genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.139.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42833903--42833931	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
42834641--42834706	31	2.1	31	94	0	114	15	10	22	51	1.73
42837276--42837330	22	2.5	22	74	11	58	21	41	0	36	1.54
42837288--42837333	22	2.1	22	91	0	74	19	41	0	39	1.52
42837288--42837324	11	3.4	11	100	0	74	18	43	0	37	1.51
42850398--42850426	9	3.3	9	90	9	51	34	24	0	41	1.55
42853623--42853686	33	1.9	33	90	6	103	35	10	35	17	1.85
42858064--42858236	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
42858061--42858231	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
42863336--42863546	46	4.5	46	72	10	160	30	18	28	21	1.97
42863377--42863597	47	4.7	47	75	7	182	31	19	28	21	1.97
42869164--42869199	17	2.1	17	100	0	72	16	27	22	33	1.95
42873555--42873732	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
42873556--42873711	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
42873552--42873732	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
42873637--42873743	27	3.9	27	87	1	79	26	14	28	31	1.94
42877917--42878094	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
42877938--42878093	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
42885975--42886149	27	6.6	27	84	6	196	30	28	14	26	1.95
42885996--42886148	79	1.9	80	88	6	231	30	28	15	26	1.96
42893895--42894235	27	12.7	27	76	7	230	29	9	20	40	1.84
42894005--42894227	53	4.2	53	78	8	177	27	9	22	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42894085--42894254	54	3.2	52	79	9	137	28	10	21	40	1.85
42899408--42899432	13	1.9	13	100	0	50	8	44	32	16	1.76
42902215--42902337	47	2.6	47	94	1	210	36	13	24	25	1.92
42902316--42902523	54	3.9	54	78	10	192	35	16	25	23	1.95
42902327--42902537	108	1.9	109	80	2	246	36	16	25	21	1.94
42918217--42918427	47	4.6	46	80	8	200	28	19	30	21	1.97
42918217--42918470	139	1.8	139	80	5	307	29	19	29	21	1.98
42924524--42924667	55	2.6	55	83	8	177	15	29	29	25	1.96
42938760--42938819	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
42940836--42941100	45	5.8	45	76	5	235	28	21	18	32	1.97
42940742--42941100	141	2.5	142	86	4	479	28	20	18	32	1.96
42940888--42941064	96	1.8	96	86	0	255	27	20	18	32	1.96
42945571--42945739	46	3.7	46	78	10	191	22	20	27	29	1.98
42945565--42945735	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
42945965--42946002	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
42955024--42955251	48	4.9	48	74	7	216	28	22	21	27	1.99
42969516--42969579	31	2.1	31	84	0	83	28	21	14	35	1.92
42969794--42970004	23	9.1	23	93	0	341	32	22	19	25	1.98
42970054--42970120	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
42985716--42985779	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
42985994--42986112	23	5.1	23	90	1	184	31	20	20	28	1.97
42986163--42986229	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42991744--42991963	94	2.4	94	90	1	345	36	7	23	32	1.82
42994003--42994283	101	2.8	100	79	6	273	28	17	24	29	1.97
42994003--42994291	151	1.9	151	89	0	443	27	17	24	29	1.97
42994003--42994294	50	5.8	50	78	4	300	28	17	25	29	1.97
42994494--42994525	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
42994853--42995176	180	1.8	179	89	3	508	38	8	20	33	1.82
42998375--42999111	164	4.5	164	81	5	817	28	14	16	40	1.87
43000122--43000727	164	3.7	164	80	5	645	29	12	17	40	1.87
43000122--43000714	329	1.8	327	85	1	837	29	12	18	39	1.87
43000701--43000764	28	2.3	28	94	0	110	20	17	7	54	1.67
43002312--43002387	31	2.5	31	95	0	134	15	31	35	17	1.91
43004554--43004601	21	2.3	22	75	13	57	47	37	0	14	1.44
43005255--43005292	6	6.3	6	100	0	76	50	0	0	50	1.00
43005387--43005474	44	2.0	43	86	2	122	42	7	1	48	1.39
43010505--43010552	19	2.7	18	90	9	73	35	0	2	62	1.07
43010509--43010552	8	5.1	8	79	15	52	34	0	2	63	1.07
43011294--43011391	22	4.2	24	67	19	73	52	2	2	43	1.24
43013151--43013248	24	4.1	24	93	0	142	42	6	37	13	1.69
43016276--43017067	141	5.7	140	80	7	807	27	17	23	31	1.97
43016723--43016959	126	1.9	126	85	1	332	26	17	23	32	1.96
43017080--43017167	14	6.3	14	72	13	65	20	1	28	50	1.56
43017094--43017158	34	1.9	34	84	6	87	18	1	29	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43017069--43017167	21	4.7	20	75	12	74	20	1	30	48	1.56
43017088--43017169	7	11.9	7	72	12	53	21	1	28	48	1.58
43026865--43026905	18	2.2	19	86	4	57	12	17	12	58	1.63
43030975--43031514	38	14.6	38	79	7	517	27	20	13	37	1.91
43030794--43031514	38	19.7	37	76	11	494	27	20	14	38	1.91
43030803--43031511	73	9.7	74	75	10	506	26	20	14	38	1.91
43031146--43031514	148	2.5	148	84	4	485	25	20	15	38	1.92
43030968--43031514	110	4.9	110	77	11	503	27	21	13	37	1.91
43032314--43032361	23	2.1	22	84	3	60	37	4	8	50	1.52
43034021--43034099	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
43037769--43038393	47	13.1	49	91	4	994	32	9	29	28	1.89
43037769--43038393	96	6.6	96	93	2	1005	32	9	29	28	1.89
43038512--43038590	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
43040335--43040437	43	2.4	43	98	0	197	22	15	36	25	1.93
43040419--43040492	29	2.6	29	89	4	105	25	16	31	27	1.96
43040803--43040986	40	4.6	40	78	9	137	26	22	28	23	1.99
43040921--43041077	40	3.9	40	87	0	233	24	21	28	25	1.99
43044443--43045067	47	13.1	49	92	3	967	32	9	29	28	1.88
43044443--43045067	96	6.6	96	92	2	969	32	9	29	28	1.88
43045186--43045264	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
43053416--43053516	52	1.9	52	100	0	202	24	15	18	40	1.90
43059427--43059459	16	2.1	16	94	0	57	33	21	6	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43061062--43061094	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
43066773--43067320	47	11.6	47	91	2	855	31	8	30	29	1.87
43066773--43067320	190	2.9	190	94	1	924	31	8	30	29	1.87
43069346--43069430	39	2.2	39	82	2	107	28	23	27	21	1.99
43069307--43069728	40	10.6	40	86	5	464	24	21	27	25	1.99
43073037--43073583	47	11.6	47	90	3	837	31	8	29	29	1.87
43073037--43073583	96	5.8	96	91	2	858	31	8	29	29	1.87
43080131--43080163	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
43080609--43080654	14	3.3	14	78	0	56	34	2	4	58	1.30
43085793--43085819	6	4.5	6	100	0	54	29	18	0	51	1.46
43089325--43089437	37	3.1	37	97	0	208	41	15	17	25	1.88
43089598--43089626	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
43089919--43089977	25	2.4	25	88	8	86	30	0	15	54	1.42
43089983--43090252	102	2.9	90	86	10	302	24	0	14	60	1.39
43090058--43090453	111	3.9	101	82	12	469	26	0	14	58	1.42
43090284--43090464	92	2.0	90	90	4	283	28	1	16	54	1.49
43090721--43090773	21	2.5	22	78	3	54	32	3	7	56	1.45
43094111--43094145	14	2.6	13	86	8	52	0	25	0	74	0.82
43094111--43094148	17	2.1	19	90	9	62	0	26	0	73	0.83
43094404--43094444	21	2.0	21	100	0	82	53	4	12	29	1.58
43095486--43095707	49	4.6	49	86	3	288	45	10	10	34	1.73
43097491--43097524	16	2.1	17	89	10	54	32	32	5	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43100803--43100916	28	4.0	28	79	2	113	28	14	29	28	1.95
43101196--43101251	27	2.1	27	83	6	69	48	19	14	17	1.81
43104642--43104819	27	6.6	27	83	3	196	26	15	27	29	1.96
43104643--43104798	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
43109676--43109826	27	5.6	27	80	4	160	27	16	29	27	1.97
43109676--43109826	82	1.9	81	85	4	214	27	16	29	27	1.97
43109675--43109852	27	6.6	27	76	6	144	27	15	29	27	1.96
43130467--43130732	94	2.8	93	80	8	272	28	19	26	24	1.99
43130467--43130735	47	5.7	46	75	9	199	28	19	27	24	1.99
43130474--43130735	140	1.9	141	84	5	352	29	19	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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