genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  207  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66192629--66192764	67	2.0	67	94	0	236	33	7	10	48	1.65
66199247--66199308	28	2.2	28	85	0	88	35	20	25	17	1.95
66202503--66202578	38	2.0	38	92	0	125	30	11	2	55	1.50
66204743--66204857	57	2.0	57	94	0	203	20	5	14	59	1.55
66223062--66223183	27	4.5	27	83	0	136	27	15	28	28	1.96
66223061--66223183	54	2.3	54	84	4	158	27	15	28	28	1.96
66231863--66231891	9	3.2	9	100	0	58	44	0	10	44	1.38
66250338--66250414	27	2.9	26	78	5	73	41	20	7	29	1.81
66250344--66250658	54	5.8	54	78	4	262	40	20	9	30	1.84
66250369--66250581	81	2.6	82	76	7	220	40	20	9	28	1.84
66250370--66250639	27	10.0	27	77	7	199	40	19	10	30	1.84
66250899--66251019	41	3.0	41	88	0	179	23	23	28	24	2.00
66255219--66255480	45	5.9	45	84	6	308	24	28	22	24	1.99
66261176--66261659	49	10.1	49	89	4	736	31	9	30	28	1.88
66261176--66261659	96	5.0	96	96	0	806	31	9	30	28	1.88
66263685--66263830	43	3.4	43	98	0	283	23	15	34	26	1.94
66263812--66263885	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
66264200--66264460	40	6.5	40	83	3	287	24	22	27	24	2.00
66267994--66268469	49	10.1	49	87	7	700	31	8	30	29	1.87
66267994--66268469	47	10.1	47	87	5	685	31	8	30	29	1.87
66267994--66268469	96	5.0	96	92	4	761	31	8	30	29	1.87
66268246--66268427	88	2.1	88	98	0	355	30	9	32	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66270480--66270513	16	2.2	15	89	5	50	50	0	2	47	1.16
66276072--66276213	25	5.7	25	87	0	122	38	26	15	19	1.91
66276076--66276213	50	2.8	49	86	2	177	39	27	15	18	1.90
66276449--66276559	26	4.3	26	90	2	80	27	18	21	31	1.97
66276449--66276559	52	2.1	52	85	3	143	27	18	21	31	1.97
66276465--66276571	26	4.1	26	96	0	178	26	18	18	36	1.94
66276503--66276601	26	3.8	26	89	4	85	28	15	18	38	1.91
66279456--66279680	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
66279456--66279713	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	1.99
66282811--66283001	25	7.6	25	76	2	141	40	25	14	20	1.90
66282811--66282932	50	2.4	50	86	0	163	42	23	12	21	1.86
66283237--66283346	51	2.1	52	83	5	134	29	17	21	31	1.96
66283253--66283360	26	4.2	25	82	5	126	26	16	17	38	1.91
66283253--66283360	52	2.1	51	91	5	173	26	16	17	38	1.91
66283261--66283376	52	2.2	52	83	7	130	29	14	18	37	1.91
66284063--66284110	23	2.1	23	92	0	78	18	18	22	39	1.92
66297074--66297131	28	2.1	28	96	3	109	20	13	15	50	1.78
66300533--66300572	13	3.1	13	92	0	71	15	30	37	17	1.90
66307076--66307107	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
66312249--66312275	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
66313039--66313099	30	2.1	29	90	9	97	26	14	22	36	1.93
66323736--66323766	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66323733--66323772	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
66343046--66343176	27	4.9	27	86	0	190	39	18	8	33	1.81
66343544--66343603	22	2.7	22	78	0	66	21	25	20	33	1.97
66344694--66344790	48	2.0	48	93	0	167	31	11	19	37	1.87
66346119--66346253	41	3.3	41	81	7	123	25	16	26	31	1.96
66347558--66347731	54	3.2	54	82	3	190	21	19	18	40	1.92
66347560--66347731	27	6.4	26	87	4	164	20	19	19	40	1.91
66350644--66350684	14	2.9	14	88	3	55	29	2	17	51	1.58
66352758--66352876	47	2.5	47	83	0	148	28	30	8	32	1.87
66353101--66353192	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
66353082--66353242	40	4.1	40	79	10	170	24	27	22	25	2.00
66357731--66357809	3	26.3	3	70	10	54	59	5	3	31	1.37
66357754--66357788	18	1.9	18	94	0	61	62	5	5	25	1.40
66360809--66361435	40	15.6	40	93	1	1040	24	27	19	28	1.99
66365212--66365515	88	3.5	88	87	1	423	28	17	22	30	1.97
66365092--66365681	44	13.1	44	65	12	205	28	18	21	31	1.97
66365457--66365778	143	2.3	143	84	3	432	28	23	18	28	1.98
66365501--66365824	143	2.3	143	83	3	384	29	24	16	29	1.97
66365698--66365870	44	3.9	44	81	2	159	30	24	14	30	1.94
66367448--66367620	93	1.9	93	92	2	294	28	29	20	21	1.98
66367441--66367616	46	3.8	46	75	14	182	29	28	20	21	1.98
66368999--66369180	46	4.2	44	71	14	148	24	25	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66369005--66369173	81	2.1	81	85	1	221	24	24	19	30	1.98
66369994--66370027	18	1.9	18	88	5	52	0	20	0	79	0.73
66370554--66370596	22	2.0	22	90	0	68	9	0	6	83	0.80
66370562--66370612	15	3.3	15	81	5	57	7	1	3	86	0.77
66370568--66370611	23	2.0	22	86	4	61	9	2	4	84	0.85
66370562--66370613	14	3.6	14	82	14	61	7	1	5	84	0.84
66375447--66375503	3	18.7	3	89	3	78	63	1	3	31	1.22
66375475--66375514	19	2.3	18	87	12	57	62	0	0	37	0.95
66378907--66378934	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
66391582--66391622	20	2.0	20	95	0	73	17	36	29	17	1.92
66396092--66396309	40	5.5	40	91	1	332	21	22	28	26	1.99
66398058--66398127	24	2.8	25	84	4	88	22	27	18	31	1.97
66400031--66400104	29	2.6	28	82	4	94	28	28	13	29	1.94
66411497--66411606	26	4.2	26	95	0	175	33	4	24	37	1.76
66414258--66415769	714	2.1	710	88	1	2224	28	10	20	40	1.85
66417171--66417200	13	2.3	13	100	0	60	26	13	26	33	1.93
66417195--66417361	56	3.0	56	92	0	271	26	16	23	33	1.95
66417754--66417802	24	2.0	24	100	0	98	32	4	24	38	1.74
66420403--66420506	27	3.9	26	85	6	120	32	21	25	20	1.97
66422126--66422233	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
66422644--66425390	713	3.9	690	83	5	2865	28	10	20	40	1.86
66425356--66425423	33	2.1	33	100	0	136	32	8	22	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66425851--66425906	23	2.3	26	80	17	68	51	0	7	41	1.29
66431022--66431074	16	3.5	16	66	23	51	37	11	18	32	1.87
66431015--66431074	29	2.1	29	96	0	111	38	10	20	31	1.85
66431433--66431517	42	2.0	42	100	0	170	24	23	16	35	1.95
66433311--66433433	20	6.2	20	72	4	61	21	15	6	56	1.61
66433401--66433442	21	2.0	20	90	4	66	23	16	0	59	1.37
66433517--66433615	40	2.5	39	74	8	94	13	12	11	63	1.52
66434013--66434053	21	1.9	22	85	5	57	48	14	17	19	1.81
66434138--66434185	20	2.5	18	80	12	51	52	4	2	41	1.32
66434163--66434214	19	2.7	20	75	16	56	38	5	3	51	1.44
66434246--66434294	10	4.9	10	80	9	55	59	2	4	34	1.28
66434353--66434392	16	2.5	16	95	0	71	40	17	5	37	1.72
66443969--66444019	25	2.0	25	88	0	75	37	15	5	41	1.72
66448002--66448055	28	1.9	28	92	0	90	40	18	1	38	1.61
66448216--66448311	18	5.3	18	85	0	84	34	11	12	41	1.79
66448216--66448311	36	2.7	36	81	0	120	34	11	12	41	1.79
66448428--66448545	51	2.2	52	85	7	150	40	22	20	16	1.91
66448655--66448691	18	2.1	18	85	14	51	24	16	5	54	1.63
66448826--66448863	19	2.0	19	85	10	51	50	26	0	23	1.50
66449145--66449184	19	2.0	20	86	13	57	5	17	2	75	1.10
66449145--66449193	18	2.6	18	84	12	55	4	16	4	75	1.11
66449301--66449339	15	2.6	14	84	11	51	28	2	0	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66453214--66453259	22	2.1	22	91	0	74	19	26	23	30	1.98
66454118--66454231	18	6.3	18	88	0	129	33	12	13	41	1.81
66454340--66454384	6	7.5	6	94	0	72	46	13	20	20	1.83
66454366--66454483	51	2.3	51	82	10	132	41	18	20	19	1.91
66454765--66454802	19	2.0	19	85	10	51	50	26	0	23	1.50
66455084--66455134	18	2.8	18	82	11	52	5	17	3	72	1.20
66455175--66455213	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
66455238--66455276	15	2.6	14	84	11	51	28	2	0	69	1.02
66457323--66457410	44	2.0	44	93	4	151	11	25	7	55	1.62
66464519--66464613	18	5.3	18	74	2	75	35	13	11	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295