genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73614948--73615206	87	3.0	86	82	3	301	31	11	11	45	1.76
73619151--73619208	26	2.1	28	81	12	68	36	1	1	60	1.17
73619171--73619213	20	2.1	21	86	4	61	27	0	4	67	1.10
73619502--73619845	20	17.0	20	72	3	222	42	9	13	34	1.76
73619499--73619769	81	3.4	80	79	5	287	43	8	12	35	1.74
73619504--73619847	101	3.4	101	76	9	290	41	9	13	34	1.77
73619499--73619844	40	8.6	40	79	3	264	42	9	13	34	1.77
73619499--73619782	121	2.3	121	82	0	307	43	9	13	34	1.76
73619499--73619823	81	4.0	80	76	4	278	42	8	13	35	1.76
73619905--73620120	112	1.9	111	79	4	238	39	14	12	33	1.84
73623564--73623646	18	4.6	17	74	12	51	72	0	22	4	1.04
73623559--73623600	22	1.9	22	90	0	66	76	0	23	0	0.79
73623579--73623646	18	3.7	18	74	3	64	72	0	22	5	1.06
73627487--73627538	26	2.0	27	81	11	63	21	7	13	57	1.61
73630849--73630939	24	3.8	24	76	2	83	27	15	28	28	1.96
73642293--73642329	19	1.9	19	88	0	56	43	0	5	51	1.24
73642293--73642351	30	2.0	30	89	0	91	44	0	3	52	1.17
73642311--73642373	25	2.5	25	80	14	76	42	1	4	50	1.32
73642360--73642476	62	1.9	60	84	5	155	39	5	5	50	1.47
73655515--73655560	22	2.1	22	100	0	92	39	13	15	32	1.85
73656052--73656083	15	2.1	15	100	0	64	40	34	6	18	1.76
73657120--73657265	31	4.8	31	78	9	129	43	19	11	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73660363--73660403	20	2.0	20	85	0	55	48	17	2	31	1.60
73660875--73661013	46	3.0	45	65	15	104	18	9	20	51	1.74
73660875--73661079	92	2.2	92	88	1	304	19	10	20	50	1.76
73662214--73662383	46	3.7	46	75	9	141	22	29	18	29	1.97
73662261--73662434	46	3.7	46	77	6	154	22	28	18	30	1.97
73663791--73663847	29	2.0	29	92	0	96	35	28	10	26	1.89
73669046--73669070	13	1.9	13	100	0	50	16	0	16	68	1.22
73677118--73677161	22	2.0	22	100	0	88	22	13	36	27	1.92
73677500--73677555	27	2.1	27	82	0	67	32	19	19	28	1.97
73677511--73677668	27	5.9	27	84	1	147	32	18	17	31	1.95
73677928--73678048	41	3.0	41	91	2	190	22	21	28	27	1.99
73680975--73681066	27	3.4	27	95	3	159	36	14	19	29	1.91
73681055--73681397	27	12.7	27	80	0	272	38	21	11	28	1.87
73680975--73681098	54	2.3	53	84	12	155	34	16	18	30	1.93
73681615--73681739	41	3.0	41	91	0	196	23	21	28	27	1.99
73681879--73681932	22	2.5	22	73	11	56	22	24	22	31	1.98
73690783--73690819	19	1.9	19	94	0	65	16	0	13	70	1.17
73692423--73692463	22	1.9	21	85	14	57	43	26	0	29	1.55
73692485--73692512	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
73695407--73695552	40	3.7	40	82	7	172	25	27	22	24	2.00
73703077--73703222	40	3.7	40	82	7	172	25	27	22	24	2.00
73706251--73706275	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73706365--73706394	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
73706528--73706563	5	6.8	5	87	12	54	58	0	0	41	0.98
73706528--73706563	16	2.2	16	90	9	56	58	0	0	41	0.98
73710096--73710165	21	3.3	21	75	0	77	20	24	35	20	1.96
73710096--73710184	42	2.1	42	93	0	151	20	23	35	20	1.95
73710117--73710184	21	3.2	21	75	8	75	19	23	36	20	1.95
73710888--73710936	25	2.0	24	84	4	62	73	10	4	12	1.22
73715584--73715613	14	2.1	14	93	0	51	10	10	0	80	0.92
73715622--73715679	5	11.6	5	100	0	116	60	0	0	39	0.97
73715797--73715840	20	2.2	21	80	12	56	54	0	2	43	1.12
73718901--73718925	13	1.9	13	100	0	50	20	16	0	64	1.30
73723116--73723242	44	2.9	43	86	8	150	19	17	30	32	1.95
73723159--73723242	44	1.9	44	97	0	159	20	19	29	30	1.97
73731631--73731665	17	2.0	18	88	5	54	77	2	20	0	0.90
73738181--73738227	19	2.4	20	82	3	60	29	19	21	29	1.97
73741184--73741222	15	2.5	16	91	4	62	5	20	0	74	1.01
73744513--73744645	67	2.0	67	89	0	203	30	30	15	23	1.95
73746494--73746518	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
73747403--73747474	27	2.6	27	91	2	108	43	9	15	31	1.79
73747967--73748038	26	2.8	26	80	2	74	44	12	15	27	1.82
73770186--73770228	14	3.0	14	78	15	52	4	18	4	72	1.20
73774141--73774199	10	5.7	11	78	9	63	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73774167--73774196	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
73774137--73774212	37	2.0	39	87	10	113	67	0	0	32	0.91
73775125--73775163	13	2.8	14	84	11	53	43	17	2	35	1.63
73775477--73775528	24	2.2	24	96	0	95	30	5	9	53	1.57
73783996--73784071	39	1.9	39	94	0	134	31	11	14	42	1.82
73785190--73785265	39	1.9	39	94	0	134	31	11	14	42	1.82
73786384--73786459	39	1.9	39	94	0	134	31	11	14	42	1.82
73788796--73788823	3	9.3	3	100	0	56	32	32	35	0	1.58
73793518--73793570	18	2.9	18	77	5	61	39	1	18	39	1.62
73801100--73801176	27	2.9	27	88	3	102	25	15	20	37	1.92
73801117--73801420	27	11.3	27	85	3	339	31	11	20	36	1.89
73801745--73801808	28	2.3	28	83	0	74	28	37	15	18	1.92
73803459--73803511	18	2.9	18	73	15	54	39	3	18	37	1.69
73806196--73806246	6	8.5	6	100	0	102	84	0	0	15	0.63
73808839--73808955	45	2.6	45	78	7	123	30	29	17	22	1.97
73813749--73813775	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
73822175--73822218	24	1.9	22	86	9	61	50	4	18	27	1.66
73824617--73824796	46	3.9	46	86	1	234	40	14	24	20	1.90
73824879--73824928	26	1.9	26	83	0	64	36	2	22	40	1.65
73827783--73827822	15	2.6	15	84	4	53	77	0	7	15	0.98
73831716--73831757	10	4.2	10	85	11	59	38	23	0	38	1.55
73832611--73832635	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73841999--73842049	26	2.0	26	92	0	84	25	19	13	41	1.88
73851072--73851221	43	3.5	43	73	10	155	28	26	18	26	1.98
73851828--73851866	19	2.1	19	95	0	69	53	23	0	23	1.46
73852545--73852588	23	2.0	22	86	4	61	36	6	15	40	1.74
73862363--73862729	187	2.0	187	93	0	626	30	13	21	35	1.91
73882209--73882237	14	2.1	14	100	0	58	55	6	31	6	1.53
73887655--73887700	22	2.1	22	91	0	74	15	21	15	47	1.81
73889954--73890038	28	3.0	28	86	3	107	11	25	22	40	1.88
73889968--73890039	28	2.5	28	90	2	108	12	23	22	41	1.88
73890646--73890695	24	2.1	24	92	0	82	36	24	4	36	1.74
73892109--73892141	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
73892357--73892399	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
73892707--73892759	15	3.4	15	80	15	63	45	0	1	52	1.11
73898745--73898775	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
73902638--73902695	20	2.7	21	87	10	82	27	0	0	72	0.85
73902652--73902711	12	5.0	12	73	18	54	28	1	0	70	0.97
73902638--73902697	22	2.8	20	87	9	84	26	0	0	73	0.84
73902675--73902702	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
73906084--73906158	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
73916218--73916281	16	4.0	16	71	15	51	68	1	28	1	1.07
73916339--73916390	21	2.5	21	80	0	59	30	1	1	65	1.14
73921564--73921593	14	2.1	14	100	0	60	26	6	30	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73922731--73922795	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
73922727--73922795	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
73940968--73941032	26	2.5	26	82	0	76	41	13	20	24	1.88
73944936--73945120	79	2.3	81	82	7	218	25	27	22	24	2.00
73944917--73945120	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
73951147--73951187	22	1.9	21	85	5	55	14	31	4	48	1.65
73956680--73956725	23	2.0	23	86	0	65	32	2	0	65	1.05
73962416--73962459	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
73977478--73977793	96	3.3	93	80	9	338	23	30	18	27	1.98
73977478--73977793	48	6.6	48	76	8	254	23	30	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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