genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26816398--26816442	19	2.4	19	80	0	54	35	0	2	62	1.08
26822056--26822107	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
26821994--26822223	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
26822004--26822191	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
26822185--26822226	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
26822176--26822217	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
26822352--26822461	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
26822442--26822509	16	4.2	16	92	0	109	35	35	0	29	1.58
26822877--26822932	18	3.1	17	72	23	51	50	0	0	50	1.00
26822895--26822961	21	3.1	21	79	16	75	53	0	1	44	1.09
26822911--26822968	21	2.8	19	80	12	53	58	1	1	37	1.18
26822926--26822992	35	1.9	34	88	8	100	56	1	2	38	1.24
26824249--26824298	20	2.6	20	78	12	52	34	0	8	58	1.28
26825336--26825372	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
26825414--26825455	18	2.3	18	100	0	84	40	21	7	30	1.80
26828424--26828471	23	2.1	23	100	0	96	27	16	0	56	1.41
26832229--26832298	29	2.4	30	81	11	90	21	2	30	45	1.66
26832259--26832390	29	4.6	28	69	11	79	18	4	25	51	1.65
26833271--26833316	23	2.0	23	91	4	76	47	13	4	34	1.62
26833277--26833328	23	2.2	24	86	3	70	44	17	5	32	1.72
26836839--26836885	24	2.0	24	100	0	94	51	19	17	12	1.77
26843472--26843784	158	2.0	158	82	3	389	38	15	13	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26846664--26846721	29	2.0	30	82	3	73	41	13	8	36	1.76
26856753--26856813	29	2.1	28	82	8	70	47	1	3	47	1.28
26857195--26857253	31	1.9	31	85	0	82	44	13	8	33	1.74
26864426--26864501	35	2.1	36	87	4	118	40	26	9	23	1.84
26869425--26869459	15	2.4	14	86	9	52	77	0	0	22	0.78
26875034--26875090	26	2.2	25	84	6	78	43	3	17	35	1.66
26875047--26875099	26	2.0	26	100	0	106	41	3	15	39	1.65
26880788--26880835	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
26880830--26880892	27	2.3	26	81	10	72	52	11	0	36	1.37
26881528--26881781	96	2.6	96	90	4	404	31	27	15	25	1.96
26882735--26882842	26	4.2	26	90	0	171	32	6	25	36	1.81
26885520--26885581	5	12.4	5	75	16	58	75	0	4	19	0.97
26891934--26891976	20	2.2	20	86	0	59	62	2	6	27	1.33
26903059--26903098	20	2.0	20	100	0	80	45	5	15	35	1.68
26903242--26903365	41	3.0	42	86	6	114	22	18	25	33	1.96
26903257--26903377	41	2.9	43	89	6	178	19	19	27	33	1.96
26915105--26915242	44	3.1	44	74	10	136	29	15	27	26	1.96
26915310--26915428	44	2.7	45	83	8	129	28	20	24	26	1.99
26915533--26915626	45	2.1	46	88	6	138	32	19	24	23	1.97
26915557--26915850	44	6.6	44	71	13	158	30	19	21	27	1.98
26915601--26915850	88	2.8	89	81	3	238	30	19	22	28	1.98
26915917--26916040	44	2.8	44	79	7	126	28	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26921839--26921868	15	2.0	15	100	0	60	13	6	6	73	1.24
26924788--26924895	37	3.1	35	73	18	100	41	1	2	53	1.26
26925999--26926040	22	1.9	22	85	9	59	21	0	21	57	1.41
26927478--26927638	42	3.7	43	82	12	168	29	27	14	28	1.95
26927558--26927728	47	3.6	48	85	6	206	29	27	15	27	1.96
26927510--26927728	95	2.4	94	81	10	231	30	27	14	27	1.95
26927757--26927936	31	5.8	31	90	2	254	25	27	19	27	1.99
26927912--26928040	50	2.5	51	88	5	190	25	22	17	34	1.95
26935147--26935338	35	5.5	35	82	0	240	17	13	32	35	1.89
26935159--26935338	70	2.6	70	92	0	297	18	13	32	36	1.89
26939901--26940029	17	6.9	17	70	17	60	41	1	2	55	1.22
26939856--26940029	79	2.2	79	87	5	246	42	1	2	53	1.23
26939917--26940029	9	12.8	9	73	19	60	42	0	1	54	1.16
26940830--26940886	15	3.9	14	76	17	53	59	0	0	40	0.97
26944682--26944721	20	2.1	20	86	9	57	2	15	0	82	0.77
26946311--26946377	31	2.3	27	76	14	71	41	11	10	35	1.76
26953296--26953341	23	2.1	21	88	8	65	78	4	6	10	1.08
26953296--26953353	24	2.5	23	80	2	62	75	6	6	10	1.17
26953762--26953812	22	2.4	22	86	3	68	45	5	25	23	1.75
26954077--26954108	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
26956649--26956702	22	2.4	24	79	17	71	53	0	1	44	1.11
26957259--26957315	14	4.3	13	76	10	53	29	1	8	59	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26957260--26957318	26	2.2	28	88	8	88	30	1	8	59	1.37
26957275--26957318	14	3.3	14	84	12	65	29	2	6	61	1.34
26959629--26959740	44	2.5	44	82	2	145	45	11	12	30	1.77
26959667--26960522	429	2.0	429	87	1	1216	31	22	16	29	1.95
26962387--26962426	13	3.1	13	96	0	71	15	30	35	20	1.93
26963030--26963078	18	2.6	18	83	6	53	38	20	16	24	1.92
26963464--26963504	19	2.2	19	95	0	73	46	31	0	21	1.52
26967499--26967559	17	3.4	17	70	12	59	31	1	13	54	1.49
26967489--26967599	37	3.0	37	91	0	177	33	4	13	48	1.63
26967499--26967596	17	5.4	17	64	13	52	33	3	12	51	1.55
26967609--26967693	9	9.4	9	90	0	98	24	16	23	35	1.95
26971877--26971910	18	1.9	18	94	5	61	50	2	5	41	1.42
26973777--26973812	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
26977788--26977837	16	3.2	16	77	11	50	40	2	2	56	1.22
26977871--26977918	25	2.0	24	84	8	62	37	2	6	54	1.38
26978397--26978462	22	3.0	23	74	12	66	48	3	6	42	1.43
26985937--26985968	16	2.0	16	100	0	64	37	18	25	18	1.94
26990463--26990507	14	3.1	15	76	17	51	33	6	0	60	1.23
26991215--26991248	13	2.7	13	90	4	52	55	5	2	35	1.39
26994823--26994886	30	2.2	28	81	10	76	59	4	0	35	1.18
26999987--27000452	180	2.5	180	95	3	808	27	16	16	39	1.90
27006919--27007141	44	5.0	44	75	10	220	33	6	11	47	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27006919--27007141	92	2.5	85	79	7	223	33	6	11	47	1.66
27006953--27007056	49	2.1	49	83	5	138	33	3	9	52	1.52
27017574--27017612	18	2.1	19	85	4	53	30	23	0	46	1.53
27017786--27017852	23	3.0	22	79	14	84	37	22	19	20	1.95
27019540--27019589	25	2.0	25	84	0	64	38	14	10	38	1.79
27023155--27023261	41	2.7	40	86	4	135	34	26	14	24	1.94
27027609--27027933	40	8.2	40	88	5	457	24	22	26	25	2.00
27027609--27027933	79	4.1	80	87	5	457	24	22	26	25	2.00
27027605--27027933	119	2.8	119	92	3	531	25	22	26	25	2.00
27028168--27028211	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
27030206--27030783	291	2.0	291	88	2	865	33	14	22	29	1.94
27035249--27035305	28	2.0	28	96	0	105	26	17	8	47	1.77
27038231--27038292	27	2.4	25	81	7	70	32	11	11	45	1.76
27038437--27038473	18	2.1	18	89	0	56	13	24	0	62	1.31
27044539--27044567	14	2.0	15	93	6	51	20	6	13	58	1.58
27049827--27049921	19	5.1	19	75	13	72	55	3	2	38	1.27
27049850--27049924	11	6.8	11	71	24	52	56	2	1	40	1.22
27049831--27049924	47	1.9	50	85	6	131	55	3	2	39	1.28
27069621--27069740	58	2.1	58	100	0	240	27	11	9	51	1.68
27073105--27073129	2	12.5	2	100	0	50	0	0	52	48	1.00
27073627--27073663	16	2.2	18	85	9	51	21	8	32	37	1.83
27084689--27084722	17	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27085446--27085493	10	4.8	10	80	10	62	66	2	10	20	1.32
27085459--27085505	20	2.4	19	86	10	67	65	0	10	23	1.23
27086124--27086151	9	3.1	9	100	0	56	0	21	0	78	0.75
27086184--27086372	96	1.9	98	89	2	292	32	23	14	29	1.94
27087426--27087517	25	3.7	24	81	11	96	76	1	3	19	0.99
27087426--27087503	4	19.8	4	75	23	51	75	1	3	19	1.02
27091213--27091262	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
27091731--27091956	48	4.7	48	83	4	267	26	18	30	25	1.98
27091731--27091956	96	2.3	97	88	0	319	26	18	30	25	1.98
27097440--27097610	48	3.6	48	85	1	236	27	28	17	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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