27	100	0	134	44	5	8	40	1.60
87238124--87238168	21	2.2	20	84	4	54	66	13	15	4	1.39
87239353--87239407	21	2.7	20	77	5	56	23	5	5	65	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87240460--87240516	23	2.5	23	78	18	66	57	3	1	36	1.26
87240972--87241021	24	2.1	24	88	0	73	36	28	14	22	1.92
87243614--87243650	16	2.3	16	100	0	74	43	0	16	40	1.48
87244516--87244570	27	2.0	27	96	0	101	34	9	10	45	1.71
87249760--87250170	46	9.0	46	92	1	592	21	24	15	38	1.92
87252240--87252290	19	2.7	19	82	11	61	54	5	0	39	1.24
87252855--87253257	201	2.0	201	98	0	770	42	14	16	26	1.87
87256357--87256387	16	1.9	16	100	0	62	51	6	3	38	1.44
87267619--87267990	75	4.9	74	71	15	247	27	16	22	32	1.96
87267787--87268007	75	3.0	73	90	1	325	27	16	23	31	1.96
87267914--87268091	86	2.0	87	82	7	218	26	15	18	39	1.90
87267607--87268156	233	2.4	228	80	10	594	27	16	21	34	1.95
87268001--87268165	74	2.2	74	91	4	262	29	14	18	38	1.90
87267856--87268448	184	3.5	165	75	13	494	28	17	19	35	1.94
87268337--87268372	14	2.6	14	90	0	54	25	16	5	52	1.65
87268348--87268517	88	1.9	89	85	4	236	28	18	20	32	1.96
87268694--87268870	59	3.3	52	71	14	169	26	23	17	32	1.97
87268641--87268957	111	2.9	111	91	0	512	28	21	17	31	1.97
87280035--87280101	35	1.9	35	84	6	91	25	4	8	61	1.45
87282182--87282221	20	2.1	20	86	9	57	57	0	7	35	1.27
87286365--87286456	4	23.0	4	97	0	175	26	0	23	50	1.50
87292527--87292551	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87297993--87298055	31	2.0	31	100	0	126	46	6	15	31	1.71
87298679--87298737	30	2.0	29	90	3	91	25	1	15	57	1.47
87298842--87298875	12	2.8	12	90	0	50	70	0	0	29	0.87
87299939--87299991	21	2.5	20	73	8	52	32	5	1	60	1.31
87301804--87301855	24	2.2	24	89	0	77	36	1	7	53	1.41
87306124--87306175	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
87306156--87306250	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
87306412--87306446	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
87306370--87306442	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
87306337--87306603	145	1.8	147	95	1	484	47	3	2	46	1.34
87306557--87306591	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
87306372--87306588	70	3.0	69	64	25	169	47	3	2	45	1.34
87306659--87306711	16	3.4	17	73	21	53	58	0	0	41	0.98
87306796--87306829	17	2.0	17	88	11	52	52	0	2	44	1.16
87306537--87306830	119	2.5	119	92	3	484	50	4	2	42	1.35
87316250--87316284	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
87320346--87320438	45	2.1	45	97	0	177	38	18	11	31	1.87
87323956--87324078	18	6.8	18	85	0	165	29	24	14	31	1.95
87323954--87324078	36	3.5	36	89	0	196	28	24	15	32	1.95
87333431--87333471	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
87350047--87350078	6	5.3	6	100	0	64	31	15	18	34	1.93
87359080--87359116	15	2.5	15	95	0	65	32	37	5	24	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87360573--87360709	60	2.3	59	81	8	143	26	24	20	29	1.99
87360714--87360756	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
87363055--87363100	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
87366354--87366538	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
87366355--87366538	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
87366407--87366571	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
87370345--87370458	45	2.6	45	81	8	112	34	23	17	24	1.96
87372913--87372991	27	3.0	27	81	1	97	26	16	16	40	1.89
87379386--87379424	20	2.0	20	89	0	60	17	30	23	28	1.97
87383809--87383887	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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