genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15192478--15192543	17	3.7	17	75	16	71	39	0	1	59	1.07
15192620--15192659	20	2.0	21	85	9	57	40	5	0	55	1.22
15195539--15195586	11	4.4	11	81	0	51	60	4	12	22	1.49
15197576--15197645	31	2.3	30	78	4	79	42	11	7	38	1.68
15199463--15199513	26	2.0	25	85	11	68	50	5	9	33	1.59
15199805--15199859	26	2.2	25	87	9	76	60	12	0	27	1.33
15201504--15201612	3	37.7	3	73	7	66	66	1	7	24	1.28
15203427--15203460	11	3.1	11	95	0	59	35	0	0	64	0.94
15204803--15204864	26	2.3	27	80	5	72	45	12	17	24	1.84
15206704--15206761	18	3.4	17	81	6	57	32	6	22	37	1.81
15210336--15210365	12	2.5	12	100	0	60	56	0	0	43	0.99
15213708--15213760	27	2.0	27	84	0	70	35	20	13	30	1.91
15214753--15214927	40	4.4	40	89	2	246	24	27	22	25	2.00
15222547--15222721	40	4.4	40	92	2	282	22	28	22	26	1.99
15225007--15225063	28	2.0	28	89	0	87	17	22	24	35	1.95
15226569--15226598	13	2.4	13	94	5	53	40	6	20	33	1.78
15232494--15232554	28	2.3	27	80	13	72	44	13	16	26	1.84
15234384--15234428	18	2.6	18	89	3	65	28	8	26	35	1.87
15238225--15238330	35	3.0	35	78	0	122	33	23	16	26	1.96
15239931--15240105	87	2.0	87	98	0	341	31	14	16	38	1.88
15249550--15249588	16	2.4	17	91	8	64	48	0	0	51	1.00
15250850--15250888	19	2.1	19	95	0	69	12	23	23	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15256304--15256368	22	2.9	21	80	13	67	30	20	15	33	1.93
15256298--15256355	22	2.6	23	78	8	66	29	22	17	31	1.96
15257328--15257609	100	2.9	95	81	10	293	44	3	5	46	1.43
15257552--15257609	28	2.0	29	83	3	73	36	1	8	53	1.42
15263122--15263289	32	5.1	33	75	14	159	32	10	23	33	1.89
15263121--15263289	65	2.6	65	92	0	275	32	10	23	33	1.89
15263137--15263293	33	4.8	33	78	8	169	32	10	23	33	1.89
15263137--15263329	65	3.0	65	86	4	176	33	11	23	31	1.90
15270179--15270245	33	2.0	33	100	0	134	37	8	14	38	1.78
15270289--15270467	33	5.5	33	75	10	152	31	10	24	34	1.88
15270300--15270455	32	4.8	31	75	7	132	31	8	23	35	1.86
15270297--15270467	65	2.6	65	89	0	252	31	9	24	34	1.87
15271760--15271852	35	2.6	34	83	8	114	43	26	10	19	1.84
15273156--15273276	53	2.2	53	79	13	131	64	1	4	29	1.22
15276902--15276940	19	2.1	19	100	0	78	35	25	5	33	1.78
15278317--15278470	41	3.6	44	76	13	133	29	28	17	24	1.97
15280648--15280678	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
15284732--15284818	36	2.4	36	96	0	156	32	13	24	29	1.94
15284732--15284824	18	5.2	18	88	0	132	31	15	24	29	1.95
15285371--15285401	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
15285894--15285924	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
15302851--15303002	3	52.3	3	71	12	77	61	0	8	28	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15302931--15303005	35	2.2	32	80	13	80	62	1	9	26	1.33
15303023--15303072	23	2.1	23	82	10	57	66	0	12	22	1.24
15303313--15303442	3	44.7	3	70	15	69	64	2	5	27	1.27
15307133--15307177	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
15307469--15307503	16	2.2	16	100	0	70	34	0	34	31	1.58
15307816--15307932	45	2.6	46	76	12	109	24	23	23	29	1.99
15307837--15308563	89	8.1	88	70	12	305	27	21	18	32	1.97
15307850--15308563	45	15.9	43	71	12	217	28	21	18	32	1.97
15307811--15308160	184	1.9	183	86	1	504	25	21	22	31	1.98
15308034--15308563	45	11.9	43	73	11	336	29	21	17	32	1.96
15308039--15308569	134	4.0	132	76	7	455	29	20	17	32	1.96
15312896--15312971	39	1.9	39	94	0	134	15	31	11	40	1.84
15314783--15315012	3	77.7	3	66	14	68	61	1	8	28	1.34
15315033--15315082	23	2.1	23	82	10	57	66	0	12	22	1.24
15315350--15315404	20	2.9	19	78	7	58	69	1	3	25	1.15
15315316--15315404	3	30.3	3	71	8	58	65	3	5	25	1.31
15317728--15317765	20	1.9	20	84	10	51	44	13	2	39	1.57
15317958--15317982	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
15322042--15322081	19	2.0	20	85	4	55	35	0	2	62	1.09
15323825--15323861	17	2.2	17	90	4	58	32	0	0	67	0.91
15324051--15324114	25	2.5	25	83	14	78	37	0	3	59	1.13
15324153--15324247	25	4.0	25	76	13	101	35	1	4	58	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15324177--15324404	87	2.6	88	89	4	336	35	2	4	57	1.32
15324056--15324325	133	2.0	134	94	2	472	36	1	4	57	1.30
15324127--15324325	21	8.9	21	65	22	77	36	2	5	56	1.32
15324757--15324822	33	2.0	34	90	3	107	28	9	43	18	1.80
15329152--15329211	21	3.0	20	80	7	59	33	6	5	55	1.48
15332172--15332226	27	2.0	27	100	0	110	10	30	18	40	1.85
15332873--15333019	77	1.9	77	82	6	185	38	10	27	23	1.87
15335074--15335106	6	5.5	6	92	0	57	36	0	12	51	1.39
15335104--15335136	3	11.0	3	87	12	50	30	0	3	66	1.06
15335066--15335136	12	5.8	12	82	12	58	33	0	7	59	1.25
15335066--15335136	24	2.9	26	82	16	89	33	0	7	59	1.25
15335328--15335354	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
15336400--15336453	21	2.5	22	85	8	76	27	9	35	27	1.87
15336567--15336613	19	2.6	18	82	3	58	59	4	2	34	1.29
15336622--15336678	30	1.9	30	92	0	96	31	14	10	43	1.79
15339655--15339680	6	4.3	6	100	0	52	38	0	61	0	0.96
15345617--15345655	16	2.4	17	87	12	55	38	0	10	51	1.36
15346411--15346456	21	2.2	21	88	7	67	52	2	0	45	1.13
15351646--15351686	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
15359072--15359185	43	2.7	42	82	10	126	28	18	25	28	1.98
15363787--15363816	15	1.9	16	93	6	53	26	3	3	66	1.23
15372973--15373041	31	2.2	31	94	0	120	44	11	10	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15378111--15378192	29	2.8	29	77	14	96	26	21	19	31	1.97
15378101--15378197	29	3.4	28	77	5	95	27	20	20	30	1.98
15379523--15379587	23	2.8	23	97	0	121	52	40	0	7	1.30
15379740--15379794	24	2.3	24	82	14	62	29	23	0	47	1.52
15380574--15380604	16	1.9	16	93	0	53	3	16	3	77	1.03
15386071--15386127	28	2.1	27	87	9	80	5	22	0	71	1.05
15386070--15386113	18	2.5	18	77	3	54	2	20	0	77	0.88
15391002--15391078	26	3.2	26	78	17	101	38	24	5	31	1.77
15391002--15391068	21	2.9	22	84	10	73	40	22	5	31	1.78
15396024--15396064	19	2.2	20	86	8	59	39	2	7	51	1.43
15405828--15405865	15	2.4	16	91	8	60	60	0	0	39	0.97
15407195--15407224	7	4.3	7	100	0	60	43	0	0	56	0.99
15411807--15411833	13	2.1	13	100	0	54	92	0	7	0	0.38
15417378--15417418	20	2.0	21	85	4	57	53	0	0	46	1.00
15417392--15417448	27	2.1	27	81	15	66	50	1	1	45	1.22
15417573--15417629	20	2.8	20	79	15	62	42	3	1	52	1.28
15425077--15425235	43	3.7	42	76	9	144	24	17	26	31	1.97
15427689--15427811	61	2.0	61	85	6	169	24	33	21	20	1.97
15437217--15437344	61	2.1	60	83	11	163	23	32	23	21	1.98
15442257--15442311	26	2.1	26	96	0	101	38	7	23	30	1.82
15442769--15442872	42	2.5	42	78	7	120	25	16	25	32	1.96
15448744--15448997	47	5.4	47	98	0	472	31	7	30	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15449116--15449194	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
15450699--15450758	18	3.3	18	77	9	59	33	15	8	43	1.76
15460545--15460902	47	7.6	47	93	1	599	29	29	8	33	1.86
15460545--15460902	143	2.5	141	93	0	599	29	29	8	33	1.86
15473657--15473776	60	2.0	59	96	1	222	51	5	18	24	1.68
15474620--15474675	28	2.0	28	100	0	112	35	10	10	42	1.74
15474884--15474925	22	1.9	22	85	0	57	50	2	0	47	1.14
15476213--15476279	31	2.2	31	86	7	93	44	23	8	22	1.81
15477035--15477072	18	2.1	19	85	14	53	60	7	13	18	1.56
15477103--15477141	3	13.3	3	91	5	62	0	28	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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