genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68523053--68523123	26	2.6	28	75	8	83	30	21	28	19	1.97
68523239--68523303	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
68530162--68530421	100	2.6	100	80	4	274	29	11	17	40	1.86
68530162--68530427	50	5.3	50	82	3	248	29	12	18	40	1.87
68535416--68535673	129	2.0	129	95	1	464	32	15	18	32	1.92
68537985--68538250	50	5.3	50	80	5	259	29	11	19	39	1.87
68544424--68544674	47	5.4	47	87	2	328	31	9	32	26	1.89
68544805--68544884	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
68568227--68568473	55	4.7	53	77	11	204	36	18	24	21	1.95
68568238--68568434	108	1.8	110	87	4	301	34	16	25	22	1.95
68585263--68585385	28	4.4	28	88	2	167	33	27	12	26	1.92
68588566--68588643	25	3.2	25	66	23	67	32	8	28	30	1.88
68588731--68588806	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
68588518--68588829	47	6.6	47	90	0	473	33	10	29	26	1.90
68588823--68588911	46	1.9	46	86	0	124	33	12	31	22	1.91
68590788--68590911	43	2.9	43	78	7	146	28	23	16	32	1.96
68593425--68593556	27	4.9	27	85	0	147	39	18	15	26	1.91
68594487--68594528	23	1.9	21	85	9	57	30	21	21	26	1.98
68596151--68596313	46	3.5	45	79	11	179	22	30	18	29	1.97
68596106--68596313	46	4.5	45	77	14	169	23	29	17	29	1.97
68597030--68597059	12	2.4	13	88	11	53	53	16	13	16	1.73
68601675--68601740	34	1.9	34	87	6	98	30	24	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68603001--68603043	21	2.0	21	100	0	86	32	18	18	30	1.95
68603145--68603245	37	2.7	37	96	0	184	24	30	18	25	1.98
68603253--68603420	78	2.2	78	98	0	327	30	20	22	26	1.98
68603442--68604246	47	16.7	47	90	3	1205	29	29	8	33	1.87
68603442--68604246	96	8.4	94	90	3	1205	29	29	8	33	1.87
68608049--68608320	40	6.8	40	91	1	420	25	28	22	23	1.99
68609590--68609690	37	2.7	37	96	0	184	24	30	18	25	1.98
68609809--68610560	47	15.7	47	90	3	1139	29	28	8	33	1.87
68609809--68610560	96	7.9	94	90	3	1139	29	28	8	33	1.87
68609809--68610560	143	5.3	142	92	2	1208	29	28	8	33	1.87
68618277--68618331	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
68627560--68627672	27	4.2	26	81	7	118	38	22	23	16	1.93
68627560--68627672	54	2.1	54	83	3	138	38	22	23	16	1.93
68630489--68630804	47	6.7	47	90	2	458	27	30	8	33	1.87
68630820--68630969	49	3.1	49	96	1	277	30	28	8	33	1.86
68630699--68630927	123	1.9	121	91	3	379	29	28	7	34	1.85
68632234--68632412	85	2.1	85	97	0	340	25	27	8	37	1.86
68639250--68639361	27	4.1	27	82	10	122	38	22	22	16	1.93
68639250--68639361	54	2.1	54	84	3	145	38	22	22	16	1.93
68644385--68644461	27	2.9	27	84	0	100	32	16	22	28	1.96
68646758--68646883	43	2.9	43	79	9	148	26	19	27	26	1.99
68647600--68647671	36	2.0	36	94	0	126	31	4	19	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68649045--68649082	5	7.6	5	100	0	76	78	0	21	0	0.74
68652214--68652251	18	2.1	19	85	5	51	23	10	15	50	1.75
68653329--68653378	25	2.0	25	88	0	73	34	8	14	44	1.74
68656007--68656139	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
68657526--68658073	47	11.6	47	95	1	943	32	8	29	29	1.87
68657526--68658073	190	2.9	190	95	1	976	32	8	29	29	1.87
68669033--68669096	33	2.0	32	87	3	92	34	18	25	21	1.96
68691252--68691433	28	6.5	28	92	1	285	33	26	12	27	1.92
68699408--68699589	28	6.5	28	92	1	285	33	26	12	27	1.92
68701462--68701689	49	4.7	50	75	16	180	25	17	32	25	1.97
68701465--68701733	47	5.7	47	71	17	184	25	16	32	25	1.96
68706556--68706706	27	5.6	27	88	3	223	39	19	9	30	1.85
68706569--68706733	54	3.1	54	90	6	264	37	20	10	31	1.87
68706569--68706733	81	2.0	80	88	3	242	37	20	10	31	1.87
68706580--68706747	27	6.3	26	86	5	108	38	17	12	30	1.87
68713950--68714070	47	2.6	46	85	6	154	24	30	15	28	1.96
68713897--68714070	94	1.8	94	84	8	237	25	28	18	27	1.98
68716938--68717007	33	2.1	33	84	5	88	28	17	24	30	1.97
68719309--68719341	17	1.9	17	93	0	57	24	24	15	36	1.93
68722882--68722998	28	4.3	27	84	5	155	18	24	21	35	1.96
68722882--68722998	55	2.1	54	86	6	164	18	24	21	35	1.96
68726490--68726522	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68728973--68729024	15	3.5	15	70	19	54	30	42	17	9	1.81
68728965--68729026	30	2.1	30	100	0	124	25	41	19	12	1.87
68733929--68734200	27	10.2	27	81	6	279	32	11	18	37	1.86
68733967--68734200	107	2.2	108	90	3	373	32	11	18	37	1.87
68734521--68734604	28	3.0	28	85	0	105	28	33	14	23	1.94
68736972--68737107	24	5.7	23	87	3	173	17	15	29	37	1.91
68744637--68744928	27	10.8	27	76	6	250	33	9	19	37	1.83
68746994--68747036	20	2.2	20	86	0	59	34	13	2	48	1.56
68750094--68750136	21	2.0	22	95	4	79	32	27	9	30	1.88
68756254--68756375	43	2.9	42	79	7	156	26	25	17	31	1.97
68760346--68760486	46	3.1	43	73	16	124	30	28	18	22	1.97
68760878--68760937	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
68764854--68765031	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
68764855--68765010	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
68764851--68765031	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
68770974--68771102	46	2.8	48	78	15	155	31	27	19	21	1.97
68771497--68771555	29	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
68778398--68778440	14	3.0	14	84	15	61	72	4	20	2	1.14
68778398--68778439	15	2.9	15	89	10	61	73	4	19	2	1.12
68780520--68780569	26	1.9	26	95	0	91	28	22	16	34	1.95
68783386--68783496	29	3.9	29	82	5	127	27	29	16	26	1.97
68783386--68783496	58	1.9	57	83	1	141	27	29	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68785193--68785334	43	3.3	42	81	2	149	33	21	16	28	1.95
68785143--68785362	85	2.6	86	79	5	223	32	22	16	28	1.96
68785261--68785362	42	2.4	43	78	1	116	32	26	13	27	1.94
68785364--68785587	43	5.3	43	72	11	192	32	25	15	27	1.95
68785467--68785587	41	2.9	43	72	15	117	32	26	15	25	1.96
68785380--68785594	83	2.6	86	82	7	264	32	26	15	26	1.95
68786286--68786323	14	2.8	14	88	4	60	47	13	2	36	1.56
68786455--68786493	20	2.0	20	85	10	53	58	0	5	35	1.20
68800327--68800843	132	3.9	134	82	3	543	34	17	19	28	1.95
68801186--68801215	14	2.1	14	93	0	51	56	6	16	20	1.62
68804999--68805042	20	2.2	20	83	0	52	38	15	2	43	1.60
68805092--68805139	21	2.2	21	82	10	53	33	14	0	52	1.42
68806619--68806658	8	5.1	8	93	6	73	47	0	25	27	1.52
68806623--68806655	15	2.2	15	100	0	66	51	0	24	24	1.48
68807998--68808066	34	2.0	34	97	0	129	24	2	28	43	1.69
68812916--68813056	68	2.1	69	94	1	248	32	7	19	40	1.79
68831693--68831870	45	4.0	45	79	6	177	30	26	17	25	1.98
68838683--68838846	40	4.1	40	84	3	213	28	28	20	22	1.99
68846476--68846531	25	2.2	25	84	6	78	33	3	1	60	1.24
68855079--68855258	49	3.7	49	75	8	177	27	18	26	27	1.98
68860241--68860559	47	6.7	47	97	1	557	31	8	30	30	1.87
68860677--68860755	37	2.1	37	85	0	104	25	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68863084--68863119	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
68865347--68865458	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
68865347--68865458	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
68874258--68874645	49	8.1	49	88	4	576	31	9	30	28	1.88
68874258--68874645	96	4.0	96	96	0	641	31	9	30	28	1.88
68876670--68876955	43	6.4	43	90	8	464	23	14	34	27	1.94
68876684--68876777	28	3.4	28	64	11	77	25	12	31	29	1.93
68876937--68877010	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
68877321--68877581	40	6.5	40	82	3	287	24	22	27	24	2.00
68881038--68881329	49	6.1	49	84	5	382	31	9	31	27	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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