genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71995562--71995667	53	2.0	52	98	1	203	27	18	27	26	1.98
72011576--72011674	49	2.0	49	84	0	126	27	13	21	38	1.90
72016966--72017006	6	6.8	6	97	0	64	0	9	34	56	1.32
72017311--72017355	17	2.5	18	82	7	56	22	24	35	17	1.95
72017311--72017346	18	1.9	19	88	5	56	25	22	36	16	1.94
72017413--72017473	29	2.1	28	84	3	77	26	13	29	31	1.93
72017426--72017501	29	2.6	29	79	4	82	25	15	28	30	1.96
72020330--72020385	27	2.1	27	86	0	76	23	25	3	48	1.67
72021530--72021554	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
72022998--72023106	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
72023317--72023703	47	8.1	47	89	4	558	26	29	12	31	1.92
72023317--72023703	98	4.0	97	91	4	617	26	29	12	31	1.92
72025895--72026073	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
72027524--72027632	57	1.9	57	82	1	137	29	27	17	25	1.97
72027844--72028115	40	6.8	40	91	0	427	25	28	22	24	1.99
72029380--72029566	37	5.1	37	94	0	302	27	29	18	24	1.98
72029777--72030212	47	9.1	47	89	5	620	26	30	11	31	1.92
72032407--72032585	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
72037087--72037115	14	2.0	15	93	6	51	55	0	10	34	1.34
72038102--72038191	27	3.2	27	78	7	92	31	24	25	18	1.98
72038297--72038361	28	2.3	28	89	0	94	32	6	27	33	1.82
72044902--72044942	19	2.2	19	86	0	55	24	2	2	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72045917--72046031	55	2.1	56	80	4	126	35	23	24	16	1.95
72045936--72046031	28	3.4	27	84	4	111	33	25	25	16	1.96
72045936--72046031	27	3.4	28	82	4	113	33	25	25	16	1.96
72046138--72046201	28	2.3	28	86	0	92	32	7	26	32	1.85
72052221--72052260	20	2.0	20	85	0	53	37	22	2	37	1.68
72052491--72052700	55	3.8	56	81	6	245	22	24	17	35	1.95
72052491--72052693	108	1.9	109	86	4	293	23	24	17	34	1.96
72054207--72054241	17	2.1	17	94	0	61	28	8	17	45	1.77
72054497--72054534	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
72063197--72063299	38	2.7	38	86	3	145	32	25	21	21	1.98
72066882--72067050	58	2.9	58	91	0	268	27	28	20	23	1.99
72066889--72067039	29	5.2	29	69	12	114	27	27	21	23	1.99
72067204--72067339	43	3.2	43	93	0	218	30	33	23	11	1.91
72067378--72067433	27	2.1	27	100	0	112	33	14	7	44	1.72
72068912--72069030	38	3.1	38	78	4	94	36	22	18	21	1.95
72068960--72069042	38	2.2	38	88	0	121	33	21	20	24	1.97
72071983--72072104	43	2.8	43	86	2	174	27	31	18	21	1.97
72076104--72076366	40	6.6	40	88	3	316	26	27	20	24	1.99
72076298--72076375	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
72084037--72084299	40	6.6	40	88	3	316	26	27	20	24	1.99
72084231--72084308	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
72089625--72089796	47	3.7	47	71	10	172	21	17	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72089631--72089811	93	1.9	93	94	2	319	22	16	30	30	1.95
72089629--72089842	93	2.3	93	86	1	313	21	19	29	29	1.98
72094871--72094918	20	2.4	18	83	16	60	29	20	2	47	1.61
72095565--72095605	15	2.7	15	88	0	64	53	12	0	34	1.38
72096285--72096335	26	2.0	24	81	11	57	1	27	1	68	1.11
72098122--72098253	47	2.8	46	76	16	146	28	20	31	19	1.97
72098126--72098279	47	3.3	46	69	16	127	28	20	31	20	1.97
72098302--72098436	49	2.8	49	82	5	159	27	19	29	23	1.98
72100319--72100352	11	3.2	11	87	4	52	8	35	0	55	1.31
72107575--72107622	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
72107434--72107657	118	1.9	114	83	12	265	41	4	6	47	1.49
72108198--72108233	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
72109219--72109323	27	3.9	26	85	5	111	39	15	10	35	1.81
72109234--72109323	27	3.3	27	87	3	119	40	15	11	33	1.83
72109229--72109350	54	2.2	54	80	7	131	39	18	9	32	1.83
72109329--72109523	27	6.8	27	74	12	93	29	23	6	40	1.80
72109353--72109434	38	2.2	38	86	0	110	24	29	6	40	1.79
72109391--72109525	27	5.0	27	83	3	155	30	20	7	42	1.79
72109475--72109560	27	3.2	26	81	6	82	38	22	4	34	1.75
72109516--72109571	27	2.1	27	93	0	94	42	17	7	32	1.77
72109517--72109588	27	2.8	26	85	4	83	40	20	8	30	1.82
72109590--72109656	27	2.5	27	90	4	100	35	17	25	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72110816--72110863	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
72110900--72110942	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
72110907--72110950	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
72110997--72111142	25	6.0	24	83	7	163	28	20	21	28	1.98
72110996--72111140	74	2.0	74	81	10	172	28	20	22	28	1.98
72111335--72111398	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
72112146--72112199	25	2.2	24	83	9	65	33	5	3	57	1.40
72112419--72112445	11	2.5	11	100	0	54	29	18	18	33	1.95
72119193--72119344	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
72119193--72119344	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
72122432--72122469	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
72127076--72127117	22	1.9	22	85	9	59	42	2	40	14	1.58
72129450--72129522	38	1.9	38	97	0	137	19	20	4	56	1.58
72131784--72131822	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
72133765--72133849	27	3.1	27	80	5	84	15	22	22	40	1.91
72141590--72141674	27	3.1	27	88	5	111	16	23	23	36	1.94
72147355--72147398	23	1.9	23	90	0	70	31	6	11	50	1.65
72149983--72150090	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
72158668--72158716	20	2.5	20	82	0	62	46	16	26	10	1.78
72159680--72159814	69	2.0	69	95	0	243	34	5	5	55	1.44
72159781--72160414	338	1.9	336	90	1	1018	38	17	6	36	1.77
72170898--72171002	44	2.4	43	84	4	122	28	19	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72175397--72175576	57	3.1	57	88	4	265	28	18	6	46	1.74
72177412--72177486	37	2.1	37	85	7	100	38	16	17	28	1.91
72177412--72177509	37	2.7	36	81	7	99	35	18	19	26	1.95
72177513--72177710	40	4.9	40	84	0	234	25	25	17	31	1.97
72182067--72182104	19	2.0	19	94	0	67	39	10	2	47	1.52
72183450--72183602	74	2.1	75	83	3	193	28	20	13	36	1.91
72191616--72191670	28	1.9	29	82	10	69	36	0	5	58	1.21
72192036--72192104	29	2.4	28	85	7	93	28	1	34	34	1.67
72192160--72192215	21	2.6	22	77	8	62	21	0	26	51	1.48
72192210--72192242	14	2.3	15	89	5	50	15	0	45	39	1.46
72192203--72192242	21	1.9	21	89	0	62	15	0	42	42	1.46
72192709--72192842	26	5.2	26	94	0	232	32	8	24	35	1.85
72195644--72195711	26	2.6	27	88	4	95	42	7	4	45	1.52
72199379--72199406	10	2.8	10	100	0	56	46	0	21	32	1.52
72199426--72199979	244	2.3	244	98	0	1063	34	18	13	33	1.89
72205484--72205527	21	2.1	21	91	8	72	25	22	52	0	1.48
72209322--72209367	16	2.8	17	75	18	53	71	2	10	15	1.23
72210212--72210248	13	2.7	14	91	4	58	75	0	18	5	0.99
72210212--72210253	13	3.1	13	86	10	57	73	0	21	4	1.01
72210367--72210404	12	3.2	12	88	0	58	57	2	26	13	1.49
72213383--72213432	26	1.9	26	88	8	75	16	26	16	42	1.88
72222617--72222751	34	3.8	34	74	12	110	27	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72241995--72242172	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
72242016--72242171	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
72244724--72244904	40	4.5	39	81	5	186	25	22	27	24	2.00
72244759--72244937	79	2.3	79	78	7	195	27	21	26	24	1.99
72252663--72252843	40	4.6	40	78	8	174	26	22	26	24	2.00
72252712--72252876	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
72261534--72261843	38	8.1	38	90	2	460	21	22	25	29	1.99
72261840--72261971	45	3.0	45	83	7	157	24	20	28	26	1.99
72267317--72267649	38	8.7	38	92	1	531	21	23	25	29	1.99
72267301--72267649	116	3.0	116	92	0	558	22	23	25	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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