genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74943515--74943660	80	1.9	77	89	4	229	41	6	22	29	1.80
74943527--74943656	53	2.5	53	92	3	210	40	7	22	29	1.81
74943658--74943782	27	4.7	27	85	2	171	29	9	20	40	1.84
74943658--74943782	53	2.3	54	86	2	171	29	9	20	40	1.84
74943658--74943833	80	2.2	80	81	8	189	30	9	19	40	1.83
74943662--74943807	53	2.7	53	82	3	150	28	8	21	41	1.83
74956651--74956951	40	7.5	40	83	3	349	24	27	22	24	2.00
74957291--74957390	43	2.3	43	96	0	182	25	36	15	24	1.94
74959242--74959320	37	2.1	37	88	0	113	24	32	18	24	1.97
74959438--74959947	47	10.7	47	96	1	851	30	29	8	31	1.88
74959688--74959768	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
74961759--74961795	17	2.1	18	90	5	58	35	0	0	64	0.94
74964955--74965272	27	11.8	27	87	1	424	24	14	18	42	1.87
74965592--74965632	18	2.3	18	86	0	55	24	14	14	46	1.82
74966746--74966771	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
74967854--74968001	48	3.1	48	70	7	138	30	18	23	27	1.98
74973459--74973494	18	2.0	18	100	0	72	33	22	22	22	1.97
74977944--74978129	48	3.9	48	75	2	176	28	19	26	24	1.99
74977939--74978220	96	3.0	95	80	5	306	27	19	27	25	1.99
74978013--74978156	48	3.0	47	76	4	137	25	20	27	25	1.99
74981202--74981339	43	3.2	43	73	12	124	29	21	19	28	1.98
74982420--74982444	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74996463--74996640	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
74996464--74996619	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
74996460--74996640	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
75004560--75004737	27	6.6	27	79	3	151	28	29	16	25	1.97
75004560--75004737	54	3.3	55	81	3	173	28	29	16	25	1.97
75017262--75017305	22	2.0	22	100	0	88	45	13	22	18	1.84
75017364--75017496	53	2.5	53	83	2	167	23	24	18	33	1.96
75024718--75024899	28	6.5	28	92	1	276	33	26	12	28	1.92
75026624--75026839	89	2.4	90	84	6	273	26	29	20	23	1.99
75026624--75026839	45	4.9	45	86	6	282	26	29	20	23	1.99
75030979--75031024	23	2.0	23	95	0	83	19	26	28	26	1.99
75033199--75033460	45	5.9	45	85	4	345	25	29	21	23	1.99
75038752--75038800	23	2.1	23	88	7	73	20	24	10	44	1.82
75055726--75055918	80	2.4	80	82	5	221	26	29	20	23	1.99
75055696--75055865	40	4.3	40	90	0	234	25	28	21	24	1.99
75055696--75055918	120	1.9	119	81	6	272	26	28	21	24	1.99
75055850--75055927	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
75071934--75072024	38	2.4	38	88	5	130	27	20	26	25	1.99
75073730--75073797	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
75073899--75073977	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
75073448--75073946	174	2.9	174	97	0	935	31	24	14	29	1.95
75092105--75092809	357	2.0	357	98	0	1365	34	25	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75094225--75094341	43	2.8	42	83	5	146	25	16	24	33	1.96
75103412--75103583	43	4.0	42	79	8	150	24	18	25	31	1.97
75107050--75107231	28	6.5	28	92	1	276	28	12	26	33	1.92
75115189--75115370	28	6.5	28	90	1	267	28	12	26	32	1.93
75115950--75116007	29	2.0	29	100	0	116	24	13	20	41	1.89
75121130--75121159	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
75121371--75121648	50	5.5	49	73	7	173	32	24	16	26	1.96
75121420--75121601	101	1.8	101	84	2	249	30	22	18	28	1.97
75123801--75123978	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
75123801--75123978	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
75129109--75129973	453	1.9	453	92	0	1444	36	21	13	28	1.92
75131344--75131376	16	2.1	16	100	0	66	51	24	0	24	1.48
75133434--75133697	40	6.7	40	89	4	322	25	27	22	25	2.00
75141395--75141655	80	3.3	78	82	9	309	25	27	22	25	2.00
75141395--75141656	116	2.2	119	83	9	322	25	27	22	25	2.00
75141395--75141656	40	6.7	40	85	10	278	25	27	22	25	2.00
75144760--75144878	28	4.2	28	89	0	166	24	32	15	27	1.95
75145092--75145127	16	2.2	16	90	0	54	8	22	19	50	1.74
75145383--75145422	21	1.9	21	84	0	53	37	25	10	27	1.88
75148678--75148978	47	6.4	47	95	0	521	32	8	30	28	1.87
75149097--75149249	37	4.1	37	93	0	252	22	18	32	26	1.97
75151115--75151217	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75151199--75151272	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
75151587--75151769	40	4.6	40	83	6	185	24	22	26	25	2.00
75151946--75151996	25	2.0	25	84	0	66	31	7	31	29	1.86
75155594--75155894	47	6.4	47	94	0	512	32	8	29	28	1.87
75156013--75156165	37	4.1	37	96	0	270	21	18	33	26	1.97
75163207--75163270	30	2.2	29	91	2	101	28	17	20	34	1.95
75165004--75165120	58	2.0	58	96	3	218	44	20	7	27	1.78
75166629--75166696	28	2.4	30	83	9	81	27	30	16	25	1.96
75167937--75168072	68	2.0	68	97	0	254	31	21	12	34	1.91
75174092--75174165	29	2.6	29	89	4	105	25	31	16	27	1.96
75182359--75182437	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75186961--75187185	40	5.7	40	84	5	269	25	27	21	24	1.99
75186961--75187185	79	2.8	78	84	6	290	25	27	21	24	1.99
75186961--75187185	119	1.9	120	84	6	305	25	27	21	24	1.99
75194684--75194908	79	2.8	77	83	6	270	25	27	21	25	2.00
75194684--75194908	119	1.9	120	85	6	314	25	27	21	25	2.00
75194684--75194908	40	5.6	41	81	8	250	25	27	21	25	2.00
75197396--75197568	46	3.7	46	77	13	201	22	21	27	28	1.99
75197393--75197563	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
75202768--75202828	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
75207061--75207218	86	1.8	86	90	0	253	38	21	13	26	1.90
75208919--75209034	44	2.6	44	84	6	144	25	19	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75208825--75209079	47	5.4	46	74	13	164	27	20	28	23	1.99
75211886--75212063	48	3.7	48	87	3	268	28	19	25	26	1.99
75221055--75221516	48	9.6	48	93	0	782	34	8	27	30	1.85
75221692--75221791	37	2.7	37	95	0	173	24	18	33	25	1.97
75240878--75240963	39	2.2	39	87	0	118	30	24	24	20	1.99
75243220--75243272	21	2.5	21	96	0	97	43	11	20	24	1.85
75244047--75244103	27	2.1	28	81	12	66	49	0	7	43	1.29
75244834--75244918	44	2.0	43	95	2	152	25	4	25	43	1.74
75251531--75251562	12	2.8	12	95	4	57	75	0	6	18	1.01
75253593--75253717	55	2.3	55	72	0	124	15	27	29	28	1.96
75256493--75256531	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
75264550--75264594	20	2.3	21	77	14	51	48	15	28	6	1.70
75269873--75269906	17	1.9	18	88	5	52	52	26	14	5	1.64
75271518--75271596	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
75271715--75272004	47	6.1	47	89	3	427	27	30	9	32	1.89
75271715--75272004	96	3.0	96	90	1	449	27	30	9	32	1.89
75274774--75274990	112	1.9	112	94	0	380	31	25	26	16	1.97
75295231--75295493	80	3.3	80	84	3	309	23	20	27	27	1.99
75295307--75295493	40	4.7	40	94	0	304	23	20	28	27	1.99
75301295--75301557	80	3.3	80	84	4	248	24	20	26	27	1.99
75301371--75301557	40	4.7	40	93	0	295	24	20	27	27	1.99
75313423--75313545	50	2.6	48	83	5	142	38	13	21	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75313423--75313528	46	2.2	46	85	6	131	38	13	22	25	1.90
75320168--75320309	50	2.8	51	80	4	189	28	26	18	26	1.98
75320563--75320616	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
75324560--75324772	56	3.8	56	84	2	284	36	23	12	27	1.91
75324560--75324771	112	1.9	112	89	1	327	36	23	12	27	1.91
75331293--75331410	43	2.8	43	79	5	132	28	26	15	29	1.96
75342502--75342548	20	2.3	20	100	0	94	21	31	36	10	1.88
75347555--75347587	15	2.1	17	88	11	52	72	6	15	6	1.24
75358491--75358606	43	2.7	43	88	5	146	32	24	16	26	1.96
75361192--75361330	40	3.5	40	88	2	199	26	25	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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