genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3073522--3073561	20	2.1	19	85	4	53	42	12	0	45	1.42
3074381--3074405	12	2.1	12	100	0	50	40	16	16	28	1.89
3076944--3076974	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
3086300--3086358	20	2.8	21	82	12	68	33	0	0	66	0.92
3094722--3094755	12	2.8	13	86	13	54	70	0	8	20	1.13
3094912--3094945	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
3095762--3095812	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
3095801--3095834	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
3096924--3097019	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
3101412--3101448	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
3101598--3101648	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
3101637--3101670	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
3102771--3102866	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
3117280--3117317	18	2.1	18	90	5	58	39	0	0	60	0.97
3117280--3117328	19	2.6	18	80	6	53	34	0	0	65	0.93
3117964--3118036	8	8.5	8	72	20	51	32	5	4	57	1.41
3125548--3125581	12	2.8	13	86	13	54	70	0	8	20	1.13
3125738--3125771	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
3126589--3126639	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
3126628--3126661	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
3127544--3127611	27	2.7	27	80	13	74	42	0	23	33	1.54
3127755--3127850	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3132441--3132491	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
3132480--3132513	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
3133397--3133464	27	2.7	27	80	13	74	42	0	23	33	1.54
3133608--3133703	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
3134988--3135037	10	5.0	10	85	9	75	68	2	8	22	1.26
3135514--3135632	59	2.0	59	100	0	238	33	11	20	34	1.89
3152790--3152866	39	2.0	39	94	0	136	46	9	12	31	1.73
3153276--3153323	9	5.2	9	78	12	53	58	2	0	39	1.10
3153328--3153378	25	2.1	24	88	3	75	64	0	1	33	1.05
3153319--3153381	29	2.2	29	77	11	67	68	0	1	30	0.99
3161430--3161462	15	2.1	17	88	11	52	48	3	3	45	1.33
3165226--3165343	60	1.9	61	87	3	175	36	12	14	36	1.84
3186304--3186625	75	4.5	72	84	9	385	29	15	21	33	1.94
3186290--3186644	143	2.5	144	80	9	388	28	15	20	35	1.93
3186776--3186917	72	2.0	71	83	5	178	22	18	24	34	1.96
3187033--3187213	71	2.6	71	89	4	260	30	18	19	32	1.95
3188309--3188390	5	18.0	5	72	18	72	60	1	36	1	1.12
3188299--3188390	35	2.6	35	84	3	103	59	1	38	1	1.12
3189214--3189452	17	13.6	17	67	17	89	30	16	11	41	1.83
3189256--3189297	20	2.1	20	86	8	59	38	11	9	40	1.75
3189312--3189440	35	3.6	36	78	13	133	34	13	9	41	1.77
3189480--3189571	16	5.3	17	71	14	55	35	9	10	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3189502--3189554	19	2.7	19	77	11	63	35	15	13	35	1.86
3189474--3189593	55	2.2	55	82	8	145	35	10	11	42	1.75
3189597--3189630	17	1.9	18	88	5	52	44	2	8	44	1.50
3194838--3194880	18	2.5	17	85	7	52	62	4	2	30	1.28
3194959--3195017	26	2.3	26	81	0	73	49	1	10	38	1.47
3195154--3195238	36	2.3	35	80	8	89	56	3	5	34	1.41
3195230--3195288	25	2.2	27	82	8	68	54	5	3	37	1.39
3195283--3195604	103	3.1	103	71	17	268	53	7	6	32	1.55
3195569--3195616	21	2.2	21	82	10	53	58	8	2	31	1.39
3195791--3195834	23	1.9	23	85	0	61	61	6	2	29	1.34
3195828--3195903	19	3.6	21	74	16	68	63	1	7	27	1.30
3196473--3196526	25	2.2	26	93	6	94	31	0	3	64	1.11
3198307--3198354	20	2.5	19	80	9	53	52	2	6	39	1.39
3218519--3218573	26	2.0	27	82	6	67	38	1	1	58	1.20
3222095--3222129	17	2.0	18	88	5	54	54	20	17	8	1.68
3225190--3225284	50	1.9	50	86	0	136	44	11	15	28	1.82
3225724--3225767	22	2.1	22	87	8	65	40	2	0	56	1.11
3229983--3230007	10	2.5	10	100	0	50	60	8	0	32	1.26
3232799--3232870	35	2.1	35	100	0	144	30	8	13	47	1.73
3236727--3236778	19	2.8	19	79	2	61	51	9	5	32	1.58
3236900--3237059	47	3.4	46	89	4	232	41	24	19	15	1.89
3239700--3239821	23	5.2	23	74	12	104	16	25	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3240209--3240334	46	2.7	46	90	2	182	40	15	23	21	1.90
3245880--3245989	39	2.8	39	91	2	175	27	30	24	18	1.98
3245992--3246102	39	2.8	39	87	0	168	27	25	18	29	1.98
3248447--3248476	8	3.8	8	90	0	51	36	26	13	23	1.92
3275608--3275676	34	2.0	34	97	0	129	30	8	18	42	1.81
3284155--3284418	46	5.7	47	89	2	333	20	24	15	40	1.90
3284155--3284417	92	2.9	92	88	0	382	20	24	14	40	1.90
3284155--3284403	138	1.8	138	89	1	392	20	24	15	40	1.90
3286409--3286445	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
3298029--3298203	87	2.0	89	87	4	257	24	18	21	36	1.95
3298172--3298216	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
3298085--3298479	100	4.1	101	81	10	439	25	16	18	39	1.91
3298405--3298980	73	7.9	72	83	9	681	30	16	20	32	1.95
3298521--3298986	75	6.3	75	87	4	660	29	16	19	33	1.94
3298385--3298960	139	4.0	143	88	4	702	30	16	19	33	1.94
3299056--3299087	14	2.4	14	94	5	57	18	9	6	65	1.42
3298955--3299430	90	5.3	89	81	6	430	26	16	18	38	1.92
3298892--3299430	180	3.0	176	80	8	581	27	16	18	37	1.92
3300107--3300200	30	3.3	30	82	14	135	25	52	5	17	1.65
3300676--3300808	22	5.7	23	65	17	69	34	5	3	57	1.37
3300682--3300881	25	8.2	25	70	14	87	33	6	4	56	1.45
3300749--3300919	77	2.2	80	81	6	197	32	6	4	56	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3300946--3301001	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
3308329--3308372	17	2.6	17	82	10	56	54	20	4	20	1.62
3317035--3317076	22	2.0	22	90	4	68	4	11	16	66	1.40
3319611--3319709	33	3.0	33	90	0	153	33	41	8	17	1.78
3325538--3325563	11	2.4	11	100	0	52	88	0	11	0	0.52
3326857--3326887	15	2.0	16	93	6	55	19	3	0	77	0.90
3327936--3327969	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
3328668--3328728	22	2.7	23	76	14	65	44	3	3	49	1.35
3330872--3330897	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
3337517--3337553	18	2.1	18	90	5	58	67	5	0	27	1.12
3339479--3339840	134	2.7	133	82	4	381	33	19	17	29	1.95
3342361--3342390	15	2.0	15	93	0	51	30	0	6	63	1.20
3345763--3345811	20	2.4	20	75	3	53	44	2	53	0	1.12
3347189--3348092	215	4.3	215	75	14	863	33	21	17	27	1.95
3347536--3347938	72	5.6	72	85	5	476	32	21	17	28	1.96
3347536--3347912	142	2.6	143	83	7	481	32	23	17	27	1.96
3348064--3348168	55	1.9	54	90	5	167	39	17	14	29	1.89
3348147--3348324	73	2.5	71	80	5	200	32	23	16	26	1.96
3361550--3361608	10	5.7	10	88	7	91	40	0	20	38	1.53
3361548--3361615	32	2.1	32	100	0	136	42	0	20	36	1.52
3362911--3363093	73	2.6	73	92	3	293	31	22	18	27	1.97
3381835--3381921	43	2.0	43	97	0	165	31	14	16	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3383828--3383861	16	2.1	16	88	0	50	29	14	5	50	1.67
3386392--3386467	39	1.9	39	84	5	100	36	5	15	42	1.70
3389181--3389220	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
3389353--3389395	21	2.0	21	95	0	77	34	25	2	37	1.69
3389781--3389844	31	2.1	31	93	0	110	43	9	3	43	1.52
3398329--3398375	18	2.5	18	77	19	51	65	2	2	29	1.15
3398378--3398441	31	2.0	32	82	8	78	62	3	6	28	1.34
3398832--3398944	56	2.0	56	100	0	226	30	7	5	57	1.48
3398849--3398937	27	3.2	28	64	17	76	30	7	4	57	1.47
3399881--3399905	4	6.2	4	100	0	50	24	24	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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