genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29866500--29866544	7	6.4	7	86	0	63	37	46	0	15	1.46
29866478--29866544	21	3.1	21	82	2	80	40	43	0	16	1.48
29866487--29866540	14	3.9	14	90	0	81	40	46	0	12	1.42
29866500--29866582	28	2.9	29	82	10	84	39	42	1	16	1.56
29866529--29866574	21	2.1	22	84	11	60	43	41	0	15	1.46
29866563--29866623	7	8.6	7	80	3	59	49	26	1	22	1.59
29866907--29866955	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
29867578--29867774	81	2.5	81	84	6	233	22	25	17	34	1.96
29867578--29867773	41	4.9	41	79	6	206	22	25	17	34	1.96
29870083--29870121	19	2.1	19	90	0	60	30	15	5	48	1.66
29872388--29872584	40	4.9	40	81	4	209	22	25	14	36	1.93
29876414--29876531	42	2.8	42	81	2	121	28	25	16	28	1.97
29877979--29878094	52	2.2	52	86	4	153	25	17	29	27	1.97
29878098--29878204	47	2.3	46	81	1	124	28	17	24	29	1.97
29886355--29886403	6	8.0	6	88	2	53	20	6	0	73	1.04
29886360--29886403	12	3.7	12	84	0	61	20	6	0	72	1.07
29888598--29888674	28	2.8	28	79	0	82	31	9	28	31	1.88
29891305--29891425	37	3.3	36	82	5	127	27	19	26	27	1.99
29891411--29891610	42	4.8	42	78	3	163	27	15	27	30	1.96
29897164--29897240	31	2.5	31	97	0	145	22	40	27	10	1.86
29898089--29898164	28	2.7	28	81	0	89	30	11	27	30	1.92
29900910--29900944	18	1.9	18	94	0	61	31	14	22	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29913248--29913563	64	4.9	63	78	7	269	32	14	27	25	1.95
29921380--29921414	18	1.9	18	88	0	52	14	0	8	77	0.99
29922773--29922945	93	1.9	92	83	10	228	28	19	29	23	1.98
29922776--29922954	46	3.9	46	78	11	186	29	18	29	22	1.97
29924128--29924168	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
29927995--29928032	18	2.1	18	100	0	76	15	26	42	15	1.87
29931503--29931530	4	7.0	4	100	0	56	25	0	75	0	0.81
29931834--29931873	19	2.0	19	85	9	53	65	0	0	35	0.93
29933268--29933317	16	3.2	16	80	8	50	70	0	30	0	0.88
29936121--29936178	26	2.2	26	90	0	89	39	10	17	32	1.83
29943655--29943802	31	4.8	31	93	1	244	27	19	28	25	1.99
29943655--29943802	61	2.4	62	91	1	244	27	19	28	25	1.99
29943874--29943988	42	2.7	43	84	9	155	31	13	26	28	1.94
29947454--29947496	23	1.9	22	90	4	68	41	18	9	30	1.82
29947911--29947981	31	2.4	31	80	4	83	40	7	9	42	1.65
29950010--29950037	12	2.3	12	100	0	56	42	0	7	50	1.30
29955197--29955318	42	2.9	42	86	3	158	16	18	26	38	1.92
29955202--29955338	41	3.3	41	83	5	161	17	20	24	37	1.94
29957351--29957445	27	3.4	28	86	5	122	21	24	20	34	1.96
29957351--29957463	55	2.1	54	85	5	147	21	22	19	37	1.95
29957351--29957463	27	4.2	26	83	8	118	21	22	19	37	1.95
29965168--29965262	27	3.4	28	86	5	122	21	24	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29965168--29965280	55	2.1	54	85	5	147	21	22	19	37	1.95
29965168--29965280	27	4.2	26	83	8	118	21	22	19	37	1.95
29972068--29972093	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
29972994--29973160	84	2.0	84	93	0	289	19	17	25	37	1.93
29972994--29973202	42	5.0	42	85	1	260	19	18	25	36	1.94
29974985--29975036	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
29976955--29977006	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
29982942--29983118	46	3.8	46	92	1	266	19	24	14	40	1.90
29983104--29983158	27	2.0	27	96	0	101	25	25	9	40	1.85
29986458--29986503	24	1.9	24	100	0	92	39	8	8	43	1.66
29991868--29991918	25	2.0	25	100	0	102	7	19	7	64	1.44
30007162--30007230	17	4.3	17	83	14	101	30	53	0	15	1.43
30007190--30007215	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
30007173--30007313	30	4.9	30	77	11	152	31	47	1	19	1.58
30007209--30007254	24	1.9	24	90	0	74	26	52	2	19	1.58
30007273--30007298	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
30007826--30007873	22	2.2	21	82	13	62	33	0	2	64	1.05
30008923--30008948	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
30034211--30034298	31	2.9	30	80	8	90	36	3	11	48	1.56
30034435--30034493	29	2.0	30	86	3	84	55	13	1	28	1.48
30036596--30036663	34	2.0	34	91	0	109	33	20	7	38	1.81
30058622--30058711	44	2.0	44	100	0	180	26	17	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30061405--30061435	16	1.9	16	93	0	53	61	0	9	29	1.28
30063306--30063338	10	3.0	11	86	13	50	69	0	9	21	1.15
30063518--30063580	27	2.3	27	81	13	76	57	3	3	36	1.31
30064997--30065167	55	3.1	55	88	3	236	24	13	18	43	1.85
30068370--30068426	28	2.0	29	82	3	71	19	35	21	24	1.96
30071160--30071186	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
30071666--30071707	21	1.9	22	90	9	68	16	4	14	64	1.45
30071675--30071718	21	2.1	21	83	8	54	25	0	11	63	1.27
30072529--30072807	132	2.1	132	79	3	299	31	20	16	31	1.95
30072739--30073046	132	2.3	131	76	4	307	28	17	15	38	1.90
30077242--30077324	22	4.0	22	81	15	122	42	12	30	15	1.83
30077264--30077296	17	1.9	17	100	0	66	48	6	39	6	1.53
30077241--30077318	39	2.0	39	100	0	156	43	10	33	12	1.77
30088574--30088652	39	2.0	39	97	0	149	37	7	22	31	1.82
30090375--30090406	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
30092697--30092986	146	2.0	147	97	0	546	37	15	24	23	1.93
30094488--30094544	28	2.0	28	100	0	114	43	7	21	28	1.78
30094611--30094976	48	7.6	48	79	7	386	29	16	28	25	1.97
30094598--30094979	143	2.7	143	91	1	595	29	16	28	25	1.97
30096313--30096343	10	3.1	10	95	0	53	22	0	6	70	1.09
30101067--30101103	9	4.1	9	92	0	56	48	0	29	21	1.50
30101066--30101101	18	2.0	18	94	0	63	47	0	30	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30102775--30102827	26	2.0	26	96	0	97	41	7	20	30	1.80
30104411--30104740	48	6.9	48	81	6	382	29	16	28	25	1.97
30104411--30104740	144	2.3	144	90	1	509	29	16	28	25	1.97
30111432--30111457	9	2.9	9	100	0	52	46	23	0	30	1.53
30118368--30118410	22	1.9	22	85	4	59	23	4	4	67	1.28
30123616--30123669	3	18.3	3	77	11	58	31	5	0	62	1.18
30123719--30123791	37	2.0	37	100	0	146	19	5	16	58	1.56
30131100--30131365	47	5.6	49	77	13	204	24	28	18	27	1.98
30131106--30131365	99	2.8	94	82	8	291	25	29	18	27	1.98
30136280--30136358	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
30136477--30137246	47	16.1	47	92	4	1209	28	30	9	31	1.89
30136477--30137246	145	5.4	141	92	3	1209	28	30	9	31	1.89
30136488--30137246	192	3.9	192	96	0	1365	28	30	9	31	1.89
30138617--30138854	40	6.0	40	80	4	191	25	28	21	24	1.99
30138617--30138772	80	2.0	80	89	0	240	26	28	21	23	1.99
30138634--30138887	80	3.2	78	80	7	246	25	28	22	24	1.99
30138714--30138887	40	4.4	39	78	12	158	23	28	22	25	1.99
30139194--30139272	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
30141168--30141246	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
30141367--30142029	47	14.0	47	94	1	1092	28	31	9	30	1.89
30146464--30146514	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
30149786--30150008	39	5.7	40	84	7	246	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30149786--30150041	79	3.3	79	80	10	190	26	21	26	25	2.00
30154532--30154570	3	13.0	3	83	0	51	30	7	0	61	1.24
30156600--30156661	29	2.1	29	100	0	124	24	6	33	35	1.81
30162008--30162322	46	6.6	48	75	12	251	24	28	18	28	1.98
30163635--30163679	23	2.0	23	95	0	81	37	4	20	37	1.73
30178066--30178203	56	2.5	54	85	7	170	28	33	18	19	1.95
30178350--30178379	15	2.0	15	93	0	51	30	23	13	33	1.93
30184335--30184369	18	1.9	18	88	0	52	57	8	2	31	1.44
30192716--30192800	28	3.0	28	91	0	143	31	18	12	36	1.89
30192818--30192902	42	2.0	42	95	0	152	40	11	14	34	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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