genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  79  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22964495--22964591	51	2.0	50	90	8	155	8	21	16	53	1.69
22965274--22965337	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
22967327--22967382	14	4.0	14	88	0	76	35	17	7	39	1.78
22967338--22967389	14	3.7	14	85	10	54	38	15	5	40	1.71
22970893--22970942	25	2.0	25	100	0	100	24	28	4	44	1.72
22974381--22974461	4	19.8	4	77	5	72	65	3	25	4	1.30
22980153--22980255	26	3.9	25	79	12	82	27	23	19	30	1.98
22980194--22980286	26	3.6	26	88	5	134	27	24	19	27	1.99
22983600--22983725	41	3.1	40	85	3	164	37	20	23	19	1.94
22989340--22989575	43	5.5	43	82	5	289	25	16	28	29	1.97
22992654--22992684	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
22996732--22996824	18	5.2	18	93	0	159	31	17	23	27	1.97
22997369--22997399	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
23001482--23001569	43	2.0	43	100	0	176	31	11	18	38	1.86
23010277--23010337	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
23010380--23010415	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
23010508--23010549	3	13.7	3	95	5	75	64	0	0	35	0.94
23010998--23011073	26	2.9	26	88	5	100	50	18	3	27	1.65
23011539--23011766	44	5.2	44	75	8	178	24	25	17	32	1.96
23011907--23013214	205	6.4	205	93	0	2075	29	21	17	30	1.97
23027299--23027338	20	2.1	19	95	4	71	62	0	0	37	0.95
23027313--23027342	12	2.5	12	94	0	51	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23031057--23031366	46	6.7	45	69	15	156	23	26	19	30	1.98
23031888--23031982	46	2.1	46	91	0	154	29	21	10	38	1.86
23036382--23036466	31	2.7	31	89	5	118	29	29	15	25	1.96
23036560--23036897	35	9.7	35	83	4	387	32	24	12	31	1.92
23036562--23036897	70	4.8	70	90	0	494	32	24	12	31	1.92
23036562--23036897	105	3.2	104	87	0	474	32	24	12	31	1.92
23041664--23042071	187	2.2	188	88	0	611	22	27	19	29	1.98
23047627--23047664	13	2.9	13	81	14	51	42	0	7	50	1.31
23050535--23050700	83	2.0	83	90	2	262	43	16	19	20	1.87
23051710--23051750	19	2.1	20	86	4	57	56	2	2	39	1.26
23064267--23064311	17	2.6	18	79	10	58	57	15	0	26	1.38
23065661--23065714	19	3.0	19	78	7	60	48	0	0	51	1.00
23066460--23066516	19	2.8	21	75	22	66	54	1	0	43	1.10
23066912--23066984	27	2.7	27	91	0	119	21	28	26	23	1.99
23072494--23072772	62	4.5	62	93	0	452	37	5	7	48	1.55
23073924--23073950	14	1.9	14	100	0	54	37	3	22	37	1.72
23073925--23073958	14	2.4	14	90	0	50	41	2	17	38	1.65
23075937--23075974	17	2.4	16	86	8	51	2	36	2	57	1.26
23075990--23076024	5	7.0	5	100	0	70	0	60	0	40	0.97
23089237--23089358	38	3.2	37	87	9	158	34	14	23	27	1.94
23093766--23093799	6	5.3	6	86	13	50	64	5	0	29	1.17
23094758--23094795	20	1.9	20	94	0	67	15	31	31	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23096907--23096950	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
23096905--23096961	6	8.9	7	94	5	63	66	0	1	31	1.02
23102653--23102688	13	2.7	13	91	4	54	52	19	0	27	1.46
23103274--23103308	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
23124230--23124295	27	2.7	24	80	15	80	43	0	36	19	1.51
23125356--23125391	18	2.0	18	89	10	56	44	0	22	33	1.53
23127031--23127096	34	1.9	34	81	6	80	27	22	24	25	2.00
23134756--23134835	34	2.4	34	80	0	97	32	21	22	23	1.98
23144128--23144162	15	2.3	15	90	0	52	65	0	5	28	1.15
23147147--23147174	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
23150181--23150254	36	2.1	36	100	0	148	50	13	14	21	1.78
23160822--23160851	13	2.3	13	94	0	51	13	33	33	20	1.91
23169701--23170110	208	2.0	208	92	0	678	34	14	16	34	1.89
23173106--23173150	11	3.9	11	80	11	54	33	2	2	62	1.20
23175287--23175499	46	4.9	40	83	11	205	37	15	24	22	1.93
23175326--23175543	46	4.7	46	89	1	294	39	15	24	21	1.91
23178760--23178855	5	18.2	5	72	21	56	18	4	1	76	1.01
23178763--23178815	25	2.2	24	86	3	70	15	3	0	81	0.83
23178762--23178854	18	4.7	20	79	12	86	18	4	1	76	1.01
23178760--23178855	6	16.0	6	73	8	70	18	4	1	76	1.01
23183998--23184104	55	1.9	55	86	3	153	14	32	29	23	1.94
23187871--23188095	122	1.9	120	91	1	369	38	11	20	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23205551--23205607	26	2.2	26	90	0	87	29	19	14	36	1.91
23210708--23210759	25	2.1	25	85	7	70	15	25	15	44	1.85
23211890--23211918	15	1.9	15	100	0	58	31	13	13	41	1.84
23212041--23212079	20	2.0	20	85	10	53	20	10	2	66	1.33
23224634--23224717	11	7.4	11	75	15	55	20	3	2	73	1.09
23224678--23224730	21	2.5	22	82	11	65	26	1	1	69	1.09
23224641--23224717	5	14.8	5	70	16	50	20	3	2	72	1.12
23224679--23224728	22	2.3	22	83	10	59	28	2	2	68	1.12
23228047--23228088	17	2.6	17	85	10	54	40	0	0	59	0.97
23231919--23231970	26	2.0	26	100	0	104	34	7	19	38	1.80
23245283--23245315	6	5.5	6	96	0	57	18	0	0	81	0.68
23261768--23261799	3	10.3	3	93	6	55	34	0	0	65	0.93
23262357--23262407	21	2.4	21	81	15	61	23	5	9	60	1.50
23264985--23265050	21	3.2	20	78	16	64	57	4	4	33	1.39
23265024--23265059	12	3.0	12	88	11	56	58	0	0	41	0.98
23264941--23265184	130	1.8	134	78	11	279	55	2	8	33	1.44
23265276--23265311	14	2.6	14	91	8	56	50	0	8	41	1.33
23267032--23267100	31	2.2	31	82	10	88	27	17	5	49	1.69
23267152--23267276	57	2.2	58	80	2	144	39	11	15	34	1.83
23269910--23269937	7	4.0	7	100	0	56	28	0	14	57	1.38
23274614--23274701	34	2.6	34	81	12	101	29	25	22	22	1.99
23276959--23277093	60	2.2	60	84	8	168	25	25	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23276959--23277057	28	3.4	27	70	20	74	25	28	20	26	1.99
23279135--23279178	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
23279641--23279710	36	2.0	35	82	2	86	24	44	0	31	1.54
23283061--23283097	18	2.0	19	94	5	67	32	10	29	27	1.90
23284889--23284988	42	2.3	42	81	3	101	35	25	15	25	1.94
23288683--23288735	26	2.0	26	100	0	106	41	15	11	32	1.82
23291482--23291597	43	2.7	43	79	11	123	33	22	15	28	1.95
23295128--23295242	43	2.7	43	81	6	153	25	17	25	32	1.97
23295877--23295961	34	2.5	34	82	3	109	22	2	31	43	1.66
23300156--23300193	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
23302791--23302866	35	2.2	35	83	9	93	39	1	5	53	1.32
23304578--23304647	26	2.7	26	80	2	70	38	7	20	34	1.80
23307744--23307872	27	4.8	27	93	0	195	42	20	12	24	1.86
23307989--23308030	18	2.3	18	84	8	59	16	35	26	21	1.94
23311728--23311856	56	2.3	56	89	0	186	32	25	15	26	1.95
23324541--23324717	40	4.4	40	94	0	309	22	19	29	28	1.98
23331868--23332044	40	4.4	40	92	0	291	21	18	30	29	1.97
23335367--23335404	18	2.1	18	100	0	76	44	0	15	39	1.47
23335429--23335529	52	1.9	52	84	4	132	26	21	26	24	2.00
23339822--23339885	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
23340078--23340195	23	5.0	24	86	9	154	27	21	22	29	1.99
23340253--23340305	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23340245--23340305	20	3.0	20	92	0	104	36	19	9	34	1.85
23340245--23340300	11	5.5	11	73	16	57	33	19	10	35	1.87
23340348--23340395	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
23346019--23346094	6	12.3	6	69	20	50	47	14	18	19	1.83
23346028--23346094	31	2.2	31	88	0	98	47	13	19	19	1.82
23346603--23346932	27	12.2	27	81	4	326	42	6	20	31	1.77
23346603--23346932	81	4.1	81	83	4	396	42	6	20	31	1.77
23346898--23347002	54	1.9	54	81	12	126	29	6	22	40	1.79
23346909--23347084	54	3.3	54	80	7	189	28	7	22	41	1.81
23346924--23347078	27	5.8	27	76	9	122	27	8	23	41	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295