genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37613334--37613418	41	2.1	41	100	0	170	36	27	7	29	1.83
37613859--37614091	43	5.5	43	74	7	181	28	25	20	25	1.99
37613896--37614094	85	2.3	85	91	0	308	28	26	21	24	1.99
37622723--37622860	55	2.5	55	78	4	145	24	21	28	25	1.99
37623163--37623290	49	2.7	47	85	3	157	30	19	27	22	1.98
37626500--37626559	17	3.4	16	76	17	57	43	1	5	50	1.34
37628525--37628584	27	2.3	26	82	2	66	38	20	20	21	1.94
37628552--37628693	67	2.1	67	84	5	176	30	22	28	18	1.97
37629267--37629320	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
37629336--37629493	54	2.9	54	88	0	226	25	20	19	34	1.96
37629321--37629493	81	2.1	81	84	0	220	25	20	19	34	1.96
37629336--37629493	27	5.9	27	84	0	190	25	20	19	34	1.96
37633590--37633800	43	4.9	43	75	12	157	30	15	22	31	1.95
37640156--37640216	25	2.5	23	80	12	68	27	8	0	63	1.22
37640175--37640232	25	2.4	24	85	8	73	22	5	0	72	1.04
37652568--37652680	43	2.7	43	83	1	156	30	30	17	20	1.96
37656610--37656718	57	1.9	57	90	0	173	43	15	11	29	1.83
37658203--37658238	16	2.1	18	90	10	58	38	0	0	61	0.96
37658379--37658417	19	2.1	19	95	0	69	43	17	5	33	1.72
37660122--37660162	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
37663319--37663343	11	2.3	11	100	0	50	44	36	0	20	1.52
37665835--37665988	58	2.6	58	84	7	197	43	1	3	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37665850--37665991	29	5.0	26	71	18	88	44	1	3	50	1.27
37666150--37666203	16	3.4	16	84	5	56	29	22	3	44	1.70
37666160--37666212	16	3.3	16	82	10	63	28	26	1	43	1.65
37666517--37666559	16	2.7	15	78	7	50	41	0	25	32	1.56
37666552--37666640	44	2.0	44	82	8	108	32	6	23	37	1.81
37666735--37666841	57	1.9	53	85	10	144	52	2	0	44	1.15
37670189--37670292	52	2.0	52	100	0	208	38	5	7	48	1.56
37671898--37671956	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
37671911--37671956	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
37671927--37671975	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
37671930--37671987	25	2.3	26	82	5	75	29	0	3	67	1.07
37672471--37672534	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
37672512--37672536	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
37675125--37675161	5	7.2	5	90	3	56	37	0	21	40	1.54
37675577--37675809	45	5.2	45	90	0	358	19	18	20	42	1.90
37675799--37675863	6	10.7	6	74	9	60	18	15	18	47	1.82
37675812--37675861	25	2.0	25	84	7	66	20	18	18	44	1.88
37676659--37676696	19	2.0	19	94	0	67	52	7	15	23	1.69
37677668--37677692	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
37677640--37677693	21	2.7	21	74	5	58	29	0	1	68	1.00
37679306--37679344	18	2.2	18	85	0	51	61	0	0	38	0.96
37691614--37691716	48	2.1	48	81	5	116	41	2	2	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37691922--37691972	25	2.0	26	84	3	68	37	11	9	41	1.75
37697484--37697551	29	2.3	29	87	0	100	14	33	26	25	1.94
37698039--37698212	58	3.0	56	66	18	149	44	24	2	28	1.68
37697982--37698212	116	2.0	116	100	0	462	44	24	2	29	1.66
37698765--37698921	42	3.7	41	77	11	138	29	26	21	22	1.99
37698758--37698921	44	3.8	44	75	12	153	29	26	21	22	1.99
37699551--37699594	11	3.7	13	77	22	51	31	4	18	45	1.69
37699557--37699601	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
37704156--37704200	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
37711644--37711753	42	2.6	42	77	7	116	29	22	21	26	1.99
37711644--37711800	44	3.7	43	71	14	110	31	22	21	25	1.98
37723816--37724250	47	9.1	47	92	3	690	31	8	30	28	1.88
37724369--37724447	37	2.1	37	85	0	104	24	16	31	27	1.96
37731261--37731355	47	2.0	47	87	4	138	28	24	11	35	1.90
37762154--37762212	20	3.0	20	94	0	109	33	13	22	30	1.92
37762263--37762392	24	5.4	24	93	4	208	30	21	20	27	1.98
37765267--37765333	20	3.3	20	74	15	75	17	25	19	37	1.94
37765257--37765369	40	2.8	39	86	5	154	19	27	19	33	1.96
37765274--37765408	40	3.4	40	81	2	146	20	25	18	36	1.95
37768641--37768706	30	2.2	30	86	0	87	19	28	31	19	1.97
37773374--37773750	207	1.8	207	95	0	691	34	16	18	29	1.94
37775069--37775288	119	1.8	119	80	1	262	28	22	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37783116--37783264	61	2.4	62	76	13	164	32	11	24	31	1.91
37788313--37788467	43	3.7	42	80	5	161	23	15	29	31	1.95
37790534--37790602	33	2.1	33	97	0	129	34	11	13	40	1.80
37796360--37796415	21	2.7	21	83	2	69	23	30	30	16	1.96
37799582--37799633	21	2.5	21	84	6	61	23	40	23	13	1.89
37802812--37802894	38	2.2	38	97	0	157	31	9	12	46	1.73
37803036--37803068	16	2.1	16	94	0	57	15	12	0	72	1.12
37804561--37804628	25	2.7	25	90	2	100	29	25	22	23	1.99
37809623--37809660	5	7.6	5	85	11	51	81	0	2	15	0.80
37809623--37809661	19	2.0	19	90	5	60	82	0	2	15	0.79
37809672--37809707	14	2.5	14	86	4	54	77	2	0	19	0.88
37815316--37815351	14	2.5	15	86	9	56	58	11	5	25	1.54
37816231--37816398	64	2.6	64	83	4	214	25	22	29	23	1.99
37818783--37818901	56	2.1	56	96	1	220	44	19	1	34	1.61
37819373--37819435	27	2.3	27	89	5	92	41	34	4	19	1.72
37819359--37819435	27	3.0	25	82	16	86	40	33	3	22	1.72
37819999--37820046	9	5.1	9	79	18	53	20	4	0	75	0.97
37819989--37820049	29	2.1	30	84	9	81	19	4	1	73	1.10
37820500--37820553	15	3.6	14	79	16	56	46	5	0	48	1.25
37820658--37820691	17	1.9	18	88	5	52	29	20	0	50	1.49
37826615--37826661	23	2.0	23	88	8	69	42	38	8	10	1.70
37826676--37826738	27	2.3	27	89	5	92	41	34	4	19	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37826662--37826738	27	3.0	25	82	16	86	40	33	3	22	1.72
37827292--37827342	15	3.6	14	80	17	52	17	5	1	74	1.11
37827797--37827850	15	3.6	14	79	16	56	46	5	0	48	1.25
37827953--37827988	17	2.1	18	89	5	56	30	19	0	50	1.48
37838789--37838816	13	2.2	13	100	0	56	57	7	14	21	1.61
37841892--37841937	21	2.1	23	88	8	69	19	6	2	71	1.18
37850378--37850495	27	4.4	27	81	0	128	38	16	18	26	1.91
37850378--37850495	54	2.2	54	86	3	157	38	16	18	26	1.91
37850635--37850686	26	2.0	27	92	3	88	21	23	23	32	1.98
37850839--37850975	33	4.3	33	77	10	140	24	21	25	27	1.99
37852977--37853199	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
37852975--37853199	40	5.7	40	84	6	278	25	27	22	24	2.00
37855190--37855323	63	2.1	63	90	0	205	26	23	25	23	2.00
37855190--37855355	63	2.6	63	83	0	197	26	22	24	25	2.00
37857376--37857407	12	2.6	12	95	5	55	31	6	12	50	1.65
37859730--37859779	23	2.2	23	85	0	64	22	18	20	40	1.92
37859785--37859838	22	2.4	22	81	9	65	29	25	18	25	1.98
37859819--37859875	24	2.3	25	84	3	80	31	22	10	35	1.88
37867979--37868196	40	5.5	40	90	2	316	24	22	27	25	2.00
37873023--37873196	48	3.6	48	86	1	240	27	17	28	27	1.97
37873117--37873227	48	2.3	48	83	6	118	28	18	27	25	1.98
37878671--37878751	39	2.1	39	95	2	146	60	7	2	29	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37888698--37888819	47	2.6	47	90	0	190	31	19	27	22	1.98
37895087--37895310	67	3.3	67	92	0	367	30	16	31	21	1.95
37899106--37899365	47	5.7	44	73	15	190	23	28	20	26	1.99
37899060--37899365	140	2.2	138	83	9	372	22	28	20	27	1.99
37899060--37899365	93	3.3	92	79	9	318	22	28	20	27	1.99
37906625--37906882	47	5.6	45	73	15	206	24	29	19	25	1.98
37908591--37908669	41	1.9	41	92	0	131	12	39	25	22	1.89
37909724--37909867	46	3.1	45	77	11	148	23	29	19	27	1.98
37927126--37927347	47	4.8	44	72	14	130	26	29	17	27	1.98
37930565--37930786	46	4.7	47	76	9	213	27	19	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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