genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62643483--62643538	13	4.5	13	71	13	55	42	14	1	41	1.56
62644494--62644522	4	7.2	4	100	0	58	27	0	0	72	0.85
62648934--62649104	46	3.7	46	82	6	184	21	28	21	29	1.98
62656405--62656458	20	2.8	18	79	17	56	66	1	7	24	1.27
62657309--62657365	22	2.5	21	78	16	53	50	7	0	42	1.29
62658060--62658105	24	1.9	24	90	0	74	17	23	8	50	1.74
62663500--62663569	13	5.6	12	72	13	52	42	2	1	52	1.24
62674852--62674888	9	4.1	9	89	0	56	59	13	0	27	1.35
62674920--62675124	54	3.9	52	72	9	157	26	30	0	41	1.62
62678102--62678167	32	2.1	32	94	0	114	39	13	13	33	1.84
62680628--62680674	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
62685156--62685200	14	3.2	14	93	0	81	48	28	0	22	1.50
62685294--62685334	22	1.9	22	85	5	57	41	26	0	31	1.56
62685763--62685847	21	3.7	21	71	19	71	41	28	3	27	1.72
62685747--62685843	49	2.0	46	90	5	149	40	25	4	29	1.74
62685814--62685853	14	2.9	14	80	0	53	47	27	0	25	1.52
62686014--62686263	41	6.1	40	90	2	340	20	22	22	35	1.96
62690459--62690673	48	4.5	48	79	6	224	25	26	19	29	1.98
62690459--62690673	96	2.3	95	87	1	315	25	26	19	29	1.98
62691974--62692148	46	3.8	45	79	13	194	26	29	22	21	1.99
62691981--62692153	93	1.9	93	92	2	294	26	30	22	21	1.99
62692025--62692168	46	3.1	46	73	11	141	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62696891--62696935	24	2.0	22	82	8	54	44	11	17	26	1.82
62697199--62697248	26	1.9	26	95	0	91	28	2	18	52	1.56
62703488--62703595	56	1.9	55	94	1	189	37	8	12	40	1.74
62706118--62706655	47	11.4	47	94	0	896	32	8	29	29	1.87
62706774--62706852	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
62717830--62717878	26	1.9	25	83	4	62	48	0	2	48	1.12
62719433--62719478	23	2.0	23	95	0	83	32	32	17	17	1.93
62721921--62722093	46	3.8	45	77	12	174	28	27	21	22	1.99
62721975--62722145	47	3.7	47	79	12	226	29	26	19	23	1.98
62721928--62722143	92	2.3	93	93	0	362	28	27	20	23	1.99
62726025--62726202	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	30	1.96
62726026--62726181	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
62726022--62726202	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
62750019--62750044	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
62750508--62750660	28	5.5	28	95	2	274	28	11	26	33	1.91
62755442--62755811	48	7.8	48	69	14	182	28	17	28	25	1.98
62755817--62756015	109	1.8	109	93	0	344	30	11	24	34	1.91
62765344--62765382	20	1.9	21	84	5	53	35	2	5	56	1.35
62768529--62768553	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
62771735--62771811	25	3.1	25	94	0	136	35	24	15	24	1.94
62773058--62773230	50	3.5	49	85	3	224	23	17	28	30	1.97
62773054--62773242	97	1.9	99	88	3	283	23	17	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62776833--62776885	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
62778154--62778301	48	3.1	48	88	0	224	38	7	24	29	1.83
62783570--62783618	15	3.3	15	88	0	71	57	16	12	14	1.66
62786453--62786484	17	1.9	17	93	6	57	31	12	0	56	1.37
62787612--62787665	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
62790013--62790101	42	2.1	42	89	4	135	21	33	25	19	1.97
62791626--62791704	39	2.0	39	97	0	149	35	12	29	22	1.91
62793344--62793412	27	2.6	27	81	4	86	40	17	14	27	1.88
62793397--62793711	27	11.7	27	81	4	296	40	20	7	31	1.80
62793952--62794074	41	3.0	41	74	9	124	26	21	26	26	1.99
62794216--62794279	22	2.9	22	80	13	78	20	21	23	34	1.97
62796646--62796680	10	3.6	10	88	3	54	17	22	42	17	1.88
62796814--62796885	26	2.7	28	80	10	96	37	22	6	33	1.81
62796865--62797154	27	10.7	28	76	7	172	41	18	8	32	1.80
62796865--62797044	81	2.2	81	80	3	202	40	20	8	30	1.83
62797584--62797643	22	2.7	22	84	5	68	20	28	21	30	1.98
62806563--62806629	34	2.0	33	83	13	84	28	22	22	26	1.99
62810324--62810396	20	3.3	20	67	29	58	24	41	10	23	1.86
62813887--62814049	39	4.2	39	92	0	263	23	20	28	26	1.99
62813887--62814087	78	2.6	78	85	5	230	23	21	28	26	1.99
62820336--62820382	23	2.0	23	100	0	94	21	19	12	46	1.82
62822102--62822244	39	3.7	39	90	0	223	23	20	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62822102--62822274	78	2.2	78	82	3	197	24	20	26	28	1.99
62831376--62831453	27	2.9	27	90	5	113	32	24	24	19	1.98
62837321--62837483	55	2.9	56	80	8	208	33	17	25	23	1.97
62842079--62842155	24	3.2	24	94	0	136	32	3	44	19	1.69
62842078--62842142	12	5.4	12	68	14	53	33	3	44	18	1.65
62843562--62843672	27	4.2	26	88	5	150	14	23	23	38	1.91
62844824--62844854	16	1.9	16	93	0	53	41	0	19	38	1.51
62848727--62848755	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
62850976--62851062	43	2.0	43	95	0	156	42	29	16	11	1.83
62856690--62856718	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
62858017--62858099	42	2.0	43	85	7	116	31	24	18	26	1.97
62860784--62860829	22	2.0	23	83	8	58	26	30	28	15	1.96
62862051--62862152	37	2.8	37	95	0	177	21	31	22	24	1.98
62862279--62862731	48	9.3	48	91	3	690	31	26	6	35	1.81
62880208--62880239	16	2.0	16	100	0	64	43	6	0	50	1.27
62885653--62885830	38	4.7	38	80	2	180	16	20	25	36	1.94
62892847--62893043	39	5.0	39	86	1	223	30	27	22	19	1.98
62892842--62893043	78	2.6	79	83	4	255	30	27	21	19	1.98
62907447--62907518	36	2.0	36	97	0	135	29	22	15	33	1.94
62908150--62908244	28	3.4	28	78	8	97	31	25	17	25	1.97
62908262--62908324	27	2.3	29	83	8	78	25	26	14	33	1.94
62908328--62908483	29	5.5	28	69	16	97	23	22	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62908295--62908481	57	3.3	55	76	8	169	24	21	19	34	1.97
62908594--62908692	53	1.9	49	82	11	119	28	22	13	36	1.91
62912613--62912652	11	3.5	11	83	12	53	57	2	0	40	1.12
62915986--62916065	2	40.0	2	94	0	133	1	2	48	47	1.23
62918255--62918479	40	5.7	40	86	5	280	25	20	26	27	1.99
62926250--62926394	40	3.7	40	82	9	165	25	22	26	25	2.00
62926250--62926427	80	2.3	79	79	7	175	26	21	26	24	1.99
62930801--62931021	47	4.7	47	80	8	211	23	28	19	28	1.98
62930801--62931063	47	5.6	45	77	10	210	23	28	19	28	1.98
62930801--62931063	140	1.9	141	84	5	354	23	28	19	28	1.98
62932616--62932654	19	2.1	19	90	0	60	33	17	12	35	1.88
62933916--62933962	21	2.3	21	96	3	87	34	8	0	57	1.29
62939429--62939471	22	2.0	22	85	0	59	25	6	51	16	1.69
62939505--62939550	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
62941058--62941206	41	3.6	41	78	5	122	34	25	14	25	1.93
62949980--62950021	22	1.9	22	90	0	66	30	19	19	30	1.96
62956605--62956675	26	2.8	26	85	6	92	15	26	23	33	1.95
62960149--62960190	15	2.9	15	92	3	68	7	4	11	76	1.15
62962042--62962116	39	1.9	39	83	0	96	45	18	5	30	1.72
62965544--62965609	33	2.0	33	96	0	123	24	16	15	43	1.86
62970230--62970277	15	3.1	15	76	5	51	52	0	16	31	1.45
62971188--62971324	23	5.8	23	79	11	120	24	22	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62971161--62971277	22	5.0	22	74	15	85	23	23	19	34	1.97
62971209--62971302	45	2.1	45	84	7	120	22	23	19	35	1.96
62971161--62971309	68	2.1	72	84	10	191	23	23	18	34	1.96
62978853--62978889	19	1.9	19	88	0	56	16	2	10	70	1.27
62979526--62979575	18	2.7	19	75	9	59	68	4	2	26	1.18
62979518--62979588	28	2.6	28	80	10	78	63	5	1	29	1.26
62979603--62979663	17	3.5	17	72	14	52	60	3	4	31	1.34
62980245--62980286	19	2.2	19	83	8	50	35	0	2	61	1.09
62980273--62980333	30	1.9	30	87	9	86	27	3	3	65	1.24
62980092--62980435	9	36.8	9	64	18	91	31	3	2	62	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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