genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79236474--79236522	18	2.7	18	84	9	64	12	6	2	79	0.99
79236474--79236517	17	2.5	17	85	3	52	11	6	0	81	0.86
79236474--79236534	9	6.8	9	76	10	54	11	6	1	80	0.97
79236543--79236589	21	2.2	22	88	11	71	42	0	4	53	1.20
79236542--79236591	22	2.3	23	83	16	70	44	0	4	52	1.20
79236560--79236694	35	3.9	34	75	11	132	39	0	2	57	1.14
79236673--79236699	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
79236658--79236699	21	1.9	23	85	9	61	45	0	0	54	0.99
79236941--79236988	18	2.7	18	83	0	60	25	4	0	70	1.04
79237030--79237138	36	3.2	35	76	13	111	33	1	4	59	1.28
79237354--79237399	20	2.1	23	80	15	62	34	0	6	58	1.24
79237356--79237399	22	2.1	22	87	8	65	34	0	6	59	1.24
79237331--79237466	33	4.0	34	85	10	165	36	0	2	61	1.12
79237390--79237435	22	2.1	22	84	15	60	34	0	4	60	1.16
79237412--79237444	13	2.3	15	90	10	52	33	0	3	63	1.10
79237331--79237466	69	2.0	65	83	11	166	36	0	2	61	1.12
79237427--79237463	19	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
79237412--79237470	14	3.9	14	75	18	55	35	0	1	62	1.05
79240807--79240909	30	3.4	29	82	5	107	28	23	22	26	1.99
79247000--79247036	19	2.0	18	89	5	56	40	0	5	54	1.24
79251274--79251342	25	2.7	25	72	2	66	52	1	0	46	1.09
79253619--79253885	47	5.7	45	76	10	182	23	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79258013--79258043	8	4.0	8	95	4	55	74	0	0	25	0.82
79263316--79263629	174	1.8	174	83	2	425	23	25	14	37	1.92
79263562--79263757	90	2.2	91	84	4	254	22	23	14	38	1.91
79263607--79263770	45	3.6	44	67	8	123	23	22	13	40	1.89
79268150--79268193	21	2.1	21	86	0	61	18	27	36	18	1.94
79288268--79288304	18	2.1	18	100	0	74	27	5	16	51	1.66
79292427--79292726	70	4.3	69	78	3	307	25	17	24	33	1.96
79303957--79304125	46	3.7	46	77	13	177	26	20	30	21	1.98
79303957--79304171	46	4.7	44	72	17	152	26	19	30	23	1.98
79304321--79304346	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
79305292--79305330	21	1.9	21	89	5	62	17	38	23	20	1.93
79310477--79310522	23	2.0	24	83	12	60	39	21	15	23	1.92
79310935--79310982	21	2.3	21	86	10	64	25	22	10	41	1.85
79312908--79312939	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
79316009--79316063	4	14.5	4	87	11	64	74	0	3	21	0.97
79317548--79318261	89	8.0	88	75	5	500	29	20	16	32	1.95
79317566--79318159	133	4.5	134	78	4	522	30	20	16	32	1.95
79318071--79318329	96	2.7	96	88	0	365	29	20	15	34	1.93
79318129--79318310	51	3.7	49	74	10	167	29	19	17	32	1.95
79318077--79318402	96	3.5	96	84	3	326	30	19	15	34	1.93
79317547--79318681	44	24.9	44	69	10	566	29	20	17	33	1.95
79318352--79318741	94	4.1	94	89	0	564	26	20	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79327452--79327520	28	2.4	28	80	7	75	46	21	11	20	1.82
79329501--79329768	74	3.6	73	82	6	308	20	37	2	39	1.65
79332843--79332901	29	2.0	29	100	0	118	40	10	16	32	1.82
79333630--79333692	32	1.9	33	90	3	101	49	1	0	49	1.10
79336476--79336652	50	3.5	50	87	0	246	36	15	20	27	1.93
79336630--79336831	31	6.5	31	91	0	314	28	18	26	26	1.98
79336837--79336865	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
79342627--79342851	40	5.6	40	87	5	312	25	27	22	24	2.00
79346216--79346311	48	2.0	48	93	0	165	25	13	20	40	1.89
79349770--79349795	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
79350024--79350064	21	2.0	20	85	4	55	60	0	12	26	1.31
79350074--79350098	11	2.3	11	100	0	50	48	0	16	36	1.46
79352067--79352112	21	2.1	23	88	8	69	19	4	10	65	1.41
79352103--79352133	13	2.4	13	94	0	53	16	3	12	67	1.35
79353712--79353795	42	2.0	42	97	0	159	33	13	9	44	1.76
79354032--79354084	27	1.9	27	85	11	72	75	9	5	9	1.18
79354032--79354082	15	3.7	13	79	15	50	74	9	5	9	1.21
79355286--79355328	21	2.0	21	86	8	61	62	4	11	20	1.46
79355331--79355355	11	2.3	11	100	0	50	48	0	16	36	1.46
79367433--79367485	26	2.0	26	96	0	97	56	18	9	15	1.65
79373645--79373892	48	5.3	46	76	10	180	25	27	18	28	1.98
79373674--79373940	48	5.7	47	76	9	217	25	28	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79374607--79374645	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
79378312--79378356	18	2.6	18	85	3	56	22	28	33	15	1.95
79380382--79380407	12	2.2	12	100	0	52	15	15	0	69	1.20
79387805--79388235	222	1.9	222	95	0	781	34	14	15	35	1.89
79390697--79390754	30	1.9	30	86	6	82	20	29	29	20	1.98
79392085--79392153	34	2.0	34	97	0	129	39	26	21	13	1.90
79393642--79393712	37	1.9	37	91	0	115	25	29	19	25	1.99
79393854--79393990	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
79393964--79394061	47	2.1	47	90	0	151	27	30	10	31	1.90
79397923--79398273	40	8.8	40	90	0	524	25	26	21	25	1.99
79397910--79398273	159	2.3	159	91	0	566	26	26	21	25	1.99
79399758--79399891	46	2.9	46	78	5	119	26	29	8	35	1.87
79399821--79399918	47	2.1	47	90	0	151	27	30	10	31	1.90
79404860--79404919	28	2.1	28	87	6	86	30	31	3	35	1.74
79404860--79404919	14	4.3	14	77	8	59	30	31	3	35	1.74
79405281--79405310	11	2.7	11	89	0	51	76	6	3	13	1.11
79405737--79405906	84	2.0	84	100	0	340	33	29	16	20	1.95
79411920--79411979	28	2.1	28	90	0	93	30	33	3	33	1.74
79411920--79411979	14	4.3	14	79	8	68	30	33	3	33	1.74
79415094--79415269	46	3.8	46	78	4	210	29	28	19	21	1.98
79415102--79415273	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
79420617--79420760	46	3.1	44	70	21	107	29	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79438046--79438107	27	2.3	27	81	8	72	46	1	1	50	1.20
79439062--79439116	18	3.0	18	82	10	67	52	1	0	45	1.11
79439148--79439239	37	2.4	36	79	12	96	52	4	3	40	1.38
79441461--79441529	34	2.0	34	100	0	138	28	17	15	37	1.91
79448745--79448788	11	3.9	11	77	16	54	36	9	27	27	1.87
79448858--79448897	20	2.0	20	90	9	64	65	0	17	17	1.28
79449096--79449133	19	2.0	19	94	0	67	60	0	39	0	0.97
79450233--79450275	20	2.2	20	95	0	77	34	18	13	32	1.90
79455701--79455763	29	2.2	29	85	0	81	33	11	17	38	1.85
79455919--79455966	17	2.9	16	76	11	53	72	6	2	18	1.15
79456672--79456791	63	1.9	62	93	1	204	43	23	10	22	1.84
79459470--79459535	20	3.2	22	79	10	68	66	0	3	30	1.06
79464081--79464128	23	2.1	23	100	0	96	37	18	12	31	1.88
79465284--79465400	54	2.2	54	89	3	173	26	18	22	32	1.97
79466668--79466705	20	1.9	20	100	0	76	26	31	28	13	1.93
79468043--79468071	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
79473910--79473972	31	2.0	31	90	0	99	25	23	15	34	1.95
79474184--79474307	24	5.2	24	94	1	205	27	21	20	29	1.98
79474365--79474421	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
79474353--79474423	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
79474358--79474412	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
79477040--79477196	57	2.8	57	84	3	192	34	22	15	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79477040--79477245	57	3.6	57	79	4	182	33	20	16	28	1.95
79477405--79477430	8	3.2	8	100	0	52	34	11	11	42	1.77
79483109--79483152	18	2.4	18	96	0	79	31	11	18	38	1.86
79483158--79483441	141	2.0	141	98	0	550	40	22	7	29	1.81
79501553--79501617	32	2.0	32	85	5	87	23	24	15	36	1.93
79501935--79502001	20	3.3	20	89	4	100	31	19	13	35	1.90
79501935--79501988	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
79509535--79509599	32	2.0	32	88	5	96	23	26	15	35	1.94
79510748--79511237	27	18.2	27	84	4	596	27	22	9	40	1.84
79511242--79511392	27	5.6	27	80	3	160	39	19	17	23	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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