genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  224  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71597401--71597438	5	7.4	5	88	5	58	81	0	2	15	0.80
71601813--71601850	5	7.4	5	88	5	58	81	0	2	15	0.80
71606705--71607139	219	2.0	219	100	0	870	40	12	8	38	1.73
71610123--71610200	40	2.0	40	84	5	104	23	25	16	34	1.95
71614984--71615008	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
71616389--71616506	45	2.7	44	77	2	137	37	26	14	22	1.92
71621267--71621520	40	6.2	42	92	3	396	24	20	22	32	1.98
71623547--71623724	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
71623548--71623703	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
71623544--71623724	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
71632229--71632470	40	5.9	40	93	0	367	23	20	22	32	1.98
71636223--71636249	14	1.9	14	100	0	54	37	11	22	29	1.89
71644539--71644653	44	2.7	42	81	6	124	33	26	19	21	1.97
71646808--71646933	39	3.2	38	87	2	171	26	28	21	23	1.99
71646774--71646933	78	2.1	78	79	4	171	27	28	21	23	1.99
71652819--71652942	49	2.5	49	96	0	221	29	27	19	24	1.98
71656114--71656147	4	8.5	4	93	0	59	29	0	20	50	1.49
71660968--71661138	93	1.8	93	83	2	227	31	25	20	22	1.98
71663810--71663877	27	2.6	26	84	9	86	19	20	20	39	1.92
71663920--71663996	24	3.2	24	80	10	86	19	22	16	41	1.90
71668430--71668475	10	4.2	11	78	16	51	58	10	17	13	1.62
71669624--71669655	12	2.6	13	90	9	50	81	0	0	18	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71672843--71672880	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
71674762--71674815	24	2.3	23	87	6	81	44	12	25	16	1.84
71675033--71675141	29	3.8	29	77	2	94	28	16	28	26	1.97
71676175--71676208	18	1.9	18	88	5	52	38	11	17	32	1.86
71683980--71684124	37	3.9	37	95	0	254	26	32	18	22	1.97
71684256--71684553	48	6.2	48	91	0	479	32	24	6	36	1.81
71688154--71688269	6	18.8	6	73	15	85	49	10	20	19	1.78
71688153--71688260	37	2.9	37	83	4	128	48	10	21	20	1.79
71688172--71688241	19	3.7	19	77	11	81	48	10	22	18	1.78
71688166--71688269	31	3.4	31	74	15	115	48	10	21	20	1.79
71688203--71688269	25	2.7	25	85	0	89	47	10	20	20	1.79
71688387--71688501	27	4.3	26	79	8	99	37	19	21	21	1.94
71688411--71688499	28	3.2	28	84	4	110	35	20	22	21	1.96
71688703--71688890	27	7.0	26	82	7	200	26	21	18	33	1.96
71688732--71688891	81	2.0	81	87	2	232	26	21	18	33	1.97
71688731--71688893	27	6.0	27	85	5	204	26	20	18	33	1.96
71690657--71690704	22	2.3	20	82	7	51	45	16	27	10	1.80
71691130--71691166	17	2.1	19	85	10	51	16	21	5	56	1.59
71698142--71698330	55	3.5	54	77	6	177	23	22	17	37	1.94
71698309--71698430	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
71702438--71702886	133	3.4	133	89	0	682	29	25	18	26	1.98
71702660--71702870	45	4.7	45	75	3	185	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71713791--71713972	40	4.6	40	93	2	296	24	22	26	26	2.00
71730602--71730647	24	1.9	24	86	0	65	50	19	21	8	1.75
71734855--71735028	46	3.8	45	75	16	176	29	28	20	21	1.98
71736645--71736724	35	2.3	35	88	0	124	33	32	16	17	1.92
71742404--71742445	23	1.9	23	85	9	61	28	16	11	42	1.84
71751281--71751332	26	2.0	26	100	0	104	26	15	26	30	1.96
71752131--71752253	33	3.7	32	85	5	149	30	22	20	26	1.98
71769292--71769489	54	3.7	53	75	4	182	20	23	18	37	1.94
71770655--71770711	28	2.0	28	96	0	105	40	7	28	24	1.81
71775439--71775493	13	4.2	13	76	6	58	69	3	0	27	1.05
71782615--71782656	17	2.4	18	80	11	52	69	2	2	26	1.13
71785040--71785200	41	3.8	42	78	3	189	31	18	23	26	1.97
71788992--71789137	50	2.9	50	88	4	197	28	18	32	19	1.96
71791953--71792134	40	4.6	40	89	2	260	26	25	23	24	2.00
71797214--71797326	50	2.3	50	84	6	142	32	30	19	16	1.94
71804581--71804756	50	3.5	49	82	3	208	30	26	17	25	1.97
71804581--71804764	101	1.8	99	86	4	262	29	27	17	25	1.98
71806952--71807073	49	2.5	48	84	10	158	28	19	28	22	1.98
71808571--71808706	40	3.4	39	84	5	150	25	27	21	25	1.99
71811329--71811359	14	2.2	14	100	0	62	25	29	16	29	1.96
71811550--71811589	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
71817080--71817207	45	2.8	45	84	5	152	32	14	27	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71827240--71827432	39	5.0	39	80	6	180	27	27	21	23	1.99
71843461--71843635	46	3.8	46	76	13	196	22	21	27	28	1.99
71843458--71843628	93	1.8	93	93	0	297	22	22	28	27	1.99
71851450--71851492	22	2.0	22	100	0	86	30	13	9	46	1.75
71851676--71851723	5	9.6	5	100	0	96	41	0	0	58	0.98
71852548--71852822	142	1.9	142	96	0	514	32	12	20	34	1.90
71853488--71853522	18	1.9	18	88	0	52	51	8	34	5	1.56
71854255--71854299	20	2.2	21	88	4	65	37	2	2	57	1.23
71855560--71855597	7	5.6	7	87	6	60	86	2	10	0	0.66
71855567--71855600	17	1.9	17	88	5	50	85	2	11	0	0.71
71855801--71855833	16	2.1	16	100	0	66	36	18	27	18	1.94
71863239--71863290	26	1.9	27	88	7	79	67	1	15	15	1.32
71865016--71865049	14	2.3	15	95	5	61	76	2	20	0	0.92
71865290--71865343	27	2.0	27	92	0	90	42	3	29	24	1.72
71870059--71870288	70	3.3	70	92	1	374	40	16	11	31	1.84
71871617--71871789	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
71871614--71871784	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
71876164--71876241	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
71876194--71876694	174	2.9	174	96	0	932	29	14	24	30	1.95
71878575--71878611	17	2.2	17	90	4	58	59	5	5	29	1.42
71880968--71880992	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
71888152--71888322	41	3.8	44	79	15	190	31	9	31	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71888152--71888598	47	9.4	47	77	15	418	32	9	31	26	1.88
71888356--71888474	23	5.1	23	63	23	70	31	11	31	25	1.91
71888356--71888598	46	5.2	47	89	2	339	32	9	31	26	1.89
71888159--71888524	202	1.8	197	88	6	567	32	9	31	25	1.89
71890547--71890968	40	10.6	40	92	2	656	25	22	27	24	2.00
71895181--71895574	47	8.4	47	91	0	574	32	9	31	26	1.89
71912786--71912847	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
71920132--71920159	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
71937707--71937783	37	2.1	37	90	0	118	25	32	19	22	1.97
71937904--71938198	47	6.2	47	90	2	401	28	29	9	32	1.88
71939764--71939841	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
71939794--71940467	174	3.9	174	97	0	1253	29	14	24	31	1.95
71946706--71946784	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
71946903--71947244	47	7.2	47	90	2	486	28	29	9	32	1.89
71948814--71948891	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
71948844--71949518	174	3.9	174	97	0	1271	29	14	24	31	1.94
71949340--71949407	29	2.3	29	87	5	102	27	11	30	29	1.92
71948844--71949518	347	1.9	348	97	0	1289	29	14	24	31	1.94
71950939--71951192	47	5.3	47	89	5	373	30	28	8	32	1.87
71954911--71955022	42	2.6	42	78	1	116	36	24	15	24	1.93
71956703--71956735	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
71957219--71957370	41	3.6	43	79	9	136	23	28	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71957260--71957432	44	3.9	45	84	5	212	26	28	21	23	1.99
71967093--71967123	15	2.1	15	100	0	62	29	25	0	45	1.54
71967682--71967741	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
71967696--71967758	28	2.2	28	91	0	99	28	28	11	31	1.91
71972152--71972209	30	1.9	31	85	3	82	22	20	13	43	1.87
71981579--71981637	29	2.0	28	87	12	84	61	6	10	22	1.51
71987020--71987068	24	2.0	24	92	0	80	32	38	4	24	1.74
71991337--71991371	17	2.1	17	100	0	70	17	11	17	54	1.71
71993663--71993694	16	2.0	16	100	0	64	50	37	6	6	1.53
71994351--71994478	63	2.0	63	96	0	238	22	21	15	39	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295