genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14740696--14740933	118	2.0	118	91	0	386	36	10	15	38	1.81
14741430--14741472	21	2.0	21	81	4	50	27	20	2	48	1.62
14742603--14742646	10	4.4	10	83	11	63	61	0	0	38	0.96
14742903--14742945	23	1.9	22	85	4	59	65	4	2	27	1.25
14742936--14742979	23	2.0	23	90	4	72	52	9	0	38	1.33
14747290--14747364	18	4.2	18	79	6	89	30	20	14	34	1.92
14751409--14751451	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
14751409--14751450	21	2.0	22	90	4	68	21	47	2	28	1.63
14757601--14757648	24	2.0	24	100	0	96	25	8	8	58	1.55
14757977--14758038	31	2.0	32	83	3	81	30	12	14	41	1.83
14759873--14759921	15	3.2	15	75	16	55	24	0	2	73	0.94
14760001--14760055	13	3.9	14	77	17	60	27	5	0	67	1.12
14760153--14760313	3	56.3	3	73	11	81	28	6	4	60	1.42
14760878--14761107	128	1.8	126	88	4	329	33	16	13	36	1.87
14761488--14761629	68	2.1	68	98	0	275	35	18	15	30	1.92
14763012--14763172	3	53.7	3	66	18	68	31	6	2	59	1.37
14763014--14763059	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
14763176--14763214	12	3.2	12	85	3	51	35	0	10	53	1.35
14763401--14763518	23	5.5	22	78	15	104	34	2	3	59	1.28
14763403--14763459	9	5.8	9	77	18	51	33	0	3	63	1.12
14763403--14763528	44	2.9	42	79	13	130	34	2	3	58	1.29
14765443--14765485	18	2.4	19	84	7	54	44	0	4	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14769794--14769830	5	7.6	5	82	17	51	21	21	16	40	1.91
14769794--14769840	24	2.0	24	100	0	94	21	21	14	42	1.88
14769788--14769825	19	2.0	19	94	0	67	23	21	13	42	1.88
14771761--14771786	7	3.7	7	100	0	52	46	15	0	38	1.46
14771957--14771990	10	3.5	10	88	8	52	88	0	11	0	0.52
14771958--14771983	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
14773675--14774143	45	10.7	43	66	6	206	30	19	24	25	1.98
14773650--14774707	132	8.1	131	85	4	1153	29	18	25	27	1.98
14774900--14775054	44	3.5	44	92	0	240	25	16	30	27	1.97
14775036--14775067	13	2.4	13	94	5	55	3	25	25	46	1.67
14774992--14775108	57	2.1	57	95	0	207	19	18	29	32	1.96
14775049--14775243	44	4.4	44	91	0	309	24	15	30	29	1.96
14774904--14775200	145	2.0	145	92	0	495	24	16	30	28	1.96
14774900--14775337	189	2.3	194	89	2	679	25	15	31	27	1.96
14775224--14775263	20	2.0	20	100	0	80	10	15	30	45	1.78
14775179--14775307	64	2.0	64	95	0	231	20	14	31	32	1.93
14775135--14775337	108	1.9	108	95	0	370	25	14	31	28	1.95
14775243--14775337	44	2.2	44	98	0	181	25	14	33	26	1.94
14776549--14776675	41	3.1	41	87	3	121	37	24	20	18	1.94
14776833--14776884	14	3.7	14	81	0	59	26	0	25	48	1.52
14776838--14776886	21	2.3	21	78	0	62	24	0	28	46	1.53
14776862--14776927	32	2.1	32	94	0	114	25	4	28	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14776954--14777050	7	14.0	7	70	10	56	19	0	41	39	1.52
14777983--14778091	37	2.9	37	83	5	148	13	48	11	25	1.77
14785583--14785620	12	3.2	12	92	3	60	60	15	0	23	1.35
14785588--14785622	12	2.9	12	95	0	61	60	20	0	20	1.37
14797219--14797266	25	2.0	24	84	8	62	41	6	0	52	1.27
14801648--14801709	22	2.7	23	80	7	65	58	8	3	30	1.43
14803500--14803622	43	2.8	45	78	8	153	18	20	25	35	1.95
14815333--14815375	22	2.1	22	87	12	65	53	2	0	44	1.13
14817795--14817941	75	2.0	75	94	0	258	25	20	12	42	1.87
14821461--14821504	22	2.0	22	86	0	61	38	22	6	31	1.81
14823460--14823503	22	2.0	22	82	8	54	63	2	2	31	1.19
14823486--14823591	27	3.9	27	73	18	78	58	4	8	28	1.48
14825245--14825382	27	5.1	26	90	4	168	35	22	23	18	1.95
14826993--14827102	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
14827429--14827759	130	2.6	130	86	5	415	35	20	17	26	1.94
14830160--14830222	27	2.3	27	78	15	74	60	3	3	33	1.28
14830482--14830522	22	1.9	22	90	5	66	60	4	0	34	1.18
14831356--14831389	13	2.5	14	85	9	52	85	0	2	11	0.71
14831607--14831948	51	7.1	50	71	15	211	31	18	21	28	1.97
14831634--14832173	44	11.8	44	72	10	262	30	18	21	29	1.97
14831679--14831819	50	2.8	51	92	1	230	30	21	21	26	1.98
14831495--14832180	140	4.9	140	77	10	640	30	18	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14832053--14832619	233	2.5	234	79	5	582	30	18	21	29	1.97
14832513--14832618	44	2.4	45	83	1	124	29	18	20	31	1.97
14833037--14833115	38	2.1	38	97	0	149	15	22	17	44	1.86
14833837--14833877	19	2.1	20	86	4	57	14	2	21	60	1.45
14834149--14834314	44	3.8	44	81	5	158	28	20	18	32	1.96
14837268--14837752	46	10.7	46	89	4	691	37	15	24	22	1.93
14840686--14840730	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
14842908--14843392	46	10.7	46	89	4	691	37	15	24	22	1.93
14846326--14846370	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
14848547--14849031	46	10.7	46	89	4	691	37	15	24	22	1.93
14851961--14852005	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
14854145--14854303	38	4.0	38	86	12	228	32	17	26	23	1.97
14854183--14854311	46	3.0	45	83	14	182	34	16	25	23	1.95
14854134--14854311	84	2.1	84	95	1	322	34	16	25	23	1.95
14854244--14854374	62	2.1	62	94	1	226	35	18	24	22	1.96
14854282--14854327	24	1.9	24	100	0	92	39	21	17	21	1.93
14854329--14854579	46	5.5	46	91	0	369	38	14	25	21	1.91
14855506--14855907	95	4.2	95	73	11	336	29	20	19	30	1.97
14855309--14856047	140	5.3	140	79	9	722	28	20	19	30	1.97
14855670--14856096	51	8.9	50	73	14	326	28	20	19	31	1.97
14855593--14856090	235	2.1	233	82	6	587	29	21	19	30	1.97
14855309--14856046	286	2.6	280	87	4	1017	28	21	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14855636--14856097	95	4.9	95	74	14	414	28	21	19	30	1.98
14856203--14856229	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
14857065--14857105	21	1.9	22	90	5	66	34	0	4	60	1.18
14857377--14857433	25	2.2	26	81	12	64	36	3	5	54	1.40
14857458--14857515	25	2.3	25	82	5	64	24	5	5	65	1.34
14857569--14857666	52	1.9	49	81	6	115	29	8	7	55	1.56
14870030--14870059	12	2.5	12	88	0	51	0	26	46	26	1.53
14872898--14872939	6	6.5	6	84	15	57	83	0	14	2	0.75
14872901--14872944	15	2.9	15	89	3	61	81	0	15	2	0.78
14872898--14872944	21	2.2	22	92	3	78	82	0	14	2	0.75
14873714--14873747	17	1.9	18	94	5	61	35	5	0	58	1.22
14874469--14874576	25	4.6	22	76	14	67	35	6	5	52	1.50
14874469--14874530	25	2.4	27	83	5	83	37	8	6	48	1.59
14874493--14874576	22	3.7	22	78	15	75	32	5	5	55	1.48
14874637--14874676	15	2.7	15	96	0	71	37	0	7	55	1.29
14878023--14878143	49	2.7	46	83	12	144	29	27	14	28	1.95
14878058--14878187	49	2.7	47	83	8	156	30	26	14	28	1.95
14878263--14878503	31	7.8	31	90	0	367	24	28	21	25	1.99
14881872--14881927	22	2.5	22	85	2	76	26	23	3	46	1.68
14881906--14881930	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
14888870--14888937	31	2.2	30	84	5	82	27	20	10	41	1.85
14888890--14888957	31	2.2	31	86	0	91	32	16	8	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14900862--14900988	65	2.0	65	93	1	220	53	10	15	20	1.71
14901850--14901887	4	9.5	4	88	0	58	23	5	0	71	1.07
14901949--14901981	17	1.9	17	88	11	50	9	6	0	84	0.76
14901923--14902013	39	2.3	40	79	9	96	12	10	5	71	1.30
14913692--14913722	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
14914269--14914325	18	3.2	18	92	0	96	26	24	17	31	1.97
14918380--14918410	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
14923317--14923360	19	2.3	19	88	0	61	47	6	6	38	1.57
14928951--14929009	31	1.9	31	93	3	102	28	11	11	47	1.76
14932549--14932590	21	2.0	22	85	4	59	57	21	16	4	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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