genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28112704--28113100	187	2.1	189	83	7	518	32	10	30	26	1.90
28115533--28115607	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
28115661--28115928	40	6.7	40	91	0	412	23	22	28	25	1.99
28119154--28119504	47	7.4	47	91	2	465	32	10	30	26	1.90
28119355--28119476	22	5.3	22	62	21	61	32	12	29	25	1.92
28126197--28126322	6	20.3	6	71	18	89	49	14	15	20	1.80
28126211--28126322	31	3.6	31	92	1	188	49	14	16	20	1.80
28126687--28126751	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
28127880--28128212	27	12.3	27	75	8	201	30	9	20	39	1.85
28127991--28128171	81	2.2	81	92	0	292	30	9	19	40	1.83
28128191--28128320	27	4.8	27	90	0	179	42	9	20	28	1.82
28128200--28128320	54	2.2	54	92	0	197	43	9	19	26	1.82
28131711--28131788	34	2.3	34	95	0	138	30	29	11	28	1.92
28137250--28137287	19	2.0	19	94	0	67	34	10	13	42	1.78
28145072--28145096	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
28147023--28147076	22	2.5	23	85	11	62	20	7	12	59	1.58
28147037--28147080	22	2.0	22	100	0	88	22	4	18	54	1.61
28147452--28148233	390	2.0	391	86	4	1096	33	15	14	35	1.89
28167703--28167739	19	1.9	19	88	0	56	45	13	8	32	1.73
28177766--28177894	46	2.9	43	82	10	136	24	27	23	24	2.00
28177780--28177894	46	2.6	44	86	8	146	25	27	24	22	2.00
28177887--28178047	38	4.2	38	92	0	268	30	25	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28195594--28195630	19	1.9	19	88	0	56	45	13	8	32	1.73
28205664--28205792	46	2.9	43	82	10	136	24	27	23	24	2.00
28205678--28205792	46	2.6	44	86	8	146	25	27	24	22	2.00
28205785--28205945	38	4.2	38	92	0	268	30	25	22	21	1.99
28209914--28209956	18	2.4	17	81	11	50	20	46	0	32	1.51
28215858--28215914	30	1.9	30	89	7	89	24	38	26	10	1.88
28216632--28216671	20	2.0	20	100	0	80	35	5	30	30	1.79
28219527--28219601	38	2.0	37	94	2	132	26	20	12	41	1.87
28219581--28219610	7	4.3	7	100	0	60	26	13	0	60	1.34
28219842--28219926	26	3.3	25	79	15	77	23	21	21	34	1.97
28219853--28219926	26	2.8	27	93	4	125	24	21	24	29	1.99
28219972--28220038	20	3.3	20	87	4	91	34	19	10	35	1.86
28227632--28227706	38	2.0	37	97	2	141	26	21	12	40	1.88
28227686--28227715	7	4.3	7	100	0	60	26	13	0	60	1.34
28227959--28228032	27	2.8	26	87	4	103	24	22	24	28	2.00
28228082--28228148	20	3.3	20	89	4	100	34	19	11	34	1.88
28232291--28232348	29	2.0	29	100	0	116	27	6	17	48	1.72
28233983--28234156	86	2.0	86	85	2	233	32	20	23	24	1.98
28234520--28234553	15	2.3	15	94	0	59	0	29	0	70	0.87
28234849--28234891	23	1.9	22	86	13	61	20	11	0	67	1.22
28236566--28236653	6	14.7	6	82	4	97	18	2	4	75	1.09
28257956--28258179	40	5.6	40	85	5	285	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28257963--28258213	79	3.2	79	80	7	206	26	21	26	26	1.99
28257956--28258213	119	2.2	119	79	6	265	25	21	26	25	2.00
28266140--28266360	79	2.8	80	83	7	272	24	21	28	25	1.99
28266175--28266383	80	2.6	78	85	5	262	26	21	27	25	1.99
28266140--28266360	40	5.6	40	87	4	281	24	21	28	25	1.99
28282321--28282451	47	2.8	49	79	9	146	22	26	22	28	1.99
28299488--28299716	47	4.9	47	80	7	229	21	28	17	31	1.97
28299490--28299758	47	5.8	46	75	14	164	22	28	18	30	1.97
28299490--28299749	140	1.9	141	84	4	355	22	27	18	31	1.97
28306384--28306541	43	3.6	44	75	18	152	23	19	26	30	1.98
28308083--28308135	27	2.0	27	92	0	88	26	24	18	30	1.98
28308083--28308161	27	2.9	27	81	3	79	27	20	17	34	1.95
28309008--28309186	46	3.9	46	89	1	250	18	23	16	41	1.90
28309008--28309186	93	1.9	93	87	2	261	18	23	16	41	1.90
28309159--28309214	28	2.0	28	92	0	94	21	21	12	44	1.85
28309113--28309254	74	1.9	74	95	0	257	20	23	15	40	1.90
28309187--28309402	46	4.7	46	94	2	371	22	23	13	40	1.89
28309066--28309300	120	2.0	121	90	0	373	20	23	14	40	1.90
28309020--28309346	166	2.0	167	87	3	480	19	23	15	41	1.90
28312047--28312234	27	7.0	27	81	0	214	30	10	20	38	1.86
28312061--28312234	54	3.2	54	83	0	240	31	10	18	39	1.85
28317811--28317999	43	4.4	43	93	1	301	29	34	23	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28324558--28324591	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
28329277--28329310	17	2.0	17	100	0	68	29	23	11	35	1.90
28335223--28335307	44	1.9	44	97	0	161	37	22	14	25	1.92
28335244--28335311	20	3.2	20	69	19	57	36	25	13	25	1.92
28338732--28338756	13	1.9	13	100	0	50	32	4	8	56	1.47
28344110--28344155	6	7.8	6	87	4	58	17	4	0	78	0.91
28344110--28344155	17	2.6	17	82	3	56	17	4	0	78	0.91
28347051--28347079	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
28347285--28347646	48	7.6	48	86	2	311	25	27	16	29	1.97
28347285--28347646	96	3.8	95	84	2	395	25	27	16	29	1.97
28347327--28347643	144	2.2	144	84	2	413	25	27	16	30	1.96
28355465--28355532	20	3.2	20	67	15	55	39	25	13	22	1.90
28356221--28356250	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
28356585--28356623	13	3.0	13	92	0	60	12	38	30	17	1.88
28380693--28380741	22	2.2	22	85	7	64	14	10	14	61	1.57
28383117--28383146	6	5.0	6	95	0	51	46	20	33	0	1.51
28383328--28383381	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
28390202--28390240	18	2.1	19	85	4	53	41	0	10	48	1.37
28390413--28390437	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
28397341--28397506	67	2.5	67	81	9	180	22	28	15	33	1.95
28399927--28400114	40	4.7	40	88	3	272	27	27	20	25	1.99
28402603--28402686	25	3.4	25	80	11	75	32	23	26	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28402738--28402789	25	2.0	25	85	10	70	42	23	17	17	1.89
28403965--28404005	20	2.0	20	100	0	82	56	19	9	14	1.66
28413896--28414258	94	3.8	95	75	7	337	24	27	19	28	1.99
28413899--28414258	47	7.6	47	71	15	194	24	27	19	28	1.99
28413994--28414266	141	2.0	136	80	10	311	24	28	19	27	1.98
28417138--28417163	13	2.0	13	100	0	52	7	46	30	15	1.74
28436856--28436881	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
28438851--28438875	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
28438846--28438956	38	3.0	38	89	7	160	64	1	4	28	1.23
28440478--28440558	41	2.0	41	100	0	162	49	4	30	14	1.65
28454352--28454439	25	3.6	24	76	15	81	32	23	23	19	1.97
28454490--28454544	26	2.1	26	82	3	65	36	20	23	20	1.95
28456326--28456499	49	3.6	49	77	1	179	28	29	14	27	1.95
28456274--28456501	98	2.3	98	83	1	269	29	29	14	26	1.95
28460580--28460804	76	3.0	76	79	0	252	24	19	21	34	1.96
28460692--28460840	36	4.0	36	72	8	111	25	19	20	34	1.96
28469884--28469947	21	3.2	21	64	31	59	31	9	15	43	1.78
28469874--28469981	38	2.9	38	98	1	209	32	8	17	41	1.79
28469917--28469982	19	3.5	19	66	15	55	31	9	16	42	1.80
28482802--28482832	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28482799--28482838	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28483034--28483278	55	4.6	53	77	7	198	23	23	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28483071--28483271	108	1.8	109	87	4	298	23	23	17	34	1.96
28484113--28484153	21	2.0	20	86	13	57	14	14	21	48	1.80
28486084--28486205	50	2.4	50	97	0	235	24	27	17	31	1.97
28486184--28486390	46	4.5	45	75	11	161	22	27	19	29	1.98
28489358--28489409	25	2.1	25	96	0	95	36	13	7	42	1.73
28507168--28507222	20	2.6	23	83	11	64	30	1	5	61	1.29
28507582--28507640	29	2.0	29	100	0	118	50	16	6	25	1.70
28513894--28514005	35	3.1	35	64	22	88	39	9	26	24	1.86
28513890--28514033	72	2.0	72	97	0	270	40	9	25	24	1.84
28515987--28516025	15	2.5	17	88	12	57	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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