genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  242  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77740750--77740791	12	3.6	12	83	3	50	21	4	4	69	1.26
77740760--77740824	13	5.3	12	71	14	53	18	9	1	70	1.21
77746215--77746329	25	4.6	25	77	10	92	28	21	19	30	1.97
77746215--77746329	50	2.3	50	81	3	124	28	21	19	30	1.97
77748760--77748805	22	2.1	22	100	0	92	41	8	8	41	1.67
77751566--77751600	18	1.9	18	100	0	70	20	5	28	45	1.73
77754131--77754174	19	2.3	19	96	0	79	63	9	2	25	1.35
77781539--77781606	33	2.0	34	82	2	84	27	27	19	25	1.98
77781989--77782109	27	4.5	26	82	5	107	25	15	19	38	1.92
77781992--77782094	54	1.9	54	82	4	127	26	14	20	38	1.91
77785105--77785130	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
77785439--77785517	31	2.6	31	86	6	108	37	13	20	27	1.91
77787173--77787260	6	14.0	6	76	21	74	3	18	2	76	1.04
77793380--77793604	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
77793380--77793637	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
77801386--77801610	79	2.8	79	83	6	251	24	21	27	25	1.99
77801386--77801610	40	5.7	40	85	5	278	24	21	27	25	1.99
77803911--77803939	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
77805061--77805220	45	3.8	42	75	11	139	25	19	26	28	1.99
77810528--77810558	16	1.9	16	100	0	62	38	12	22	25	1.90
77815492--77815543	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
77815582--77815641	27	2.3	26	77	5	66	21	23	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77815473--77815613	67	2.0	67	83	5	174	20	29	19	30	1.97
77824971--77825178	67	3.2	65	77	11	201	32	16	27	22	1.96
77830275--77830303	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
77834782--77834822	17	2.2	20	87	12	61	78	2	0	19	0.87
77852042--77852107	28	2.4	28	97	0	123	16	46	21	15	1.83
77853091--77853453	46	7.7	47	70	14	182	23	28	19	28	1.98
77853189--77853454	94	2.8	93	79	11	260	23	28	18	29	1.97
77856069--77856202	49	2.7	48	86	6	189	22	30	20	26	1.98
77857533--77857600	34	2.0	34	100	0	136	32	29	17	20	1.96
77869680--77869828	73	2.0	73	98	0	289	38	12	10	37	1.79
77870391--77870584	47	4.1	47	82	7	203	34	8	29	27	1.87
77870391--77870538	51	3.1	48	86	9	196	33	8	29	29	1.87
77870512--77870648	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
77875293--77875515	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
77875293--77875515	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
77880794--77880858	30	2.2	29	91	2	103	23	16	24	35	1.95
77882249--77882358	6	17.8	6	69	15	73	47	10	20	20	1.80
77882261--77882358	25	3.7	25	84	8	106	45	11	21	21	1.82
77882261--77882336	31	2.5	31	95	0	134	44	11	22	21	1.84
77882261--77882358	31	3.4	30	78	16	107	45	11	21	21	1.82
77884374--77884596	39	5.7	40	84	8	257	26	22	26	24	2.00
77884374--77884596	79	2.8	81	83	9	273	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77884374--77884629	79	3.3	79	80	10	199	26	21	26	24	1.99
77892354--77892614	39	6.6	39	87	5	327	25	22	27	24	2.00
77894173--77894279	27	4.0	26	78	11	99	24	22	18	34	1.96
77894202--77894287	27	3.2	27	80	6	102	27	19	15	37	1.92
77896806--77896981	45	3.7	48	79	8	182	26	18	26	28	1.98
77907747--77907947	43	4.7	42	84	4	163	29	24	17	27	1.98
77907745--77907947	86	2.4	86	85	3	257	29	25	17	27	1.98
77908596--77909316	376	1.9	377	96	0	1336	42	18	7	31	1.79
77913018--77913078	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
77915714--77915777	27	2.4	27	89	0	92	17	26	37	18	1.93
77916140--77916272	59	2.3	59	90	0	203	10	12	39	36	1.78
77919249--77919430	28	6.5	28	92	1	276	28	12	26	33	1.92
77919592--77919993	198	2.0	199	98	0	788	33	9	25	31	1.89
77927306--77927386	26	3.1	26	87	0	126	19	19	24	35	1.95
77927316--77927414	26	3.8	26	77	5	92	18	20	23	38	1.93
77930441--77930498	25	2.3	25	76	5	64	31	18	22	27	1.97
77942183--77942252	28	2.5	28	83	0	86	30	8	27	34	1.87
77943961--77944012	26	2.0	26	96	0	95	23	9	19	48	1.78
77945828--77945886	27	2.2	27	84	6	75	25	16	25	32	1.97
77947151--77947210	30	2.0	30	96	0	111	13	35	13	38	1.84
77951114--77951193	29	2.7	29	77	9	90	31	15	16	37	1.89
77958331--77958414	40	2.1	41	82	10	102	30	22	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77958832--77958974	27	5.3	27	91	0	223	37	20	15	26	1.93
77959191--77959226	17	2.1	18	94	5	65	11	36	38	13	1.81
77960987--77961203	46	4.6	47	80	12	223	29	20	29	21	1.98
77960987--77961252	47	5.7	46	81	7	245	28	20	29	21	1.98
77960984--77961254	94	2.9	94	83	7	320	28	21	29	21	1.98
77960987--77961252	140	1.9	141	86	5	378	28	20	29	21	1.98
77968260--77968311	19	2.7	19	71	8	52	25	3	15	55	1.57
77968399--77968520	43	2.9	42	80	7	147	31	14	23	30	1.95
77979700--77979774	37	2.0	37	87	5	107	26	30	20	22	1.98
77979897--77980103	47	4.4	47	88	0	288	27	29	9	32	1.89
77983773--77983969	40	4.9	40	81	5	177	23	26	24	25	2.00
77984279--77984357	29	2.7	29	82	5	97	27	31	15	25	1.95
77984339--77984441	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
77986308--77986382	37	2.0	37	84	5	98	26	32	20	21	1.97
77986505--77986805	47	6.4	47	92	0	476	28	29	9	32	1.89
78000442--78000545	46	2.3	46	94	0	181	25	31	7	35	1.84
78000559--78001177	47	13.2	47	95	0	1107	26	28	12	33	1.92
78011344--78011464	38	3.1	38	81	2	152	21	19	23	35	1.96
78013009--78013187	43	4.2	43	94	0	304	10	22	34	32	1.88
78013337--78013505	58	2.9	58	93	0	286	23	18	29	28	1.98
78013340--78013498	29	5.5	28	71	10	115	23	19	28	28	1.98
78017086--78017214	37	3.4	37	77	7	132	20	18	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78020398--78020516	58	2.1	58	98	0	229	42	9	5	43	1.58
78022778--78022807	15	2.1	14	93	6	51	13	0	43	43	1.43
78032269--78032302	3	11.7	3	87	6	52	2	29	0	67	1.05
78033933--78033974	18	2.4	18	84	4	50	47	0	0	52	1.00
78035335--78035381	17	2.6	18	86	10	60	38	0	2	59	1.09
78056203--78056427	40	5.6	40	83	5	274	25	27	23	23	2.00
78056228--78056427	83	2.5	80	85	2	274	27	28	22	22	1.99
78063076--78063107	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
78074489--78074611	50	2.4	51	83	2	167	39	13	13	33	1.83
78076546--78076615	28	2.5	27	86	9	104	72	2	10	14	1.21
78080625--78080671	17	2.5	19	86	13	71	76	0	19	4	0.95
78080683--78080734	23	2.4	22	84	12	63	73	3	21	1	1.10
78086935--78087198	47	5.6	46	75	12	184	29	19	27	23	1.98
78086977--78087184	46	4.5	46	75	15	162	30	19	25	24	1.98
78090114--78090285	46	3.7	46	77	13	199	20	19	29	29	1.97
78090107--78090278	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
78097774--78097811	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
78115691--78115725	18	1.9	18	94	0	61	45	17	20	17	1.85
78116343--78116399	30	1.9	30	88	0	87	31	22	5	40	1.76
78118370--78118431	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
78118456--78118505	22	2.3	22	82	6	57	72	2	4	22	1.12
78118540--78118580	18	2.3	18	95	0	73	58	0	9	31	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78118891--78118930	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
78122425--78122467	17	2.5	17	88	0	59	25	25	32	16	1.96
78127724--78127899	27	6.5	27	84	3	201	30	27	15	26	1.96
78127745--78127899	82	1.9	81	88	4	231	29	27	15	27	1.96
78149698--78149875	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78149719--78149874	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78155066--78155285	110	2.0	110	96	0	404	40	22	7	29	1.80
78155475--78155584	57	1.9	58	92	5	188	31	27	18	22	1.97
78156580--78156650	24	3.0	23	82	12	83	59	2	1	36	1.21
78156593--78156650	8	7.5	8	84	7	84	60	1	1	36	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295