genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  8  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521639--2521689	20	2.5	21	84	9	70	47	1	5	45	1.38
2530625--2530651	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
2534724--2534761	15	2.4	16	86	8	60	31	0	7	60	1.25
2535964--2536013	19	2.6	19	81	12	66	60	8	0	32	1.26
2538073--2538097	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
2541953--2542014	28	2.2	30	77	16	69	45	0	3	51	1.17
2543141--2543193	18	2.8	19	73	21	58	52	3	0	43	1.19
2546385--2546418	13	2.5	13	90	4	50	70	0	0	29	0.87
2546966--2547007	15	2.8	16	78	14	52	64	0	2	33	1.07
2547037--2547111	20	3.8	20	67	16	57	54	1	1	42	1.17
2547830--2547909	29	2.7	30	82	3	99	50	16	3	30	1.62
2548489--2548552	28	2.4	26	76	10	67	45	6	7	40	1.58
2548504--2548546	14	3.2	13	81	12	52	48	4	11	34	1.60
2560984--2561052	27	2.4	27	81	15	86	37	36	5	20	1.77
2562109--2562141	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
2564277--2564320	9	4.9	9	85	0	61	52	4	0	43	1.22
2564311--2564343	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
2565324--2565388	21	3.2	21	70	12	64	41	20	24	13	1.88
2565318--2565406	39	2.3	39	92	0	151	39	22	23	14	1.91
2577931--2577965	15	2.2	16	90	5	54	68	0	2	28	1.04
2580194--2580234	16	2.6	16	80	0	55	53	0	29	17	1.44
2582181--2582213	13	2.4	14	90	10	50	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582479--2582524	22	2.0	22	84	12	58	41	6	2	50	1.40
2584195--2584330	68	2.0	69	88	5	206	46	4	3	45	1.40
2584623--2584665	20	2.2	19	83	4	50	55	0	4	39	1.20
2587638--2587675	9	4.1	9	93	6	67	65	0	0	34	0.93
2587639--2587675	19	1.9	19	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2589777--2589820	21	2.1	21	86	0	61	29	9	34	27	1.87
2593373--2593397	11	2.3	11	100	0	50	92	0	0	8	0.40
2596826--2596867	20	2.0	21	82	13	52	50	0	11	38	1.40
2597097--2597168	37	2.0	37	83	8	94	36	2	2	58	1.27
2599046--2599144	10	10.4	9	75	10	65	51	3	1	44	1.23
2599036--2599098	29	2.2	29	91	2	101	55	3	0	41	1.16
2599037--2599144	39	2.8	39	74	12	100	52	2	0	43	1.22
2599249--2599415	88	1.9	88	95	1	300	55	10	16	17	1.69
2602075--2602202	51	2.5	51	88	6	188	27	20	13	39	1.90
2603036--2603105	33	2.2	32	87	7	106	45	21	0	32	1.52
2603045--2603113	33	2.1	33	100	0	138	46	21	0	31	1.52
2605523--2605595	30	2.4	30	90	0	110	28	23	21	26	1.99
2607441--2607478	20	1.9	20	84	10	51	44	13	21	21	1.85
2609380--2609700	46	7.0	46	90	0	455	37	14	24	23	1.92
2612237--2612351	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
2612237--2612370	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
2614739--2614794	6	9.5	6	80	3	60	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614896--2614939	22	2.1	21	84	16	56	61	0	2	36	1.09
2615045--2615106	26	2.3	26	83	2	70	45	1	3	50	1.27
2615256--2615303	16	2.8	18	78	15	57	41	0	0	58	0.98
2615540--2615624	22	3.8	21	71	18	64	55	3	0	41	1.17
2615549--2615624	22	3.5	22	75	13	77	53	3	0	42	1.19
2615549--2615639	22	4.1	21	71	20	62	53	3	0	42	1.17
2615630--2615673	18	2.4	18	81	7	54	68	4	4	22	1.27
2615717--2615741	9	2.8	9	100	0	50	84	0	8	8	0.79
2628380--2628418	16	2.4	16	84	12	53	33	0	7	58	1.26
2634089--2634388	149	2.0	149	88	0	438	40	18	15	27	1.89
2635116--2635381	53	5.0	53	94	0	460	39	18	15	27	1.90
2636985--2637049	25	2.5	26	77	5	69	46	0	4	49	1.22
2640372--2640640	130	2.0	131	87	5	391	32	13	16	38	1.87
2642952--2643157	106	1.9	106	91	0	331	41	16	15	26	1.89
2644037--2644082	22	2.1	22	84	8	58	36	2	2	58	1.22
2644201--2644238	20	1.9	20	94	0	67	26	28	15	28	1.96
2644709--2644835	59	2.2	58	80	12	143	42	10	15	31	1.81
2662706--2662771	28	2.4	28	78	14	73	36	3	4	56	1.35
2663144--2663173	15	2.1	15	93	6	53	66	6	13	13	1.43
2672757--2672921	39	4.2	39	82	4	199	23	27	24	24	2.00
2672760--2672921	78	2.1	78	88	2	236	22	27	25	24	2.00
2674903--2675124	110	2.0	110	98	0	426	45	18	15	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2678399--2678425	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2680863--2680897	14	2.5	14	100	0	70	25	25	28	20	1.99
2680960--2681021	19	3.2	19	93	4	97	38	9	16	35	1.81
2686183--2686232	9	5.7	9	81	13	68	88	0	12	0	0.53
2686183--2686238	27	2.0	28	93	3	96	83	0	14	1	0.72
2686424--2686578	79	2.0	79	97	2	294	32	19	21	26	1.97
2687402--2688187	350	2.2	352	90	1	1229	29	15	26	28	1.96
2687402--2688187	176	4.5	176	91	1	1218	29	15	26	28	1.96
2687296--2688231	44	21.3	44	72	13	556	29	15	26	28	1.96
2688284--2688562	44	6.2	44	71	9	199	31	17	23	27	1.97
2688284--2688562	134	2.1	134	94	0	486	31	17	23	27	1.97
2688626--2688774	45	3.3	45	82	3	167	33	13	28	24	1.93
2689133--2689170	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
2689139--2689172	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
2695154--2695181	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
2698716--2698755	18	2.2	19	86	4	55	42	2	0	55	1.13
2709987--2710041	28	2.0	28	96	0	101	49	7	7	36	1.58
2710964--2711006	16	2.6	17	81	3	52	48	2	4	44	1.36
2717020--2717528	253	2.0	253	97	0	964	34	17	21	26	1.96
2721910--2721977	34	2.0	34	100	0	136	44	17	11	26	1.83
2722966--2723034	26	2.6	26	74	17	70	60	11	8	18	1.56
2724915--2725015	45	2.3	45	83	8	118	53	1	13	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2727283--2727317	17	2.1	17	88	0	52	77	2	20	0	0.90
2731097--2731148	24	2.0	26	85	10	72	32	0	13	53	1.40
2738525--2738579	23	2.4	23	84	6	67	43	5	1	49	1.36
2739831--2740103	46	6.0	46	85	2	345	21	22	13	42	1.88
2739991--2740065	25	3.2	25	64	24	63	18	22	14	44	1.86
2739831--2740607	183	4.1	182	81	8	862	22	22	13	41	1.88
2740084--2740122	19	2.1	19	90	0	60	20	20	23	35	1.96
2740038--2740167	65	2.0	64	87	1	188	21	23	15	40	1.91
2739993--2740213	110	2.0	110	92	0	370	21	22	14	41	1.89
2740103--2740596	91	5.4	90	86	2	641	23	21	13	41	1.89
2740103--2740609	46	11.1	46	85	2	664	23	21	13	41	1.88
2739947--2740259	156	2.0	156	85	3	416	22	22	14	41	1.89
2740466--2740541	25	3.2	25	64	21	63	21	19	14	44	1.86
2740103--2740596	274	1.8	274	91	2	832	23	21	13	41	1.89
2742748--2742788	11	3.7	11	86	0	55	73	0	2	24	0.96
2742760--2742835	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
2745594--2745650	28	2.0	28	100	0	114	40	24	10	24	1.87
2746665--2746691	14	1.9	14	100	0	54	85	0	14	0	0.61
2756005--2756034	6	5.0	6	100	0	60	0	0	83	16	0.65
2762765--2762950	56	3.2	56	67	18	160	40	2	6	50	1.41
2762723--2762961	121	2.0	121	95	0	433	40	2	9	48	1.47
2763119--2763149	14	2.2	14	94	0	53	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2763377--2763409	14	2.4	14	90	10	50	66	3	3	27	1.21
2765260--2765284	13	1.9	13	100	0	50	80	4	16	0	0.87
2766021--2766078	30	2.0	29	89	3	89	43	6	12	37	1.69
2766026--2766085	30	2.0	30	87	3	86	48	5	11	35	1.61
2775202--2775317	57	2.0	57	100	0	232	28	10	6	54	1.60
2777359--2777422	28	2.3	28	86	5	94	51	3	0	45	1.17
2781799--2781904	54	1.9	57	84	9	148	49	5	3	41	1.44
2786503--2786531	12	2.4	12	100	0	58	62	0	0	37	0.96
2786627--2786670	16	2.8	16	83	16	56	65	4	0	29	1.12
2788100--2788159	29	2.1	29	80	0	66	43	6	13	36	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295