genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18820167--18820292	10	12.3	10	72	15	71	62	1	3	31	1.23
18820141--18820293	21	7.8	19	68	21	77	64	1	3	30	1.20
18820484--18820530	19	2.5	20	76	20	55	27	8	0	63	1.23
18820498--18820542	17	2.5	19	82	13	51	28	11	2	57	1.45
18820576--18820641	30	2.3	29	82	10	73	40	1	1	56	1.18
18821029--18821068	18	2.3	19	84	16	52	5	7	22	65	1.38
18822469--18822520	17	3.1	17	85	0	77	36	5	19	38	1.76
18822498--18822550	23	2.4	22	84	12	72	33	3	16	45	1.66
18826533--18826678	75	1.9	75	95	0	265	46	15	4	33	1.65
18826777--18826828	16	3.2	16	83	5	70	38	3	26	30	1.74
18835725--18835850	42	3.0	42	82	7	134	45	13	18	23	1.84
18835798--18835850	20	2.6	20	82	8	63	39	15	20	24	1.91
18835821--18835859	20	2.1	19	85	9	53	35	12	20	30	1.90
18837820--18837873	27	2.0	27	96	0	99	38	11	27	22	1.88
18841532--18841563	16	1.9	17	93	6	57	71	0	6	21	1.07
18841730--18841771	20	2.1	21	83	16	54	33	0	2	64	1.07
18841751--18841801	17	2.9	17	76	2	57	33	1	3	60	1.26
18843377--18843421	17	2.6	18	89	10	76	51	8	8	31	1.64
18844026--18844057	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
18844565--18844605	11	3.9	11	75	12	50	65	0	34	0	0.93
18856670--18856707	7	5.7	7	81	12	53	0	15	0	84	0.63
18856668--18856709	12	3.5	12	87	6	50	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18856671--18856707	19	1.9	19	94	0	65	0	16	0	83	0.64
18865929--18866020	17	5.1	18	74	18	84	48	10	10	29	1.72
18867111--18867152	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
18872640--18872677	19	2.0	19	90	10	60	52	0	2	44	1.14
18874965--18875124	59	2.8	58	92	2	268	20	21	18	40	1.91
18888084--18888139	26	2.2	25	84	12	69	53	1	0	44	1.11
18888117--18888228	33	3.4	33	78	11	106	55	3	1	39	1.28
18898961--18898999	20	2.0	20	100	0	78	51	10	5	33	1.58
18906094--18906131	6	6.3	6	96	0	67	2	0	28	68	1.03
18906099--18906140	18	2.3	18	87	0	57	2	2	28	66	1.16
18906904--18906957	27	2.0	27	100	0	108	37	7	3	51	1.48
18909073--18909145	16	4.7	15	74	17	60	75	2	17	4	1.08
18916238--18916334	46	2.1	48	88	3	144	34	14	23	27	1.94
18919929--18919959	7	4.4	7	95	0	53	51	0	0	48	1.00
18923560--18923738	31	5.8	31	83	7	222	28	17	25	27	1.98
18923756--18923877	47	2.6	46	81	2	127	31	13	23	30	1.94
18923807--18923917	40	2.6	42	78	11	118	32	15	25	27	1.95
18923838--18923962	40	3.0	40	81	9	128	32	15	24	28	1.95
18937825--18937867	20	2.2	20	100	0	86	20	18	20	39	1.93
18938702--18938793	46	2.0	46	100	0	184	21	21	26	30	1.99
18941434--18941514	29	2.7	30	76	5	74	48	11	6	34	1.64
18942183--18942275	47	2.0	47	97	0	177	36	8	19	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18952810--18952848	18	2.2	18	85	0	51	51	2	0	46	1.14
18952816--18952862	18	2.6	18	83	6	51	51	2	2	44	1.25
18953861--18953909	14	3.6	14	69	20	50	38	0	2	59	1.09
18953867--18953925	26	2.3	26	82	5	66	44	0	1	54	1.10
18954013--18954072	11	5.2	11	75	15	50	48	1	1	48	1.21
18954044--18954094	21	2.4	21	72	21	52	47	1	0	50	1.12
18956260--18956345	22	4.0	22	64	19	56	36	2	4	56	1.33
18966624--18967286	331	2.0	331	100	0	1326	38	10	8	42	1.70
18968091--18968158	31	2.2	31	83	0	91	54	2	1	41	1.24
18968114--18968158	22	2.0	23	86	4	65	57	2	2	37	1.23
18974795--18974821	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
18976445--18976502	30	1.9	30	89	0	89	25	6	12	55	1.61
18976583--18976623	18	2.2	20	86	8	59	21	0	12	65	1.25
18980788--18980836	26	1.9	25	91	4	80	30	12	14	42	1.82
18989659--18989698	20	2.0	21	85	5	55	45	0	10	45	1.37
18992699--18992724	10	2.6	10	100	0	52	92	0	0	7	0.39
18994343--18994544	44	4.5	44	71	13	146	21	25	22	30	1.99
18994412--18994501	47	1.9	47	88	2	137	21	22	22	34	1.97
18994391--18994578	44	4.2	43	72	12	164	21	23	20	34	1.97
18994458--18994900	88	5.1	88	89	1	640	20	24	20	34	1.97
18994659--18994798	43	3.2	43	64	22	103	20	25	22	31	1.98
19000667--19001196	88	6.0	88	87	2	731	33	20	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19000667--19001196	266	2.0	264	87	3	753	33	20	24	21	1.97
19002862--19002944	14	5.9	15	71	10	52	32	3	2	61	1.26
19005377--19005426	25	2.0	24	84	3	64	56	0	0	44	0.99
19008038--19008265	114	2.0	114	100	0	456	35	17	12	34	1.87
19008701--19008750	20	2.5	20	80	0	55	16	28	36	20	1.93
19009544--19009683	52	2.7	51	85	5	172	30	24	17	27	1.97
19015196--19015239	5	8.6	5	80	14	54	0	18	4	77	0.94
19015560--19015602	21	2.0	22	90	4	70	48	18	9	23	1.76
19016137--19016192	29	1.9	29	85	0	76	23	33	23	19	1.97
19017340--19017427	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
19017533--19017597	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
19025189--19025280	29	3.2	28	87	7	132	31	22	23	21	1.98
19025386--19025453	28	2.4	28	90	0	100	35	7	23	33	1.83
19028248--19028659	137	3.0	137	87	4	595	39	7	6	47	1.57
19028440--19028653	67	3.1	67	64	22	147	42	6	6	45	1.55
19031342--19031448	49	2.2	50	83	10	139	22	21	6	49	1.72
19031566--19031652	42	2.1	42	88	0	129	33	16	21	28	1.95
19032568--19032634	33	2.0	34	94	2	118	23	7	17	50	1.71
19032906--19033204	149	2.0	149	100	0	598	30	10	18	39	1.85
19036248--19036698	47	9.5	47	93	1	740	29	29	8	33	1.86
19036248--19036698	96	4.8	94	93	1	740	29	29	8	33	1.86
19036303--19036734	143	3.0	142	83	7	545	30	27	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19041604--19041919	46	6.7	48	78	12	268	23	29	19	27	1.98
19041604--19041919	94	3.3	96	78	11	318	23	29	19	27	1.98
19041609--19041919	140	2.2	142	81	6	355	23	29	19	27	1.98
19042935--19043100	46	3.6	45	82	8	185	22	30	19	26	1.98
19042885--19043150	93	2.8	92	77	9	263	24	31	18	25	1.98
19050273--19050588	46	6.7	48	78	12	268	23	29	19	27	1.98
19050273--19050588	94	3.3	96	78	11	318	23	29	19	27	1.98
19050278--19050588	140	2.2	142	81	6	355	23	29	19	27	1.98
19057300--19057345	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
19062530--19062707	40	4.6	40	87	6	224	24	24	26	23	2.00
19062530--19062741	116	1.8	116	82	8	270	25	24	26	23	2.00
19070572--19070757	41	4.6	41	89	3	261	24	24	26	24	2.00
19070574--19070727	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
19081373--19081407	18	2.0	18	88	5	54	17	28	40	14	1.88
19089361--19089391	16	2.0	15	93	6	53	51	19	19	9	1.74
19089806--19089915	27	4.1	27	85	3	134	16	25	20	37	1.93
19089806--19089915	53	2.1	53	84	3	141	16	25	20	37	1.93
19097426--19097519	49	1.9	49	93	0	161	25	18	18	38	1.93
19101057--19101275	50	4.4	50	82	2	244	25	18	25	30	1.98
19103897--19104067	48	3.5	49	79	4	159	26	29	18	26	1.98
19108702--19108761	30	2.0	29	93	3	102	25	15	23	36	1.93
19112968--19113015	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19112962--19113005	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
19112962--19113021	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
19115794--19115860	21	3.1	21	82	4	80	29	2	32	34	1.73
19118884--19118980	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
19121159--19121190	12	2.7	12	100	0	64	28	15	12	43	1.83
19121237--19121299	5	12.0	5	76	18	58	3	17	1	77	0.97
19121256--19121310	10	5.3	10	78	22	51	0	18	3	78	0.90
19121239--19121309	37	1.9	37	86	11	101	2	16	2	77	1.01
19121237--19121310	27	2.8	27	80	10	89	2	17	2	77	1.01
19121235--19121295	16	3.8	16	77	14	63	3	18	1	77	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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