genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72541468--72541505	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72547093--72547383	50	5.9	50	81	4	338	29	26	18	25	1.98
72547094--72547380	150	1.9	149	94	0	502	29	25	19	25	1.98
72551551--72551648	43	2.3	43	83	3	117	31	15	21	31	1.94
72552675--72552821	65	2.2	66	90	3	235	22	25	26	25	2.00
72556138--72556504	46	8.0	46	85	1	432	21	24	14	39	1.90
72562476--72562545	24	3.0	24	85	4	90	27	17	27	28	1.97
72562597--72562777	27	6.7	27	75	6	132	34	18	19	27	1.95
72562620--72562742	54	2.3	54	87	2	167	37	18	17	26	1.93
72566678--72566894	27	8.0	27	87	0	281	40	20	14	24	1.90
72569076--72569109	16	2.2	16	89	5	52	67	2	23	5	1.26
72588265--72588397	27	5.0	27	86	0	178	42	17	14	26	1.87
72588517--72588556	17	2.3	18	86	4	64	17	42	25	15	1.88
72591303--72591478	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
72591300--72591471	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
72595268--72595398	40	3.3	40	89	2	201	23	20	27	28	1.99
72595222--72595395	80	2.2	81	84	10	225	24	20	27	27	1.99
72602025--72602195	93	1.8	92	94	1	306	21	21	29	28	1.98
72602029--72602202	46	3.8	46	78	13	205	20	21	29	28	1.98
72604499--72604523	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
72605700--72605798	43	2.3	42	84	5	128	28	18	22	31	1.97
72608167--72608385	110	2.0	110	97	0	411	32	21	21	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72609677--72609706	15	2.0	15	93	0	51	20	16	13	50	1.78
72610787--72610848	27	2.3	27	91	0	97	38	14	16	30	1.88
72611637--72611692	28	2.0	28	86	6	78	23	23	21	32	1.98
72616482--72616604	44	2.8	44	83	0	165	22	15	26	34	1.94
72616574--72616668	42	2.2	42	83	9	113	28	18	22	30	1.97
72618044--72618204	42	3.8	42	80	3	171	26	25	16	31	1.97
72619576--72619604	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
72628533--72628641	45	2.5	44	76	7	116	25	15	28	30	1.96
72628533--72628690	45	3.7	42	73	10	113	25	15	29	28	1.96
72630135--72630188	28	2.0	27	81	3	63	31	3	16	48	1.64
72631791--72632128	180	1.9	181	86	1	491	34	19	7	38	1.80
72634135--72634399	40	6.7	40	89	2	338	28	29	19	22	1.98
72648949--72648989	18	2.3	18	95	0	73	21	26	4	46	1.72
72651625--72651751	46	2.8	46	88	0	200	23	32	9	34	1.87
72651775--72652532	47	16.1	47	93	1	1268	25	27	12	34	1.93
72651800--72651924	24	5.2	25	63	24	72	30	27	10	32	1.90
72652436--72652511	22	3.3	22	68	22	66	26	28	11	32	1.92
72656086--72656522	40	10.9	40	88	0	624	26	30	21	21	1.99
72656082--72656524	80	5.5	80	95	0	760	26	30	21	21	1.99
72658018--72658172	46	3.4	46	95	0	283	22	31	10	35	1.88
72658000--72658172	46	3.8	46	92	0	274	23	32	9	34	1.87
72658196--72658716	47	11.1	47	94	0	893	25	27	12	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72658315--72658439	23	5.2	25	59	24	63	28	28	12	30	1.92
72658196--72658716	280	1.9	280	93	0	907	25	27	12	33	1.93
72658196--72658749	233	2.4	230	89	3	747	27	26	12	33	1.92
72666203--72666906	27	26.0	27	73	9	213	36	20	9	33	1.84
72666500--72666654	55	2.8	53	82	7	168	41	21	7	29	1.81
72666526--72666654	55	2.4	54	85	6	170	39	20	8	31	1.83
72666793--72666923	54	2.4	54	88	0	181	40	20	8	30	1.82
72666773--72666925	27	5.7	27	79	6	148	40	22	7	29	1.82
72666944--72667017	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
72667729--72667815	20	4.3	20	89	2	131	40	9	19	31	1.83
72667865--72667997	52	2.6	51	89	4	200	30	21	21	27	1.98
72667865--72667995	26	5.2	26	86	2	180	29	21	20	28	1.98
72668133--72668224	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
72668248--72668326	31	2.5	30	90	8	122	31	18	24	25	1.98
72673901--72673949	26	1.9	26	87	4	73	57	2	2	38	1.22
72673901--72673950	25	2.0	25	84	7	66	58	2	2	38	1.21
72674102--72674150	18	2.7	18	80	0	62	38	22	32	6	1.79
72674539--72674567	15	2.0	15	93	6	51	58	0	6	34	1.25
72675906--72675991	43	2.0	43	97	0	163	32	22	13	31	1.93
72693414--72693439	8	3.2	8	100	0	52	46	23	0	30	1.53
72720162--72720227	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
72721865--72722133	40	6.7	40	97	0	475	21	28	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72728793--72729059	40	6.7	40	95	0	464	22	26	20	30	1.98
72747417--72747467	23	2.2	24	79	13	61	62	1	0	35	1.06
72747423--72747476	23	2.3	23	87	6	74	57	0	1	40	1.09
72749423--72749511	31	3.0	30	74	11	85	33	8	14	42	1.77
72749890--72749963	30	2.5	30	84	2	87	39	10	9	40	1.73
72757779--72758002	40	5.6	40	85	3	279	24	22	26	26	2.00
72757783--72758002	83	2.7	80	87	5	284	24	23	26	25	2.00
72766925--72767433	47	10.7	47	93	1	838	28	29	8	32	1.87
72766925--72767433	190	2.7	188	93	1	847	28	29	8	32	1.87
72766925--72767431	237	2.1	237	95	0	906	28	29	8	32	1.87
72769996--72770174	40	4.4	40	85	4	243	23	24	27	25	2.00
72769998--72770174	83	2.2	79	90	4	273	23	23	27	25	2.00
72772197--72772413	46	4.6	47	78	11	196	27	18	29	23	1.98
72772241--72772459	46	4.7	48	79	8	193	27	19	29	23	1.98
72772197--72772459	140	1.9	141	82	7	338	28	19	28	23	1.98
72779189--72779232	23	1.9	23	81	9	54	36	0	27	36	1.57
72783572--72783611	15	2.6	16	84	4	55	30	10	2	57	1.45
72798491--72798886	132	3.0	133	93	0	632	28	25	19	26	1.99
72802815--72802868	20	2.7	20	82	5	65	24	22	16	37	1.94
72802825--72802888	30	2.1	30	85	5	85	21	21	17	39	1.93
72802815--72802879	20	3.2	20	74	8	60	23	23	15	38	1.92
72812177--72812585	132	3.1	131	80	4	396	34	16	19	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72816609--72816656	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
72819117--72819184	21	3.2	21	65	8	57	58	7	22	11	1.57
72819095--72819191	42	2.3	42	91	1	151	56	5	23	14	1.58
72819195--72819244	18	2.8	18	87	0	73	58	0	28	14	1.37
72819188--72819269	24	3.4	24	77	0	101	60	0	26	12	1.31
72820889--72820942	20	2.7	20	73	0	54	20	25	20	33	1.97
72824064--72824114	20	2.6	21	81	12	63	19	33	31	15	1.93
72834686--72834789	46	2.2	47	91	3	174	26	30	7	34	1.85
72840246--72840502	55	4.8	55	74	12	209	34	15	27	22	1.95
72862058--72862198	40	3.6	39	79	12	137	25	21	26	25	2.00
72870955--72870992	12	3.2	12	92	0	58	7	28	39	23	1.83
72875083--72875233	40	3.7	40	83	5	187	35	25	14	23	1.93
72887102--72887259	40	4.0	39	87	10	198	24	20	27	27	1.99
72887103--72887266	79	2.1	79	84	8	210	25	21	26	26	1.99
72892524--72892575	22	2.3	22	83	9	61	40	3	0	55	1.18
72892620--72892653	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
72899974--72900085	27	4.2	26	79	7	107	38	23	21	16	1.93
72902509--72902667	39	4.1	39	93	0	255	20	25	29	23	1.99
72905255--72905325	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
72910237--72910409	46	3.7	46	77	10	190	21	20	27	29	1.98
72910234--72910404	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
72910633--72910670	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72913277--72913326	18	2.5	20	78	18	59	44	2	2	52	1.24
72915161--72915229	27	2.6	27	80	0	84	36	20	24	18	1.95
72915370--72915542	27	6.4	27	82	0	211	24	21	18	35	1.96
72919631--72919662	15	2.2	15	94	5	57	31	0	12	56	1.37
72925459--72925571	55	2.1	55	96	0	208	25	8	23	42	1.83
72926191--72926250	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
72928716--72928941	27	8.4	27	85	0	263	25	21	18	34	1.96
72928715--72928941	81	2.8	81	85	4	298	25	21	18	34	1.96
72930949--72931094	50	2.8	52	84	4	179	21	23	19	34	1.96
72930944--72931190	50	4.6	53	79	5	176	22	23	17	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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